一种鉴定白化茶树品种的茶树MNP分子标记组合、方法及应用技术

本发明专利技术公开了一种鉴定白化茶树品种的茶树MNP分子标记组合，所述分子标记组合包含59对引物组合，所述59对引物的序列如Seq ID No：1

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定白化茶树品种的茶树MNP分子标记组合、方法及应用


[0001]本专利技术涉及茶树生物
，特别是涉及一种鉴定白化茶树品种的茶树MNP分子标记组合、方法及应用。

技术介绍

[0002]近年来，随着新培育的白化茶树品种不断增多，且个别品种的茶苗价格较高，一些商贩利用茶苗性状不易鉴定等特点，对一些茶树品种进行更名销售，导致市场上“同物异名”和“同名异物”的现象时有发生，这极大的破坏了市场秩序，因此，为了规范市场秩序，维护育种者和茶农的权益，迫切需要对茶树品种进行精准鉴别。
[0003]利用分子标记技术分析茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系，是阐明茶树的遗传基础及改良茶树种质资源的基础。尽管近年来，分子标记技术发展迅速，但是在茶树遗传多样性的研究中目前还主要依靠SSR分子标记技术，较少的研究逐渐应用基于覆盖全基因水平的SNP标记研究茶树的遗传多样性。
[0004]靶向测序基因型检测技术(genotyping by target sequencing,GBTS)是近几年新发展起来的一种SNP检测技术，同全基因组测序和全基因组重测序相比，该技术不需要对整个基因组进行测序；同随机简化基因组测序相比，该技术可对基因组上任意感兴趣的位点进行测序和基因型检测。因此该技术具有检测效率高、成本低、适应性广、应用灵活等特点。
[0005]常规的靶向测序基因型检测技术，仅在一个扩增子内扩增一个SNP位点；近年来，随着分子标记技术的快速发展，依托于GBTS，发展出了在一个扩增子内可同时扩增多个SNP位点的分子标记技术，即为MNP分子标记技术。该技术同SSR标记和SNP标记相比，具有更为丰富的基因型信息、更高的检出效率、更高的准确性等特点，其品种区分能力是SSR标记的数倍。该项检测技术已经在水稻、玉米、小麦、番茄等多个领域有应用，但目前未见任何关于茶树领域的应用报道，茶树领域基因组复杂度高且重复位点较多，因此，增大了MNP分子标记技术在这一领域的应用难度。

