一种基于基因分型鉴定滩羊的方法技术

本发明专利技术公开了一种基于基因分型鉴定滩羊的方法。本发明专利技术方法包括：检测待测羊的基因组中特定SNP位点组合中各SNP位点处的核苷酸，确定所述待测羊对应于所述特定SNP位点组合的基因型；然后按照如下确定所述待测羊是否为滩羊：如果所述待测羊对应于所述特定SNP位点组合的基因型符合滩羊标准基因型，则所述待测羊为或候选为滩羊；如果所述待测羊对应于所述特定SNP位点组合的基因型符合非滩羊标准基因型，则所述待测羊为或候选为非滩羊。本发明专利技术成功获得用于鉴定滩羊与非滩羊的SNP位点组合，为今后滩羊的鉴定、保种、以及遗传育种提供支撑。撑。

【技术实现步骤摘要】
一种基于基因分型鉴定滩羊的方法
[0001]本申请是申请号为201810409670.7、申请日为2018年5月2日、专利技术创造名称为“一种基于基因分型鉴定滩羊与非滩羊的方法”的分案申请


[0002]本专利技术涉及生物
，具体涉及一种基于基因分型鉴定滩羊的方法。

技术介绍

[0003]滩羊是宁夏重要的畜牧资源，年出栏量达600万头，因其特有的风味和肉质深受市场推崇，是宁夏的重要优势品牌。然而，由于最近出现的滩羊和其他羊类品种的杂交后代冒充滩羊销售，对滩羊品牌造成了巨大损害。为稳定滩羊品质，重树滩羊品牌形象，将滩羊打造成为全国驰名品牌，我们通过对滩羊与非滩羊的鉴定，为今后滩羊的鉴保种以及遗传育种奠定基础。
[0004]近年来随着分子生物学的发展，基因检测技术在生物物种鉴定中也取得了长足的进展。基因检测技术以其几乎可以对所有的生物类材料进行鉴定而被广泛应用于动植物物种鉴定。基因检测技术鉴定动植物物种是物种识别中发展最快、准确率最高的技术手段。
[0005]全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行全基因组范围的测序，随着测序成本降低和已知基因组序列的物种增多，重测序已经成为动植物育种研究中最为有效的方法之一。Sequenom SNP分型技术通过引物延伸反应原理进行，将灵敏的PCR扩增和可靠的MALDI
‑
TOF质谱技术相结合，实现基因分型检测，此技术特别适合对全基因组研究发现的结果进行验证。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的是提供一种基于基因分型鉴定滩羊的方法。
[0007]第一方面，本专利技术要求保护一种基于基因分型鉴定滩羊与非滩羊的方法。
[0008]本专利技术所提供的基于基因分型鉴定滩羊与非滩羊的方法，可为如下任一种：
[0009]第一种，基于11组SNP位点组合进行鉴定的方法。该方法具体可包括如下步骤：检测待测羊的基因组中11组SNP位点组合中各SNP位点处的核苷酸，确定所述待测羊对应于所述11组SNP位点组合的11个基因型；然后按照如下确定所述待测羊是否为滩羊：如果所述待测羊对应于所述11组SNP位点组合的11个基因型均符合相应组SNP位点组合的滩羊标准基因型，则所述待测羊为或候选为滩羊；如果所述待测羊对应于所述11组SNP位点组合的11个基因型均符合相应组SNP位点组合的非滩羊标准基因型，则所述待测羊为或候选为非滩羊。
[0010]所述11组SNP位点组合为如下(a1)
‑
(a11)；(a1)
‑
(a11)所示的11组SNP位点组合所对应的非滩羊标准基因型和滩羊标准基因型依次分别为(b1)
‑
(b11)。即(a1)所示的SNP位点组合所对应的非滩羊标准基因型和滩羊标准基因型为(b1)；(a2)所示的SNP位点组合所对应的非滩羊标准基因型和滩羊标准基因型为(b2)；
……
(a11)所示的SNP位点组合所对应的非滩羊标准基因型和滩羊标准基因型为(b11)。
[0011](a1)含有5个SNP位点，分别为CM001598.2:69009397、CM001602.2:49927473、CM001603.2:38707088、CM001603.2:46619514和CM001606.2:34435705；
[0012](a2)含有5个SNP位点，分别为CM001582.2:86006851、CM001598.2:69009397、CM001600.2:45516740、CM001601.2:47737780和CM001603.2:46619514；
[0013](a3)含有5个SNP位点，分别为CM001582.2:86006851、CM001583.2:42344562、CM001584.2:11650210、CM001584.2:12200323和CM001588.2:9423474；
[0014](a4)含有5个SNP位点，分别为CM001592.2:57058734、CM001595.2:48968164、CM001598.2:69009397、CM001601.2:47737780和CM001603.2:38707088；
[0015](a5)含有5个SNP位点，分别为CM001585.2:30868868、CM001589.2:75561002、CM001590.2:56924859、CM001598.2:69009397和CM001606.2:34435705；
[0016](a6)含有5个SNP位点，分别为CM001585.2:30868868、CM001588.2:84941340、CM001598.2:45312379、CM001598.2:69009397和CM001603.2:46619514；
