【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于样品分析的装置和方法
[0001]本公开一般涉及电泳领域，并且更具体地涉及通过用于加速电泳(epitachophoresis)的装置和方法选择性分离、检测、提取和/或(预)浓缩样品(例如，生物学样品)进行的样品分析。
技术介绍
[0002]电泳方法长期以来一直用于样品的分离和分析，针对多种目的，例如鉴定特定物质或确定溶液中分子的大小和类型。例如，多种分子生物学应用已经采用电泳来分离蛋白质或核酸、确定分子量和/或制备用于进一步分析的样品。在这些和其他应用中，电泳一般涉及带电物质(例如，分子或离子)在电场影响下的运动。这种运动可以促进样品与其他样品或物质的分离。一旦分离，就可以使用光学或其他方法容易地分析样品。
[0003]各种基于电泳的方法通常取决于要进行的分析的特定需要而结合不同的应用使用。例如，等速电泳(“ITP”)是一种浓缩和分离技术，它利用具有不同电泳迁移率的电解质将离子分析物聚焦(在某些情况下，并分离)到不同的区域(“聚焦区”)。在ITP中，分析物同时在高有效迁移率前导电解质(“LE”)离子和低有效迁移率...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种从样品中分离和/或纯化一种或多种无细胞核酸的方法，其中所述方法包括：a.提供用于实施加速电泳(ETP)的装置；b.提供包含所述一种或多种无细胞核酸的样品；c.通过使用所述装置实施ETP来进行一次或多次加速电泳运行以将所述一种或多种无细胞核酸(“cfNA”)聚焦到一个或多个聚焦区内，例如，作为一个或多个ETP带；以及d.通过收集包含所述一种或多种cfNA的所述一个或多个聚焦区来收集所述一种或多种cfNA；从而获得一种或多种分离和/或纯化的cfNA。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法进一步包括光学检测，所述光学检测包括对与所述一种或多种cfNA结合和/或缔合的嵌入染料和/或光学标签的检测。3.根据权利要求1中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括电检测。4.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法为自动化方法，其中步骤b.的所述样品被自动加载到所述装置内，且/或在步骤d.之前或期间，从所述装置自动化地收集一种或多种无细胞NA。5.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述一种或多种分离和/或纯化的cfNA经历一次或多次进一步ETP运行以进一步分离和/或纯化所述一种或多种cfNA。6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其进一步包括在步骤d.之后的至少一个基于SPRI珠的清理步骤。7.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括在步骤c.期间使用ETP上位标记物。8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤b.的所述样品的样品体积为0.25mL或更小、0.25mL或更大、0.5mL或更大、0.75mL或更大、1.0mL或更大、2.5mL或更大、5.0mL或更大、7.5mL或更大、10.0mL或更大、12.5mL或更大或者15.0mL或更大。9.一种用于检测包含胎儿和母体无细胞DNA的母体样品中的胎儿来源的来源贡献以及一个或多个基因组区域中的胎儿拷贝数变异(CNV)存在或不存在的测定法，所述测定法包括以下步骤：a.通过实施基于ETP的分离和/或纯化从母体样品中分离和/或纯化cfNA，例如，cfDNA，以获得分离和/或纯化的母体样品；b.