【技术实现步骤摘要】
本专利技术植物生物，特别涉及分子标记vbq2及其应用。
技术介绍
1、水稻(oryza sativa l)是世界上最重要的粮食作物之一，也是我国粮食作物中种植面积最大、单产最高的作物。随着我国经济社会的不断发展，市场对营养、健康、美味的功能性稻米的需求逐渐增加。水稻的营养品质包括蛋白质、脂肪、维生素和微量矿物质元素等。
2、维生素b6有多种存在形式，其中包括吡哆醇(pn)、吡哆醛(pl)、吡哆胺(pm)以及它们的活化形式磷酸吡哆醇(pnp)、磷酸吡哆醛(plp)、磷酸吡哆胺(pmp)，其中plp是140多种细胞酶的辅酶，在生物体内广泛存在并发挥着重要的作用。女性的雌激素代谢也需要维生素b6，因此它对防治某些妇科病大有益处，可有效治疗女性原发性痛经。除了在妇科病方面的应用之外，维生素b6在参与氨基酸代谢过程中与中枢神经递质γ-氨基丁酸的合成有关，具有一定的解毒和解痉的作用，同时，维生素b6可以降低血浆中同型半胱氨酸的水平，常与叶酸联合治疗同型半胱氨酸血症及与之伴随的冠心病、高血压等心脑血管疾病。
3、目前关于维生素b6的研究大多集中在其功能以及代谢过程，关于改善作物中的维生素b6含量方面的研究很少，多是利用转基因的方式，如samreen mohsin等人通过转入pdx-ⅰ基因使小麦中的pdx-ⅰ基因表达增加，进而提高小麦种子中维生素b6含量；deepaksingh bagri等人通过在马铃薯中过表达pdx-ⅱ基因从而使马铃薯块茎中的维生素b6含量增加进而增加其对非生物胁迫的耐受性；nathalie mang
4、分子标记是以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是dna水平遗传多态性的直接的反映。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,snp)是由美国学者lander e于1996年提出的第三代dna分子标记。snp是指同一位点的不同等位基因之间只有个别核苷酸的差异等。snp在生物基因组中分布广泛、数量多、遗传稳定，是物种中不同个体表型变异的主要遗传来源。竞争性等位基因特异性pcr(kompetitive allelespecific pcr，kasp)是一种snp基因分型技术，自面世以来，以其超高的灵活性、准确度和性价比迅速抢占市场，被业内称为“基因分型研究者指尖跳跃的珠链”。kasp是基于引物末端碱基的特异匹配来对snp分型以及检测indels(insertions and deletions，插入和缺失)。kasp包含三个部分：带有目标snp的待测试dna；kasp引物混合物(kasp assay mix)，含有两个不同的带有独特尾巴序列的等位基因特异性竞争正向引物，和一个共用反向引物；kasp主混合物，含有通用fret(荧光共振能量转移)盒、roxtm被动参考染料、taq聚合酶、游离核苷酸和mgcl2。在pcr反应过程中，有一个等位基因特异性引物与目标snp结合并延伸，从而将尾序列连接到新合成的链上进行补充复制。经过多轮的pcr扩增，fam或hex标记的寡核苷酸结合新的补充尾序列，从淬灭基团释放出荧光体，产生荧光信号。序列不断被扩增，荧光信号不断增强，最终到达反应终点，进行数据读取。通过终端荧光读取判断，每孔采用双色荧光检测一个样本的一个位点可能的两种基因型，竞争性等位基因特异性pcr通过两个等位基因特异性正向引物的竞争性结合来实现双等位基因鉴别。如果给定snp的基因型是纯合的，则只会产生两种可能的荧光信号中的一种。如果基因型是杂合的，则会产生混合荧光信号。kasp具有多态性高、标记丰富、成本低、操作简单等优点，已经成为国际上snp检测分析的主流方法之一。
5、分子标记辅助选择是指通过分析与目标基因紧密连锁的分子标记的基因型，借助分子标记对目标性状基因型进行选择。利用分子标记辅助选择技术提高稻米维生素b6含量具有不经过转基因步骤，且操作简便、分型快速、使用灵活、费用低廉的优势，将成为广大育种者不可或缺的辅助育种工具。因此，提供稻米分子标记具有重要的现实意义。
技术实现思路
1、鉴于此，本专利技术提供分子标记vbq2及其应用，完成对调控水稻糙米和精米中吡哆醇含量vbq2位点进行基因分型、预测水稻糙米和精米中吡哆醇含量是否提高。
