一种与稻瘟病抗性相关基因Pia连锁的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与稻瘟病抗性相关基因Pia连锁的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记位于日本晴11号染色体6543758位的碱基处，多态性为C/G。本发明专利技术利用与Pia基因连锁的特异性SNP分子标记，结合KASP检测技术，解决传统分子标记辅助育种中的技术问题，无需琼脂糖凝胶电泳，可快速、准确、高效、高通量的鉴定Pia基因，加快抗稻瘟病新品种的选育进程。加快抗稻瘟病新品种的选育进程。

【技术实现步骤摘要】
一种与稻瘟病抗性相关基因Pia连锁的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术属于农业分子生物学领域，具体涉及一种与稻瘟病抗性相关基因Pia连锁的SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]水稻作为一种重要的主粮作物，为全球数千万人提供基本的食物来源。稻瘟病是水稻最严重的病害之一，在流行年份，可使水稻减产10％
‑
20％，严重时可达40％
‑
50％，局部病区甚至颗粒无收。水稻抗病品种的选育及推广是防治稻瘟病最经济有效的方式，Pia作为已克隆的抗稻瘟病基因，其具有独特的抗谱，被广泛应用于稻瘟病抗性品种的选育进程中。
[0003]传统水稻抗病品种的选育依赖于人为鉴定抗性表型，费时费力，且易受环境影响，选择效率低，影响抗病品种的选育进程。随着分子标记的产生及利用，分子标记辅助选择逐渐被应用于育种过程中，其具有简单、快速、不受环境影响等特点，可降低育种成本，缩短选育周期，提高育种效率。
[0004]常用的辅助育种分子标记分为RFLP、RAPD、SSR、AFLP、CAPS或dCAPS，这些标记的使用需要繁琐的凝胶电泳检测，自动化程度低通量小，检测过程中使用的核酸染料会对环境造成污染，并且产物有时会发生非特异性扩增，人为无法做出准确的判断，导致检测效率降低。因此，开发与Pia基因连锁的SNP分子标记，并结合KASP检测技术，可快速、高通量的筛选抗稻瘟病材料，对稻瘟病抗性品种的选育具有重要意义。

