病原体诊断测试制造技术

本文描述了可用于使用PCR和测序来检测和诊断病原体感染的方法。诊断病原体感染的方法。诊断病原体感染的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】病原体诊断测试
相关申请的交叉引用
[0001]本申请要求2020年4月6日提交的美国临时申请序列号63/005,996；2020年8月6日提交的美国临时申请序列号63/062,406；2021年1月12日提交的美国临时申请序列号63/136,449；2021年2月26日提交的美国临时申请序列号63/154,571的权益，所述临时申请以引用的方式整体并入本文。

技术介绍

[0002]专利技术人和申请人期望按照2020年3月31日的Covid开放承诺书(Open Covid Pledge)，将本文所述的某些主题免费许可给推进结束COVID
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19大流行的共同事业的实体。
[0003]病毒性疾病及其爆发已经困扰了人类数千年。鉴定、监测和指导对病毒性疾病的应答的一个重要部分是有效且准确地测试个体的病毒感染的能力。新型冠状病毒SARS
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Cov
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2导致COVID
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19。存在对快速、灵敏且具有成本效益的测试的需求。

技术实现思路

[0004]本文描述了一种诊断病原体本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种检测个体的冠状病毒感染的方法，所述方法包括：(a)提供来自所述个体的生物样品，其中所述生物样品包含冠状病毒合成RNA，其中所述冠状病毒合成RNA的序列与天然存在的冠状病毒核酸序列不同；(b)裂解所述生物样品，从而产生裂解的生物样品；(c)对所述裂解的生物样品进行逆转录反应，以获得裂解的逆转录生物样品；(d)对所述裂解的逆转录生物样品进行扩增反应，以获得扩增的生物样品，其中对所述裂解的逆转录生物样品的所述扩增反应采用对冠状病毒核酸序列具有特异性的冠状病毒引物集进行，其中所述冠状病毒引物集扩增所述冠状病毒核酸序列和所述冠状病毒合成RNA；以及(e)使用下一代测序对所述扩增的生物样品进行测序。2.根据权利要求1所述的方法，其还包括如果检测到来自所述冠状病毒核酸序列的序列读段，则提供针对冠状病毒感染的阳性诊断。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述冠状病毒感染是SARS
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2感染。4.根据权利要求2或3所述的方法，其中如果来自所述冠状病毒核酸序列的所述序列读段与所述冠状病毒核酸RNA的序列读段的比率或其数学等同形式超过约0.1的比率，则提供针对所述冠状病毒感染或SARS
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2感染的所述阳性诊断。5.根据权利要求2至4中任一项所述的方法，其中如果来自所述冠状病毒核酸的所述序列读段和冠状病毒合成RNA的所述序列读段超过约100，则提供针对冠状病毒感染的所述阳性诊断。6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中在进行所述逆转录反应之前未对所述裂解的生物样品进行分离和纯化。7.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中裂解所述生物样品和对所述裂解的生物样品进行所述逆转录反应在同一孔、管或反应容器中发生。8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中裂解所述生物样品包括热裂解。9.根据权利要求8所述的方法，其中所述热裂解包括将所述生物样品加热至至少约50℃的温度。10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中来自所述个体的所述生物样品包含多个冠状病毒合成RNA序列，其中所述多个冠状病毒合成RNA序列包含至少两个不同的合成冠状病毒RNA序列。11.根据权利要求10所述的方法，其中所述多个合成冠状病毒RNA序列包含至少四个不同的合成冠状病毒RNA核酸序列。12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述合成RNA核酸或所述多个合成核酸包含约20％至约30％的量的鸟嘌呤核苷酸、约20％至约30％的量的腺嘌呤核苷酸、约20％至约30％的量的胞嘧啶核苷酸、约20％至约30％的量的尿嘧啶核苷酸。13.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述合成冠状病毒RNA核酸或所述多个合成冠状病毒RNA核酸包含大约等比率的鸟嘌呤：胞嘧啶：腺嘌呤：尿嘧啶。14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述合成冠状病毒RNA核酸或所述多个合成冠状病毒RNA核酸包含合成SARS
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2 RNA核酸或多个合成SARS
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Cov
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2 RNA核酸。
