一种快速获得脊椎动物线粒体基因组序列的方法技术

本发明专利技术属于生物技术领域，具体涉及线粒体DNA的基因文库的建立方法和获取线粒体基因组序列的方法。建立文库的方法为：(1)样本总DNA与RNA探针杂交后，捕获靶序列；(2)收集靶序列并进行扩增，获得扩增后的线粒体DNA。扩增后的DNA进行破碎、平末端修复、连接测序接头和索引PCR，构建文库。所获得基因文库进行测序，并对测序后的结果进行组装。本发明专利技术的方案，在构建测序文库之前即对原始的长片段线粒体DNA进行富集，可获得更多线粒体DNA数据，从而提高富集效率，提高线粒体基因组数据量占比和覆盖度，可实现完整组装；同时降低了组装所需的数据量，大大降低测序成本。本发明专利技术无需相应物种参考基因组，可以相对快速、经济地获得各种脊椎动物的线粒体全基因组，为建立脊椎动物环境DNA线粒体基因组数据库提供了可行的技术路线。线。线。

【技术实现步骤摘要】
一种快速获得脊椎动物线粒体基因组序列的方法


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及线粒体DNA的基因文库的建立方法和获取线粒体基因组序列的方法。

技术介绍

[0002]动物线粒体基因序列具有母系遗传、拷贝数多、基因组序列数据量较核基因组小等特点，同时其整体上变异速率较高，但部分基因编码参与极为重要的生命活动而变异相对保守。基于此，动物线粒体基因序列成为了系统发育学与生态学等研究领域的良好工具。比如，目前环境DNA研究常以线粒体基因序列来评估环境中生物的种类和数量。然而不同研究者往往采用不同的线粒体基因标记，例如CO1，12S等基因序列，造成环境DNA数据库难以统一。同时，单个或数个分子标记的分析结果也往往不足以将一个具体生境情况研究透彻，而研究者们基于不同标记所开发的环境DNA采集提取、扩增富集和处理分析手段不尽相同，这又为科学家们选取适用于自身研究的方法设置了门槛，也增加了试错成本。而使用完整的线粒体基因组序列作为环境DNA数据库将解决上述问题。因为单位点线粒体基因或多位点线粒体基因的研究都可以使用线粒体基因组数据库作为参考数据库，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于富集线粒体DNA的RNA探针，其特征在于，其核苷酸含有选自SEQ ID No.1
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No.11中的任意一个或任意多个的序列。2.根据权利要求1所述的RNA探针，其特征在于，其核苷酸序列选自SEQ ID No.1
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No.11中的任意一个或任意多个的序列。3.根据权利要求1或2所述的RNA探针，其特征在于，所述的RNA探针用生物素修饰。4.权利要求1
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3任一项所述的RNA探针在富集脊椎动物线粒体、测定脊椎动物线粒体基因组序列、获取动物线粒体基因组序列或者建立动物环境DNA线粒体基因组数据库中的应用。5.一种建立线粒体基因组文库的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)样本总DNA与权利要求1
‑
3任一项所述的RNA探针杂交后，捕获靶序列；(2)收集靶序列并进行扩增，获得扩增后的线粒体D...

【专利技术属性】
技术研发人员：李晨虹，陈文隽，王颖，刘芊芊，
申请(专利权)人：上海海洋大学，
类型：发明
国别省市：