使用序列相似肽进行反向选择分选制造技术

本发明专利技术涉及一种选择细胞或病毒的方法，所述细胞或病毒在其表面表达与目的蛋白抗原(PAI)特异性结合的抗原结合蛋白，同时应用使用相似蛋白抗原(SPA)的反向选择。此外，本发明专利技术提出了一种确定编码抗原结合蛋白或其抗原结合部分的核酸之序列的方法，以及一种产生表达编码抗原结合蛋白或其抗原结合部分的核酸之细胞的方法。本发明专利技术还涉及一种用选定细胞群治疗受试者的方法。疗受试者的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用序列相似肽进行反向选择分选
[0001]本专利技术涉及一种选择细胞或病毒的方法，所述细胞或病毒在其表面表达与目的蛋白抗原(PAI)特异性结合的抗原结合蛋白，同时应用使用相似蛋白抗原(SPA)的反向选择。此外，本专利技术提出了一种确定编码抗原结合蛋白或其抗原结合部分的核酸之序列的方法，以及一种产生表达编码抗原结合蛋白或其抗原结合部分的核酸之细胞的方法。本专利技术还涉及一种用选定细胞群治疗受试者的方法。
[0002]专利技术背景
[0003]过继细胞转移(ACT)领域已成为治疗癌症、病毒感染和其他免疫调节性疾病的最有希望的创新方法之一。为了支持T细胞受体(TCR)修饰T细胞在临床上更广泛地应用，重要的是可在优选地临床前层级上正确识别和减轻风险。迄今为止，给予TCR修饰T细胞所观察到的毒性与标准ACT期间观察到的毒性相似，可大致分为三个主要类别：淋巴耗竭制剂方案引起的毒性、细胞因子相关毒性和免疫相关毒性。免疫相关毒性可分为两个子类别：即“肿瘤外/靶点”效应和“肿瘤外/脱靶”效应。最佳的基因改造T细胞治疗靶抗原是一种仅存在于肿瘤细胞上而不存在于健康细胞中的抗原；但是，大多数情况下，选定肿瘤靶抗原为过度表达或异常表达的蛋白，可能以不同程度存在于正常细胞中(Johnson LA et al.,Gene therapy with human and mouse T
‑
cell receptors mediate cancer regression and targets normal tissues expressing cognate antigen,Blood 2009；114:535
‑
46)。
[0004]“肿瘤外/靶点”毒性
[0005]因此，基因改造T细胞治疗可能触发针对正常细胞(即使是以低水平表达靶抗原的细胞)的强细胞免疫反应。此类型的毒性称为“肿瘤外/靶点”，是由于例如改造T细胞无法区分正常细胞和表达靶抗原的癌细胞所致。靶向作用于Melan A(MLA；也称为“T细胞识别黑色素瘤抗原1”(MART
‑
1))与明显的“肿瘤外/靶点”副作用相关(Johnson LA et al.,Gene therapy with and mouse T
‑
cell receptors mediates cancer regression and targets normal tissue expressing cognate antigens,Blood 2009,114:535
‑
46；van den Berg JH et al.,Case report of a Fatal Serious Adverse event upon Administration of T
‑
cells transduced with a MART
‑
1specific T
‑
cell Receptor,Mol.Ther.2015；23:1541
‑
50)。具体而言，已发表的一份病例报告描述了转移性黑色素瘤患者接受MART
‑
