本申请涉及一种用于筛查食管癌的标志物、核酸产品、试剂盒及其应用，标志物包括VWC2、THBD和FAM19A4中的一种或多种，通过检测上述标志物的甲基化水平诊断食管癌。本申请通过研究发现VWC2、THBD和FAM19A4能够作为生物标志物，对早期食管癌进行高灵敏度、高特异性的筛查诊断。查诊断。查诊断。
【技术实现步骤摘要】
用于筛查食管癌的标志物、核酸产品、试剂盒及其应用
[0001]本申请涉及分子生物
，特别是涉及一种用于筛查食管癌的标志物、核酸产品、试剂盒及其应用。
技术介绍
[0002]食管癌是最常见的恶性肿瘤之一，严重威胁人类的生命和健康。2020年，全球食管癌的新发病例数超过60万。
[0003]食管癌有两种类型，即食管腺癌和食管鳞状细胞癌。食管鳞状细胞癌主要发生在食管的上部和中部。由于食管癌出现明显症状时，大部分已经处于晚期，因而其死亡率高、预后差、五年生存率不到20％。食管癌治疗越早，治疗效果越好。早期发现是决定食管癌生存率的关键因素。目前，上消化道内镜检查是EC最常见也是最普及的检查手段，但是由于其价格昂贵而且有一定的不适性，限制了大规模临床应用。
技术实现思路
[0004]本申请研究发现，VWC2、THBD、FAM19A4基因的甲基化与食管癌极具相关性。基于此，本申请提供一种高灵敏度、高特异性的用于筛查食管癌的标志物、核酸产品、试剂盒及其应用。
[0005]根据本申请的一个方面，提供了一种用于筛查食管癌的标志物，所述标志物包括VWC2、THBD、FAM19A4中的一种或多种，通过检测所述标志物的甲基化水平诊断食管癌。
[0006]在其中一些实施例中，以GRCh38.p14为参考，通过检测以下区域中的一个或多个的甲基化水平筛查食管癌：
[0007]区域1：Chr7：49772138
‑
49774638；
[0008]区域2：Chr20：23047672
‑
23052672；
[0009]区域3：Chr3：68931547
‑
68933547。
[0010]本申请提供了一种上述标志物的甲基化水平的试剂在制备筛查诊断食管癌的产品中的应用。
[0011]本申请还提供了一种用于筛查食管癌的核酸产品，所述核酸产品包括用于检测上述标志物的甲基化水平的引物对。
[0012]在其中一些实施例中，所述核酸产品还包括与所述引物对对应的核酸探针。
[0013]在其中一些实施例中，所述引物对包括以下的一组或多组：
[0014]核苷酸序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的用于检测VWC2基因甲基化水平的第一引物对；
[0015]核苷酸序列如SEQ ID No.4和SEQ ID No.5所示的用于检测THBD基因甲基化水平的第二引物对；及
[0016]核苷酸序列如SEQ ID No.7和SEQ ID No.8所示的用于检测FAM19A4基因甲基化水平的第三引物对。
[0017]在其中一些实施例中，与所述第一引物对对应的检测探针的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示；
[0018]和/或，与所述第二引物对对应的检测探针的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示；
[0019]和/或，与所述第三引物对对应的检测探针的核苷酸序列如SEQ ID No.9所示。
[0020]在其中一些实施例中，还包括内参引物对和与所述内参引物对对应的内参探针。
[0021]在其中一些实施例中，所述内参引物对的核苷酸序列如SEQ ID No.10和SEQ ID No.11所示，所述内参探针的核苷酸序列如SEQ ID No.12所示。
[0022]根据本申请另一方面，提供了一种用于筛查食管癌的试剂盒，包括用于检测上述所述的食管癌的标志物的甲基化水平的试剂。
[0023]在其中一些实施例中，所述试剂通过以下方法中的一种或多种来检测所述标志物的甲基化水平：
[0024]甲基化特异性PCR、亚硫酸氢盐测序法、甲基化特异性高效液相层析法、甲基化特异性微阵列法、全基因组甲基化测序法、直接测序法、甲基化特异性高分辨率溶解曲线法、甲基化敏感性限制性内切酶法和甲基化荧光定量PCR法。
[0025]在其中一些实施例中，所述试剂盒包括核酸提取试剂、甲基化转化试剂、质控试剂、PCR反应试剂和测序试剂中的一种或者多种，以及上述所述的核酸产品。
