用于肝癌患者良性预后预测的基因标志物组合制造技术

本发明专利技术提出了一种用于肝癌患者良性预后预测的基因标志物组合，包括下列基因：GJA4、TPM2、MFGE8、ACTA2、MYL9、CALD1、COL1A1和COL1A2。通过比较肿瘤和正常样本之间细胞成分的变化，发现成纤维细胞亚群C15细胞群和C19细胞群在肝脏肿瘤组织中发生了显著扩增，其中C15细胞群的特异性基因集合可以作为预测肝癌预后的生物标志物，对可用于预后判断的有效生物标志物的开发及肝癌治疗策略的选择具有指导意义。导意义。

【技术实现步骤摘要】
用于肝癌患者良性预后预测的基因标志物组合


[0001]本专利技术涉及生物信息及生物医药领域，具体地，本专利技术涉及用于肝癌患者良性预后预测的基因标志物组合。

技术介绍

[0002]肝癌是临床常见且预后较差的一类恶性肿瘤，除了早期的手术干预，晚期肝癌的治疗手段非常有限，靶向药物的治疗效果也并不令人满意。其中一部分原因是由于肝癌组织具有较高的异质性，除了肿瘤细胞以外，还存在大量的肿瘤微环境细胞参与肿瘤的发生与进展，并且由于微环境组成成分复杂，其对肿瘤细胞的作用机制尚未完全明确。
[0003]近年，随着单细胞测序技术的快速发展，对同一类型细胞进行不同亚群的划分并对其相应的功能进行深入研究成为可能。在单细胞水平对肝脏肿瘤组织和正常肝脏组织的细胞成分进行比对分析，可以明确各类微环境细胞的动态变化及生物学意义，对于指导肝癌的治疗与预后判断具有重要意义。

