本发明专利技术提供了一种鉴别南瓜属植物叶绿体基因组SSR分子标记的引物组及其应用，涉及分子生物技术领域。本发明专利技术对中国南瓜、印度南瓜与灰籽南瓜的叶绿体基因组SSR进行鉴定，鉴定出45个SSR具有多态性；本发明专利技术进一步通过分析遗传分型条带，筛选出能够扩增出条带稳定、清晰并且多态性好的10对引物，所述序列如SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：20所示。本发明专利技术设计开发的叶绿体基因组SSR分子标记引物组能对南瓜属种质资源进行有效区分和聚类，这些标记具有较好的实用性，并将有助于深入研究我国南瓜属种质资源的遗传多样性。源的遗传多样性。源的遗传多样性。
【技术实现步骤摘要】
一种鉴别南瓜属植物叶绿体基因组SSR分子标记的引物组及其应用
[0001]本专利技术属于分子生物
，具体为一种鉴别南瓜属植物叶绿体基因组SSR分子标记的引物组及其应用。
技术介绍
[0002]葫芦科(Cucurbitaceae)南瓜属(Cucurbita)作物起源于中、南美洲，大约16世纪初期传入我国。南瓜含有碳水化合物、蛋白质、萝卜素、维生素、钙、钾、磷等营养成分，它还含有胡芦巴碱、腺嘌呤、精氨酸、多缩戊糖等多种对人体有益的物质，营养丰富，具有很好的医疗保健功能，深受大众喜爱。南瓜属(Cucurbita L.)中现存约有15个物种，其中公认的5大栽培种分别是中国南瓜(Cucurbita moschata)、印度南瓜(Cucurbita maxima)、美洲南瓜(Cucurbita pepo)、黑籽南瓜(Cucurbita ficifolia)，和灰籽南瓜(Cucurbita argyrosperma)。南瓜种类繁多、品质各异，由于缺乏有效的多态性分子标记，其遗传学和基因组学方面的研究比较滞后。
[0003]微卫星序列即简单重复序列(simple sequence repeat，SSR)分子标记，广泛存在于真核和原核生物基因组中。因其位点特异、复等位、呈共显性、在基因组序列中分布广泛等优点已经成为最为广泛的分子标记之一，在作物遗传多样性分析、品种鉴定、遗传图谱建立等方面都有应用。我国是南瓜生产与消费大国，在南瓜栽培面积及产量上位居世界前列，其种质资源的研究不断深入，南瓜特异性SSR分子标记开发逐渐受到重视，但由于南瓜种类繁多，核基因组复杂性高，目前文献已公布的可用的分子标记数目较少且多态性较低，利用核基因组开发设计SSR引物费时费力，而相较于核基因组，叶绿体基因组为单亲遗传、多拷贝、分子量小，其具有很高的保守性、易于获取、核苷酸替换率较低、基因结构稳定，在遗传图谱构建、遗传多样性分析、基因定位、种质鉴定、分子辅助选择育种等方面具有重要的应用。因此，基于南瓜叶绿体基因组多态性SSR标记更为简单便利，并使后续开展系统研究、资源鉴定、遗传多样性等相关研究变得更加高效便捷。
技术实现思路
[0004]有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种鉴别南瓜属SSR分子标记的引物组，所述引物组能快速区分南瓜属作物品种，可为我国南瓜属作物资源的合理开发利用以及进一步开展南瓜育种研究。
[0005]为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供了以下技术方案：
[0006]本专利技术提供了一种用于鉴别南瓜属植物叶绿体基因组SSR标记的引物组，所述引物组包括以下引物对：所述引物对的序列如SEQ ID NO：1～2、SEQ ID NO：3～4、SEQ ID NO：5～6、SEQ ID NO：7～8、SEQ ID NO：9～10、SEQ ID NO：11～12、SEQ ID NO：13～14、SEQ ID NO：15～16、SEQ ID NO：17～18、SEQ ID NO：19～20所示。
[0007]本专利技术还提供了一种包含所述引物组的试剂盒。
[0008]优选地，所述试剂盒还包括2
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TSINGKE MasterMix、ddH2O和基因组提取试剂。
[0009]本专利技术还提供了所述引物组或所述试剂盒在南瓜种质分类中的应用。
[0010]本专利技术化提供了所述引物组或所述试剂盒在南瓜种质库构建中的应用。
[0011]本专利技术化提供了所述引物组或所述试剂盒在南瓜物种亲缘关系鉴别中的应用。
[0012]本专利技术化提供了所述引物组或所述试剂盒在南瓜分子辅助育种中的应用。
