使用微小RNA诊断胃癌的方法技术

我们描述了诊断胃癌的方法。该方法可包括检测个体的样品中或来自个体的样品中miRNA的表达水平。可以检测来自样品的细胞外囊泡(EV)中的miRNA表达水平。miRNA可以选自由以下组成的组：hsa

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用微小RNA诊断胃癌的方法
[0001]领域
[0002]本专利技术涉及医学、细胞生物学、分子生物学和遗传学领域。
[0003]背景
[0004]微小RNA(MicroRNA,miRNA)是调节蛋白质表达并在几个关键细胞过程例如细胞分化、增殖和凋亡中发挥生理重要性的非编码小RNA(约19
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22个核苷酸)。可以在诸如血清、血浆或全血的生物流体中轻松检测到的循环miRNA是用于非侵入性检测各种疾病(包括癌症)的有前景的液体活检生物标志物。此外，已证明影响miRNA的畸变显著影响癌症的发生和进展。
[0005]由于miRNA在血清/血浆中的稳定性，miRNA具有用作疾病的循环生物标志物的良好潜力，已被给予大量关注和巨大努力以鉴定用于早期检测、预后或治疗目的的miRNA生物标志物。
[0006]然而，在疾病发作期间miRNA表达水平的变化可能是细微的，从而使诊断富有挑战性。理想的液体活检生物标志物应该在癌症样品和对照样品之间具有在临床环境中能够容易检测的高信噪比。因此，当前的挑战是测量疾病个体和健康个体中miRNA表达水平的小差异。检测患病样品和健康样品之间循环miRNA量的细微但有意义的差异仍然是临床环境中的关键挑战，因为生物标志物的信噪比通常是低的。
[0007]在不同研究中鉴定的miRNA特征存在很大差异。变化的原因之一是样品处理会影响血液样品中的溶血程度，导致miRNA从裂解的RBC中释放并从而改变miRNA谱。
[0008]细胞外囊泡(extracellular vesicle,EV)在细胞通讯中发挥重要作用，并促进肿瘤发展。EV中的miRNA表达经常失调，并且癌细胞可能会主动将将含有miRNA的EV分泌到癌症微环境中。因此，从EV中分离miRNA可能会减少生物流体中存在的潜在污染性miRNA，因此可用于癌症或其他疾病的早期诊断。然而，EV的分离可能既费力又费时，这限制了其在临床环境中的应用。迄今为止，尚未对EV
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miRNA分离方法进行系统和全面的评价，并且没有用于EV
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miRNA分离的标准化方案。
[0009]概述
[0010]虽然miRNA已被提议用于癌症包括胃癌的诊断，但迄今为止，在针对同一疾病的不同研究中确定的miRNA特征之间还没有很好的相关性。
[0011]例如，Leidner et al(2013)和Tiberio et al(2015)提供了使用miRNA作为诊断标志物时面临的问题的实例。
[0012]·
Leidner RS，Li L，Thompson CL.Dampening enthusiasm for circulating microRNA in breast cancer.PLoS One.2013；8(3)：e57841.doi：10.1371/journal.pone.0057841
[0013]·
Tiberio P，Callari M，Angeloni V，Daidone MG，Appierto V.Challenges in using circulating miRNAs as cancer biomarkers.Biomed Res Int.2015；2015：731479.doi：10.1155/2015/731479
[0014]相比之下，要求保护的专利技术允许可以提高信噪比的改进，因此更可靠地鉴别在胃
癌中差异表达的miRNA，并因此导致要求保护的测定的诊断性能相对于现有技术获得改善。
[0015]此外，许多与胃癌相关的症状并不是胃癌特异性的。因此，在晚期(此时症状的严重程度会导致医生进行相关成像测试或内窥镜测试)之前，无法明确鉴定胃癌。
[0016]早期治疗的患者的生存率远高于在晚期癌症患者中发现的生存率。因此，可用于胃癌早期诊断的可靠测试是有价值的。
[0017]如Pasechnikov et al(2014)和Kim等人所表明的，目前的筛查方法通常使用侵入性(活检或内窥镜检查)或基于成像的方法(通常使患者暴露于放射性和/或成本高昂)。
[0018]·
Pasechnikov V，Chukov S，Fedorov E，Kikuste I，Leja M.Gastric cancer：prevention，screening and early diagnosis.World J Gastroenterol.2014；20(38)：13842
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13862.doi：10.3748/wjg.v20.i38.13842
[0019]·
Kim GH，Liang PS，Bang SJ，Hwang JH.Screening and surveillance for gastric cancer in the United States：Is it needed？Gastrointest Endosc.2016 Jul；84(1)：18
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28.doi：10.1016/j.gie.2016.02.028.Epub 2016 Mar 3.