1特异性TCR转导T细胞给药后3天发生致命严重不良事件。从血液、支气管肺泡灌洗液、腹水、肿瘤部位和心脏组织中回收输注的T细胞，尽管未观察到修饰过T细胞对3
‑
D跳动心肌细胞产生交叉反应，但作者无法排除与同种异体MHC肽复合体发生交叉反应的可能性。另外，发现多器官衰竭由靶点细胞因子释放所致。可透过选择显示足够低肿瘤外表达的靶抗原来避免肿瘤外/靶点毒性，从而在应用对肿瘤治疗上有效的剂量后使毒性可接受。
[0006]“肿瘤外/脱靶”毒性
[0007]由于大多数肿瘤抗原均源自自身蛋白(肿瘤相关抗原)，因此，胸腺选择可有效防止高亲和力肿瘤特异性T细胞的分离。但是，TCR亲和力可透过互补决定区(CDR)内特定区域突变而大大增强。尽管这种方法因TCR简并性可用于提高修饰T细胞疗效，但存在下列风险：TCR可能透过交叉反应识别提呈于正常组织上的其他相关肽抗原。之前发表的结果显示：两
名患者发生致命的毒性，这两名患者输注了改造以表达靶向作用于黑色素瘤相关抗原A3(MAGE
‑
A3)之TCR的T细胞，该TCR与肌肉蛋白Titin中的肽发生交叉反应，但临床前研究中未预测到交叉反应性(Linette,GP et al.,Cardiovascular toxicity and titin cross
‑
reactivity of affinity enhanced T
‑
cells in myeloma and melanoma,Blood 2013；122:863
‑
71；Cameron,BJ et al.,Identification of a Titin
‑
derived HLA
‑
A1
‑
presented peptide as a cross
‑
reactive target for engineered MAGE
‑
A3 directed T
‑
cells,Sci.Transl.Med.2013；5:197
‑
103)。这些患者证明，TCR改造T细胞可能具有严重且难以预测的脱靶和器官特异性毒性，并突出表明需要改进方法来定义改造TCR的特异性。因此，临床前研究中建议使用诸如肽扫描和使用更复杂细胞结构之类的策略，从而降低未来临床研究中脱靶毒性的风险。因此，开发和提出低肿瘤外/脱靶毒性的TCR仍为未满足的医疗需求。本专利技术提出了快速鉴定抗原结合分子(特别是与其靶抗原特异性和选择性结合的TCR)的方法，从而提供提高安全性以及降低对序列相似靶抗原(特别是健康组织上的序列相似肽)的交叉反应性的方法。本专利技术的快速(优选为一步)选择方法在鉴定表达具有所需抗肿瘤活性的TCR的患者来源T细胞中特别有用。
专利技术摘要
[0008]本专利技术的第一方面涉及一种选择细胞或病毒的方法，所述细胞或病毒在其表面表达与目的蛋白抗原(PAI)特异性和/或选择性结合的抗原结合蛋白，所述方法包括以下步骤：
[0009](i)提出包含细胞的细胞群或病毒群；
[0010](ii)使步骤(i)的细胞群或病毒群与包含PAI和可检测标记A的第一抗原复合体(第1AC)或包含可检测标记A的PAI接触；
[0011](iii)使步骤(i)的细胞群或病毒群与包含相似蛋白抗原(SPA)的至少第二抗原复合体(第2 AC)接触，其中SPA的氨基酸序列与PAI的氨基酸序列至少有1个氨基酸不同，其中第2 AC包含可检测标记B；或与SPA和可检测标记B接触；以及
[0012](iv)选择至少一种与第一AC特异性和/或选择性结合的细胞或病毒，