使(i)第一组两个或更多个固定序列寡核苷酸与(ii)所述分离和/或纯化的母体样品中的所述无细胞DNA杂交，其中所述第一组固定序列寡核苷酸包含第一和第二固定序列寡核苷酸，所述第一和第二固定序列寡核苷酸与第一基因组区域内的至少48个且小于2000个基因座中每一个基因座内的连续区域互补，其中所述第一组固定序列寡核苷酸中的至少一个包含通用引物区域并且所述第一组固定序列寡核苷酸中的所述第一固定序列寡核苷酸的解链温度(Tm)在两摄氏度的范围内变动；c.使(i)第二组两个或更多个固定序列寡核苷酸与(ii)所述分离和/或纯化的母体样品中的所述无细胞DNA杂交，其中所述第二组固定序列寡核苷酸包含第一和第二固定序列寡核苷酸，所述第一和第二固定序列寡核苷酸与第二基因组区域内的至少48个且小于2000个基因座中每一个基因座内的连续区域互补，其中所述第二组固定序列寡核苷酸中的至少一个包含通用引物区域并且所述第二组固定序列寡核苷酸中的所述第一固定序列寡核苷酸的所述Tm在两摄氏度的范围内变动；d.使(i)第三组至少两个固定序列寡核苷酸与(ii)所述分离和/或纯化的母体样品中的所述无细胞DNA杂交，其中所述第三组至少两个固定序列寡核苷
酸与两个或更多个多态性信息基因座的连续、多态性区域互补；e.将杂交的第一组固定序列寡核苷酸连接以生成与所述第一基因组区域互补的连续连接产物，将杂交的第二组固定序列寡核苷酸连接以生成与所述第二基因组区域互补的连续连接产物，并且将杂交的第三组固定序列寡核苷酸连接以生成与所述多态性信息基因座互补的连续连接产物；f.使用所述通用引物区域扩增所述连续连接产物以生成扩增产物；g.使用高通量测序，通过平均至少100次测量来自所述第一基因组区域和所述第二基因组区域的每一个基因座来检测所述扩增产物；以及h.确定所测量的来自所述第一和第二基因组区域的所述基因座的相对频率，其中所测量的来自所述第一基因组区域的所述基因座的所述相对频率与所测量的来自所述第二基因组区域的所述基因座的所述相对频率不同，指示胎儿拷贝数变异的存在，所述确定不依赖于对所述第一和第二基因组区域内的多态性的检测，并且在所述多态性信息基因座处源自所述胎儿来源与母体来源的序列读段的比例指示所述来源贡献，其中来自所述胎儿来源的所述来源贡献为至少5％且低于25％。10.一种用于使用单一测定法来检测包含胎儿和母体无细胞DNA的母体样品中的胎儿来源的来源贡献以及胎儿非整倍性存在或不存在的测定法，所述测定法包括以下步骤：a.通过实施基于ETP的分离和/或纯化从母体样品中分离和/或纯化cfNA，例如，cfDNA，以获得分离和/或纯化的母体样品；b.使(i)第一组两个或更多个固定序列寡核苷酸与(ii)所述分离和/或纯化的母体样品中的所述无细胞DNA杂交，其中所述第一组固定序列寡核苷酸包含第一和第二固定序列寡核苷酸，所述第一和第二固定序列寡核苷酸与对应于第一染色体的至少48个且小于2000个基因座中每一个基因座内的连续区域互补，并且所述第一组固定序列寡核苷酸中的所述第一固定序列寡核苷酸的解链温度(Tm)在两摄氏度的范围内变动；c.使(i)第二组两个或更多个固定序列寡核苷酸与(ii)所述分离和/或纯化的母体样品中的所述无细胞DNA杂交，其中所述第二组固定序列寡核苷酸包含第一和第二固定序列寡核苷酸，所述第一和第二固定序列寡核苷酸与对应于第二染色体的至少48个且小于2000个基因座中每一个基因座内的连续区域互补，并且所述第二组固定序列寡核苷酸中的所述第一固定序列寡核苷酸的所述Tm在两摄氏度的范围内变动；d.使(i)第三组至少两个固定序列寡核苷酸与(ii)所述分离和/或纯化的母体样品中的所述无细胞DNA杂交，其中所述第三组至少两个固定序列寡核苷酸与两个或更多个多态性信息基因座的连续、多态性区域互补；e.将杂交的第一组固定序列寡核苷酸连接以生成与所述第一染色体上的所述基因座互补的连续连接产物，将杂交的第二组固定序列寡核苷酸连接以生成与所述第二染色体上的所述基因座互补的连续连接产物，并且将杂交的第三组固定序列寡核苷酸连接以生成与所述多态性信息基因座互补的连续连接产物；f.扩增所述连续连接产物以生成扩增产物；g.使用高通量测序，通过平均至少100次测量所述第一染色体上的每一个基因座、所述第二染色体上的每一个基因座和每一个信息基因座来检测所述扩增产物；以及h.确定所测量的来自所述第一和第二基因组区域的所述基因座的相对频率，其中所测量的来自所述第一基因组区域的所述基因座的所述相对频率与所测量的来自所述第二基因组区域的所述基因座的所述相对频率不同，指示胎儿拷贝数变异的存在，所述确定不依赖于对所述第一和第二基因组区域内的多态性的检测，并且在所述多态性信息基因座处源自所述胎儿来源与母体来源的序列读段的比例指示所述来源贡献，其中来自所述胎儿来源的所述来源贡献为至少5％且低于25％。
