多重靶标结合候选筛选分析制造技术

本发明专利技术公开了一种用于归一化针对包含DNA的多个样品的聚合酶链式反应(PCR)扩增过程的方法和系统。针对所述多个样品来识别用于执行所述PCR扩增过程的循环数据。所述循环数据包含针对所述多个样品中的每个样品的对应循环计数。基于所述循环数据将所述多个样品分类到多个箱中，使得所述多个箱中的箱之间的循环计数变化减少。将箱循环计数指派给所述多个箱中的每个箱。所述箱循环计数对于所述多个箱中的每个箱是唯一的。针对所述箱生成标识信息。使用所述箱以及针对所述多个箱中的每个箱的所述箱循环计数来生成用于执行所述多个样品的PCR扩增的输出。PCR扩增的输出。PCR扩增的输出。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】多重靶标结合候选筛选分析
[0001]专利技术人：Christian N.Cunningham,Kenneth K.Hallenbeck
[0002]相关申请的交叉引用
[0003]本申请要求于2020年10月15日提交的名称为“Multiplexed Target
‑
Binding Candidate Screening Analysis”的美国临时专利申请第63/092,104号的优先权，其全部内容通过引用并入本文。


[0004]本文提供了用于改善的多重筛选分析的方法和系统。更具体地，提供了用于针对靶标结合活性对核苷酸标记的肽文库进行多重筛选的方法和系统。

技术介绍

[0005]由于诸如样品与样品差异和数据复杂性等问题，当前的多重靶标结合候选筛选分析系统难以同时选择许多含核苷酸肽文库以结合所需靶标。因此，需要改善的多重靶标结合候选筛选分析系统和方法，以帮助同时选择针对所需结合靶标(例如蛋白质)的候选结合物。

技术实现思路

[0006]本文所述的实施例提供了用于改善的多重筛选分析的各种方法、系统和计算机程序产品。
[0007]在一些实施例中，提供了一种用于归一化含DNA组合物的多个文库的方法。该方法包括：接收用于第一轮选择的针对含DNA组合物的多个文库中的每一者的定量信息，其中文库中的每一者包含DNA偶联物，并且其中第一轮选择使得基于与靶蛋白的结合亲和力而选择DNA偶联物。该方法进一步包括：使用定量信息来确定特定于文库中的每一者的聚合酶链式反应(“PCR”)循环计数，其中在以对应PCR循环计数执行PCR之后，文库中的每一者的含DNA组合物可以产生或被确定产生相关联的预先设定量的DNA。该方法进一步包括：使用如此确定的对应PCR循环计数将含DNA组合物的文库分类到箱中，其中每个箱包含被确定为共享针对DNA扩增的共同PCR循环计数的含DNA组合物的文库的不同子集，并且同一箱中的含DNA组合物的文库的每个子集共享不同于文库的其他箱的共同PCR循环计数。该方法进一步包括：指示热循环仪在同一运行中，针对箱中的一者的含DNA组合物的文库的子集同时以对应共同PCR循环计数对同一箱执行PCR。该方法进一步包括：指示热循环仪以对应共同PCR循环计数对附加箱中的每一者执行PCR，使得含DNA组合物的该多个文库被归一化。
[0008]在一些实施例中，提供了一种有形地体现在非暂时性机器可读存储介质中的计算机程序产品，其包含指令，该指令被配置为使一个或多个数据处理器执行用于归一化含DNA组合物的多个文库的方法。该方法包括：接收用于第一轮选择的针对含DNA组合物的多个文库中的每一者的定量信息，其中文库中的每一者包含DNA偶联物，并且其中第一轮选择使得基于与靶蛋白的结合亲和力而选择DNA偶联物。该方法进一步包括：使用定量信息来确定特
定于文库中的每一者的聚合酶链式反应(“PCR”)循环计数，其中在以对应PCR循环计数执行PCR之后，文库中的每一者的含DNA组合物被确定为产生相关联的预先设定量的DNA。该方法进一步包括：使用如此确定的对应PCR循环计数将含DNA组合物的文库分类到箱中，其中每个箱包含被确定为共享针对DNA扩增的共同PCR循环计数的含DNA组合物的文库的不同子集，并且同一箱中的含DNA组合物的文库的每个子集共享不同于文库的其他箱的共同PCR循环计数。该方法进一步包括：指示热循环仪在同一运行中，针对箱中的一者的含DNA组合物的文库的子集同时以对应共同PCR循环计数对同一箱执行PCR。该方法进一步包括：指示热循环仪对附加箱的含DNA组合物的每个文库执行PCR，使得含DNA组合物的该多个文库被归一化。