[0013]其中，可检测标记A和可检测标记B彼此系可检测本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种选择细胞或病毒的方法，所述细胞或病毒在其表面表达与目的蛋白抗原(PAI)特异性和/或选择性结合的抗原结合蛋白，所述方法包括以下步骤：(i)提出细胞群或病毒群；(ii)使步骤(i)的细胞群或病毒群与包含PAI和可检测标记A的第一抗原复合体(第1AC)或包含可检测标记A的PAI接触；(iii)使步骤(i)的细胞群或病毒群与包含相似蛋白抗原(SPA)的至少第二抗原复合体(第2AC)接触，其中SPA的氨基酸序列与PAI的氨基酸序列至少有1个氨基酸不同，其中第2AC包含可检测标记B；或与SPA和可检测标记B接触；以及(iv)选择至少一种与第一AC特异性和/或选择性结合的细胞或病毒，其中，可检测标记A和可检测标记B彼此系可检测地不同。2.根据权利要求1所述的方法，其中选定的(i)细胞为免疫细胞，优选为T细胞，优选为CD4或CD8 T细胞；或B细胞；或表达异源抗原结合蛋白的哺乳动物或酵母细胞；或(ii)选定的病毒为噬菌体。3.根据权利要求1或2任一项所述的方法，其中所述抗原结合蛋白选自包含T细胞受体(TCR)或其抗原结合片段、B细胞受体(BCR)或其抗原结合片段以及嵌合抗原受体(CAR)或其抗原结合片段的组。4.根据权利要求1至3任一项所述的方法，其中(a)细胞群包括：(i)免疫细胞，优选为肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)、T细胞受体文库、健康受试者的外周血、患病受试者的外周血或其免疫细胞富集级分；或(ii)真核细胞，优选为表达异源抗原结合蛋白文库的哺乳动物细胞或酵母细胞；或(b)病毒群包含表达异源抗原结合蛋白文库的病毒。5.根据权利要求4所述的方法，其中所述免疫细胞富集级分富含干细胞、T细胞，优选为CD8 T细胞或CD4 T细胞、B细胞、浆细胞。6.根据权利要求1至5任一项所述的方法，其中，目的蛋白抗原(PAI)为肿瘤相关抗原(TAA)、病毒蛋白或细菌蛋白。7.根据权利要求4至6所述的方法，其中，患病受试者患有选自由免疫疾病、肿瘤性疾病、病毒引起的疾病或细菌引起的疾病组成组的疾病。8.根据权利要求4至7任一项所述的方法，其中，透过可检测标记一个或多个免疫细胞特异性表面标志物来选择免疫细胞富集级分。9.根据权利要求1至8任一项所述的方法，其包含在生长因子和/或分化因子存在的情况下孵育细胞群的进一步步骤，优选为从细胞因子组成的组中选择。10.根据权利要求1至9任一项所述的方法，其中，所述AC为抗原提呈细胞，或包含颗粒、PAI和可检测标记A或SPA和可检测标记B的复合体。11.根据权利要求1至10任一项所述的方法，其包括一个或多个以下进一步的步骤(a)使步骤(i)的细胞群与包含PAI和可检测标记C的第三抗原复合体(第3AC)接触，所述可检测标记C系可检测地不同于与细胞群接触的其他AC的一个或多个或所有其他可检测标记，优选为可检测地不同于至少可检测标记A，优选为可检测地不同于至少可检测标记A
和可检测标记D(如果存在可检测标记D)；和/或(b)使步骤(i)的细胞群与包含PAI和可检测标记D的第四抗原复合体(第4AC)接触，所述可检测标记D系可检测地不同于与细胞群接触的其他AC的一个或多个或所有其他可检测标记，优选为可检测地不同于至少可检测标记A，优选为可检测地不同于至少可检测标记A和可检测标记C；和/或(c)使步骤(i)的细胞群与包含SPA和可检测标记E的第五抗原复合体(第5AC)接触，所述可检测标记E系可检测地不同于与细胞群接触的其他AC的一个或多个或所有其他可检测标记，优选为可检测地不同于至少可检测标记B，优选为可检测地不同于至少可检测标记B和可检测标记F(如果存在可检测标记F)；和/或(d)使步骤(i)的细胞群与包含SPA和可检测标记F的第六抗原复合体(第6AC)接触，所述可检测标记F系可检测地不同于与细胞群接触的其他AC的一个或多个或所有其他可检测标记，优选为可检测地不同于至少可检测标记B，优选为可检测地不同于至少可检测标记B和可检测标记E；和/或(e)使步骤(i)的细胞群与一种或多种另外抗原复合体(AC)接触，其中每个AC均包含SPA，该SPA之至少一个氨基酸序列与第2AC的SPA氨基酸序列不同，并且其中每个另外AC包含一个或更多标记，其中，一个或更多标记与第2AC的一个或更多标记相同或可检测地不同。