鉴定稻瘟病抗性基因Pi64的SNP分子标记、方法及其应用技术

本发明专利技术公开了一种用于鉴定稻瘟病抗性基因Pi64的SNP分子标记及其鉴定用KASP标记引物及鉴定方法，所述SNP分子标记的SNP位点在chr01:33101968，SNP标记的多态性为A/G，物理位置参考日本晴基因组版本IRGSP1.0。本发明专利技术鉴定的Pi64抗性基因特异SNP位点和相应的KASP标记为Pi64抗性基因的鉴定奠定了基础，能够快速检测出水稻种质中的Pi64抗性基因，适合大量样品快速、自动化检测，为加快水稻抗稻瘟病新品种选育和改良打下了基础，在水稻育种中有重要应用价值。应用价值。应用价值。

【技术实现步骤摘要】
鉴定稻瘟病抗性基因Pi64的SNP分子标记、方法及其应用


[0001]本专利技术涉及分子生物学
，具体涉及一种鉴定稻瘟病抗性基因Pi64的SNP分子标记、方法及其应用。

技术介绍

[0002]水稻是世界上非常重要的粮食作物之一。由稻瘟菌(Magnap rthe grisea)引发的水稻稻瘟病是迄今为止世界上最具有杀伤力的水稻病害，全世界因水稻稻瘟病造成的水稻每年平均减少产量约10％
‑
30％，严重时达40％
‑
50％，更甚的是颗粒无收。到今天为止，这种病在生产上还不能完全得到适当的控制，伴随着温室效应加剧全球气候开始变暖，水稻稻瘟病害的爆发向不可收拾的趋势发展，数据结果表明：2010年稻瘟病发病面积达6000km2，2014年是中国稻瘟病发病最严重的一年，高达58000km2；2019年发病面积达3333km2。
[0003]因此有效预防水稻稻瘟病的发生，把稻瘟病造成的损失降到最低是水稻生产最重要任务之一，因此筛选抗稻瘟病的优良品种非常重要。目前关于稻瘟病抗性品种的筛选主要是进行人工接种鉴定或自然诱发鉴定，方法原始，机制不够明确，人工接种的方法进行稻瘟病抗性鉴定，鉴定的周期比较长，病原菌生理小种滞后，利用自然诱发鉴定方法又存在病原菌分布不均匀，年度间抗性差异大等问题。所以利用分子标记辅助选择的方法提高品种的稻瘟病抗性有重要的应用价值。
[0004]目前研究人员已经克隆多个水稻抗稻瘟病基因，如Pizt,Pi9,Pigm,Pi2,Pik,Pi21,Pi54等。稻瘟病抗性基因的克隆为稻瘟病的分子标记辅助育种提供了重要的基础，促进了稻瘟病抗性品种的培育从基于人工表型鉴定的传统育种方法到基于分子标记辅助选择的分子育种方法的过渡。
[0005]稻瘟病在水稻上的发病表现不是单一症状，它有多种类型，根据为害时期和发病部位的不同分为苗瘟、叶瘟、节瘟、穗颈瘟和谷粒瘟等,以叶瘟和穗颈瘟较为常见。已报道的抗稻瘟病基因中，大多数抗病基因为抗叶瘟的基因，而抗穗颈瘟的基因比较少。目前已克隆的抗稻瘟病基因有3个抗性基因有穗颈瘟的抗性Pi64,Pb1和Pi25。Pi64是一个同时有叶瘟和穗颈瘟病抗性广谱抗性基因，该基因位于水稻第1号染色体长臂的Pi64/Pish基因簇，编码一个典型的CC
‑
NBS
‑
LRR类抗性蛋白(Ma J,Lei C,Xu X,Hao K,Wang J,Cheng Z,Ma X,Ma J,Zhou K,Zhang X,Guo X,Wu F,Lin Q,Wang C,Zhai H,Wang H,Wan J.Pi64,Encoding a Novel CC
‑
NBS
‑
LRR Protein,Confers Resistance to Leaf and Neck Blast in Rice.Mol Plant Microbe Interact.2015May；28(5):558
‑
68)，将该基因应用于水稻育种中的报道较少。
[0006]目前，已报道有鉴定Pi64的InDel标记YRT4、YRT5、YRT6(Ma et al,2015)，但是该标记有以下缺点：1)需要同时利用YRT4、YRT5、YRT6三个InDel标记才能准确鉴定Pi64基因型，过程比较复杂；2)YRT4、YRT5、YRT6是InDel标记，需要利用凝胶电泳的方法来检测多态，适合少量样品的分子标记分析，不适合大量样品的自动化高通量检测。
[0007]开发适合Pi64抗性基因鉴定的更加简单和准确并适合大量样品自动化检测的分子标记将有助于将该基因应用于分子标记辅助育种中，加快优良水稻品种的选育进程，对稻瘟病害的防控和保障稻农增产增收方面、粮食安全方面有重要意义。

