一种DNA序列检测方法及DNA序列检测设备技术

本发明专利技术公开了一种DNA序列检测方法，通过目标探针获取待定位序列信息；根据所述待定位序列信息得到目标探针；将所述目标探针与待检测DNA分子结合，得到预处理DNA分子；对所述预处理DNA分子进行纳米孔测序，得到所述待定位序列信息对应的碱基片段的位置信息。本发明专利技术通过使用所述目标探针对所述待测DNA分子进行定向修饰，换句话说，将根据所述待定位序列信息确定的目标探针与所述待测的DNA分子中的目标序列结合，增大目标序列的空间位阻，使目标序列通过纳米孔时的电流变化更剧烈，实现提升信噪比，进而提升DNA过孔信号的分辨率的目的。本发明专利技术同时还提供了一种具有上述有益效果的DNA序列检测设备。序列检测设备。序列检测设备。

【技术实现步骤摘要】
一种DNA序列检测方法及DNA序列检测设备


[0001]本专利技术涉及基因测序领域，特别是涉及一种DNA序列检测方法及DNA序列检测设备。

技术介绍

[0002]基因测序技术作为人类探索生命秘密的重要手段之一，对生物、生命科学、医学等领域的技术发展起到了巨大的推动作用。而固态纳米孔测序技术具有低成本、高读长、易集成等优势，因此已成为基因测序领域公认的下一代技术。目前的固态纳米孔基因测序技术，是通过在固态氮化硅薄膜芯片上制作出纳米级孔径，使DNA链条穿过固态纳米孔以获得DNA碱基序列。
[0003]但现有的固态纳米孔技术同样面临诸多问题，其中，DNA过孔信号分辨率低，无法有效读取DNA序列信息，又是固态纳米孔测序广泛使用化过程中的重要阻碍。
[0004]因此，如何增加DNA过孔信号的信噪比，提高DNA过孔信号的分辨率是本领域内技术人员亟待解决的问题。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供一种DNA序列检测方法及DNA序列检测设备，以解决现有技术中纳米孔测序技术的信号信噪比低，过孔信号分辨率差的问题。
[0006]为解决上述技术问题，本专利技术提供一种DNA序列检测方法，包括：
[0007]获取待定位序列信息；
[0008]根据所述待定位序列信息得到目标探针；
[0009]将所述目标探针与待检测DNA分子结合，得到预处理DNA分子；
[0010]对所述预处理DNA分子进行纳米孔测序，得到所述待定位序列信息对应的碱基片段的位置信息。
>[0011]可选地，在所述的DNA序列检测方法中，所述将所述目标探针与待检测DNA分子结合，得到预处理DNA分子包括：
[0012]将所述目标探针与所述待检测DNA分子以第一比例混合，得到待结合溶液；
[0013]利用PCR仪将所述待结合溶液经过第一预设时间提升至反应温度，并保持第二预设时间；
[0014]将经过所述PCR仪加热后的所述待结合溶液放入所述反应温度的浴液中降温，得到预处理DNA分子。
[0015]可选地，在所述的DNA序列检测方法中，所述第一预设时间的范围为1分钟至5分钟；所述第二预设时间的范围为30分钟至120分钟，包括端点值。
[0016]可选地，在所述的DNA序列检测方法中，所述反应温度的范围为50摄氏度至70摄氏度，包括端点值。
[0017]可选地，在所述的DNA序列检测方法中，所述根据所述待定位序列信息得到目标探
针包括：
[0018]根据所述待定位序列信息得到探针结合部；
[0019]将增强修饰与所述探针结合部连接，得到所述目标探针；其中，所述增强修饰用于增加所述目标探针的空间体积。
[0020]可选地，在所述的DNA序列检测方法中，所述增强修饰为聚乙二醇。
[0021]可选地，在所述的DNA序列检测方法中，所述聚乙二醇中的单体的数量范围为1个至24个，包括端点值。
[0022]可选地，在所述的DNA序列检测方法中，所述目标探针为肽核酸探针。
[0023]一种DNA序列检测设备，所述DNA测序设备用于执行如上述任一种所述的DNA序列检测方法。
[0024]可选地，在所述的DNA序列检测设备中，所述DNA序列检测设备的纳米孔芯片的纳米孔的孔径范围为4.5纳米至5.0纳米，包括端点值。
[0025]本专利技术所提供的DNA序列检测方法，通过获取待定位序列信息；根据所述待定位序列信息得到目标探针；将所述目标探针与待检测DNA分子结合，得到预处理DNA分子；对所述预处理DNA分子进行纳米孔测序，得到所述待定位序列信息对应的碱基片段的位置信息。