11.一种用于检测包含胎儿和母体无细胞DNA的母体样品内的胎儿来源的来源贡献以及一个或多个基因组区域中的胎儿CNV存在或不存在的测定法，所述测定法包括以下步骤：a.通过实施基于ETP的分离和/或纯化从母体样品中分离和/或纯化cfNA，例如，cfDNA，以获得分离和/或纯化的母体样品；b.使(i)第一组两个或更多个固定序列寡核苷酸与(ii)所述分离和/或纯化的母体样品中的所述无细胞DNA杂交，其中所述第一组固定序列寡核苷酸包含第一和第二固定序列寡核苷酸，所述第一和第二固定序列寡核苷酸与第一基因组区域内的二十四个或更多个基因座的区域互补，并且所述第一组固定序列寡核苷酸中的所述第一固定序列寡核苷酸的解链温度(Tm)在两摄氏度的范围内变动；c.使(i)第二组两个或更多个固定序列寡核苷酸与(ii)所述分离和/或纯化的母体样品中的所述无细胞DNA杂交，其中所述第二组固定序列寡核苷酸包含第一和第二固定序列寡核苷酸，所述第一和第二固定序列寡核苷酸与第二基因组区域内的二十四个或更多个基因座的区域互补，并且所述第二组固定序列寡核苷酸中的所述第一固定序列寡核苷酸的所述Tm在两摄氏度的范围内变动；d.使(i)第三组至少两个固定序列寡核苷酸与(ii)所述分离和/或纯化的母体样品中的所述无细胞DNA杂交，其中所述第三组至少两个固定序列寡核苷酸与两个或更多个多态性信息基因座的连续、多态性区域互补；e.使(i)桥接寡核苷酸与(ii)所述分离和/或纯化的母体样品中的所述无细胞DNA杂交，其中所述桥接寡核苷酸与位于与所述第一组、第二组和第三组固定序列寡核苷酸互补的区域之间的所述基因座中的区域互补；f.将所述第一组固定序列寡核苷酸与所述桥接寡核苷酸连接以生成与所述第一基因组区域中的所述基因座互补的连续连接产物，将所述第二组固定序列寡核苷酸与所述桥接寡核苷酸连接以生成与所述第二基因组区域所缔合的基因座互补的连续连接产物，并且将杂交的第三组固定序列寡核苷酸连接以生成与所述多态性信息基因座互补的连续连接产物；g.扩增所述连续连接产物以生成扩增产物；h.使用高通量测序，通过平均至少100次测量所述第一基因组区域中的每一个基因座和所述第二基因组区域中的每一个基因座来检测所述扩增产物；以及i.确定所测量的来自所述第一和第二基因组区域的所述基因座的相对频率，其中所测量的来自所述第一基因组区域的所述基因座的所述相对频率与所测量的来自所述第二基因组区域的所述基因座的所述相对频率不同，指示胎儿拷贝数变异的存在，所述确定不依赖于对所述第一和第二基因组区域内的多态性的检测，并且在所述多态性信息基因座处源自所述胎儿来源与母体来源的序列读段的比例指示所述来源贡献，其中来自所述胎儿来源的所述来源贡献为至少5％且低于25％。12.一种用于提供胎儿拷贝数变异的统计学可能性的测定方法，其包括：提供包含母体和胎儿无细胞DNA的母体血浆或血清样品；通过实施基于ETP的分离和/或纯化来分离和/或纯化所述无细胞DNA；通过使成组的至少两个包含与第一靶基因组区域中的基因座互补的区域的固定序列寡核苷酸杂交来查询至少48个来自所述第一靶基因组区域的非多态性基因座，其中每一组的所述固定序列寡核苷酸中的一个包含第一捕获区域、第一标签结合区域和两个限制位点；通过使成组的至少两个包含与第二靶基因组区域中的基因座互补的区域的固定序列寡核苷酸杂交来查询至少48个来自所述第二靶基因组区域的非多态性基因座，其中每一组的所述固定序列寡核苷酸中的一个包含第一捕获区域、第二标签结合区域和两个限制位点；将杂交的固定序列寡核苷酸连接；扩增连接的固定序列寡核苷酸以生成扩增子；在所述限制位点处裂解...
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