修饰的细胞毒性T细胞及其使用方法技术

技术编号:33260288 阅读:15 留言:0更新日期:2022-04-30 23:08
本公开提供体外修饰的细胞毒性T细胞(CTL),其包含:a)对人体内的预选抗原有特异性的T细胞受体(TCR);和b)编码对癌症相关抗原有特异性的嵌合抗原受体(CAR)的核酸。本公开提供产生修饰的CTL的方法。本公开提供治疗癌症的方法,其包括向有此需要的个体施用修饰的CTL。CTL。CTL。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】修饰的细胞毒性T细胞及其使用方法
[0001]交叉引用
[0002]本申请要求2019年10月23日提交的美国临时专利申请号62/925,111的优先权,该申请以引用方式整体并入本文。

技术介绍

[0003]适应性免疫反应涉及存在于T细胞表面上的T细胞受体(TCR)与抗原递呈细胞(APC)表面上非共价递呈的小肽抗原通过主要组织相容性复合物(MHC;在人中也称为人白细胞抗原(HLA)复合物)进行的接合。此接合表示免疫系统的靶向机制且为T细胞调节(活化或抑制)及效应物功能的必需分子相互作用。在表位特异性细胞靶向之后,通过使APC上所见的共刺激蛋白与T细胞上的对应物共刺激蛋白接合来激活所靶向的T细胞。驱动T细胞特异性及活化或抑制需要两种信号,即表位/TCR结合及APC共刺激蛋白与T细胞共刺激蛋白的接合。TCR对于给定表位具有特异性;然而,共刺激蛋白并非表位特异性的且相反通常在全部T细胞上或大T细胞子集上表达。

技术实现思路

[0004]本公开提供体外修饰的细胞毒性T细胞(CTL),其包含:a)对人体内的预选抗原有特异性的T细胞受体(TCR);和b)编码对癌症相关抗原有特异性的嵌合抗原受体(CAR)的核酸。本公开提供产生修饰的CTL的方法。本公开提供治疗癌症的方法,其包括向有此需要的个体施用修饰的CTL。
附图说明
[0005]图1为生成和使用根据本公开的修饰的CTL的示意性描绘。
[0006]图2A

2D提供TMMP的示例性实施方案的示意性描绘。
[0007]图3A

3G提供免疫球蛋白Fc多肽的氨基酸序列(自顶部至底部为SEQ ID NO:376

387)。
[0008]图4提供来自以下各项的β

2微球蛋白(β2M)前体(即,包括前导序列)的多重氨基酸序列比对:智人(Homo sapiens)(NP_004039.1;SEQ ID NO:388)、黑猩猩(Pan troglodytes)(NP_001009066.1;SEQ ID NO:388)、猕猴(Macaca mulatta)(NP_001040602.1;SEQ ID NO:389)、欧洲牛(Bos taurus)(NP_776318.1;SEQ ID NO:390)及小家鼠(Mus musculus)(NP_033865.2;SEQ ID NO:391)。氨基酸1

20是信号肽。
[0009]图5A

5C提供等位基因A*0101(SEQ ID NO:392)、A*1101(SEQ ID NO:393)、A*2402(SEQ ID NO:394)及A*3303(SEQ ID NO:395)(图5A)的全长人HLA重链的氨基酸序列;等位基因B*0702(图5B;SEQ ID NO:396)的全长人HLA重链的氨基酸序列;以及全长人HLA

C重链(图5C;SEQ ID NO:397)的氨基酸序列。
[0010]图6提供十一种无前导序列、跨膜结构域及胞内结构域的成熟I类MHC重链氨基酸序列的比对。
[0011]图7A

7B提供HLA

A重链氨基酸序列(图7A;自顶部至底部为SEQ ID NO:406、185、407

413)与共有序列(图7B;SEQ ID NO:184)的比对。
[0012]图8A

8B提供HLA

B重链氨基酸序列(图8A;自顶部至底部为SEQ ID NO:195、414

419)与共有序列(图8B;SEQ ID NO:194)的比对。
[0013]图9A

9B提供HLA

C重链氨基酸序列(图9A;自顶部至底部为SEQ ID NO:420

424、199、425

427)与共有序列(图9B;SEQ ID NO:198)的比对。
[0014]图10提供HLA

E(SEQ ID NO:428)、HLA

F(SEQ ID NO:429)及HLA

G(SEQ ID NO:430)重链中各者的共有氨基酸序列。各种氨基酸(aa)位置指示为依次编号的“X”残基;氨基酸84、139及236的位置加双下划线。
[0015]图11提供HLA

