本发明专利技术涉及一种预测肿瘤患者二甲双胍辅助治疗获益情况的试剂盒，属于生物医药技术领域。本发明专利技术提供一种定量检测肿瘤组织GREM1，KRT4，CES1，CDC42EP5，SGK2，PDZK1，NDUFA4L2，SLC7A8，FBLN5，ADAM23，POU5F1的RNA表达量的试剂在制备预测肿瘤患者辅助二甲双胍抗癌治疗获益与否的试剂盒的应用。试剂盒中包括计算方法和阳性判断阈值16。据此可有效特异地预测肿瘤患者对辅助二甲双胍治疗的获益与否，并进行了验证，确定本发明专利技术可特异性预测二甲双胍辅助抗癌治疗效果，方法简单、时间短、效率高，为个性化用药和预后判断提供指导作用。性化用药和预后判断提供指导作用。性化用药和预后判断提供指导作用。
【技术实现步骤摘要】
一种预测肿瘤患者二甲双胍辅助治疗获益情况的试剂盒
[0001]本专利技术涉及一种预测肿瘤患者二甲双胍辅助治疗获益情况的试剂盒，属于生物医药
技术介绍
[0002]二甲双胍是一种胰岛素增敏剂的降糖药物，有研究发现其还具有抗肿瘤的生物活性,在肺癌、乳腺癌、食管癌、结肠癌等治疗领域有着巨大潜力，能够抑制肿瘤细胞的增殖、促进凋亡、增强肿瘤对化疗药物的敏感性、并且能逆转部分肿瘤细胞对化疗药物的耐药性，有望为肿瘤患者带来更多新的治疗选择。但是也有几项临床研究(如NRG
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LU001、OCOG
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ALMERA)发现对于局部晚期非小细胞肺腺癌NSCLC患者，在标准化疗的基础上加入二甲双胍并不能提高患者获益。因此，预测是否能从二甲双胍辅助抗肿瘤治疗中获益对于肿瘤患者治疗方案的制定极为重要。目前，二甲双胍抑制肿瘤细胞增殖的具体机制仍未明确，尚无相关基因模型可以预测，肿瘤患者使用二甲双胍辅助抗癌治疗是否可以获益，而及早预测肿瘤患者辅助二甲双胍的获益程度，对于及时采取积极的临床措施、制定个性化治疗方案，提高恶性肿瘤患者生存率都具有重要的价值和意义。
技术实现思路
[0003]本专利技术的目的是为解决如何预测肿瘤患者使用二甲双胍辅助抗癌治疗是否可以获益的技术问题。
[0004]本专利技术提供一种定量检测肿瘤组织GREM1，KRT4，CES1，CDC42EP5，SGK2，PDZK1，NDUFA4L2，SLC7A8，FBLN5，ADAM23，POU5F1的RNA表达量的试剂在制备预测肿瘤患者辅助二甲双胍抗癌治疗获益与否的试剂盒的应用。
[0005]优选地，所述应用中包括RNA表达量的计算采用FPKM计算度量指标，FPKM＝(每条RNA比对到的reads数目)/(样本总比对read数目
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基因的长度)
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106，获得FPKM的值；数据转换为log2(FPKM+1)作为计算score的表达量的值；Score＝1.2798256*GREM1+1.2436650*KRT4+1.0790933*CES1+1.2935231*CDC42EP5+0.9310119*SGK2+0.9080605*PDZK1+0.6875879*NDUFA4L2+1.0743880*SLC7A8+1.2468178*FBLN5+1.0737638*ADAM23+0.8030492*POU5F1；
[0006]上述公式中，GREM1表示基因GREM1的表达量，KRT4，CES1，CDC42EP5，SGK2，PDZK1，NDUFA4L2，SLC7A8，FBLN5，ADAM23，POU5F1也分别表示各自基因的表达量；以log2(FPKM+1)作为基因GREM1表达量的值；当检测样本评分Score≥16时，代表该样本可以获益于二甲双胍辅助治疗；当检测样本评分Score＜16时，代表该样本不可以获益于二甲双胍辅助治疗。
[0007]本专利技术提供一种在上述的应用中用于预测肿瘤患者二甲双胍辅助抗癌治疗效果的方法。
[0008]本专利技术提供一种预测肿瘤患者二甲双胍辅助抗癌治疗效果的试剂盒，所述试剂盒包括上述的应用中的试剂。
[0009]本专利技术提供一种系统，包括数据处理装置和检测GREM1，KRT4，CES1，CDC42EP5，SGK2，PDZK1，NDUFA4L2，SLC7A8，FBLN5，ADAM23，POU5F1的RNA表达量的物质；所述系统包括数据处理装置，数据处理装置包括数据输入模块、数据记录模块、数据比较模块和结论输出模块；所述数据输入模块被配置为输入待测患者组织中基因RNA表达量的数值；所述数据记录模块被配置为存储待测患者组织中基因RNA表达量的数值和判断阈值；所述数据比较模块被配置为接收所述数据输入模块发送的患者组织中基因RNA表达量的数值，并从所述数据记录模块中调用所述判断阈值并与所述患者组织中基因RNA表达量的数值进行比较；所述结论输出模块被配置为接收由所述数据比较模块发送的比较结果，并根据预定判定条件对比较结果进行判定；确定患者是否可以获益于二甲双胍辅助治疗。