[0020]目前可用的非侵入性测试，如胃蛋白酶原、幽门螺杆菌(H.pylori)血清学等不能提供所需的特异性和灵敏度。
[0021]因此，我们提供了相对于目前可用的方法有所改进，并且可用于在整个人群中诊断胃癌的非侵入性方法。
[0022]在一些实施方案中，使用该测试的阳性诊断可导致使用更具侵入性的金标准测试(例如内窥镜检查或活检)的进一步确认测试。这也会首先减少需要接受此类侵入性且昂贵的测试的患者数量。
[0023]根据本专利技术的第一方面，我们提供了诊断胃癌的方法。该方法可以包括检测来自个体的样品中或个体的样品中的miRNA表达水平。
[0024]miRNA可以选自由以下组成的组：hsa
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miR
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484、hsa
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miR
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186
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5p、hsa
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miR
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142
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5p、hsa
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miR
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320d、hsa
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miR
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320a、hsa
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miR
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320b和hsa
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miR
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5p。该方法可以是这样的，与来自已知未患胃癌的个体的样品中或该个体的样品中miRNA的表达水平相比改变的miRNA表达水平指示该个体患有或可能患有胃癌。
[0025]可以检测来自个体的样品中或该个体的样品中的细胞外囊泡(EV)中的miRNA表达水平。
[0026]miRNA可以包含hsa
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miR
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484。hsa
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miR
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种诊断胃癌的方法，其中所述方法包括在来自个体的样品中或个体的样品中检测：miRNA的表达水平，所述miRNA选自由以下组成的组：hsa
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miR
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484、hsa
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miR
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186
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5p、hsa
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miR
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142
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5p、hsa
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miR
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320d、hsa
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miR
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320a、hsa
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miR
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320b和hsa
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miR
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17
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5p；其中与来自已知未患胃癌的个体的样品中或已知未患胃癌的个体的样品中所述miRNA的表达水平相比改变的所述miRNA表达水平指示所述个体患有或可能患有胃癌。2.根据权利要求1所述的方法，其中在细胞外囊泡(EV)中检测所述miRNA，并且：(a)hsa
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miR
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484包含具有miRBase登录号MIMAT0002174的多核苷酸序列或其变体、同源物、衍生物或片段，例如与其具有75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性且包含hsa
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miR
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484活性的序列，并且其中所述改变的表达水平包括增加的hsa
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miR
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484表达水平；(b)hsa
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miR
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186
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5p包含具有miRbase登录号MIMAT0000456的多核苷酸序列或其变体、同源物、衍生物或片段，例如与其具有75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性且包含hsa
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miR
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186
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5p活性的序列，并且其中所述改变的表达水平包括增加的hsa
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miR
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186
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5p表达水平；(c)hsa
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miR
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5p包含具有miRBase登录号MIMAT0000433的多核苷酸序列或其变体、同源物、衍生物或片段，例如与其具有75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性且包含hsa
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miR
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142
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5p活性的序列，并且其中所述改变的表达水平包括降低的hsa
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miR
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5p表达水平；(d)hsa
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miR
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320d包含具有miRBase登录号MIMAT0006764的多核苷酸序列或其变体、同源物、衍生物或片段，例如与其具有75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性且包含hsa
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miR
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320d活性的序列，并且其中所述改变的表达水平包括增加的hsa
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miR
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320d表达水平；(e)hsa
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miR
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320a包含具有miRBase登录号MI0000542的多核苷酸序列或其变体、同源物、衍生物或片段，例如与其具有75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性且包含hsa
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miR
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320a活性的序列，并且其中所述改变的表达水平包括增加的hsa
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miR
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320a表达水平；(f)hsa
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miR
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320b包含具有miRBase登录号MIMAT0005792的多核苷酸序列或其变体、同源物、衍生物或片段，例如与其具有75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性且包含hsa
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miR
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320b活性的序列，并且其中所述改变的表达水平包括增加的hsa
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miR
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320b表达水平；或(g)hsa
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miR
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5p包含具有miRBase登录号MIMAT0000070的多核苷酸序列或其变体、同源物、衍生物或片段，例如与其具有75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性且包含hsa
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miR
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17
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5p活性的序列，并且其中所述改变的表达水平包括降低的hsa
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miR
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17
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5p表达水平。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述方法包括检测所述组中的两种或更多种此类miRNA，例如三种miRNA、四种miRNA、五种miRNA、六种miRNA或七种miRNA在样品中，例如所述样品中的细胞外囊泡(EV)或所述样品的细胞外囊泡(EV)中的表达水平。4.根据权利要求1、2或3所述的方法，其中所述方法还包括检测样品中，例如所述样品
中的细胞外囊泡(EV)或所述样品的细胞外囊泡(EV)中hsa
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miR
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423
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5p(miRBase登录号MIMAT0004748)或其变体、同源物、衍生物或片段，例如与其具有至少75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性且包含hsa
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miR
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423
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5p活性的序列的表达水平。5.根据任一前述权利要求所述的方法，其中以下每个都指示胃癌：(a)hsa
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miR
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484的表达水平为0.39或更高；(b)hsa
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5p的表达水平为0.15或更高；(c)hsa
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5p的表达水平为
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0.35或更低；(d)hsa
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miR
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320d的表达水平为0.48或更高；(e)hsa
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320a的表达水平为0.49或更高；(f)hsa
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320b的表达水平为0.4或更高；(g)hsa
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miR
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17
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5p的表达水平为
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0.37或更低；(h)hsa
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miR
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423
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5p的表达水平为0.54或更高；(a)至(h)的每个都以log2(个体的表达水平/对照的表达水平)测量，其中对照指定来自已知未患胃癌的个体的样品中或已知未患胃癌的个体的样品中，例如所述样品中的细胞外囊泡(EV)或所述样品的细胞外囊泡(EV)中miRNA的表达水平。6.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述样品包括体液样品，例如鼻咽分泌物、尿液、血清、淋巴液、唾液、肛门分泌物和阴道分泌物、汗液或精液。7.根据任一前述权利要求所述的方法，其中使用基于聚合物的沉淀从所述样品中分离细胞外囊泡(EV)。8.根据任一前述权利要求所述的方法，其中所述检测包括聚合酶链式反应，例如实时聚合酶链式反应(RT
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PCR)、多重聚合酶链式反应(多重PCR)、RNA印迹、R...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱兴奋，钟家欣，郭家敏，邹瑞阳，
申请(专利权)人：觅瑞实验室私人有限公司，
类型：发明
国别省市：