[0009]在一些实施例中，提供了一种用于归一化含DNA组合物的多个文库的系统。该系统包括：数据存储装置，该数据存储装置被配置为存储数据集，该数据集包含用于每一轮选择的含DNA组合物的多个文库中的每一者的定量信息，其中含DNA组合物的文库中的每一者包含DNA偶联物，并且其中每一轮选择使得基于与靶蛋白的结合亲和力而选择DNA偶联物；一个或多个数据处理器；以及计算装置，该计算装置通信地连接到数据存储装置并被配置为接收数据集，计算装置包括包含指令的非暂时性计算机可读存储介质，该指令当在该一个或多个数据处理器上被执行时，使该一个或多个数据处理器执行用于归一化含DNA组合物的多个文库的方法。该方法包括：使用数据集将含DNA组合物的文库分类到箱中，其中每个箱包含使用定量信息被确定为共享针对DNA扩增的共同PCR循环计数的含DNA组合物的文库的不同子集，并且同一箱中的含DNA组合物的文库的每个子集共享不同于文库的其他箱的共同PCR循环计数。该系统进一步包括热循环仪，该热循环仪被配置为：在同一运行中，针对箱中的一者的含DNA组合物同时以对应共同PCR循环计数对同一箱执行PCR，并且对附加箱的含DNA组合物的每个文库执行PCR，使得含DNA组合物的该多个文库被归一化。
[0010]在一些实施例中，提供了一种用于监测含DNA组合物的多个文库的定量信息以检测靶标结合的方法。该方法包括：接收用于第一轮选择的含DNA组合物的多个文库中的每一者的定量信息，其中文库中的每一者包含DNA偶联物，并且其中第一轮选择使得基于与靶蛋白的结合亲和力而选择DNA偶联物。该方法进一步包括：在图形用户界面内生成第一窗口，第一窗口显示用于第一轮选择的文库中的每一者的定量信息。该方法进一步包括：重复接收步骤和生成步骤以历经多个后续轮选择来生成附加窗口，其中附加窗口中的每一者显示用于后续轮选择中的每一者的文库中的每一者的定量信息，使得用于每一轮的文库中的每一者的含DNA组合物的定量信息被监测。
[0011]在一些实施例中，提供了一种有形地体现在非暂时性机器可读存储介质中的计算机程序产品，其用于监测含DNA组合物的多个文库的定量信息以检测靶标结合，计算机程序产品包含指令，该指令被配置为使一个或多个数据处理器执行用于在图形用户界面中监测文库的定量信息以检测靶标结合的方法。该方法包括：在第一步，接收用于第一轮选择的含DNA组合物的多个文库中的每一者的定量信息，其中含DNA组合物的文库中的每一者包含DNA偶联物，并且其中第一轮选择使得基于与靶蛋白的结合亲和力而选择DNA偶联物。该方法包括：在第二步，在图形用户界面内显示第一窗口，第一窗口包含在第一轮选择之后的含DNA组合物的文库中的每一者的定量信息；以及重复第一步和第二步以历经多个后续轮选择来生成附加窗口，其中附加窗口中的每一者显示用于后续轮选择中的每一者的文库中的
每一者的定量信息，使得用于每一轮的文库中的每一者的含DNA组合物的定量信息被监测。
[0012]在一些实施例中，提供了一种用于监测含DNA组合物的多个文库的定量信息以检测靶标结合的系统。该系统包括数据存储装置，该数据存储装置被配置为存储数据集，该数据集包含用于每一轮选择的含DNA组合物的多个文库中的每一者的定量信息，其中含DNA组合物的文库中的每一者包含DNA偶联物，并且其中每一轮选择使得基于与靶蛋白的本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于归一化含DNA组合物的多个文库的方法，其包括：接收用于第一轮选择的针对含DNA组合物的多个文库中的每一者的定量信息，其中所述文库中的每一者包含DNA偶联物，并且其中所述第一轮选择使得基于与靶蛋白的结合亲和力而选择所述DNA偶联物；使用所述定量信息来确定特定于所述文库中的每一者的聚合酶链式反应(“PCR”)循环计数，其中在以对应PCR循环计数执行PCR之后，所述文库中的每一者的含DNA组合物被确定为产生相关联的预先设定量的DNA；使用如此确定的对应PCR循环计数将含DNA组合物的所述文库分类到箱中，其中每个箱包含被确定为共享针对DNA扩增的共同PCR循环计数的所述含DNA组合物的所述文库的不同子集，并且同一箱中的所述含DNA组合物的所述文库的每个子集共享不同于文库的其他箱的共同PCR循环计数；指示热循环仪在同一运行中，针对所述箱中的一者的含DNA组合物的所述文库的子集同时以对应共同PCR循环计数对同一箱执行PCR；以及指示所述热循环仪以对应共同PCR循环计数对附加箱中的每一者执行PCR，使得含DNA组合物的所述多个文库被归一化。