用于疾病检测的方法和系统技术方案

本文提供了使用对从对象的无细胞生物样品衍生的核酸分子的片段富集或消耗的分析来确定对象患有疾病(例如，癌症)或处于患有疾病(例如，癌症)的风险的方法。癌症)的风险的方法。癌症)的风险的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于疾病检测的方法和系统
交叉引用
[0001]本申请要求于2019年12月20日提交的美国临时申请号62/951,947的权益，该申请通过引用整体并入本文。

技术介绍

[0002]经由非侵入性方法检测个体中的疾病，诸如癌症，允许对个体进行常规的疾病(例如，癌症)筛查，从而在疾病恶化或扩散之前进行早期诊断，从而在个体中获得更好的治疗结果。

技术实现思路

[0003]在一个方面，提供了一种用于识别对象是否患有疾病的方法，包括：(a)提供从对象的无细胞核酸样品衍生的多个核酸分子；(b)使多个核酸分子或其衍生物经受测序以生成对应于多个核酸分子的多个序列；(c)对于可映射到参考基因组或数据库的一个或多个基因座的多个序列的至少子集，识别相对于(ii)来自健康对照的可映射到一个或多个基因座的多个附加序列的至少子集的数目或浓度，(i)多个序列的至少子集的数目或浓度的减少或增加；和(d)在识别出(c)中的减少或增加时，以电子方式输出指示对象患有疾病的报告。在一些情况下，基因座包含针对DNA结合分子或RNA结合分子的结合位点。在一些情况下，DNA结合分子是转录因子。在一些情况下，基因座是DNA酶抗性位点或染色质可接近位点。在一些情况下，测序包括合成测序、杂交测序、纳米孔测序或连接测序。在一些情况下，方法进一步包括，在(b)之前，使多个核酸分子经受核酸扩增以生成多个扩增产物，多个扩增产物被测序以生成多个序列。在一些情况下，方法进一步包括，在(b)之前，使多个核酸分子经受环化以生成多个环化核酸分子。在一些情况下，核酸扩增包括滚环扩增。在一些情况下，核酸扩增通过具有链置换活性的聚合酶进行。在一些情况下，核酸扩增通过不具有链置换活性的聚合酶进行。在一些情况下，核酸扩增包括使多个核酸分子或其衍生物与包含随机引物的扩增反应混合物接触。在一些情况下，核酸扩增包括使多个核酸分子与包含一种或多种引物的扩增反应混合物接触，该一种或多种引物中的每一个与多个核酸分子或其衍生物的不同靶序列杂交。在一些情况下，方法进一步包括，在(b)之前，使多个核酸分子经受富集以产出附加多个核酸分子，该附加多个核酸分子或其衍生物被测序以生成多个序列。在一些情况下，富集是借助于靶向引物或捕获探针进行的。在一些情况下，富集是借助于一种或多种抗体进行的。在一些情况下，多个核酸分子是单链的。在一些情况下，多个核酸分子是双链的。在一些情况下，多个核酸分子包括无细胞脱氧核糖核酸。在一些情况下，多个核酸分子包括无细胞核糖核酸，并且其中多个核酸分子至少部分地使用逆转录生成。在一些情况下，多个核酸分子来自肿瘤。在一些情况下，方法进一步包括监测响应于治疗对象中疾病的进展或消退。在一些情况下，无细胞核酸样品来自体液。在一些情况下，体液是尿液、唾液、血液、血清、血浆、泪液、痰、脑脊液、滑液、黏液、胆汁、精液、淋巴液、羊膜液、月经液或其组合。在一些情况下，方法进一步包括计算机处理多个序列以识别多个序列中的表观遗
传修饰。在一些情况下，表观遗传修饰选自甲基化、磷酸化、遍在蛋白化、苏素化、乙酰化、核糖基化、瓜氨酸化和片段化。在一些情况下，疾病是选自结肠癌、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、乳腺癌、肝细胞癌、肝癌、皮肤癌、恶性黑色素瘤、子宫内膜癌、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、脑癌、白血病、淋巴瘤和骨髓瘤的癌症。在一些情况下，(i)相对于(ii)的减少或增加为至少0.5％。在一些情况下，(i)相对于(ii)的减少或增加为至少1％。在一些情况下，(i)相对于(ii)的减少或增加为至少10％。在一些情况下，多个序列的至少子集和/或多个附加序列的至少子集具有高于或低于阈值的大小。在一些情况下，方法进一步包括，在(d)之前，将多个序列的至少子集映射到基因座。
[0004]在另一方面，提供了一种用于确定对象是否患有疾病的系统，包括：一个或多个数据库，其单独或共同存储(i)对应于从对象的无细胞核酸样品衍生的多个核酸分子的多个序列，和(ii)来自健康对照的多个附加序列；以及一个或多个计算机处理器，其可操作地耦合到一个或多个数据库，其中一个或多个计算机处理器被单独地或共同地编程为(a)对于可映射到参考基因组或数据库的一个或多个基因座的多个序列的至少子集，识别相对于(ii)来自健康对照的可映射到一个或多个基因座的多个附加序列的至少子集的数目或浓度，(i)多个序列的至少子集的数目或浓度的减少或增加，和(b)在识别出(a)中的减少或增加时，以电子方式输出指示对象患有疾病的报告。在一些情况下，基因座包含针对DNA结合分子或RNA结合分子的结合位点。在一些情况下，DNA结合分子是转录因子。在一些情况下，基因座是DNA酶抗性位点或染色质可接近位点。在一些情况下，一个或多个计算机处理器被单独地或共同地编程以监测响应于治疗对象中疾病的进展或消退。在一些情况下，疾病是选自结肠癌、非小细胞肺癌、小细胞肺癌、乳腺癌、肝细胞癌、肝癌、皮肤癌、恶性黑色素瘤、子宫内膜癌、食道癌、胃癌、卵巢癌、胰腺癌、脑癌、白血病、淋巴瘤和骨髓瘤的癌症。在一些情况下，(i)相对于(ii)的减少或增加为至少0.5％。在一些情况下，(i)相对于(ii)的减少或增加为至少1％。在一些情况下，(i)相对于(ii)的减少或增加为至少10％。援引并入
