动态突变STR位点的检测探针组合及测序分析方法技术

本发明专利技术涉及动态突变类疾病诊断领域，具体涉及动态突变STR位点的检测探针组合及测序分析方法。本发明专利技术公开了检测致病STR位点及潜在致病STR位点的探针组合及检测方法，本发明专利技术利用探针捕获扩增技术与三代长读长测序技术联用，并对STR序列重复次数的计算参数进行了针对性设计，实现了对致病性STR位点的全覆盖式筛查，试验结果表明，筛查结果准确可靠、检测效率高，可同时对多种STR致病位点进行筛查，提升了STR位点的检测效率及大规模筛查的临床可及性，克服传统检测技术目标位点少，成本高，分析不全面的缺陷，为动态突变类疾病STR位点研究提供了便利，具有显著的临床推广应用价值。具有显著的临床推广应用价值。

【技术实现步骤摘要】
动态突变STR位点的检测探针组合及测序分析方法


[0001]本专利技术涉及动态突变类疾病诊断领域，具体涉及动态突变STR位点的检测探针组合及测序分析方法。

技术介绍

[0002]人类基因组包含超过100万个已注释串联重复，目前已经查明超过56个位点的串联重复与扩增与疾病相关。不同STR位点导致的疾病临床表型有很大的相似性，目前尚不能通过临床表现形式直接判断具体的STR致病位点，仍然需要逐个STR位点一一核查，这给此类临床疾病研究带来很大的困扰。
[0003]现有的检测技术通量不足限制了串联重复位点的有效检测。常规Southern杂交技术费时费力，一次只能检测一个位点，通量低，且实验材料有放射性对检验员身体健康不利。常用的毛细管电泳技术，也是一次只能检测一个位点，仅仅检测56个已知位点就需要做56次毛细管电泳实验。假如对多个样本进行56个已知位点进行检测就工作量更大，周期更长。此外，有些STR位点扩张致病阈值极高，比如SCA36，只有重复拷贝数达到650以上时才会导致致病发生，如此高的重复拷贝数超出了毛细管电泳技术准确性范围的上限，因此无本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.探针组合，其满足如下I)～III)所示要求：I)、靶向以下动物来源STR位点：SCA1、SCA2、SCA3、SCA6、SCA7、SCA8、SCA10、SCA12、SCA17、SCA31、SCA36、SCA37、SCA50、CANVAS、DRPLA、FRDA、GDPAG、FAME1、FAME2、FAME3、FAME4、FAME6、FAME7、EPM1A、OPDM1、OPDM2、OPDM3、OPDM4、DM1、DM2、SBMA、FTDALS1、FECD3 HD、HDL1、HDL2、DIP2B、FXS、SPD1、CCHS、CBL、HFG、BPES、XLMR、EIF4A3、TBX1、ZIC3、NIPA1、POLG、THAP11、OPML1、HPE5、AFF2、DBQD2、RUNX2、ARX、HMN、DIP2B；II)、在如I)所示STR位点的上、下游分别延伸3Kb的区域设计；每两个相邻探针所覆盖位点的平均间隔为500bp～2kb；III)、探针长度为50～130bp，GC含量40％～60％、无发夹结构。2.根据权利要求1所述的探针组合，其特征在于，所述STR位点来源为人；每两个相邻探针所覆盖位点的平均间隔为1000bp；所述探针长度为120bp。3.根据权利要求1或2所述的探针组合，其特征在于，包括如下所示1483条序列中的至少一种：chr1:1437017～1437137；chr1:1438571～1438691；chr1:57829425～57829545；chr1:57830517～57830637；chr1:57831425～57831545；chr1:57832425～57832545；chr1:57833629～57833749；chr1:57834466～57834586；chr1:57835480～57835600；chr1:145206532～145206652；chr1:145207288～145207408；chr1:145208311～145208431；chr1:145209962～145210082；chr1:145210288～145210408；chr1:145211300～145211420；chr1:145212288～145212408；chr1:145213274～145213394；chr1:145214286～145214406；chr1:145215290～145215410；chr1:145216288～145216408；chr1:145217288～145217408；chr1:145218909～145219029；chr1:145219293～145219413；chr1:145220689～145220809；chr1:145221288～145221408；chr1:145222318～145222438；chr1:145223625～145223745；chr1:145224470～145224590；chr1:145225356～145225476；chr1:145226285～145226405；chr1:145227211～145227331；chr1:145228288～145228408；chr1:145229159～145229279；chr1:145230409～145230529；chr1:145231373～145231493；chr1:145232288～145232408；chr1:145233325～145233445；chr1:145234335～145234455；chr1:145235288～145235408；chr1:145236288～145236408；chr1:145237288～145237408；chr1:145238344～145238464；chr1:145239591～145239711；chr1:145240288～145240408；chr1:145241317～145241437；chr1:145242272～145242392；chr1:145243288～145243408；chr1:145244250～145244370；chr1:145245889～145246009；chr1:145246316