本发明专利技术公开了梅果皮红色性状相关的SNP分子标记及其应用。本发明专利技术利用重测序数据挖掘出7个高质量、高多态性的SNP分子标记，可用于果皮色泽不同的果梅品种(系)的精准检测，具有广泛的应用普适性；标记为共显性标记，具有特异性、灵敏度和分辨率高等优点；所开发的分子标记不受环境条件影响，能够使用种子或任何类型的植物组织，可以实现抗性的快速鉴定，减少田间测试成本，从而节约育种成本、加快育种进程。从而节约育种成本、加快育种进程。从而节约育种成本、加快育种进程。
【技术实现步骤摘要】
梅果皮红色性状相关的SNP分子标记及其应用
[0001]本专利技术属于分子生物学
，尤其涉及一种与果梅果皮红色性状相关的SNP分子标记组合、特异性引物及其应用。
技术介绍
[0002]果皮色泽是由果面的底色和表色两部分组成，与叶绿素、类胡萝卜素(胡萝卜素、叶黄素和番茄红色等)和类黄酮类色素(黄酮、黄酮醇和花青苷等)的含量及其比例有关。果面底色主要为绿色、黄色和黄绿色，由叶绿素和类胡萝卜的含量和比例决定，果面表色主要为红色、蓝色和紫色，是花青苷等类黄酮物质的合成和积累的结果。果实商品化是以市场经济需求为导向，提高水果经济效益为目标，实现提高果实品质、最大经济和使用价值的过程。果实品质是外在品质和内在品质的综合表现，果实外在品质通常包括果实果形、大小、整齐度、果皮色泽、表面光洁度和光泽、果点等指标，果皮色泽与果皮中花青苷种类和含量密切相关，良好的果皮色泽是优异的果实外观品质，能引起消费者的注意和提高其商品价值。
[0003]花青苷是一类常见的水溶性类黄酮物质，是植物次生代谢
‑
苯丙氨酸代谢途径中类黄酮代谢的分支产物。花青苷是存在于高等植物体的花、果实、叶等诸多器官中的重要次生代谢产物，结构多样并分布广泛。花青苷在细胞质中合成后被运输到液泡中储存，随着细胞液内酸碱度的改变而产生从红色到紫色的颜色变化。花青苷作为一类可食用的天然色素，是食品工业中利用最广泛的食品添加剂之一，经常用于果冻、糖果和果酱等加工品的调色。花青苷是红葡萄酒中的主要呈色物质，也是决定其外观品质光泽的主要因素，还与其他酚类物质共同影响口感等内在品质。其他富含花青苷的水果如蓝莓、桑葚和杨梅等，会被用来深加工成果干(蓝莓干和桑葚干)、果酱(蓝莓酱)、果酒(桑葚酒和杨梅酒)和果汁饮料等食品，丰富人们的日常饮食生活。
[0004]全基因组重测序从基因组水平为构建高密度的遗传连锁图谱、全基因组关联研究分析、数量性状基因座定位提供高通量的分子标记。利用基于WGR开发的SNP标记来识别和验证SNP基因型分析，与传统分子标记的遗传作图相结合，可以快速挖掘到候选基因及其导致表型的SNP位点。SNP标记普遍应用于果树中梨、苹果、葡萄和桃等果树的遗传多样性及数量性状定位等方面，其中关于果实色泽的数量性状定位有不少报道。SNP分子标记较其他的DNA分子标记具有数量大、遗传稳定、易于检测等优点，常用作梨、苹果和葡萄等与果皮色泽相关基因的定位与分子标记辅助育种。SNP分子标记在梅种质资源鉴定、遗传进化分析、花色基因定位等方面研究较多，但是有关果皮红色性状的相关分子标记尚未报道。因此开发与梅果皮花青苷的生物合成高度相关的高多态性SNP分子标记，分子标记辅助育种将大大加快果梅适宜不同加工需求的优异种质的育种进程。
技术实现思路
[0005]专利技术目的：为了解决上述问题，本专利技术的目的在于提供一种与果梅果皮红色性状
相关的SNP分子标记组合、特异性引物及其应用。
[0006]技术方案：本专利技术的目的可通过如下技术方案实现：
[0007]第一方面，本专利技术利用从基因组测序并筛选得到的果梅果皮红色性状相关的SNP分子标记，在加工生产常用的不同果皮色泽的果梅品种中鉴定和验证，并经过功能注释和分析筛选开发出与梅果皮色泽相关的显著SNP位点。
[0008]一种与果梅果皮红色性状相关的SNP分子标记组合，所述分子标记组合包括以下7个SNP分子标记:
[0009][0010]PmSNP_1
‑
7所在的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1
‑
7所示。
[0011]上述信息基于数据库NCBI的果梅基因组版本:GCA_000346735.1P.mume_V1.0,2014/02/28。