A(SEQ ID NO:184)、HLA

B(SEQ ID NO:194)、HLA

C(SEQ ID NO:198)、HLA

E(SEQ ID NO:431)、HLA

F(SEQ ID NO:432)及HLA

G(SEQ ID NO:433)的共有氨基酸序列的比对。
[0016]定义
[0017]如本文中可互换使用的术语“多核苷酸”与“核酸”是指具有任何长度的核苷酸的聚合物形式,即核糖核苷酸或脱氧核糖核苷酸。因此,此术语包括但不限于单链、双链或多链DNA或RNA、基因组DNA、cDNA、DNA

RNA杂合体、或包含嘌呤和嘧啶碱基或其他天然、化学或生物化学修饰、非天然或衍生化核苷酸碱基的聚合物。
[0018]术语“肽”、“多肽”及“蛋白质”在本文中可互换使用,且是指具有任何长度的氨基酸的聚合物形式,其可包括编码及非编码氨基酸、化学或生物化学修饰或衍生化的氨基酸、及具有修饰肽主链的多肽。
[0019]多核苷酸或多肽与另一个多核苷酸或多肽具有一定百分比的“序列同一性”意指在比对时在比较两个序列时碱基或氨基酸的百分比相同且处于相同相对位置中。序列同一性可以许多不同方式测定。为了测定序列同一性,可使用各种便利方法及在万维网之网址上可获得的计算机程序(例如BLAST、T

COFFEE、MUSCLE、MAFFT等)来比对序列,这些网址包括ncbi.nlm.nili.gov/BLAST、ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/、ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/、mafft.cbrc.jp/alignment/software/。参见,例如Altschul等人(1990),J.Mol.Biol.215:403

10。
[0020]术语“保守氨基酸取代”是指在蛋白质中具有类似侧链的氨基酸残基的可互换性。例如,具有脂族侧链的氨基酸组由甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸及异亮氨酸组成;具有脂族羟基侧链的氨基酸组由丝氨酸和苏氨酸组成;具有含酰胺侧链的氨基酸组由天冬酰胺和谷氨酰胺组成;具有芳族侧链的氨基酸组由苯丙氨酸、酪氨酸及色氨酸组成;具有碱性侧链的氨基酸组由赖氨酸、精氨酸及组氨酸组成;具有酸性侧链的氨基酸组由谷氨酸和天冬氨酸组成;且具有含硫侧链的氨本文档来自技高网
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种体外组合物,其包含一定量的修饰的细胞毒性T细胞(“mCTL”),其中所述量包含靶mCTL,所述靶mCTL包含:a)对存在于人体内的预选抗原有特异性的T细胞受体(TCR);和b)包含编码嵌合抗原受体(CAR)的核苷酸序列的一种或多种核酸,其中所述CAR包含对癌症相关抗原有特异性的抗原结合结构域,且其中所述组合物中靶mCTL细胞的百分比超过所述组合物中T细胞总数的至少1%。2.根据权利要求1所述的组合物,其中所述预选抗原是由病毒或细菌编码的抗原。3.根据权利要求2所述的组合物,其中所述预选抗原是由选自由以下组成的组的病毒或细菌编码的抗原:巨细胞病毒(CMV)、爱泼斯坦

巴尔病毒(EBV)、人乳头状瘤病毒(HPV)、腺病毒、流感病毒及破伤风梭菌。4.根据权利要求3所述的组合物,其中所述预选抗原是CMV多肽。5.根据权利要求4所述的组合物,其中所述CMV抗原是CMV pp65多肽。6.根据权利要求1至5中任一项所述的组合物,其中所述CAR包含:a)包含所述抗原结合结构域的胞外结构域;b)跨膜区;和c)包含胞内信号传导结构域的胞质结构域。7.根据权利要求6所述的组合物,其中所述胞质结构域包含一种或多种共刺激多肽。8.根据权利要求7所述的组合物,其中所述共刺激多肽选自CD28、4

1BB及OX

40。9.根据权利要求6至8中任一项所述的组合物,其中所述胞内信号传导结构域包含来自人CD3的ζ链的信号传导结构域。10.根据权利要求1至9中任一项所述的组合物,其中所述抗原结合结构域是单链Fv多肽或纳米抗体。11.根据权利要求1至10中任一项所述的组合物,其中所述CAR是单一多肽链CAR。12.根据权利要求1至10中任一项所述的组合物,其中所述CAR包含至少两条多肽链。13.根据权利要求1至12中任一项所述的组合物,其中所述癌症相关抗原选自AFP、BCMA、CD10、CD117、CD123、CD133、CD128、CD171、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD34、CD38、CD5、CD56、CD7、CD70、CD80、CD86、CEA、CLD18、CLL