技术实现思路

[0006]本专利技术要解决的技术问题是提供一种茶树MNP分子标记组合，使其能用于鉴定白化茶树品种，鉴定成本低、鉴定效率高且精准度高。
[0007]为解决上述技术问题，本专利技术采用如下技术方案：
[0008]一种鉴定白化茶树品种的茶树MNP分子标记组合，所述分子标记组合包含59对引物组合，所述59对引物的序列如Seq ID No：1
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118所示。
[0009]作为本专利技术进一步地改进，所述白化茶树品种为白叶1号、中黄3号、中黄1号、黄金芽、建德白茶、黄金叶、天台白茶、景白1号、白鸡冠、中黄2号、花月、黄金菊、BJG
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F1
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1、BJG
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F1
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2、中茶129、BY
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3、BY
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1、BY
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2中的任一种。
[0010]基于上述开发的茶树MNP分子标记组合：
[0011]本专利技术还提供了一种鉴定白化茶树品种的试剂盒。
[0012]以及，本专利技术还提供了上述茶树MNP分子标记组合在鉴定白化茶树品种中的应用。
[0013]以及，本专利技术还提供了利用上述茶树MNP分子标记组合鉴定白化茶树品种的方法，包括如下步骤：(1)提取待鉴定品种DNA；(2)利用MNP分子标记组合形成的液相芯片对目标区段进行深度测序；(3)对深度测序区段进行基因型分析；(4)将该待鉴定品种的所有MNP位点的基因型数据与预先建立的白化茶树品种MNP数据库进行比对，从而确定该品种名称。
[0014]进一步地，所述预先建立的白化茶树品种MNP数据库中包括18种白化茶树品种，分别为白叶1号、中黄3号、中黄1号、黄金芽、建德白茶、黄金叶、天台白茶、景白1号、白鸡冠、中黄2号、花月、黄金菊、BJG
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F1
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1、BJG
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F1
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2、中茶129、BY
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3、BY
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1、BY
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2。。
[0015]通过采用上述技术方案，本专利技术至少具有以下优点：
[0016](1)本专利技术选取国家种质杭州茶树圃内的18份茶树资源作为初始的实验材料，并基于18份白化茶树资源的重测序数据，首次在茶树中开发了一批MNP分子标记组合，并对品种鉴定能力进行了验证。结果表明，59对引物包含的222个SNP位点可实现对18份白化茶树资源的准确鉴别。
[0017](2)利用本专利技术的茶树MNP分子标记组合进行白化茶树品种鉴定时，采用基于测序的液相芯片GBTS技术，和其它技术相比，具有检测平台的广适性、标记的灵活性、检测的高效性和信息的可加性等特点，应用前景广阔。
[0018](3)本专利技术分别开发了260个标记位点、390个标记位点和650个标记位点的3套MNP标记，并通过亲缘关系对比分析，表明利用3套MNP标记分析18份茶树资源的亲缘关系具有一定的可靠性，且利用较少的MNP标记位点——260个MNP标记即能满足18份茶树的品种鉴别需求。
[0019](4)本专利技术在260个MNP标记的基础上，通过设计多重PCR引物，利用GBTS技术对18份茶树资源进行靶向深度测序，通过对变异位点的分析，结果在260个MNP标记位点中，最后保留了59个MNP标记；并且对这18份茶树进行了亲缘关系分析，其亲缘关系分析结果与基于260个MNP位点和基于覆盖全基因组的SNP位点的聚类结果相一致，表明利用较少的MNP标记位点——59个MNP标记即能实现对18份白化茶树的品种区分。
[0020](5)面对茶树基因组的复杂性，本专利技术通过大量实验、对比分析验证，最终获得了数量较少、成本较低的MNP分子标记组合，且该分子标记组合可实现18份白化茶树品种的精准、高效鉴定，有利于维护育种者和茶农的权益，规范市场秩序，适于推广应用。
附图说明
[0021]上述仅是本专利技术技术方案的概述，为了能够更清楚了解本专利技术的技术手段，以下结合附图与具体实施方式对本专利技术作进一步的详细说明。
[0022]图1是SNP和InDel变异分析图；其中，A.SNP变异位点统计；B.InDel变异位点统计；C.CDS区SNP位点功能注释结果统计；D.InDel区SNP位点功能注释结果统计；
[0023]图2是MNP标记在染色体上的分布图，其中，A.260个位点；B.390个位点；C.650个位点；
[0024]图3是基于MNP标记和重测序数据的18份茶树资源的进化关系分析图，其中，A.260个位点；B.390个位点；C.650个位点；D.覆盖全基因组的SNP位点；
[0025]图4是基于59个MNP标记的18份茶树资源的遗传多样性分析(进化树分析)图；
[0026]图5是18份茶树的品种间距离分析；注：品种间距离表示样本间差异MNP位点数占总MNP位点数的比例。
具体实施方式
[002本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定白化茶树品种的茶树MNP分子标记组合，其特征在于，所述分子标记组合包含59对引物组合，所述59对引物的序列如Seq ID No：1
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118所示。2.根据权利要求1所述的鉴定白化茶树品种的茶树MNP分子标记组合，其特征在于，所述白化茶树品种为白叶1号、中黄3号、中黄1号、黄金芽、建德白茶、黄金叶、天台白茶、景白1号、白鸡冠、中黄2号、花月、黄金菊、BJG
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F1
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1、BJG
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F1
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2、中茶129、BY
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3、BY
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1、BY
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2中的任一种。3.一种鉴定白化茶树品种的试剂盒，其特征在于，包含权利要求1或2所述的鉴定白化茶树品种的茶树MNP分子标记组合。4.一种权利要求1或2所述的茶树MNP分子标记组合在鉴定白化茶树品种中的应用。5.一种利用茶树MNP分子标记组合鉴定白化...

【专利技术属性】
技术研发人员：马春雷，刘丁丁，陈杰丹，马建强，陈亮，
申请(专利权)人：中国农业科学院茶叶研究所，
类型：发明
国别省市：