15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中所述方法还包括检测甲型流感病毒感染、乙型流感病毒感染或其组合。16.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中对所述裂解的生物样品的所述扩增反应采用对甲型流感病毒核酸序列具有特异性的甲型流感病毒引物集或对乙型流感病毒核酸序列具有特异性的乙型流感病毒引物集进行。17.根据权利要求16所述的方法，其中对所述甲型流感病毒核酸序列具有特异性的所述甲型流感病毒引物集包含SEQ ID NO:24或25和SEQ ID NO:26，或SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:28中所示的序列。18.根据权利要求16所述的方法，其中对所述乙型流感病毒核酸序列具有特异性的所述乙型流感病毒引物集包含SEQ ID NO:29或30中所示的序列。19.根据权利要求1至18中任一项所述的方法，其中对所述裂解的生物样品的所述扩增反应采用对甲型流感病毒核酸序列具有特异性的甲型流感病毒引物集和对乙型流感病毒核酸序列具有特异性的乙型流感病毒引物集进行。20.根据权利要求1至19中任一项所述的方法，其中来自所述个体的所述生物样品还包含甲型流感病毒合成RNA、乙型流感病毒合成RNA或其组合，其中所述甲型流感病毒合成RNA、所述乙型流感病毒合成RNA或所述其组合与天然存在的甲型流感病毒或乙型流感病毒核酸序列不同。21.根据权利要求1至20中任一项所述的方法，其还包括如果来自甲型流感病毒的序列读段与所述甲型流感病毒合成RNA的序列读段的比率或其数学等同形式超过约0.1的比率，则提供针对甲型流感感染的阳性诊断。22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法，其还包括如果来自甲型流感病毒的序列读段与所述乙型流感病毒合成RNA的序列读段的比率或其数学等同形式超过约0.1的比率，则提供针对乙型流感感染的阳性诊断。23.根据权利要求1至22中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒核酸序列是N1序列、S2序列或其组合。24.根据权利要求1至23中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒核酸序列是SARS
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2 N1序列、SARS
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2 S2序列或其组合。25.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒引物集包含SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14，或SEQ ID NO:18和SEQ ID NO:19中所示的序列。26.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒引物集包含SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:21，或SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23中所示的序列。27.根据权利要求1至26中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒引物集以约50纳摩尔至约250纳摩尔的浓度存在。28.根据权利要求1至26中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒引物集以约100纳摩尔的浓度存在。29.根据权利要求16至28中任一项所述的方法，其中所述甲型流感病毒核酸序列是甲型流感病毒基质序列、甲型流感病毒非结构蛋白1序列、甲型流感病毒血凝素序列、甲型流感病毒神经氨酸酶序列、甲型流感病毒核蛋白序列及其组合。30.根据权利要求16至29中任一项所述的方法，其中所述乙型流感病毒核酸序列是乙
型流感病毒基质序列、乙型流感病毒非结构蛋白1序列、乙型流感病毒血凝素序列、乙型流感病毒神经氨酸酶序列、乙型流感病毒核蛋白序列及其组合。31.根据权利要求1至30中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒引物集、所述甲型流感病毒引物集或所述乙型流感病毒引物集中的任一种或多种包含允许样品复用的一个或多个索引序列。32.根据权利要求1至31中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒合成RNA包含与SEQ ID NO:1至12的任一个中所示的序列中的任一个或多个具有至少约90％同源性的核酸序列。33.根据权利要求32所述的方法，其中所述冠状病毒合成RNA包含与SEQ ID NO:1至12的任一个中所示的序列中的任一个或多个具有至少约90％同源性的多个不同核酸序列。34.根据权利要求20至33中任一项所述的方法，其中所述甲型流感病毒合成RNA包含与SEQ ID NO:31或32的任一个中所示的序列中的任一个或多个具有至少约90％同源性的RNA序列。35.根据权利要求20至34中任一项所述的方法，其中所述乙型流感病毒合成RNA包含与SEQ ID NO:33中所示的序列具有至少约90％同源性的RNA序列。36.根据权利要求1至35中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒合成RNA包含与SEQ ID NO:1至4中所示的四个序列具有至少约90％同源性的多个四个不同核酸序列。37.根据权利要求1至36中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒合成RNA、所述甲型流感病毒合成RNA或所述乙型流感病毒合成RNA以约10个拷贝/反应至约500个拷贝/反应的浓度存在。38.根据权利要求37所述的方法，其中所述冠状病毒合成RNA以约10个拷贝/反应至约500个拷贝/反应的浓度存在。39.根据权利要求1至36中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒合成RNA、所述甲型流感病毒合成RNA或所述乙型流感病毒合成RNA以约200个拷贝/反应的浓度存在。40.根据权利要求39所述的方法，其中所述冠状病毒合成RNA以约200个拷贝/...

【专利技术属性】
技术研发人员：斯里拉姆，
申请(专利权)人：奥科坦特公司，
类型：发明
国别省市：