1、cMet、EGFR、EGFRvIII、EpCAM、EphA2、GD

2、glypican

3、GPC3、HER

2、κ免疫球蛋白、LeY、LMP1、间皮素、MG7、MUC1、NKG2D配体、PD

L1、PSCA、PSMA、ROR1、ROR1R、TACI及VEGFR2。14.根据权利要求1至13中任一项所述的组合物,其中所述组合物中作为靶mCTL的T细胞总数的百分比选自由以下组成的组:至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%及100%。15.根据权利要求1至14中任一项所述的组合物,其中所述靶mCTL是CD8
+
T细胞。16.一种药物组合物,其包含根据权利要求1至15中任一项所述的组合物。17.根据权利要求16所述的药物组合物,其包含药学上可接受的载剂。18.根据权利要求17所述的药物组合物,其中所述药学上可接受的载剂包括盐水。19.根据权利要求16至18中任一项所述的药物组合物,其中所述靶mCTL以约106个细胞/mL至约109个细胞/mL的浓度存在于所述组合物中。20.一种制备根据权利要求1至15中任一项所述的体外组合物的方法,其包括以下步骤:(i)提供包含一定量T细胞的组合物,其中所述量包含靶T细胞,所述靶T细胞具有对所
述预选抗原有特异性的T细胞受体(TCR);(ii)至少部分地将靶T细胞与包含对所述预选抗原不具特异性的T细胞受体(TCR)的非靶T细胞分离,从而产生一定量的至少部分分离的靶T细胞;以及(iii)通过向所述至少部分分离的靶T细胞中引入一种或多种核酸来修饰所述至少部分分离的靶T细胞,所述一种或多种核酸包含编码嵌合抗原受体(CAR)的核苷酸序列,所述嵌合抗原受体包含对癌症相关抗原有特异性的抗原结合结构域。21.根据权利要求20所述的方法,其中至少部分分离靶T细胞的步骤包括将所述靶T细胞与结合所述靶T细胞的TCR的多肽结合。22.根据权利要求21所述的方法,其中与所述靶T细胞的TCR结合的所述多肽在表面上。23.根据权利要求22所述的方法,其中与所述靶T细胞的TCR结合的所述多肽存在于珠的表面上。24.根据权利要求23所述的方法,其中与TCR结合的所述多肽是负载肽的MHC多聚体。25.根据权利要求20至24中任一项所述的方法,其中存在于人体内的所述预选抗原是由病毒或细菌编码的抗原。26.根据权利要求20至24中任一项所述的方法,其中所述预选抗原是由选自由以下组成的组的病毒或细菌编码的抗原:巨细胞病毒(CMV)、爱泼斯坦

巴尔病毒(EBV)、人乳头状瘤病毒(HPV)、腺病毒、流感病毒及破伤风梭菌。27.根据权利要求26所述的方法,其中所述预选抗原是CMV多肽。28.根据权利要求27所述的方法,其中所述CMV多肽是CMV pp65多肽。29.根据权利要求20至28中任一项所述的方法,其中所述CAR包含:a)包含所述抗原结合结构域的胞外结构域;b)跨膜区;和c)包含胞内信号传导结构域的胞质结构域。30.根据权利要求29所述的方法,其中所述胞内信号传导结构域包含来自人CD3的ζ链的信号传导结构域。31.根据权利要求29或30所述的方法,其中所述胞质结构域包含一种或多种共刺激多肽。32.根据权利要求31所述的方法,其中所述共刺激多肽选自CD28、4

1BB及OX

40。33.根据权利要求20至32中任一项所述的方法,其中所述抗原结合结构域是单链Fv多肽或纳米抗体。34.根据权利要求20至33中任一项所述的方法,其中所述CAR是单一多肽链CAR。35.根据权利要求20至33中任一项所述的方法,其中所述CAR包含两条多肽链。36.根据权利要求20至35中任一项所述的方法,其中所述癌症相关抗原选自AFP、BCMA、CD10、CD117、CD123、CD133、CD128、CD171、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD34、CD38、CD5、CD56、CD7、CD70、CD80、CD86、CEA、CLD18、CLL