～145246436；chr1:145247260～145247380；chr1:145248519～145248639；chr1:145249596～145249716；chr1:145250288～145250408；chr1:145251391～145251511；chr1:145252319～145252439；chr1:145253288～145253408；chr1:145254301～145254421；chr1:145255810～145255930；chr1:145256210～145256330；chr1:145257372～145257492；chr1:145258288～145258408；chr1:145259291～145259411；chr1:145260288～145260408；chr1:145261344～145261464；chr1:145262288～145262408；chr1:145263288～145263408；
chr1:145264228～145264348；chr1:145265288～145265408；chr1:145266356～145266476；chr1:145267349～145267469；chr1:145268264～145268384；chr1:145269425～145269545；chr1:145270604～145270724；chr1:145271482～145271602；chr1:145272507～145272627；chr1:145273288～145273408；chr1:145274288～145274408；chr1:145275187～145275307；chr1:145277244～145277364；chr1:145278529～145278649；chr1:145279233～145279353；chr1:145280229～145280349；chr1:145281288～145281408；chr1:145282265～145282385；chr1:145283304～145283424；chr1:145284349～145284469；chr1:145285944～145286064；chr10:79823547～79823667；chr10:79825547～79825667；chr10:79826550～79826670；chr10:79827547～79827667；chr10:79828547～79828667；chr11:119073928～119074048；chr11:119074888～119075008；chr11:119075687～119075807；chr11:119076506～119076626；chr11:119077687～119077807；chr11:119078592～119078712；chr11:119079637～119079757；chr12:7042630～7042750；chr12:7043579～7043699；chr12:7044579～7044699；chr12:7045579～7045699；chr12:7046579～7046699；chr12:7047579～7047699；chr12:7048510～7048630；chr12:50895378～50895498；chr12:50896429～50896549；chr12:50897539～50897659；chr12:50898467～50898587；chr12:50899467～50899587；chr12:50900441～50900561；chr12:50901689～50901809；chr12:112034117～112034237；chr12:112034810～112034930；chr12:112035459～112035579；chr12:112036459～112036579；chr12:112037496～112037616；chr12:112038304～112038424；chr12:112039975～112040095；chr12:124015026～124015146；chr12:124015955～124016075；chr12:124016955～124017075；chr12:124017955～124018075；chr12:124018964～124019084；chr12:124020906～124021026；chr13:70710164～70710284；chr13:70711074～70711194；chr13:70712270～70712390；chr13:70713264～70713384；chr13:70714209～70714329；chr13:70715019～70715139；chr13:70716828～70716948；chr13:100634917～100635037；chr13:100635424～100635544；chr13:100636395～100636515；chr13:100637892～100638012；chr13:100638360～100638480；chr13:100639363～100639483；chr13:100640395～100640515；chr14:23787878～23787998；chr14:23788567～23788687；chr14:23789366～23789486；chr14:23790366～23790486；chr14:23791366～23791486；chr14:23792367～23792487；chr14:23793375～23793495；chr14:92534044～92534164；chr14:92535187～92535307；chr14:92536138～92536258；chr14:92537151～92537271；chr14:92538046～92538166；chr14:92539185～92539305；chr14:92540707～92540827；chr15:23083375～23083495；chr15:23084360～23084480；chr15:23085