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述DNA偶联物包含肽。3.根据权利要求2所述的方法，其中所述肽包括大环。4.根据权利要求1所述的方法，其中所述定量信息包含针对定量PCR(qPCR)的循环阈值(Ct)值。5.根据权利要求1所述的方法，其中所述箱中的至少一者包含所述含DNA组合物的多于一个文库。6.根据权利要求1所述的方法，其中在针对同一箱以对应PCR循环计数执行PCR之后，所述箱中的任一者的含DNA组合物的所述文库中的每一者被确定为产生基本相同量的扩增的DNA。7.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括：指示热循环仪同时以附加对应共同PCR循环计数对附加箱的含DNA组合物中的每一者执行PCR，以产生附加扩增的DNA。8.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括：将每个箱与对应PCR板相关联，从而在所述对应PCR板上以对应共同PCR循环计数对同一箱的含DNA组合物执行PCR。9.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括生成正向工作列表，所述正向工作列表包含第一列表，所述第一列表对应于每个箱的含DNA组合物，所述含DNA组合物待从源板的原始位置被转移到PCR板中以生成扩增的含DNA组合物。10.根据权利要求9所述的方法，其进一步包括生成反向工作列表，所述反向工作列表包含第二列表，所述第二列表对应于所述扩增的含DNA组合物，所述扩增的含DNA组合物待从所述PCR板被转移回源板的所述原始位置。11.一种有形地体现在非暂时性机器可读存储介质中的计算机程序产品，其包含指令，所述指令被配置为使一个或多个数据处理器执行用于归一化含DNA组合物的多个文库的方法，所述方法包括：接收用于第一轮选择的针对含DNA组合物的多个文库中的每一者的定量信息，其中所述文库中的每一者包含DNA偶联物，并且其中所述第一轮选择使得基于与靶蛋白的结合亲
和力而选择所述DNA偶联物；使用所述定量信息来确定特定于所述文库中的每一者的聚合酶链式反应(“PCR”)循环计数，其中在以对应PCR循环计数执行PCR之后，所述文库中的每一者的含DNA组合物被确定为产生相关联的预先设定量的DNA；使用如此确定的对应PCR循环计数将含DNA组合物的所述文库分类到箱中，其中每个箱包含被确定为共享针对DNA扩增的共同PCR循环计数的所述含DNA组合物的所述文库的不同子集，并且同一箱中的所述含DNA组合物的所述文库的每个子集共享不同于文库的其他箱的共同PCR循环计数；指示热循环仪在同一运行中，针对所述箱中的一者的所述含DNA组合物的所述文库的子集同时以对应共同PCR循环计数对同一箱执行PCR；以及指示所述热循环仪对附加箱的含DNA组合物的每个文库执行PCR，使得含DNA组合物的所述多个文库被归一化。12.一种系统，其包括：数据存储装置，所述数据存储装置被配置为存储数据集，所述数据集包含用于每一轮选择的含DNA组合物的多个文库中的每一者的定量信息，其中含DNA组合物的所述文库中的每一者包含DNA偶联物，并且其中每一轮选择使得基于与靶蛋白的结合亲和力而选择所述DNA偶联物；一个或多个数据处理器；以及计算装置，所述计算装置通信地连接到所述数据存储装置并被配置为接收所述数据集，所述计算装置包括包含指令的非暂时性计算机可读存储介质，所述指令当在所述一个或多个数据处理器上被执行时，使所述一个或多个数据处理器执行用于归一化含DNA组合物的多个文库的方法，所述方法包括：使用所述数据集将含DNA组合物的所述文库分类到箱中，其中每个箱包含使用所述定量信息被确定为共享针对DNA扩增的共同PCR循环计数的所述含DNA组合物的所述文库的不同子集，并且同一箱中的所述含DNA组合物的所述文库的每个子集共享不同于文库的其他箱的共同PCR循环计数；热循环仪，所述热循环仪被配置为：在同一运行中，针对所述箱中的一者的含DNA组合物同时以对应共同PCR循环计数对同一箱执行PCR，并且对附加箱的含DNA组合物的每个文库执行PCR，使得含DNA组合物的所述多个文库被归一化。