一种全基因组羟甲基化捕获测序的文库构建方法技术

本发明专利技术公开了一种全基因组羟甲基化捕获测序的文库构建方法，涉及基因组学、表观遗传学和分子生物学技术领域。捕获处理包括：将糖基化标记的生物样品进行点击化学反应，经进行片段化处理、纯化，然后进行捕获和捕获后清洗。该方法具有低假阳性率、高可信度、高捕获率的技术优势。该方法能为科研院校和临床研究提供更真实的预测结果，减少试错次数，提升工作效率，加快研究步伐。加快研究步伐。加快研究步伐。

【技术实现步骤摘要】
一种全基因组羟甲基化捕获测序的文库构建方法


[0001]本专利技术涉及基因组学、表观遗传学和分子生物学
，具体而言，涉及一种全基因组羟甲基化捕获测序的文库构建方法。

技术介绍

[0002]表观遗传学修饰是指非基因序列改变导致的基因表达水平的变化，包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA和基因组印迹等。这些表观遗传学改变通过开放或关闭某些特定基因，在胚胎发育、细胞分化、组织特异性蛋白表达、维持基因组完整性和染色体稳定性等方面发挥重要作用。
[0003]其中，DNA羟甲基化修饰(5
‑
hydroxymethylcytosine，5hmC)作为表观遗传学的重要组成，是在DNA甲基化改变的基础上，在胞嘧啶第五位碳原子的甲基基团上增加一个羟基生成5hmC而完成DNA的去甲基化过程。2009年，Rao和Heintz分别报道在不同类型的细胞和组织中5hmC修饰水平存在显著差异，其中在人、小鼠大脑及胚胎干细胞中表达丰富，它可能通过影响染色质结构和局部转录活性而参与基因调控。5hmC在肺癌、脑癌、肝癌、肾癌、皮肤癌、前列腺癌、乳本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.对用于构建羟甲基化测序文库的生物样品进行捕获处理方法，其特征在于，其包括：将糖基化标记的生物样品进行点击化学反应，经进行片段化处理、纯化，然后进行捕获和捕获后清洗。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述生物样品为基因组DNA；优选地，所述基因组DNA的初始上样量为1ng
‑
200ng；优选地，所述基因组DNA的初始上样量为50
‑
200ng。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述点击化学反应是指将糖基化标记的生物样品与DBCO
‑
PEG4
‑
Biotin或DBCO
‑
PEG3
‑
S
‑
S
‑
Biotin按照20
‑
30:1的体积比混合孵育；优选地，所述混合孵育条件是37℃
±
1℃孵育1
‑
2h。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述糖基化标记包括将生物样品与标记缓冲液、糖基转移酶混合孵育；优选地，所述糖基转移酶选自如下糖基转移酶中的至少一种：半乳糖基转移酶、葡糖基转移酶、唾液酰转移酶、N
‑
乙酰葡糖胺转移酶和岩藻糖基转移酶；优选地，所述糖基转移酶选自以下中的至少一种：β
‑
1,3
‑
N
‑
乙酰葡糖胺转移酶、β
‑
1,3
‑
半乳糖基转移酶、β
‑
1,4
‑
半乳糖基转移酶、β
‑
1,6
‑
半乳糖基转移酶、β
‑
葡糖基转移酶、α
‑
2,3
‑
唾液酰转移酶、α
‑
2,6
‑
唾液酰转移酶、α
‑
1,2
‑
岩藻糖基转移酶、T4噬菌体β
‑
葡糖基转移酶(T4
‑
βGT)、UDP
‑
葡萄糖醛酸转移酶和α
‑
1,3
‑
岩藻糖基转移酶；优选地，所述糖基转移酶选自T4噬菌体β
‑
葡糖基转移酶；优选地，所述标记缓冲液选自HEPES，优选地，所述标记缓冲液的终浓度为0.5
‑
1M；优选地，所述混合孵育时，还在混合液中添加有氯化镁，所述氯化镁的终浓度为0.5
‑
1M。5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述片段化处理是指通过超声打断仪进行片段化；优选地，所述片段化的时间为15
‑
38min；优选地，所述片段化的时间为38min，优选地，所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈清，薛添香，张杰，孙银狐，李志文，
申请(专利权)人：生工生物工程上海股份有限公司，
类型：发明
国别省市：