技术实现思路

[0005]本专利技术旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术提出一种与稻瘟病抗性相关基因Pia连锁的SNP分子标记。
[0006]本专利技术还提出用于检测上述SNP分子标记的引物组。
[0007]本专利技术还提出一种试剂盒。
[0008]本专利技术还提出一种基因芯片。
[0009]本专利技术还提出上述SNP分子标记、引物组、试剂盒和/或基因芯片的应用。
[0010]本专利技术还提出上述SNP分子标记的检测方法。
[0011]根据本专利技术的第一方面实施方式的一种与稻瘟病抗性相关基因Pia连锁的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于日本晴11号染色体6543758位的碱基处，多态性为C/G。
[0012]根据本专利技术第二方面实施方式的用于扩增上述SNP分子标记的引物组，所述引物组包括特异性引物和通用引物，其中，所述特异性引物序列包括Primer X和Primer Y。
[0013]在本专利技术的一些实施方式中，所述特异性引物包括如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。
[0014]根据本专利技术的一些实施方式，所述SNP分子标记还包括核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的通用引物序列。
[0015]在本专利技术的一些实施方式中，所述特异性引物分别连接FAM和HEX荧光接头序列。
[0016]在本专利技术的一些实施方式中，所述引物组在水稻基因型检测中的应用。
[0017]根据本专利技术第三方面实施方式，提供了一种试剂盒，所述试剂盒包括上述引物组。
[0018]根据本专利技术第四方面实施方式，提供了一种基因芯片，所述基因芯片包括上述引物组。
[0019]根据本专利技术的第五方面实施方式，上述SNP分子标记、引物组、试剂盒或基因芯片的以下任一应用：
[0020](1)在水稻稻瘟病抗性相关基因Pia的基因型鉴定中的应用；
[0021](2)在检测稻瘟病抗性相关基因Pia中的应用；
[0022](3)在鉴定及筛选具有稻瘟病抗性的水稻中的应用；
[0023](4)在水稻分子标记辅助育种中的应用；
[0024](5)在水稻育种中的应用；
[0025](6)在制备水稻育种的产品中的应用。
[0026]根据本专利技术的第六方面实施方式，利用上述SNP分子标记检测水稻稻瘟病抗性的方法，所述方法包括以下步骤：
[0027]S1、从水稻中提取基因组DNA；
[0028]S2、对步骤S1中提取的基因组DNA进行所述SNP分子标记的多态性检测，根据检测结果判断待测水稻的稻瘟病抗性。
[0029]在本专利技术的一些实施方式中，只检测到引物Primer X所对应的碱基，判定测试的水稻材料未携带Pia基因，不具有稻瘟病抗性；若只检测到引物Primer Y所对应的碱基，判定测试的水稻携带Pia基因，具有稻瘟病抗性；若同时检测到Primer X与Primer Y对应的荧光信号，该测试材料为杂合基因型，携带Pia基因，具有稻瘟病抗性。
[0030]在本专利技术的一些实施方式中，优选地，步骤S1中，水稻中提取基因组DNA采用简化CTAB法(十六烷基三甲基溴化铵法)。
[0031]在本专利技术的一些实施方式中，优选地，步骤S2中，用KASP(竞争性等位基因特异性PCR)技术对SNP分子标记进行检测。
[0032]一种水稻育种方法，包括如下步骤：利用上述基因型的检测方法，选择具有稻瘟病抗性的样品进行后续育种。
[0033]根据本专利技术的一些实施方式，至少具有如下有益效果：本专利技术利用与Pia基因连锁的特异性SNP分子标记，结合KASP检测技术，解决传统分子标记辅助育种中的技术问题，无需琼脂糖凝胶电泳，可快速、准确、高效、高通量的鉴定Pia基因，加快抗稻瘟病新品种的选育进程。
[0034]本专利技术的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本专利技术的实践了解到。
附图说明
[0035]下面结合附图和实施例对本专利技术做进一步的说明，其中：
[0036]图1为本专利技术实施例1中的分子标记开发流程图；
[0037]图2为本专利技术实施例1中的OS900336_K01分子标记在日本晴与C104PKT中分型结果
图；
[0038]图3为本专利技术实施例1中的分子标记OS900336_K01在69份水稻材料中分型结果图。
具体实施方式
[0039]以下将结合实施例对本专利技术的构思及产生的技术效果进行清楚、完整地描述，以充分地理解本专利技术的目的、特征和效果。显然，所描述的实施例只是本专利技术的一部分实施例，而不是全部实施例，基于本专利技术的实施例，本领域的技术人员在不付出创造性劳动的前提下所获得的其他实施例，均属于本专利技术保护的范围。实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到的试剂和材料。
[0040]本专利技术实施例：一种与稻瘟病抗性相关基因Pia连锁的SNP分子标记
[0041]该分子标记的设计过程，如图1所示，相关研究表明，Pia基因具有稻瘟病抗性，可用于水稻稻瘟病抗病品种的改良。通过比对抗感材料中目的基因及其上下游序列的重测序数据，分析得到SNP位点，提取SNP位点和侧翼序列，通过设计和合成标记的引物序列，再对标记进行筛选测试，具体如下：
[0042]1引物设计
[0043]通过比对抗本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与稻瘟病抗性相关基因Pia连锁的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于日本晴11号染色体6543758位的碱基处，多态性为C/G。2.用于扩增如权利要求1所述的SNP分子标记的引物组。3.如权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组包括特异性引物，所述特异性引物包括如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。4.如权利要求3所述的引物组，其特征在于，所述特异性引物分别连接FAM和HEX荧光接头序列。5.如权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述引物组还包括通用引物，所述通用引物核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。6.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括如权利要求2
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5任一项所述的引物组。7.一种基因芯片，其特征在于，所述基因芯片包括如权利要求2
‑
5任一项所述的引物组。...

【专利技术属性】
技术研发人员：贾佩陇，彭佩，吴云天，郭铭凯，田冰川，唐顺学，
申请(专利权)人：华智生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：