[0005]本说明书中所提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，其程度如同特别地且单独地指出每个单独的出版物、专利或专利申请通过引用而并入。
附图说明
[0006]本专利技术的新颖特征在所附权利要求书中进行了具体阐述。通过参考以下对利用了本专利技术原理的说明性实施方案加以阐述的详细描述及其附图(本文也称为“附图”和“图”)，将会获得对本专利技术的特征和优点的更好的了解，在附图中：
[0007]图1图示了健康样品和不同癌症样品在转录因子结合位点处的蛋白质结合信号的差异。
[0008]图2图示了示例计算机系统。
具体实施方式
[0009]尽管本文已经示出和描述了本专利技术的各种实施方案，但是对于本领域技术人员来说显而易见的是，此类实施方案仅作为示例提供。在不背离本专利技术的情况下，本领域技术人员可以想到许多变化、改变和替换。应当理解，可以采用本文所述的本专利技术实施方案的各种
替代方案。
[0010]如本文所用，术语“约”或“大约”是指在由本领域普通技术人员确定的特定值的可接受误差范围内，这可能部分取决于如何测量或确定该值，即测量系统的局限性。例如，根据本领域的实践，“约”可以表示在1个或大于1个标准偏差内。作为另一个示例，“约”可以表示给定值的最多20％、最多10％、最多5％或最多1％的范围。关于生物系统或过程，术语“约”可以表示在一个数量级之内，诸如在一个值的5倍或2倍之内。在申请和权利要求书中描述了特定值的情况下，除非另有说明，否则术语“约”是指在特定值的可接受误差范围内。
[0011]如本文所用，术语“多核苷酸”、“核苷酸”、“核苷酸序列”、“核酸”和“寡核苷酸”可互换使用，并且通常是指任何长度的核苷酸的聚合形式，无论是脱氧核糖核苷酸(DNA)或核糖核苷酸(RNA)或其类似物。多核本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于识别对象是否患有疾病的方法，包括：(a)提供从所述对象的无细胞核酸样品衍生的多个核酸分子；(b)使所述多个核酸分子或其衍生物经受测序以生成对应于所述多个核酸分子的多个序列；(c)对于可映射到参考基因组或数据库的一个或多个基因座的所述多个序列的至少子集，识别相对于(ii)来自健康对照的可映射到所述一个或多个基因座的多个附加序列的至少子集的数目或浓度(i)所述多个序列的所述至少所述子集的数目或浓度的减少或增加；和(d)在识别出(c)中的所述减少或所述增加时，以电子方式输出指示所述对象患有所述疾病的报告。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述基因座包含针对DNA结合分子或RNA结合分子的结合位点。3.根据权利要求2所述的方法，其中所述DNA结合分子是转录因子。4.根据权利要求1所述的方法，其中所述基因座是DNA酶抗性位点或染色质可接近位点。5.根据权利要求1所述的方法，其中所述测序包括合成测序、杂交测序、纳米孔测序或连接测序。6.根据权利要求1所述的方法，进一步包括，在(b)之前，使所述多个核酸分子经受核酸扩增以生成多个扩增产物，所述多个扩增产物被测序以生成所述多个序列。7.根据权利要求1所述的方法，进一步包括，在(b)之前，使所述多个核酸分子经受环化以生成多个环化核酸分子。8.根据权利要求7所述的方法，其中所述核酸扩增包括滚环扩增。9.根据权利要求7或8所述的方法，其中所述核酸扩增通过具有链置换活性的聚合酶进行。10.根据权利要求7或8所述的方法，其中所述核酸扩增通过不具有链置换活性的聚合酶进行。11.根据权利要求7至10中任一项所述的方法，其中所述核酸扩增包括使所述多个核酸分子或其衍生物与包含随机引物的扩增反应混合物接触。12.根据权利要求7至10中任一项所述的方法，其中所述核酸扩增包括使所述多个核酸分子与包含一种或多种引物的扩增反应混合物接触，所述一种或多种引物中的每一个与所述多个核酸分子或其衍生物的不同靶序列杂交。13.根据权利要求1所述的方法，进一步包括，在(b)之前，使所述多个核酸分子经受富集以产出附加多个核酸分子，所述附加多个核酸分子或其衍生物被测序以生成所述多个序列。14.根据权利要求13所述的方法，其中所述富集是借助于靶向引物或捕获探针进行的。15.根据权利要求13或14所述的方法，其中所述富集是借助于一种或多种抗体进行的。16.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个核酸分子是单链的。17.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个核酸分子是双链的。18.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个核酸分子包括无细胞脱氧核糖核酸。
19.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个核酸分子包括无细胞核糖核酸，并且其中所述多个核酸分子至少部分地使用逆转录生成。20.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个核酸分子来自肿瘤。21.根据权利要求1所述的方法，进一步包括监测响应于治疗，所述对象中所述疾病的进展或消退。22.根据权利要求1所述的方法，其中所述无细胞核酸样品来自体液。23.根据权利要求22所述的方法，其中所述体...

【专利技术属性】
技术研发人员：翁莉，马利克，
申请(专利权)人：安可济控股有限公司，
类型：发明
国别省市：