技术实现思路

[0008]本专利技术的目的是针对上述问题，提供一种鉴定稻瘟病抗性基因Pi64的SNP分子标记、方法及其应用。
[0009]本专利技术为了实现其目的，采用的技术方案是：
[0010]本专利技术的第一方面是提供一种用于鉴定稻瘟病抗性基因Pi64的SNP分子标记，所述SNP分子标记的SNP位点在chr01:33101968，SNP标记的多态性为A/G，物理位置参考日本晴基因组版本IRGSP1.0。
[0011]所述SNP分子标记的多态性位点为SEQ ID NO.1所示序列的第2102位核苷酸。
[0012]所述SNP分子标记采用KASP标记引物扩增得到，所述KASP标记引物组包括2条位点特异引物Pi64
‑
Ra、Pi64
‑
Rc和1条共用引物Pi64
‑
F，引物序列为：Pi64
‑
Ra(SEQ ID NO.4)：5
’‑
GCTTTTGCACGAAAAATCCATT
‑3’
，Pi64
‑
Rc(SEQ ID NO.5)：5
’‑
GCTTTTGCACGAAAAATCCATC
‑3’
，Pi64
‑
F(SEQ ID NO.6)：5
’‑
GCTGCTCTGCCTCAAATTCC
‑3’
。
[0013]所述引物Pi64
‑
Ra、Pi64
‑
Rc的5
’
端或者3
’
端添加有不同的荧光修饰基团，优选Pi64
‑
Ra的5
’
端添加FAM标签序列，Pi64
‑
Rc的5
’
端添加HEX标签序列。
[0014]本专利技术的第二方面是提供用于鉴定前述的分子标记的KASP标记引物，包括2条位点特异引物Pi64
‑
Ra、Pi64
‑
Rc和1条共用引物Pi64
‑
F，引物序列为：
[0015]Pi64
‑
Ra：5
’‑
GCTTTTGCACGAAAAATCCATT
‑3’
，
[0016]Pi64
‑
Rc：5
’‑
GCTTTTGCACGAAAAATCCATC
‑3’
，
[0017]Pi64
‑
F：5
’‑
GCTGCTCTGCCTCAAATTCC
‑3’
；
[0018]优选所述引物Pi64
‑
Ra、Pi64
‑
Rc的5
’
端或者3
’
端连接有不同的荧光标签序列，优选Pi64
‑
Ra的5
’
端添加FAM标签序列，Pi64
‑
Rc的5
’
端添加HEX标签序列。
[0019]本专利技术的第三方面是提供上述的SNP分子标记或本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于鉴定稻瘟病抗性基因Pi64的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记的SNP位点在chr01:33101968，SNP标记的多态性为A/G，物理位置参考日本晴基因组版本IRGSP1.0。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的多态性位点为SEQ ID NO.1所示序列的第2102位核苷酸。3.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记采用KASP标记引物扩增得到，所述KASP标记引物组包括2条位点特异引物Pi64
‑
Ra、Pi64
‑
Rc和1条共用引物Pi64
‑
F，引物序列为：Pi64
‑
Ra：5
’‑
GCTTTTGCACGAAAAATCCATT
‑3’
，Pi64
‑
Rc：5
’‑
GCTTTTGCACGAAAAATCCATC
‑3’
，Pi64
‑
F：5
’‑
GCTGCTCTGCCTCAAATTCC
‑3’
。4.根据权利要求3所述的SNP分子标记，其特征在于：所述引物Pi64
‑
Ra、Pi64
‑
Rc的5
’
端或者3
’
端添加有不同的荧光修饰基团，优选Pi64
‑
Ra的5
’
端添加FAM标签序列，Pi64
‑
Rc的5
’
端添加HEX标签序列。5.用于鉴定权利要求1所述的分子标记的KASP标记引物，其特征在于：包括2条位点特异引物Pi64
‑
Ra、Pi64
‑
Rc和1条共用引物Pi64
‑
F，引物序列为：Pi64
‑
Ra：5
’‑
GCTTTTGCACGAAAAATCCATT
‑3’
，Pi64
‑
Rc：5
’‑
GCTTTTGCACGAAAAATCCATC
‑3’
，Pi64
‑
F：5
’‑
GCTGCTCTGCCTCAAATTCC
‑3’
；优选...

【专利技术属性】
技术研发人员：闫双勇，杨秀荣，李月娇，李广胜，孙淑琴，崔中秋，李军玲，孙玥，王晓静，苏京平，王胜军，
申请(专利权)人：天津市农业科学院，
类型：发明
国别省市：