13.根据权利要求12所述的系统，其进一步包括液体处置器，所述液体处置器被配置为将所述同一箱的每个文库从源板转移到PCR板，其中所述同一箱的每个文库通过以针对所述同一箱的共同PCR循环计数在所述PCR板上进行的PCR被扩增，以生成扩增的DNA。14.根据权利要求13所述的系统，其中所述液体处置器进一步被配置为使所有箱的扩增的DNA经受附加轮选择。15.根据权利要求12所述的系统，其中所述系统进一步包括定量PCR单元，所述定量PCR单元被配置为：在每一轮选择之前和之后对所述文库中的每一者进行定量。16.根据权利要求12所述的系统，其中在针对同一箱以对应PCR循环计数执行PCR之后，所述箱中的任一者的含DNA组合物的所述文库中的每一者被确定为产生基本相同量的扩增的DNA。
17.根据权利要求12所述的系统，其中所述方法进一步包括：使用所述定量信息来确定特定于每个文库的聚合酶链式反应(“PCR”)循环计数，其中在以对应PCR循环计数执行PCR之后，每个文库的含DNA组合物被确定为产生相关联的预先设定量的DNA。18.根据权利要求12所述的系统，其中所述方法进一步包括：将每个箱与对应PCR板相关联，从而在所述对应PCR板上以对应共同PCR循环计数对同一箱的含DNA组合物执行PCR。19.根据权利要求12所述的系统，其中所述方法进一步包括生成正向工作列表，所述正向工作列表包含第一列表，所述第一列表对应于每个箱的含DNA组合物，所述含DNA组合物待从源板的原始位置被转移到PCR板中，从而以对应共同PCR循环计数来执行PCR以生成扩增的DNA。20.根据权利要求19所述的系统，其中所述方法进一步包括生成反向工作列表，所述反向工作列表包含第二列表，所述第二列表对应于所述扩增的DNA，所述扩增的DNA待从所述PCR板被转移回所述源板的所述原始位置。21.一种用于针对与靶蛋白的结合亲和力来识别候选DNA偶联物的方法，其包括：接收用于第一轮选择的针对含DNA组合物的多个文库中的每一者的定量信息，其中所述文库中的每一者包含DNA偶联物，并且其中所述第一轮选择使得基于与靶蛋白的结合亲和力而选择所述DNA偶联物；使用所述定量信息来确定特定于每个文库的聚合酶链式反应(“PCR”)循环计数，其中在以对应PCR循环计数执行PCR之后，每个文库的含DNA组合物被确定为产生相关联的预先设定量的DNA；使用如此确定的PCR循环计数将含DNA组合物的所述文库分类到箱中，其中每个箱包含被确定为共享针对DNA扩增的共同PCR循环计数的所述含DNA组合物的所述文库的不同子集，并且同一箱中的所述含DNA组合物的所述文库的每个不同子集共享不同于文库的其他箱的共同PCR循环计数；指示热循环仪，在同一运行中，针对所述箱中的一者的所述含DNA组合物的所述文库的子集同时以对应共同PCR循环计数对同一箱执行PCR；指示所述热循环仪以对应共同PCR循环计数对附加箱中的每一者执行PCR，使得含DNA组合物的所述多个文库被归一化以生成针对每个文库的扩增的DNA；以及指示测序仪从针对每个文库的所述扩增的DNA针对与所述靶蛋白的结合亲和力来识别候选DNA偶联物。22.根据权利要求21所述的方法，其中所述DNA偶联物包含肽。23.根据权利要求22所述的方法，其中所述肽包括大环肽。24.根据权利要求21所述的方法，其中所述定量信息包含针对定量PCR(qPCR)的循环阈值(Ct)值。25.根据权利要求21所述的方法，其中多个含DNA组合物的每个文库被存储在源板的单独空间中。26.根据权利要求21所述的方法，其中在针对同一箱以对应PCR循环计数执行PCR之后，所述箱中的一者的含DNA组合物的所述文库中的每一者被确定为产生相似量的DNA。27.根据权利要求21所述的方法，其中在以对应PCR循环计数执行PCR之后，每个箱被确定为产生相似量的DNA。