[0026]本专利技术通过使用所述目标探针对所述待测DNA分子进行定向修饰，换句话说，将根据所述待定位序列信息确定的目标探针与所述待测的DNA分子中的目标序列(即所述待定位序列信息对应的DNA序列片段)结合，增大目标序列的空间位阻，使目标序列通过纳米孔时的电流变化更剧烈，实现提升信噪比，进而提升DNA过孔信号的分辨率的目的。本专利技术同时还提供了一种具有上述有益效果的DNA序列检测设备。
附图说明
[0027]为了更清楚的说明本专利技术实施例或现有技术的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单的介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
[0028]图1为本专利技术提供的DNA序列检测方法的一种具体实施方式的流程示意图；
[0029]图2为本专利技术提供的DNA序列检测方法的另一种具体实施方式的流程示意图；
[0030]图3为本专利技术提供的DNA序列检测方法的又一种具体实施方式的流程示意图；
[0031]图4为本专利技术提供的DNA序列检测方法的一种具体实施方式的待检测DNA分子穿过纳米孔的示意图；
[0032]图5为本专利技术提供的DNA序列检测方法的一种具体实施方式的待检测DNA分子穿过纳米孔时的信号变化情况示意图；
[0033]图6为本专利技术提供的DNA序列检测方法的一种具体实施方式的待检测DNA分子与所述目标探针结合的示意图；
[0034]图7至图10为本专利技术提供的DNA序列检测方法在不同情况下的过孔信号的变化折线图。
具体实施方式
[0035]为了使本
的人员更好地理解本专利技术方案，下面结合附图和具体实施方式对本专利技术作进一步的详细说明。显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0036]本专利技术的核心是提供一种DNA序列检测方法，其一种具体实施方式的流程示意图如图1所示，称其为具体实施方式一，包括：
[0037]S101：获取待定位序列信息。
[0038]所述待定位序列信息包括需要检测定位的碱基序列信息。
[0039]S102：根据所述待定位序列信息得到目标探针。
[0040]目标探针的序列和长度的选择主要根据需要结合的DNA的序列信息(即所述待定位序列信息)来进行设计，本具体实施方式中以商业化的模式DNA——λ
‑
DNA与肽核酸探针(下面简称PNA探针)为例来进行PNA探针设计：
[0041]以单位点PNA探针设计为例，根据待定位序列信息，选择λ
‑
DNA上的位点，确定碱基序列和长度，根据碱基互补配对原则，确定PNA碱基序列，用相应软件(如DNAMAN)检查该位点序列在λ
‑
DNA正/反义链上的重复性，无重复即可，可参考图6，图6中PNA
‑
PEG
24
表示连接了24个单体的聚乙二醇的PNA目标探针。如表1示例：
[0042]表1单位点PNA探针序列及长度设计对照表
[0043]λ本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种DNA序列检测方法，其特征在于，包括：获取待定位序列信息；根据所述待定位序列信息得到目标探针；将所述目标探针与待检测DNA分子结合，得到预处理DNA分子；对所述预处理DNA分子进行纳米孔测序，得到所述待定位序列信息对应的碱基片段的位置信息。2.如权利要求1所述的DNA序列检测方法，其特征在于，所述将所述目标探针与待检测DNA分子结合，得到预处理DNA分子包括：将所述目标探针与所述待检测DNA分子以第一比例混合，得到待结合溶液；利用PCR仪将所述待结合溶液经过第一预设时间提升至反应温度，并保持第二预设时间；将经过所述PCR仪加热后的所述待结合溶液放入所述反应温度的浴液中降温，得到预处理DNA分子。3.如权利要求2所述的DNA序列检测方法，其特征在于，所述第一预设时间的范围为1分钟至5分钟；所述第二预设时间的范围为30分钟至120分钟，包括端点值。4.如权利要求2所述的DNA序列检测方法，其特征在于，所述反应温度的范...

【专利技术属性】
技术研发人员：胡岚，刘国武，
申请(专利权)人：苏州罗岛纳米科技有限公司，
类型：发明
国别省市：