2、为实现本专利技术目的，本专利技术提供以下技术方案：
3、分子标记vbq2在如下方面中的应用：
4、(i)预测或鉴定水稻吡哆醇含量；和/或
5、(ii)禾本科植物营养品质的改良；所述改良为通过分子标记辅助选择育种提高子代水稻中的吡哆醇含量；
6、所述分子标记vbq2位于水稻基因组版本os-nipponbare-reference-irgsp-1.0的第7号染色体的第6068071位碱基。
7、维生素b6 vbq2 snp位点上下游1kb序列(添加下划线、加粗处为snp位点插入序列)：
8、attataaagtatctaatgtgattatgtgaatattggctatttcaatgtaatttgatatatgaaactgataatcctctgaaactccgtaaggatcaaactaatcaaaatgtatatattttcaaggtggaggaagatatgggcctgattcagtatgcaaggggcatcttcatggatcaacatggcatccacatgaagcctaccctctcacagcactcaacatccaacccagtcacccactgtactcatcagcatccaatccaggttcagatgcaactaggtatcaccagccaaacaaagtttgattattcagatgagctcaatgcagatgaggagaatgatgacacagaagaagagggcatgtcaggttcagacactaacaacactgacactgaaaggaattcaggccagctgcaacttcaaatgcaagaccaactgaacatggtgagcaatgaccaccagacaataccaaataatgcagtttccagtgagctaatgcagtgtgagatgtcagaagtggtaagagatggctgctcaaataatattttagaggatgaaatccaaatgctgatggattgccaaaacagtaattgtcagttaaatttgcaagggccagatgagccttgtcactcttggcattttctctgcgaggagttacaaaatgattaccagccaggtattacatttgagaagataatccttcaaaagcacccttgttccaaaaatatatatttgtactcttcacacaagcactgccattttttttcttttttgcatacatcctcaattcttgcatttctt本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.分子标记VBQ2在如下方面中的应用：
2.如权利要求1所述的应用，其特征在于，所述水稻包括水稻精米或水稻糙米。
3.用于检测权利要求1所述分子标记VBQ2的引物组，其特征在于，所述引物组包括基于KASP技术的引物组(I)或基于普通PCR的引物组(II)；
4.用于检测分子标记VBQ2的引物组在如下方面中的应用：
5.与吡哆醇含量关联的SNP位点的基因型的鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：
6.如权利要求5所述的鉴定方法，其特征在于，所述检测为：
7.如权利要求5所述的鉴定方法，其特征在于，根据所述基因型评价吡哆醇含量的标准如下：
8.高吡哆醇含量水稻品系的选育方法，其特征在于，包括如下步骤：
9.根据权利要求8所述的选育方法，其特征在于，包括以下步骤：
10.根据权利要求9所述的选育方法，其特征在于，所述受体亲本包括VBQ2位点基因型为AA基因型的水稻。
【技术特征摘要】
1.分子标记vbq2在如下方面中的应用：
2.如权利要求1所述的应用，其特征在于，所述水稻包括水稻精米或水稻糙米。
3.用于检测权利要求1所述分子标记vbq2的引物组，其特征在于，所述引物组包括基于kasp技术的引物组(i)或基于普通pcr的引物组(ii)；
4.用于检测分子标记vbq2的引物组在如下方面中的应用：
5.与吡哆醇含量关联的snp位点的基因型的鉴定方法，其特征在于，包括如下步...
【专利技术属性】
技术研发人员：龙湍，曹振锋，罗杰，金成，杨红波，刘贤青，李慧萍，
申请(专利权)人：海南大学，
类型：发明
国别省市：
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