28.根据权利要求21所述的方法，其进一步包括：将每个箱与PCR板相关联，从而在所述PCR板上以对应共同PCR循环计数对同一箱的含DNA组合物执行PCR。29.根据权利要求21所述的方法，其进一步包括生成正向工作列表，所述正向工作列表包含第一列表，所述第一列表对应于每个箱的含DNA组合物，所述含DNA组合物待从源板的原始位置被转移到PCR板中，从而以对应共同PCR循环计数来执行PCR以生成扩增的DNA。30.根据权利要求29所述的方法，其进一步包括生成反向工作列表，所述反向工作列表包含第二列表，所述第二列表对应于所述扩增的DNA，所述扩增的DNA待从所述PCR板被转移回所述源板的所述原始位置。31.根据权利要求21所述的方法，其中附加轮选择包括重复以下步骤：针对与所述靶蛋白的结合亲和力从所述文库中的每一者选择含DNA组合物；以及扩增如此选定的含DNA组合物。32.根据权利要求21所述的方法，其中指示所述测序仪针对与所述靶蛋白的结合亲和力来识别所述候选DNA偶联物包括：指示所述测序仪对所述候选DNA偶联物中的DNA进行测序。33.根据权利要求21所述的方法，其进一步包括在每一轮选择之后生成含DNA组合物的新文库，这包括：对来源地的所述文库中的每一者执行体外转译以产生新肽；以及对所述源板的所述文库中的每一者执行体外逆转录以生成含DNA组合物的新肽文库。34.根据权利要求21所述的方法，其进一步包括对所述文库中的每一者进行定量。35.根据权利要求21所述的方法，其进一步包括：使用定量PCR(qPCR)对所述文库中的每一者进行定量。36.根据权利要求21所述的方法，其进一步包括：生成热图以可视化针对所述文库中的每一者的所述定量信息。37.一种有形地体现在非暂时性机器可读存储介质中的计算机程序产品，其包含指令，所述指令被配置为使一个或多个数据处理器执行用于在图形用户界面上监测多个文库中的每一者的定量信息以检测靶标结合的方法，所述方法包括：接收用于第一轮选择的针对含DNA组合物的多个文库中的每一者的定量信息，其中所述文库中的每一者包含DNA偶联物，并且其中所述第一轮选择使得基于与靶蛋白的结合亲和力而选择所述DNA偶联物；使用所述定量信息来确定特定于所述文库中的每一者的聚合酶链式反应(“PCR”)循环计数，其中在以对应PCR循环计数执行PCR之后，所述文库中的每一者的含DNA组合物被确定为产生相关联的预先设定量的DNA；使用如此确定的PCR循环计数将含DNA组合物的所述文库分类到箱中，其中每个箱包含被确定为共享共同PCR循环计数的所述含DNA组合物的所述文库的不同子集，并且同一箱中的所述含DNA组合物的所述文库的每个不同子集共享不同于文库的其他箱的共同PCR循环计数；指示热循环仪在同一运行中，针对所述箱中的一者的所述含DNA组合物同时以对应共同PCR循环计数对同一箱执行PCR，以生成扩增的含DNA组合物；以及从所述扩增的含DNA组合物中，针对与所述靶蛋白的结合亲和力来识别候选DNA偶联
物。38.一种系统，其包括：数据存储装置，所述数据存储装置被配置为存储数据集，所述数据集包含用于每一轮选择的含DNA组合物的多个文库中的每一者的定量信息，其中含DNA组合物的所述文库中的每一者包含DNA偶联物，并且其中每一轮选择使得基于与靶蛋白的结合亲和力而选择所述DNA偶联物；一个或多个数据处理器；以及计算装置，所述计算装置通信地连接到所述数据存储装置并被配置为接收所述数据集，所述计算装置包括包含指令的非暂时性计算机可读存储介质，所述指令当在所述一个或多个数据处理器上被执行时，使所述一个或多个数据处理器执行用于针对与靶蛋白的结合亲和力来识别候选DNA偶联物的方法，所述方法包括：使用所述定量信息来确定特定于所述文库中的每一者的聚合酶链式反应(“PCR”)循环计数，其中在以对应PCR循环计数执行PCR之后，所述文库中的每一者的含DNA组合物被确定为产生相关联的预先设定量的DNA；以及使用如此确定的PCR循环计数将含DNA组合物的所述文库分类到箱中，其中每个箱包含被确定为共享共同PCR循环计数的所述含DNA组合物的所述文库的不同子集，并且其中同一箱中的所述含DNA组合物的所述文库的每个子集共享不同于文库的其他箱的共同PCR循环计数；以及指示热循环仪在同一运行中，针对所述箱中的一者的含DNA组合物同时以对应共同PCR循环计数对同一箱执行PCR，以生成扩增的含DNA组合物；以及从所述扩增的含DNA组合物中，针对与所述靶蛋白的结合亲和力来识别候选DNA偶联物。39.根据权利要求38所述的系统，其中所述系统进一步包括热循环...

【专利技术属性】
技术研发人员：C，
申请(专利权)人：基因泰克公司，
类型：发明
国别省市：