本发明专利技术公开了一种食管癌或癌前病变的诊断或辅助诊断的试剂、试剂盒及其应用，涉及基因检测技术领域。以人RAPGEFL1基因的CpG岛的甲基化作为标志物，通过检测其甲基化水平的增加可以对食管癌进行诊断或辅助诊断，具有较高的灵敏度和特异性。采用本发明专利技术提供的检测试剂和试剂盒能有效地提高食管癌的检出率，从而满足食管癌/癌前病变早筛早诊的临床需求。足食管癌/癌前病变早筛早诊的临床需求。足食管癌/癌前病变早筛早诊的临床需求。
【技术实现步骤摘要】
一种食管癌或癌前病变的诊断或辅助诊断的试剂、试剂盒及其应用
[0001]本专利技术涉及基因检测
，具体而言，涉及一种食管癌或癌前病变的诊断或辅助诊断的试剂、试剂盒及其应用。
技术介绍
[0002]食管癌是发生在食管黏膜上皮及食管腺上皮的恶性肿瘤，是消化系统最常见的恶性肿瘤之一。据全球癌症统计数据显示，2018年食管癌的发病率居恶性肿瘤第八位，死亡率居第七位。
[0003]食管癌的早期诊断能明显提高治疗效果并改善患者的预后，目前内镜和细胞活检等技术相结合有效提高了高危人群中食管癌的检出率，但这些技术存在患者接受度低、操作不够灵活等问题。
[0004]近期分子生物学方面的进展为开发简便、有效的早期诊断方法提供了新的方向，食管癌组织中存在多基因、多位点的甲基化，并且在食管癌发生的早期即出现DNA甲基化的改变，因此，甲基化改变可以作为食管癌早期诊断的标志物，从DNA甲基化角度探索食管癌诊断策略已成为一种新的思路。
[0005]鉴于此，特提出本专利技术。
技术实现思路
[0006]本专利技术的目的在于提供一种食管癌或癌前病变的诊断或辅助诊断的试剂、试剂盒及其应用以解决上述技术问题。
[0007]本专利技术是这样实现的：
[0008]本专利技术提供了一种食管癌或癌前病变的诊断或辅助诊断的试剂在制备食管癌或癌前病变的诊断或辅助诊断产品中的应用，试剂为用于检测食管癌相关基因上的靶区域的甲基化的试剂，食管癌相关基因为RAPGEFL1基因，靶区域选自RAPGEFL1基因的如下至少一种区域中的全长区域或部分区域：区域1、区域2和区域3；
[0009]其中，区域1选自Chr17:40191282
‑
40191349正链，区域2选自 Chr17:40191371
‑
40191476正链，区域3选自 Chr17:40191544
‑
40191653正链。
[0010]以GRch38.p13基因组为参照，RAPGEFL1基因位于人的17号染色体上的40177010
‑
40195655位置。RAPGEFL1基因编码Rap型鸟苷酸交换因子1(rap guanine nucleotide exchange factor like 1)。
[0011]专利技术人发现，RAPGEFL1基因的三个区域在食管癌/癌前病变中的甲基化水平显著高于正常样本，基于此，可以通过检测这三个区域的甲基化水平实现食管癌诊断或辅助诊断，若这三个区域的中的至少一个区域的甲基化水平高于正常样本的甲基化水平，则可诊断或辅助诊断该样本患有食管癌/癌前病变。
[0012]在本专利技术应用较佳的实施方式中，上述靶区域选自RAPGEFL1 基因的区域3中的全
长区域或部分区域：区域3选自 Chr17:40191544
‑
40191653正链。
[0013]专利技术人发现区域3对于样本的检测灵敏度和特异性要优于区域1 和区域2对于样本的检测灵敏度和特异性。
[0014]在本专利技术应用较佳的实施方式中，上述试剂用于检测RAPGEFL1 基因上的区域1正链上的Chr7:40191282、Chr7:40191291、 Chr7:40191299、Chr7:40191305、Chr7:40191324、Chr7:40191333、 Chr7:40191342和Chr7:40191349至少一个位置上胞嘧啶的甲基化；
[0015]试剂用于检测RAPGEFL1基因上的区域2正链上的 Chr7:40191391、Chr7:40191399、Chr7:40191407、Chr7:40191456和 Chr7:40191458至少一个位置上胞嘧啶的甲基化；
[0016]试剂用于检测RAPGEFL1基因上的区域3正链上的 Chr7:40191545、Chr7:40191548、Chr7:40191552、Chr7:40191564、 Chr7:40191615、Chr7:40191618、Chr7:40191639、Chr7:40191642和 Chr7:40191652至少一个位置上胞嘧啶的甲基化。
[0017]在本专利技术应用较佳的实施方式中，上述食管癌诊断或辅助诊断产品选自如下产品中的至少一种：试剂盒、芯片和测序文库。
[0018]需要说明的是，上述食管癌或癌前病变的诊断或辅助诊断产品可以是任意一种的体外诊断产品形式，并不限于上述的试剂盒、芯片和测序文库的产品类型，只要能满足食管癌或癌前病变的诊断或辅助诊断的需求均在本专利技术的保护范围内。
[0019]在本专利技术应用较佳的实施方式中，上述试剂选自如下核酸组合中的至少一种：用于检测区域1的核酸组合1、用于检测区域2的核酸组合2和用于检测区域3的核酸组合3；
[0020]核酸组合1的碱基序列如SEQ ID NO.1
‑
3所示，核酸组合2的碱基序列如SEQ ID NO.4
‑
6所示，核酸组合3的碱基序列如SEQ IDNO.7
‑
9所示。