1、cMet、EGFR、EGFRvIII、EpCAM、EphA2、GD

2、glypican

3、GPC3、HER

2、κ免疫球蛋白、LeY、LMP1、间皮素、MG7、MUC1、NKG2D配体、PD

L1、PSCA、PSMA、ROR1、ROR1R、TACI及VEGFR2。37.根据权利要求20至36中任一项所述的方法,其中所述组合物中作为靶CTL的T细胞总数的百分比选自由以下组成的组:至少10%、至少20%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%及100%。
38.根据权利要求20至37中任一项所述的方法,其中在步骤(ii)之前,使所述包含一定量T细胞的组合物在体外或体内与包含T细胞调节多肽的组合物接触,所述T细胞调节多肽大体上仅结合并激活包含对所述预选抗原有特异性的T细胞受体(TCR)的T细胞。39.根据权利要求38所述的方法,其中所述T细胞调节多肽是T细胞多聚体多肽(TMMP),其包含至少一个异二聚体,所述异二聚体包含:(i)包含肽表位和第一主要组织相容性复合物(MHC)多肽的第一多肽,其中所述肽表位是长度为4个氨基酸至约25个氨基酸的肽,并且其中所述肽表位是所述预选抗原的表位;(ii)包含第二MHC多肽的第二多肽;和(iii)至少一种激活包含对所述预选抗原有特异性的T细胞受体(TCR)的T细胞的免疫调节多肽,其中所述第一多肽和/或所述第二多肽包含所述免疫调节多肽,且任选地,其中所述多聚体多肽包含免疫球蛋白(Ig)Fc多肽或非Ig支架。40.根据权利要求39所述的方法,其中所述TMMP包含两个异二聚体,其中两个异二聚体都包含Ig Fc多肽,且其中所述异二聚体通过介于第一异二聚体与第二异二聚体的Ig Fc多肽之间的一个或多个二硫键共价结合。41.根据权利要求39所述的方法,其中所述TMMP包含:a1)第一多肽,其以从N端至C端的次序包含:i)肽表位;和ii)第一MHC多肽;和b1)第二多肽,其以从N端至C端的次序包含:i)至少一种免疫调节多肽;ii)第二MHC多肽;和iii)免疫球蛋白(Ig)Fc多肽;或a2)第一多肽,其以从N端至C端的次序包含:i)肽表位;ii)第一MHC多肽;和iii)至少一种免疫调节多肽;和b2)第二多肽,其以从N端至C端的次序包含:i)第二MHC多肽;和ii)Ig Fc多肽;或a3)第一多肽,其以从N端至C端的次序包含:i)肽表位;和ii)第一MHC多肽;和b3)第二多肽,其以从N端至C端的次序包含:i)第二MHC多肽;和ii)Ig Fc多肽;和iii)至少一种免疫调节多肽;或a4)第一多肽,其以从N端至C端的次序包含:i)肽表位;和
ii)第一MHC多肽;和b4)第二多肽,其以从N端至C端的次序包含:i)第二MHC多肽;和ii)至少一种免疫调节多肽;或a5)第一多肽,其以从N端至C端的次序包含:i)肽表位;和ii)第一MHC多肽;和b5)第二多肽,其以从N端至C端的次序包含:i)至少一种免疫调节多肽;和ii)第二MHC多肽;或a6)第一多肽,其以从N端至C端的次序包含:i)肽表位;ii)第一MHC多肽;和iii)至少一种免疫调节多肽;和b6)第二多肽,其包含:i)第二MHC多肽。42.根据权利要求39至41中任一项所述的方法,其中所述至少一种免疫调节多肽是天然存在的多肽、天然存在的多肽的变体、或天然存在的或变体多肽的片段,且其中所述多肽选自由以下组成的组:4

1BBL多肽、B7

1多肽;B7

2多肽、ICOS

L多肽、OX

40L多肽、CD80多肽、CD86多肽、PD

L1多肽、FasL多肽、细胞因子、PD

L2多肽及其组合。43.根据权利要求42所述的方法,其中所述至少一种免疫调节多肽是天然存在的细胞因子、天然存在的细胞因子的变体或天然存在的细胞因子的片段。44.根据权利要求43所述的方法,其中所述细胞因子是IL

2。45.根据权利要求39至44中任一项所述的方法,其中所述至少一种免疫调节多肽是天然存在的多肽、天然存在的多肽的变体、或天然存在的或变体多肽的片段,其中所述至少一种免疫调节多肽选自4

1BBL多肽和CD80多肽。46.根据权利要求39至45中任一项所述的方法,其中所述TMMP包含2种或更多种免疫调节多肽。47.根据权利要求46所述的方法,其中所述2种或更多种免疫调节多肽是串联的。48.根据权利要求45至47中任一项所述的方法,其中所述多聚体多肽包含:a)第一多肽,其以从N端至C端的次序包含:i)...

【专利技术属性】
技术研发人员:阿尼什
申请(专利权)人:库尔生物制药有限公司
类型:发明
国别省市:

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