[0013]相对于现有技术，本专利技术具有如下有益效果：
[0014]本专利技术对中国南瓜、印度南瓜与灰籽南瓜的叶绿体基因组SSR进行鉴定，鉴定出45个SSR具有多态性，根据这45个简单重复序列两端的侧翼序列设计SSR引物，利用所述引物对南瓜属5个品种进行扩增，筛选出多态性好、稳定性高的10对引物，所述序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.20所示。本专利技术获得的SSR引物组进行PCR扩增多态性好，能快速区分南瓜属作物品种，可为我国南瓜属作物资源的合理开发利用以及进一步开展南瓜育种研究、南瓜种质的分类、核心种质库的构建和物种亲缘关系鉴别等研究提供新的基因位点和鉴定引物。
附图说明
[0015]图1为本专利技术引物组对5个南瓜属样本的扩增结果图；
[0016]图2为南瓜5个品种UPGAM聚类分析树状图。
具体实施方式
[0017]本专利技术提供了一种用于鉴别南瓜属植物叶绿体基因组SSR标记的引物组，所述引物组包括以下引物对：所述引物对的序列如SEQ ID NO：1～2、SEQ ID NO：3～4、SEQ ID NO：5～6、SEQ ID NO：7～8、SEQ ID NO：9～10、SEQ ID NO：11～12、SEQ ID NO：13～14、SEQ ID NO：15～16、SEQ ID NO：17～18、SEQ ID NO：19～20所示。本专利技术在黑籽南瓜60个SSR中，鉴定出45个SSR具有多态性，再根据这45个简单重复序列两端的侧翼序列设计SSR引物；利用上述引物对南瓜属5个品种中国南瓜(C.moschata)，印度南瓜(C.maxima)，美洲南瓜(C.pepo)，黑籽南瓜(C.ficifolia)和灰籽南瓜(C.argyrosperma)的基因组DNA进行PCR扩增，通过分析遗传分型条带，筛选出能够扩增出条带稳定、清晰并且多态性好的用于鉴别南瓜属SSR标记的引物组。
[0018]本专利技术还提供了一种包含所述引物组的试剂盒。
[0019]在本专利技术中，所述试剂盒优选地包括2
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TSINGKE MasterMix、ddH2O和基因组提取试剂。
[0020]本专利技术还提供了所述引物组或所述试剂盒在南瓜种质分类中的应用。
[0021]本专利技术化提供了所述引物组或所述试剂盒在南瓜种质库构建中的应用。
[0022]本专利技术化提供了所述引物组或所述试剂盒在南瓜物种亲缘关系鉴别中的应用。
[0023]本专利技术化提供了所述引物组或所述试剂盒在南瓜分子辅助育种中的应用。
[0024]在本专利技术的具体实施例中，所述CTAB改良法提取南瓜叶片基因组DNA的方法包括如下步骤：
[0025](1)水浴锅中65℃预热2％CTAB；
[0026](2)取适量南瓜叶片于2mL灭菌离心管中，经液氮速冻，在磨样机上进行碾磨；
[0027](3)加入800μL 2％CTAB、20μL 1％β
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巯基乙醇与8μL RNaseA，涡旋震荡1min充分混匀，65℃水浴30min，每10min轻轻摇动一次；
[0028](4)加入800μL苯酚/氯仿/异戊醇(25：4：1)混合液，置于摇床上15min(90r)，12000r离心10min；
[0029](5)吸取500μL上清液至新离心管中，加入500μL酚/氯仿本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种鉴别南瓜属植物叶绿体基因组SSR标记的引物组，其特征在于，所述引物组包括以下引物对：所述引物对的序列如SEQIDNO：1～2、SEQIDNO：3～4、SEQIDNO：5～6、SEQIDNO：7～8、SEQIDNO：9～10、SEQIDNO：11～12、SEQIDNO：13～14、SEQIDNO：15～16、SEQIDNO：17～18、SEQIDNO：19～20所示。2.一种包含权利要求1所述引物组的试剂盒。3.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所...
【专利技术属性】
技术研发人员：朱强龙，王葡萄，周聪，张瑜，贾芯碧，曾程红，李必聪，
申请(专利权)人：江西农业大学，
类型：发明
国别省市：
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