技术实现思路

[0004]本专利技术旨在至少在一定程度上解决现有技术中存在的技术问题至少之一。
[0005]本专利技术利用生物信息学的方法，专利技术人对Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中的肝脏肿瘤组织与正常肝脏组织的单细胞测序数据进行整合分析，系统比对细胞成分变化、寻找细胞类群的特征性基因、判断特定细胞类群与患者预后的关系，最终为指导肝癌治疗策略和肝癌预后生物标志物的选择提供指导。
[0006]专利技术人通过整合正常肝脏与肝脏肿瘤组织的单细胞测序数据，系统比较肿瘤和正常样本之间细胞成分的变化，发现两个成纤维细胞亚群（C15, C19）在肝脏肿瘤组织中发生了显著扩增（图1），推测其与肿瘤的发生发展密切相关，且C15细胞群尚未有过相关报道，功能不明确。通过进一步分析C15细胞群的基因特征（图2）及其特征性基因集合与患者生存时间的关系，专利技术人认为C15是一群与肝癌患者良性预后相关的细胞，且其特征性基因集合可用于预测肝癌患者生存时间（图3）。
[0007]因此，本专利技术提供了用于肝癌患者预后预测的基因集合，使用该基因集合可以进行预后评价，以及可以反映肝癌良性预后的细胞类群。本专利技术为研究肿瘤微环境与肿瘤发展的关系，以及肝脏肿瘤的治疗策略提供了更多见解，为开发有效的生物标志物提供新的思路。
[0008]为此，在本专利技术的一个方面，本专利技术提出了一组用于预测肝癌预后的生物标志物组合。根据本专利技术的实施例，包括下列全部基因表达的蛋白或mRNA：GJA4、TPM2、MFGE8、ACTA2、MYL9、CALD1、COL1A1和COL1A2。
[0009]在本专利技术的又一个方面，本专利技术提出了一种评估肝癌预后效果的方法。根据本专利技术的实施例，基于前面所述的生物标志物，确定肝癌患者的预后效果。
[0010]在本专利技术的又一个方面，本专利技术提出了检测前面所述的生物标志物的试剂在制备
预测肝癌预后的产品中的用途。
[0011]在本专利技术的又一个方面，本专利技术提出了一种预测肝癌预后的产品。根据本专利技术的实施例，所述产品包括检测前面所述的生物标志物的试剂。
[0012]本专利技术的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本专利技术的实践了解到。
附图说明
[0013]本专利技术的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解，其中：图1是根据本专利技术实施例的在单细胞水平解析得到的各类群细胞的组织来源（正常肝脏组织及肝脏肿瘤组织）占比情况图；图2是根据本专利技术实施例的反映C15细胞群特征的各基因在C15及C19细胞群表达情况的小提琴图；图3是根据本专利技术实施例的Geneset Score在肝癌患者生存期预测的应用。
具体实施方式
[0014]为此，在本专利技术的一个方面，本专利技术提出了一组用于预测肝癌预后的生物标志物组合。根据本专利技术的实施例，所述生物标志物组合包括下列全部基因表达的蛋白或mRNA：GJA4、 TPM2、 MFGE8、ACTA2、MYL9、CALD1、COL1A1和COL1A2。
[0015]在本专利技术的又一个方面，本专利技术提出了一种评估肝癌预后效果的方法。根据本专利技术的实施例，基于前面所述的生物标志物，确定肝癌患者的预后效果。
[0016]根据本专利技术的实施例，上述评估肝癌预后效果的方法还可以进一步包括如下附加技术特征至少之一：根据本专利技术的实施例，基于前面所述的生物标志物，确定肝癌患者的预后效果，是通过如下方式进行的：确定肝癌组织中的GJA4、TPM2、MFGE8、ACTA2、MYL9和CALD1的mRNA表达量的第一和；确定肝癌组织中的COL1A1和COL1A2的mRNA表达量的第二和；通过所述第一和与所述第二和的差，确定得分；其中，所述得分大于110是肝癌患者预后良好的指示。
[0017]根据本专利技术的实施例，所述得分大于113，是肝癌患者预后良好的指示。
[0018]根据本专利技术的具体实施例，所述得分大于113.36570，是肝癌患者预后良好的指示。
[0019]需要说明的是，所述“得分”即为实施例中的“Geneset Score”。得分（Geneset Score）高的患者生存时间更长。
[0020]根据本专利技术的实施例，所述肝癌患者的肝组织中C15细胞群的出现，是肝癌患者预后良好的指示。
[0021]根据本专利技术的实施例，所述预后良好是指患者的5年生存率为55.6%，中位生存时间为6.72年。
[0022]根据本专利技术的实施例，所述mRNA表达量是通过RNA
‑
Seq测序得到的。
[0023]在本专利技术的又一个方面，本专利技术提出了检测前面所述的生物标志物的试剂在制备预测肝癌预后的产品中的用途。
[0024]根据本专利技术的实施例，所述试剂包括扩增GJA4、TPM2、MFGE8、ACTA2、MYL9、CALD1、COL1A1和COL1A2的引物、探针或抗体。
[0025]在本专利技术的又一个方面，本专利技术提出了一种预测肝癌预后的产品。根据本专利技术的实施例，所述产品包括检测前面所述的生物标志物的试剂。
[0026]根据本专利技术的实施例，上述预测肝癌预后的产品还可以进一步包括如下附加技术特征至少之一：根据本专利技术的实施例，所述试剂包括扩增GJA4, TPM2, MFGE8, ACTA2, MYL9, CALD1, COL1A1和COL1A2的引物、探针或抗体。
[0027]根据本专利技术的实施例，所述产品包括芯片、试剂盒。
[0028]根据本专利技术的实施例，所述试剂盒包括qPCR试剂盒、免疫印迹检测试剂盒、免疫层析检测试剂盒、流式细胞分析试剂盒、免疫组化检测试剂盒、ELISA试剂盒和电化学发光检测试剂盒。
[0029]根据本专利技术的实施例，所述试剂盒还包括用于预测肝癌预后的说明书。
[0030]下面将结合实施例对本专利技术的方案进行解释。本领域技术人员将会理解，下面的实施例仅用于说明本专利技术，而不应视为限定本专利技术的范围。实施例中未注明具体技术或条件的，按照本领域内的文献所描述的技术本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一组用于预测肝癌预后的生物标志物组合，其特征在于，包括下列全部基因表达的蛋白或mRNA：GJA4、TPM2、MFGE8、ACTA2、MYL9、CALD1、COL1A1和COL1A2。2.一种评估肝癌预后效果的方法，其特征在于，基于权利要求1所述的生物标志物组合，确定肝癌患者的预后效果。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，基于权利要求1所述的生物标志物组合，确定肝癌患者的预后效果，是通过如下方式进行的：确定肝癌组织中GJA4、TPM2、MFGE8、ACTA2、MYL9和CALD1的mRNA表达量的第一和；确定肝癌组织中COL1A1和COL1A2的mRNA表达量的第二和；通过所述第一和与所述第二和的差，确定得分；其中，所述得分大于110，是肝癌患者预后良好的指示。4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述得分大于113，是肝癌患者预后良好的指示。5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述得分大于113.36570，是肝癌患者预后良好的指示。6.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述预后良好是指患者的5年生存率为55.6%，中位生存时间为6.72年。7.根据权利要求3所...

【专利技术属性】
技术研发人员：王海洋，岳文，习佳飞，周军年，裴雪涛，
申请(专利权)人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院，
类型：发明
国别省市：