[0012]所述的与果梅果皮红色性状相关的SNP分子标记组合的特异性引物，所述特异性引物的序列如下所示：
[0013][0014]一种试剂盒，包含上述的特异性引物。
[0015]第二方面，基于前述研究成果，本专利技术提供了所述分子标记组合在梅不同果皮色
泽种质材料的鉴定或花青苷合成基因检测中的应用。
[0016]所述的SNP分子标记组合、所述的特异性引物或所述的试剂盒在果梅分子标记辅助育种中的应用。
[0017]进一步的，所述的SNP分子标记组合、所述的特异性引物或所述的试剂盒在筛选红色果皮果梅中的应用。
[0018]一种筛选红色果皮果梅的方法，所述方法包含应用所述的SNP分子标记组合、所述的特异性引物或所述试剂盒的步骤。
[0019]进一步的，所述筛选红色果皮果梅的方法，包括以下步骤：
[0020](1)提取待测果梅样本的基因组DNA；
[0021](2)以步骤(1)提取的基因组DNA作为模板，利用所述的特异性引物或所述的试剂盒进行PCR扩增；
[0022](3)纯化的PCR产物进行测序，检测基因型；
[0023](4)将检测的7种基因型，与所述的SNP分子标记组合进行比对，如果每种基因型均相同，则待测果梅样本为红色果皮果梅。
[0024]有益效果：与现有技术相比，本专利技术具有以下优势：
[0025]本专利技术利用测序数据和多年多点的表型数据进行关联分析，得到与果梅果皮色泽相关的SNP位点，进一步开发了与果梅果皮色泽相关的SNP分子标记，并通过分子标记组合检测的方法提高检测准确率达90％以上。
[0026]本专利技术还同时为克隆候选花青苷合成基因提供候选基因组区间，鉴定出与果梅果皮色泽相关的染色体区段，为进一步的基因克隆和利用提供基础。
[0027]利用本专利技术所开发的分子标记进行辅助育种，可以实现果皮色泽的快速鉴定，减少田间测试成本，从而节约育种成本、加快育种进程。
附图说明
[0028]图1为分子标记开发所用梅果实生态照。
[0029]图2为PmSNP_1和PmSNP_2SNP测序基因分型。
[0030]图3为44份果梅种质的UPGMA聚类图。
[0031]图4为44份果梅种质的种群结构。
具体实施方式
[0032]下面结合具体实施例，进一步阐明本专利技术，应理解这些实施例仅用于说明本专利技术而不用于限制本专利技术的范围，在阅读了本专利技术之后，本领域技术人员对本专利技术的各种等价形式的修改均落于本申请所附权利要求限定的范围。下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
[0033]实施例
[0034]用于果梅果皮红色性状检测的SNP分子标记组合
[0035]本专利技术位点的设计过程，通过利用果梅青梅类和红梅类的重测序数据位点信息，将青梅类和红梅类的位点比对和筛选得到用于果梅果皮色泽检测的28个SNP位点，提取SNP
位点和侧翼序列，通过设计和合成标记的引物序列，再对标记进行验证和检测得到本申请方案的7个SNP分子标记，具体如下：
[0036]1、28个用于果梅果皮红本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种与果梅果皮红色性状相关的SNP分子标记组合，其特征在于，所述分子标记组合包括以下7个SNP分子标记:PmSNP_1
‑
7所在的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1
‑
7所示。2.权利要求1所述的与果梅果皮红色性状相关的SNP分子标记组合的特异性引物，其特征在于，所述特异性引物的序列如下所示：3.一种试剂盒，包含权利要求2所述的特异性引物。4.权利要求1所述的SNP分子标记组合、权利要求2所述的特异性引物或权利要求3所述的试剂盒在果梅分子标记辅助育种中的应用。5.权利要求1所述的SNP分子标记组合、权利要求2所述的特异性引物或权利要求3所述的试剂盒在筛选红色果皮果梅中的应用。6.一种筛选红色果皮果梅的方法...
【专利技术属性】
技术研发人员：高志红，倪晓鹏，倪照君，侍婷，
申请(专利权)人：南京农业大学，
类型：发明
国别省市：
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