12.根据权利要求1至11任一项所述的方法，其中(i)第1AC包含至少一种另外的可检测标记，第2AC包含至少一种另外的可检测标记，两者相同或不同；和/或(ii)所述一个或更多另外AC包含至少一个另外的可检测标记；其中选择所述至少一个另外的标记，以便可区分第1AC和第2AC以及一个或多个另外AC。13.根据权利要求1至11任一项所述的方法，其中，可检测标记独立选自萤光标记，优选为选自由黄嘌呤类、吖啶类、恶嗪类、菁类、苯乙烯基染料、香豆素类、卟啉类、金属
‑
配体络合物类、萤光蛋白质类、纳米晶体、苝类和酞菁类组成的组。14.根据权利要求1至11任一项所述的方法，其中第1AC为MHC
‑
I或MHC
‑
II与PAI的复合体，其中PAI为靶肽(TP)，优选为肿瘤特异性靶肽和/或第2AC为MHC
‑
I或MHC
‑
II与SPA的复合体，其中SPA为靶相似肽(TSP)，其中TSP与TP的氨基酸序列至少有1个氨基酸不同。15.根据权利要求14所述的方法，其中透过以下一项或多项标准选择所述至少一个TSP的氨基酸序列：(a)TSP提呈于健康组织；(b)衍生自HLA类型来源；和(c)与各自HLA结合。16.根据权利要求14或15所述的方法，其中，TSP的氨基酸序列长度为8至16个氨基酸，其中：(1)TSP的氨基酸序列的下列位置與TP的氨基酸序列不同X1‑
X2‑
X3‑
X4‑
X5‑
X6‑
X7‑
X8(i)位置X1、X2和X3，其中位置X4至X8與TP相同或相似；(ii)位置X4、X5和X6，其中位置X1至X3以及位置X7和X9與TP相同或相似；或
(iii)位置X7和X8，其中位置X1至X6與TP相同或相似；或如果TP的長度為8個氨基酸；或(2)TSP的氨基酸序列的下列位置與TP的氨基酸序列不同X1‑
X2‑
X3‑
X4‑
X5‑
X6‑
X7‑
X8‑
X9(i)位置X1、X2和X3，其中位置X4至X9與TP相同或相似；(ii)位置X4、X5和X6，其中位置X1至X3以及位置X7至X9與TP相同或相似；或(iii)位置X4、X5、X6和X7，並且其中位置X1至X3以及位置X8至X9與TP相同或相似；或(iv)位置X7、X8和X9，其中位置X1至X6與TP相同或相似；或如果TP的長度為8
‑
9個氨基酸；或(3)TSP的氨基酸序列的下列位置与TP的氨基酸序列不同X1‑
X2‑
X3‑
X4‑
X5‑
X6‑
X7‑
X8‑
X9‑
X
10
(i)位置X1、X2和X3，其中位置X4至X
10
与TP相同或相似；(ii)位置X4、X5、X6和X7，其中位置X1至X3以及位置X8至X
10
与TP相同或相似；或(iii)位置X4、X5和X6，其中位置X1至X3以及位置X7至X
10
与TP相同或相似；或(iv)位置X8、X9和X
10
，其中位置X1至X7与TP相同或相似；或如果TP的长度为8
‑
10个氨基酸；或(4)TSP的氨基酸序列的下列位置与TP的氨基酸序列不同X1‑
X2‑
X3‑
X4‑
X5‑
X6‑
X7‑
X8‑
X9‑
X
10
‑
X
11
(i)位置X1、X2和X3，其中位置X4至X
11
与TP相同或相似；(ii)位置X4、X5、X6和X7，其中位...

【专利技术属性】
技术研发人员：S，
申请(专利权)人：伊玛提克斯美国公司，
类型：发明
国别省市：