一种与长白猪眼肌面积及瘦肉率性状相关的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术属于猪分子标记技术领域，具体公开了一种与猪眼肌面积及瘦肉率性状相关的SNP分子标记。本发明专利技术采集的1172头长白猪DNA通过porcine 80k SNP高密度功能位点芯片进行基因分型，利用全基因组关联分析筛选出与猪眼肌面积及瘦肉率性状显著相关的SNP，该SNP分子标记位于2号染色体，相对参考基因组的位置为1438391，多态性位点为C或T，当该标记为C时，有利于猪拥有更高的瘦肉率和更大的眼肌面积。利于猪拥有更高的瘦肉率和更大的眼肌面积。

【技术实现步骤摘要】
Efficiency in a Duroc Pig Population.Front Genet.2018Jun 19；9:220.)。本专利技术通过采集来自中粮家佳康某种猪场的长白猪耳组织样，提取DNA后进行质检，再通过建库以及和探针进行杂交，利用porcine 80k SNP高密度功能位点芯片进行基因分型得到基因型数据库，结合其表型测定数据，使用R语言的MVP包，采用MLM模型，筛选出与长白猪眼肌面积及瘦肉率相关的主效基因及功能突变位点(SNP)，为长白猪眼肌面积及瘦肉率的辅助选择和预测改良提供了新的分子标记，对于猪的辅助筛选具有重要意义。

技术实现思路

[0004]本专利技术采集的1172头长白猪DNA通过porcine 80k SNP高密度功能位点芯片进行基因分型，进一步使用全基因组关联分析(GWAS)筛选出与猪眼肌面积及瘦肉率性状显著相关的SNP，为长白猪眼肌面积及瘦肉率性状的选择提供新的分子标记。
[0005]为了实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：
[0006]通过全基因组关联分析筛选得到与猪眼肌面积及瘦肉率性状显著相关的SNP分子标记，该SNP分子标记位于2号染色体，相对参考基因组的位置为1438391，依据Ensmble数据库猪11.1版本参考基因组得到该SNP上下游200bp的核苷酸序列，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1或2所示，SNP标记位于所述序列的第201位，多态性位点为C或T。
[0007]该分子标记可用于猪眼肌面积及瘦肉率性状的辅助选择和预测，第201位的多态性位点为T时，长白猪拥有较小的眼肌面积和较低的瘦肉率，多态性位点为C时猪拥有较高的瘦肉率和更大的眼肌面积。
附图说明
[0008]图1是本专利技术的总体技术流程。
[0009]图2是全基因组关联分析的曼哈顿图。附图标记说明：研究的是猪眼肌面积及瘦肉率性状，筛选到的SNP标记位于猪第2号染色体(SSC2)上。
[0010]图3是曼哈顿局部图及连锁单倍型块图，红色正方形为本专利技术筛选的分子标记。
[0011]图4是全基因组关联分析的Quantile
‑
quantile plot。研究的是猪眼肌面积(LMA)及瘦肉率(LMP)性状。
[0012]图5是1163头长白猪在本专利技术筛选到的SNP位点的基因分型结果分布图。N为个体数，其中，0/0表示基因型为CC，0/1表示基因型为CT，1/1表示基因型为TT，LMP表示瘦肉率，LMA表示眼肌面积；***表示p<0.001，差异极显著，****表示p<0.0001，差异极显著。
具体实施方式
[0013]本专利技术中的序列和全基因组关联分析结果是基于猪基因组11.1版本的信息。
[0014]实施例1：基因分型检测
[0015](1)通过采集来自中粮家佳康食品有限公司某种猪场1172头长白猪耳样，提取DNA并进行质量检测，利用porcine 80k SNP高密度功能位点芯片进行基因分型得到SNP分型数据。
[0016](2)使用Plink1.9软件将原始数据转换为VCF格式，随后使用该软件对VCF格式文件进行质控：a、maf 1/2N(N为样本数量)：去除最小等位基因频率小于1/2N的SNP位点；b、
geno 0.1：剔除基因型检出率小于90％的SNP位点；c、mind 0.1：剔除基因型缺失率大于10％的个体；d、hwe le
‑
6：剔除哈代温伯格平衡检验P值小于10
‑
6的SNP位点，使用beagle 4.1软件对质控后的芯片数据进行缺失基因型填充，beagle nthreads＝16gt＝./tb.data.DuplicatesRemoved.vcfout＝tb.impute。
[0017](3)对基因型数据进行质检，最终保留了1163个个体和311157个变异位点用于眼肌面积及瘦肉率性状的全基因组关联分析(GWAS)研究。
[0018]实施例2：SNP分子标记与猪眼肌面积及瘦肉率性状的全基因组关联分析
[0019]统计来自中粮家佳康食品有限公司某种猪场1163头长白猪的猪眼肌面积和瘦肉率，眼肌面积及瘦肉率的测量方法如下：使用B超测定猪倒数第3～4肋骨间距背中线5cm且垂直背中线处，背膘厚、眼肌深度以及背最长肌膜的强反射产生的近似椭圆形的背最长肌(眼肌)轮廓的高度和宽度，计算公式为：眼肌面积＝眼肌高(cm)
×
眼肌宽(cm)
×
0.7；瘦肉率与猪只的背膘厚和眼肌深度均呈线性关系，利用测量的背膘厚和眼肌深度由软件KFNetsKing2030计算得到瘦肉率。将眼肌面积和瘦肉率作为表型用于后续GWAS分析。
[0020]采用混合线性模型，利用R语言下的MVP包中的MLM模型进行全基因组关联分析(GWAS)。具体模型如下：y＝Xβ+Zμ+e，其中，y代表个体的表型值，β代表主成分在内的固定效应，μ代表服从分布的随机效应，该分布中G代表由对应个体的SNP计算的亲缘关系矩阵，X和Z代表β和μ的关联矩阵，e代表残差向量。
[0021]根据GWAS的结果将每个SNP位点P值转换为
‑
log(P)，根据显著阈值线计算公式
‑
log(1/SNP数)计算，本专利技术计算得每个SNP位点的
‑
log(P)值大于等于6时表明该SNP与性状之间存在显著关联，并使用R语言的CMplot包绘曼哈顿图和Quantile
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quantile plot图(如图2
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4)。
[0022]本专利技术选取阈值线上相关性信号最强的SNP位点做进一步分析，筛选出分子标记位于2号染色体，与猪的眼肌面积及瘦肉率性状呈极显著相关，该标记基因型与对应表型眼肌面积和瘦肉率的个体数差异见图5，在采用Mann
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Whitney
‑
U单尾检验下，不同基因型的猪群体在眼肌面积(p＝1.838E
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11)及瘦肉率(p＝4.859614E
‑
25)性状上存在极显著差异，对于基因型为CT或TT的个体，其眼肌面积及瘦肉率极显著低于CC型个体，因此当该标记为C时，有利于猪拥有更高的瘦肉率和更大的眼肌面积。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.SNP标记在猪眼肌面积及瘦肉率性状选择中的应用，其特征在于，含有SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1或2所示，SNP标记位于所述序列的第201位，多态性位点为C...

【专利技术属性】
技术研发人员：马国剑，谭喜红，言莹，
申请(专利权)人：武汉中粮肉食品有限公司，
类型：发明
国别省市：