[0017](a7)含有5个SNP位点，分别为CM001585.2:30868868、CM001588.2:84941340、CM001594.2:45477903、CM001594.2:80961940和CM001603.2:38707088；
[0018](a8)含有5个SNP位点，分别为CM001585.2:30868868、CM001588.2:84941340、CM001593.2:1397868、CM001595.2:14087769和CM001602.2:49927473；
[0019](a9)含有5个SNP位点，分别为CM001585.2:30868868、CM001588.2:84941340、CM001592.2:34421625、CM001592.2:53664048和CM001595.2:48968164；
[0020](a10)含有5个SNP位点，分别为CM001584.2:79082958、CM001584.2:157466635、CM001601.2:47737780、CM001602.2:49927473和CM001603.2:38707088；
[0021](a11)含有5个SNP位点，分别为CM001584.2:79082958、CM001585.2:5250467、CM001588.2:84941340、CM001595.2:43390933和CM001595.2:48968164；
[0022]所述11组SNP位点组合中的各SNP位点的物理位置是基于滩羊全基因组标准序列比对确定的，所述滩羊全基因组标准序列的版本号为Ovis.Aries V4.0；共29个SNP位点，具体如下：
[0023]CM001582.2:86006851位于1号染色体上第86006851位，其脱氧核苷酸为G或T；
[0024]CM001583.2:42344562位于2号染色体上第42344562位，其脱氧核苷酸为T或C；
[0025]CM001584.2:11650210位于3号染色体上第11650210位，其脱氧核苷酸为T或C；
[00本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于基因分型鉴定滩羊与非滩羊的方法，包括如下步骤：检测待测羊的基因组中如下(a5)所示的SNP位点组合中各SNP位点处的核苷酸，确定所述待测羊的基因型；然后按照如下确定所述待测羊是否为滩羊：如果所述待测羊的基因型符合如下(b5)中的滩羊标准基因型，则所述待测羊为或候选为滩羊；如果所述待测羊的基因型符合如下(b5)中的非滩羊标准基因型，则所述待测羊为或候选为非滩羊；(a5)含有5个SNP位点，分别为CM001585.2:30868868、CM001589.2:75561002、CM001590.2:56924859、CM001598.2:69009397和CM001606.2:34435705；其中，各SNP位点的物理位置是基于滩羊全基因组标准序列比对确定的，所述滩羊全基因组标准序列的版本号为Ovis.Aries V4.0；CM001585.2:30868868位于4号染色体上第30868868位，其脱氧核苷酸为T或C；CM001589.2:75561002位于8号染色体上第75561002位，其脱氧核苷酸为C或G；CM001590.2:56924859位于9号染色体上第56924859位，其脱氧核苷酸为A或G；CM001598.2:69009397位于17号染色体上第69009397位，其脱氧核苷酸为A或C；CM001606.2:34435705位于25号染色体上第34435705位，其脱氧核苷酸为C或G；(b5)非滩羊标准基因型为如下任一：CC_GG_AA_CC_CG；CC_GG_GA_AC_GG；CC_GG_GA_CC_GG；CC_CC_GA_CC_CG；CC_CC_AA_CC_GG；TC_GG_GG_AC_GG；CC_CG_GG_CC_CG；CC_CG_GA_CC_GG；TC_CG_GA_AC_CG；CC_CG_GA_CC_CG；TC_CG_GA_AC_GG；CC_CG_GG_CC_GG；TC_CG_AA_CC_GG；CC_CG_AA_CC_GG；CC_GG_GG_CC_GG；CC_GG_GA_AC_CG；TC_GG_GG_CC_GG；TC_GG_GG_CC_CG；TC_GG_GA_CC_CG；TC_CG_GG_CC_CG；TC_GG_GA_CC_GG；滩羊标准基因型为如下任一：TC_CG_GA_AC_CC；TC_CC_GA_CC_CG；TT_CG_AA_AA_CG；CC_CC_AA_CC_CC；TT_CG_GA_AC_CG；TC_CC_GA_AC_CG；TT_CC_AA_CC_CC；TC_CG_AA_CC_CG；TC_CG_GA_CC_CG；TC_GG_GA_AC_GG；CC_C...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘继强，马青，蒋琳，马月辉，马丽娜，
申请(专利权)人：宁夏农林科学院动物科学研究所中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：