[0021]本专利技术还提供了一种检测RAPGEFL1基因CpG岛的甲基化水平的核酸组合，其选自如下核酸组合中的至少一种：核酸组合1、核酸组合2和核酸组合3。
[0022]核酸组合1的碱基序列如SEQ ID NO.1
‑
3所示，核酸组合2的碱基序列如SEQ ID NO.4
‑
6所示，核酸组合3的碱基序列如SEQ ID NO.7
‑
9所示。
[0023]需要说明的是，若一种核酸组合与上述核酸组合(核酸组合1
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3) 所示的碱基序列具有至少具有85％(例如85％、86％、87％、88％、 89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％等)以上的序列一致性，且该核酸组合同样具有一定的食管癌或癌前病变的诊断功能(特异性或灵敏度与本申请核酸组合1
‑
3相比，相当或略有下降或略有提高或大幅提高等)，也在本专利技术的保护范围内。
[0024]在本专利技术应用较佳的实施方式中，上述CpG岛选自RAPGEFL1 基因的如下区域中的全长区域或部分区域：
[0025]区域1、区域2和区域3。本专利技术中CpG岛与上述的靶区域等同。
[0026]其中，区域1选自Chr17:40191282
‑
40191349正链，区域2选自 Chr17:40191371
‑
40191476正链，区域3选自 Chr17:40191544
‑
40191653正链。
[0027]核酸组合1用于检测区域1，核酸组合2用于检测区域2，核酸组合3用于检测区域3。
[0028]癌变过程中，DNA甲基化水平的异常多发生在CpG岛内，CpG 岛主要位于基因的启动子和外显子区域，是富含CpG二核苷酸的区域，长度在200
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【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种试剂在制备食管癌或癌前病变的诊断或辅助诊断产品中的应用，其特征在于，所述试剂为用于检测食管癌相关基因上的靶区域的甲基化的试剂，所述食管癌相关基因为RAPGEFL1基因，所述靶区域选自RAPGEFL1基因的如下至少一种区域中的全长区域或部分区域：区域1、区域2和区域3；其中，所述区域1选自Chr17:40191282
‑
40191349正链，所述区域2选自Chr17:40191371
‑
40191476正链，所述区域3选自Chr17:40191544
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40191653正链。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述靶区域选自RAPGEFL1基因的区域3中的全长区域或部分区域：所述区域3选自Chr17:40191544
‑
40191653正链。3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂用于检测RAPGEFL1基因上的区域1正链上的Chr7:40191282、Chr7:40191291、Chr7:40191299、Chr7:40191305、Chr7:40191324、Chr7:40191333、Chr7:40191342和Chr7:40191349至少一个位置上胞嘧啶的甲基化；所述试剂用于检测RAPGEFL1基因上的区域2正链上的Chr7:40191391、Chr7:40191399、Chr7:40191407、Chr7:40191456和Chr7:40191458至少一个位置上胞嘧啶的甲基化；所述试剂用于检测RAPGEFL1基因上的区域3正链上的Chr7:40191545、Chr7:40191548、Chr7:40191552、Chr7:40191564、Chr7:40191615、Chr7:40191618、Chr7:40191639、Chr7:40191642和Chr7:40191652至少一个位置上胞嘧啶的甲基化；优选地，所述食管癌诊断或辅助诊断产品选自如下产品中的至少一种：试剂盒、芯片和测序文库。4.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂选自如下核酸组合中的至少一种：用于检测所述区域1的核酸组合1、用于检测所述区域2的核酸组合2和用于检测所述区域3的核酸组合3；所述核酸组合1的碱基序列如SEQ ID NO.1
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3所示，所述核酸组合2的碱基序列如SEQ ID NO.4
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6所示，所述核酸组合3的碱基序列如SEQ ID...
【专利技术属性】
技术研发人员：张良禄，周俊，董兰兰，熊杨辉，李婷婷，
申请(专利权)人：武汉艾米森生命科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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