[0010]优选地，所述检测RNA表达量的物质为检测GREM1，KRT4，CES1，CDC42EP5，SGK2，PDZK1，NDUFA4L2，SLC7A8，FBLN5，ADAM23，POU5F1表达量的试剂和/或仪器。
[0011]相比现有技术，本专利技术具有如下有益效果：
[0012]通过本专利技术可特异性地预测二甲双胍辅助抗癌治疗效果，方法简单、时间短、效率高，为个性化用药和预后判断提供指导作用。
附图说明
[0013]图1为与二甲双胍辅助抗癌治疗疗效相关的差异表达mRNA；
[0014]图2通过LASSO回归与Logistic回归建立的mRNA预测二甲双胍辅助抗癌治疗疗效模型；
具体实施方式
[0015]为使本专利技术更明显易懂，兹以优选实施例，并配合附图作详细说明如下：
[0016]本专利技术的目的在于提供基于11个基因的肿瘤患者辅助二甲双胍治疗获益情况的预测基因模型，模型涉及11个人类基因的一个或多个基因组合，包含但不限于全部11个基因，所述11个基因为：GREM1，KRT4，CES1，CDC42EP5，SGK2，PDZK1，NDUFA4L2，SLC7A8，FBLN5，ADAM23，POU5F1；
[0017]11个基因的任一个或多个组合被用于制备肿瘤患者辅助二甲双胍治疗获益情况预测试剂盒、构建肿瘤患者辅助二甲双胍治疗获益情况预测方法以及制定恶性肿瘤治疗个性化方案
[0018]本专利技术提供基于基因模型预测肿瘤患者辅助二甲双胍治疗获益情况的方法，方法的主要步骤如下：
[0019](1)对肿瘤样本组织进行RNA抽提；
[0020](2)RNA文库构建：；
[0021](3)簇生成：取RNA文库，开始簇生成；
[0022](4)Illumina Hiseq2000测序，测序结果原始数据转换成Fastq格式；
[0023](5)数据分析：
[0024](5.1)对原始Fastq文件数据去除引物和接头序列，并检验测序片段碱基的质量和长度，筛选质量可靠的测序片段；
[0025](5.2)将测序结果与各个数据库比对过滤，鉴定出结果为：GREM1，KRT4，CES1，
CDC42EP5，SGK2，PDZK1，NDUFA4L2，SLC7A8，FBLN5，ADAM23，POU5F1。
[0026](5.3)根据鉴定的RNA进行表达量统计，RNA表达量计算采用FPKM(Fragments Per Kilobase Million)计算度量指标，FPKM公式＝(每条RNA比对到的reads数目)/(样本总比对read数目
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基因的长度)
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106；
[0027](5.4)获得FPKM的值，并数据转换为log2(FPKM+1)作为后续公式计算score的本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种定量检测肿瘤组织GREM1，KRT4，CES1，CDC42EP5，SGK2，PDZK1，NDUFA4L2，SLC7A8，FBLN5，ADAM23，POU5F1的RNA表达量的试剂在制备预测肿瘤患者辅助二甲双胍抗癌治疗获益与否的试剂盒的应用。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述应用中包括RNA表达量的计算采用FPKM计算度量指标，FPKM＝(每条RNA比对到的reads数目)/(样本总比对read数目
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基因的长度)
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106，获得FPKM的值；数据转换为log2(FPKM+1)作为计算score的表达量的值；Score＝1.2798256*GREM1+1.2436650*KRT4+1.0790933*CES1+1.2935231*CDC42EP5+0.9310119*SGK2+0.9080605*PDZK1+0.6875879*NDUFA4L2+1.0743880*SLC7A8+1.2468178*FBLN5+1.0737638*ADAM23+0.8030492*POU5F1；上述公式中，GREM1表示基因GREM1的表达量，KRT4，CES1，CDC42EP5，SGK2，PDZK1，NDUFA4L2，SLC7A8，FBLN5，ADAM23，POU5F1也分别表示各自基因的表达量；以log2(FPKM+1)作为基因GREM1表达量的值；当检测样本评分Score≥16时，代表该样本可以获益于二甲双胍辅助治疗；当检测样...
【专利技术属性】
技术研发人员：隋启海，詹成，胡正阳，金星，陈振淙，卞赟艺，梁嘉琪，毕国澍，
申请(专利权)人：复旦大学附属中山医院，
类型：发明
国别省市：
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