一种用于构建荔枝SNP指纹图谱的SNP位点组合、应用及鉴定方法技术

本发明专利技术提供一种用于构建荔枝SNP指纹图谱的SNP位点组合、应用及鉴定方法。所述SNP位点包括位于染色体Chr1～Chr15上的100个SNP位点。本发明专利技术提供的SNP位点组合，可用于构建荔枝SNP指纹图谱和荔枝品种的快速鉴定。本发明专利技术提供了专属于不同荔枝品种的全新的身份信息，可有效辨别个体真实性，追溯个体来源，在荔枝种质资源分类鉴定、分子辅助育种等方面具有良好的应用前景。的应用前景。

【技术实现步骤摘要】
一种用于构建荔枝SNP指纹图谱的SNP位点组合、应用及鉴定方法


[0001]本专利技术涉及分子生物学
，特别涉及一种用于构建荔枝SNP指纹图谱的SNP位点组合、应用及鉴定方法。

技术介绍

[0002]荔枝(Litchi chinensis Sonn)，是无患子科、荔枝属常绿乔木，喜光向阳，广泛种植于广东、福建、海南等地区，品种繁多，具有极高的经济价值。荔枝开花因品种而异，早熟种早，迟熟种迟，有雌雄蕊异属性，但不同品种开花顺序、次数不同。荔枝原产于我国，历史悠久，其在我国的栽培和食用历史可以追溯到两千多年前的汉代。我国重视对种质资源的收集和保存，曾多次对荔枝种质资源进行详细记录和复查。近年来也发现了许多地方优质品种与国外品种。但同时繁多的品种和复杂的遗传背景，给荔枝品种鉴定带来了巨大的挑战。
[0003]DNA指纹图谱技术是基于DNA分子标记建立的能够用于种质资源分类鉴定的一种现代手段。构建植物品种DNA指纹图谱，可以克服单纯依据形态特征鉴定品种的局限性，这对于开展种质资源精准鉴定与基因发掘工作十分重要。DNA指纹图谱技术在品种资源多样性和品种鉴定研究中被广泛应用，但在荔枝上鲜有相关报道。且目前已有的品种鉴定标准大多是基于SSR、RAPD、RFLP标记，罕见基于SNP分子标记构建指纹图谱实现荔枝品种鉴定的方法。