[0026]本申请通过搜集分析TCGA和GEO数据库中食管癌相关的甲基化数据，经过大量研究筛选出与食管癌极具相关性的基因：VWC2、THBD和FAM19A4，并且经验证，本申请的核酸产品用于筛查食管癌的灵敏度>95％：在155例食管癌患者样本中检出148例；特异性>98％：在230例健康人样本中检出4例。由此，VWC2、THBD和FAM19A4基因能够作为标志物对早期食管癌进行高灵敏度、高特异性地筛查诊断。
附图说明
[0027]图1为本申请实施例3中VWC2基因甲基化PCR反应液体系检测阳性参考品的检测结果；
[0028]图2为本申请实施例3中THBD基因甲基化PCR反应液体系检测阳性参考品的检测结果；
[0029]图3为本申请实施例3中FAM19A4基因甲基化PCR反应液体系检测阳性参考品的检测结果；
[0030]图4为本申请实施例3中VWC2/THBD/FAM19A4基因甲基化PCR反应液体系检测阳性参考品的检测结果。
具体实施方式
[0031]为使本申请的上述目的、特征和优点能够更加明显易懂，对本申请的具体实施方式做详细的说明。在下面的描述中阐述了很多具体细节以便于充分理解本申请。但是本申请能够以很多不同于在此描述的其它方式来实施，本领域技术人员可以在不违背本申请内涵的情况下做类似改进，因此本申请不受下面公开的具体实施例的限制。
[0032]除非另有定义，本文所使用的所有的技术和科学术语与属于本申请的
的技术人员通常理解的含义相同。本文中在本申请的说明书中所使用的术语只是为了描述具
体的实施例的目的，不是旨在于限制本申请。除非另有特别说明，本申请中用到的各种原材料、试剂、仪器和设备等均可通过市场购买得到或者可通过现有方法制备得到。
[0033]甲基化水平指的是一段DNA序列中一个或多个CpG二核苷酸中的胞嘧啶是否发生甲基化、或发生甲基化的频率/比例/百分数，既代表定性的概念，又代表定量的概念。DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。
[0034]循环肿瘤DNA(ctDNA)是患者血液中游离的来自肿瘤细胞的DNA，肿瘤细胞坏死或者凋亡后，细胞中的DNA释放进入循环系统，游离地存在于血液当中。通过检测ctDNA的相关基因甲基化状态，便于获知体内肿瘤组织信息，从而为肿瘤诊断提供依据。
[0035]本申请的专利技术人创造性地提出通过搜集分析TCGA和GEO数据库中食管癌相关的甲基化数据，采用生物信息学方法构建不同甲基化位点的分析模型，筛选出具有应用价值的血浆游离DNA甲基化生物标志物，并通过对临床样本验证进一步筛选出具有高特异性、高灵敏度的甲基化标志物：VWC2、THBD和FAM19A4。另外，经验证发现，相对于单一基因筛查食管本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种用于筛查食管癌的标志物，其特征在于，所述标志物包括VWC2、THBD、FAM19A4中的一种或多种，通过检测所述标志物的甲基化水平筛查食管癌。2.根据权利要求1所述的标志物，其特征在于，以GRCh38.p14为参考，通过检测以下区域中的一个或多个的甲基化水平筛查食管癌：区域1：Chr7：49772138
‑
49774638；区域2：Chr20：23047672
‑
23052672；区域3：Chr3：68931547
‑
68933547。3.检测权利要求1所述标志物的甲基化水平的试剂在制备筛查诊断食管癌的产品中的应用。4.一种用于筛查食管癌的核酸产品，其特征在于，所述核酸产品包括用于检测权利要求1所述标志物的甲基化水平的引物对。5.根据权利要求4所述的核酸产品，其特征在于，所述核酸产品还包括与所述引物对对应的核酸探针。6.根据权利要求4或5所述的核酸产品，其特征在于，所述引物对包括以下的一组或多组：核苷酸序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的用于检测VWC2基因甲基化水平的第一引物对；核苷酸序列如SEQ ID No.4和SEQ ID No.5所示的用于检测THBD基因甲基化水平的第二引物对；及核苷酸序列如SEQ ID No.7和SEQ ID No.8所示的用于检测FAM19A4基因甲基...
【专利技术属性】
技术研发人员：阳卫超，
申请(专利权)人：广州滴纳生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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