一种用于捕获样本目标DNA的探针池的设计方法、合成方法、探针池及其应用技术

本发明专利技术属于核酸检测技术领域，具体涉及一种用于捕获样本目标DNA的探针池的设计方法、合成方法、探针池及其应用。本发明专利技术的用于捕获样本目标DNA的探针池的设计方法，包括下述步骤：(1)根据分割长度，以覆瓦形式设计覆盖样本靶基因整个目标区域的多个核酸片段；(2)分别在多个所述核酸片段的两端加入接头，即可设计得到用于捕获样本目标DNA的探针池。本发明专利技术的探针池可以实现DNA含量低和/或易降解样本DNA的富集。的富集。

【技术实现步骤摘要】
一种用于捕获样本目标DNA的探针池的设计方法、合成方法、探针池及其应用


[0001]本专利技术属于核酸检测
，具体涉及一种用于捕获样本目标DNA的探针池的设计方法、合成方法、探针池及其应用。

技术介绍

[0002]一直以来，古生物及疾病样品存在着内源DNA含量低和易污染及样品难获取等问题，这些因素制约了相关研究领域工作的开展。针对疾病相关的病原微生物，首先困扰的问题是样品中病原微生物DNA含量低。随医疗条件和环境的改善，很多传染性疾病已非广泛存在，如麻风、结核、或一些其他烈性疾病。其样本保存条件受年代和环境因素等影响，导致病原体微生物DNA在保存过程中降解或本身含量较低。其次，样品来源少，一般样品来自医院早期保存、博物馆样品、考古样品等，但样品总量偏少。在古生物和动物保护研究领域，一些稀有动物或已灭绝动物的保护工作开展受阻，已灭绝的博物馆标本动物样品，存在保存状态差、易降解；而来源于考古发掘获得的动物样品同样存在相关问题，因此DNA含量低且容易为外源DNA所污染。即使通过高通量测序技术，测序数据仍然很难达到分析需要的覆盖度和深度。所获得的本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
TEbuffer定容；取步骤B1的产物各1μL PCR产物进行qPCR和浓度及质量检测，1μL产物采用1∶50比例TE buffer稀释，1μL用做qPCR模板，采用两步扩增法，25μL反应体系，其中12.5μL Maxima SYBR Green qPCR Master Mix 2X，no ROXbuffer，200nM引物APL5和APL6
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adj；反应条件：95℃预变性15min，95℃变性15s，60℃退火20s，45个循环；取1μL产物检测片段长度是否为94bp、产物浓度是否合格。8.根据权利要求6所述的用于捕获样本目标DNA的探针池的合成方法，其特征在于，步骤B3具体为：5μL经步骤B2纯化所得的纯化产物用于第二轮扩增，100μL反应体系中，Herculase II Fusion DNA polymerase 1μL，1
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Herculase II reaction buffer 60μL，250μM each dNTP，400nM引物APL5和APL4
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adj，去核酸酶水补足100μL；反应条件：95℃预变性2min，95℃变性30s，60℃...

【专利技术属性】
技术研发人员：付巧妹，曹鹏，刘逸宸，平婉菁，戴情燕，杨若薇，刘峰，
申请(专利权)人：中国科学院古脊椎动物与古人类研究所，
类型：发明
国别省市：