技术实现思路

[0004]鉴于现有技术的不足，本专利技术的目的是提供一种用于构建荔枝DNA指纹图谱的SNP位点组合及其应用。以多个荔枝样本为研究对象，分析得到100个核心SNP位点信息，利用这些SNP位点信息构建出属于每个荔枝样本的指纹图谱。所构建的指纹图谱可用于荔枝种质资源分类鉴定以及育种等方面。
[0005]本专利技术的技术方案是这样实现的：
[0006]一种用于构建荔枝SNP指纹图谱的SNP位点组合，所述SNP位点包括：
[0007]第1位点，其位于1号染色体第545481bp处，变异类型为A/G；
[0008]第2位点，其位于1号染色体第687612bp处，变异类型为C/T；
[0009]第3位点，其位于1号染色体第2201119bp处，变异类型为A/T；
[0010]第4位点，其位于1号染色体第2201311bp处，变异类型为C/T；
[0011]第5位点，其位于1号染色体第2495548bp处，变异类型为A/G；第6位点，其位于1号染色体第6266484bp处，变异类型为T/C；第7位点，其位于1号染色体第9406000bp处，变异类型为C/T；第8位点，其位于1号染色体第12773035bp处，变异类型为A/G；第9位点，其位于1号染色体第44528637bp处，变异类型为C/T；第10位点，其位于1号染色体第45741119bp处，变异类型为A/G；第11位点，其位于1号染色体第46482639bp处，变异类型为T/G；第12位点，其
位于1号染色体第47886198bp处，变异类型为T/C；第13位点，其位于2号染色体第2047845bp处，变异类型为G/A；第14位点，其位于2号染色体第2873495bp处，变异类型为A/G；第15位点，其位于2号染色体第3050057bp处，变异类型为C/T；第16位点，其位于2号染色体第3205244bp处，变异类型为G/A；第17位点，其位于2号染色体第3986010bp处，变异类型为C/T；第18位点，其位于2号染色体第9401342bp处，变异类型为G/C；第19位点，其位于2号染色体第14701915bp处，变异类型为A/T；第20位点，其位于2号染色体第14940219bp处，变异类型为C/A；第21位点，其位于2号染色体第18937247bp处，变异类型为G/C；第22位点，其位于2号染色体第19303257bp处，变异类型为G/A；第23位点，其位于2号染色体第19347507bp处，变异类型为G/A；第24位点，其位于2号染色体第24366194bp处，变异类型为T/C；第25位点，其位于2号染色体第27981666bp处，变异类型为T/C；第26位点，其位于2号染色体第39547698bp处，变异类型为C/A；第27位点，其位于2号染色体第46412613bp处，变异类型为A/G；第28位点，其位于3号染色体第13547391bp处，变异类型为A/G；第29位点，其位于3号染色体第23978208bp处，变异类型为T/C；第30位点，其位于3号染色体第27623748bp处，变异类型为C/T；第31位点，其位于3号染色体第32372734bp处，变异类型为C/T；第32位点，其位于3号染色体第32436153bp处，变异类型为G/C；第33位点，其位于3号染色体第37534278bp处，变异类型为G/A；第34位点，其位于3号染色体第40178822bp处，变异类型为C/T；第35位点，其位于4号染色体第10505266bp处，变异类型为T/A；第36位点，其位于4号染色体第21145172bp处，变异类型为A/G；第37位点，其位于4号染色体第22032464bp处，变异类型为T/C；第38位点，其位于4号染色体第24433528bp处，变异类型为C/T；第39位点，其位于4号染色体第25040719bp处，变异类型为G/C；第40位点，其位于4号染色体第33938135bp处，变异类型为T/G；第41位点，其位于4号染色体第35429916bp处，变异类型为T/C；第42位点，其位于4号染色体第35600405bp处，变异类型为C/T；第43位点，其位于5号染色体第25309407bp处，变异类型为T/C；第44位点，其位于5号染色体第25468956bp处，变异类型为G/A；第45位点，其位于5号染色体第26595920bp处，变异类型为G/A；第46位点，其位于5号染色体第27277565bp处，变异类型为A/G；第47位点，其位于5号染色体第30837768bp处，变异类型为G/A；第48位点，其位于5号染色体第32711351bp处，变异类型为C/T；第49位点，其位于6号染色体第8633342bp处，变异类型为C/T；第50位点，其位于6号染色体第15134822bp处，变异类型为A/G；第51位点，其位于7号染色体第1604239bp处，变异类型为A/C；第52位点，其位于7号染色体第4649920bp处，变异类型为C/T；第53位点，其位于7号染色体第24674969bp处，变异类型为T/C；第54位点，其位于7号染色体第26670200bp处，变异类型为G/A；第55位点，其位于7号染色体第31254686bp处，变异类型为T/C；第56位点，其位于7号染色体第32244