096～23085216；chr15:23086586～23086706；chr15:23087428～23087548；chr15:23088540～23088660；chr15:23089134～23089254；chr15:89873493～89873613；chr15:89874493～89874613；chr15:89875641～89875761；chr15:89876938～89877058；chr15:89877458～89877578；chr15:89878493～89878613；chr15:89879496～89879616；chr16:17561442～17561562；chr16:17562442～17562562；chr16:17563442～17563562；chr16:17564860～17564980；chr16:17565431～17565551；chr16:17566693～17566813；chr16:17567442～17567562；chr16:24621476～24621596；chr16:24622522～24622642；chr16:24623476～24623596；chr16:24624507～
24624627；chr16:24625476～24625596；chr16:24626477～24626597；chr16:24627778～24627898；chr16:66518300～66518420；chr16:66519300～66519420；chr16:66520440～66520560；chr16:66521300～66521420；chr16:66522197～66522317；chr16:66523300～66523420；chr16:66524361～66524481；chr16:66525300～66525420；chr16:66526641～66526761；chr16:66527302～66527422；chr16:87634582～87634702；chr16:87635536～87635656；chr16:87636641～87636761；chr16:87637637～87637757；chr16:87638401～87638521；chr16:87639587～87639707；chr16:87640582～87640702；chr17:43972331～43972451；chr17:43973102～43973222；chr17:43973963～43974083；chr17:78117372～78117492；chr17:78118501～78118621；chr17:78119501～78119621；chr17:78120564～78120684；chr17:78121812～78121932；chr17:78123544～78123664；chr18:53250101～53250221；chr18:53251093～53251213；chr18:53252504～53252624；chr18:53253093～53253213；chr18:53254173～53254293；chr18:53254977～53255097；chr18:53256077～53256197；chr19:14603539～14603659；chr19:14605171～14605291；chr19:14605540～14605660；chr19:14606416～14606536；chr19:14607540～14607660；chr19:14608531～14608651；chr19:14610091～14610211；chr19:46270432～46270552；chr19:46271036～46271156；chr19:46272083～46272203；chr19:46273172～46273292；chr19:46273994～46274114；chr19:46275164～46275284；chr19:46276164～46276284；chr2:96859118～96859238；chr2:96860436～96860556；chr2:96861118～96861238；chr2:96863669～96863789；chr2:96864176～96864296；chr2:96865515～96865635；chr2:176954477～176954597；chr2:176955477～176955597；chr2:176956466～176956586；chr2:176957981～176958101；chr2:176958477～176958597；chr2:176959477～176959597；chr2:176960343～176960463；chr2:191742293～191742413；chr2:191743309～191743429；chr2:191744553～191744673；chr2:191745311～191745431；chr2:191746517～191746637；chr2:191747623～191747743；chr2:191748438～191748558；chr20:2630212～2630332；chr20:2631057～2631177；chr20:2632336～2632456；chr20:2632913～2633033；chr20:2634073～2634193；chr20:2635073～2635193；chr20:2636073～2636193；chr20:4696828～4696948；chr20:4697550～4697670；chr20:4698550～4698670；chr20:4700083～4700203；
chr20:4700603～4700723；chr20:4701550～4701670；chr21:45193012～45193132；chr21:451...

【专利技术属性】
技术研发人员：操振华，潘世让，安冬艳，刘文童，陶庆，李净净，汪德鹏，
申请(专利权)人：武汉希望组医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：