592bp处，变异类型为C/T；第57位点，其位于8号染色体第12035697bp处，变异类型为G/A；第58位点，其位于8号染色体第16737377bp处，变异类型为G/A；第59位点，其位于8号染色体第20142748bp处，变异类型为C/A；第60位点，其位于8号染色体第24131867bp处，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于构建荔枝SNP指纹图谱的SNP位点组合，其特征在于：所述SNP位点包括：第1位点，其位于1号染色体第545481bp处，变异类型为A/G；第2位点，其位于1号染色体第687612bp处，变异类型为C/T；第3位点，其位于1号染色体第2201119bp处，变异类型为A/T；第4位点，其位于1号染色体第2201311bp处，变异类型为C/T；第5位点，其位于1号染色体第2495548bp处，变异类型为A/G；第6位点，其位于1号染色体第6266484bp处，变异类型为T/C；第7位点，其位于1号染色体第9406000bp处，变异类型为C/T；第8位点，其位于1号染色体第12773035bp处，变异类型为A/G；第9位点，其位于1号染色体第44528637bp处，变异类型为C/T；第10位点，其位于1号染色体第45741119bp处，变异类型为A/G；第11位点，其位于1号染色体第46482639bp处，变异类型为T/G；第12位点，其位于1号染色体第47886198bp处，变异类型为T/C；第13位点，其位于2号染色体第2047845bp处，变异类型为G/A；第14位点，其位于2号染色体第2873495bp处，变异类型为A/G；第15位点，其位于2号染色体第3050057bp处，变异类型为C/T；第16位点，其位于2号染色体第3205244bp处，变异类型为G/A；第17位点，其位于2号染色体第3986010bp处，变异类型为C/T；第18位点，其位于2号染色体第9401342bp处，变异类型为G/C；第19位点，其位于2号染色体第14701915bp处，变异类型为A/T；第20位点，其位于2号染色体第14940219bp处，变异类型为C/A；第21位点，其位于2号染色体第18937247bp处，变异类型为G/C；第22位点，其位于2号染色体第19303257bp处，变异类型为G/A；第23位点，其位于2号染色体第19347507bp处，变异类型为G/A；第24位点，其位于2号染色体第24366194bp处，变异类型为T/C；第25位点，其位于2号染色体第27981666bp处，变异类型为T/C；第26位点，其位于2号染色体第39547698bp处，变异类型为C/A；第27位点，其位于2号染色体第46412613bp处，变异类型为A/G；第28位点，其位于3号染色体第13547391bp处，变异类型为A/G；第29位点，其位于3号染色体第23978208bp处，变异类型为T/C；第30位点，其位于3号染色体第27623748bp处，变异类型为C/T；第31位点，其位于3号染色体第32372734bp处，变异类型为C/T；第32位点，其位于3号染色体第32436153bp处，变异类型为G/C；第33位点，其位于3号染色体第37534278bp处，变异类型为G/A；第34位点，其位于3号染色体第40178822bp处，变异类型为C/T；第35位点，其位于4号染色体第10505266bp处，变异类型为T/A；第36位点，其位于4号染色体第21145172bp处，变异类型为A/G；第37位点，其位于4号染色体第22032464bp处，变异类型为T/C；第38位点，其位于4号染色体第24433528bp处，变异类型为C/T；
第39位点，其位于4号染色体第25040719bp处，变异类型为G/C；第40位点，其位于4号染色体第33938135bp处，变异类型为T/G；第41位点，其位于4号染色体第35429916bp处，变异类型为T/C；第42位点，其位于4号染色体第35600405bp处，变异类型为C/T；第43位点，其位于5号染色体第25309407bp处，变异类型为T/C；第44位点，其位于5号染色体第25468956bp处，变异类型为G/A；第45位点，其位于5号染色体第26595920bp处，变异类型为G/A；第46位点，其位于5号染色体第27277565bp处，变异类型为A/G；第47位点，其位于5号染色体第30837768bp处，变异类型为G/A；第48位点，其位于5号染色体第32711351bp处，变异类型为C/T；第49位点，其位于6号染色体第8633342bp处，变异类型为C/T；第50位点，其位于6号染色体第15134822bp处，变异类型为A/G；第51位点，其位于7号染色体第1604239bp处，变异类型为A/C；第52位点，其位于7号染色体第4649920bp处，变异类型为C/T；第53位点，其位于7号染色体第24674969bp处，变异类型为T/C；第54位点，其位于7号染色体第26670200bp处...

【专利技术属性】
技术研发人员：夏志强，田阳阳，邹枚伶，江思容，王文泉，肖建加，
申请(专利权)人：海南大学，
类型：发明
国别省市：