一种判断复杂菌群中细菌相互作用强弱关系的方法技术

本发明专利技术公开了一种判断复杂菌群中细菌相互作用强弱关系的方法，其包括以下步骤：菌群样品的采集与宏基因组、宏转录组数据的测试和处理；筛选菌群中高丝氨酸内酯类信号分子合成酶基因；比较不同菌群高丝氨酸内酯类信号分子合成酶基因表达丰度差异；基于不同菌群之间高丝氨酸内酯信号分子合成酶基因的表达丰度的差异来判断不同菌群中细菌相互作用的强弱关系。高丝氨酸内酯信号分子合成酶基因表达丰度高的菌群中细菌相互作用强。本发明专利技术通过比较不同菌群中高丝氨酸内酯信号分子合成酶基因的表达丰度的高低，直接、准确、快速地判断菌群中细菌相互作用的强弱关系，降低了现有判断菌群中细菌间相互作用强弱关系的技术难度。

【技术实现步骤摘要】
一种判断复杂菌群中细菌相互作用强弱关系的方法
本专利技术属于细菌微生物检测的
，具体涉及一种判断复杂菌群中细菌相互作用强弱关系的方法。
技术介绍
在由多物种组成的细菌群落中，细菌间存在着代谢物交换、信号传导、对特定生态位竞争等相互作用。对于菌群中一定数量的细菌，彼此间存在的相互作用数量越多，意味着细菌间的相互作用关系越复杂、强度越高。不同环境或条件下细菌互相作用的强弱对比及其动态变化是近年来微生物生态领域的研究热点。目前，科研人员采用的一种技术是通过实验手段研究细菌间相互作用，例如通过对比向某菌群中引入另一种细菌前后菌群结构的差异与基因表达差异来研究该引入的细菌与菌群内原有各细菌之间是否存在相互作用关系及相互作用的强弱。这种技术的局限在于若待研究菌群群落结构复杂，则需要进行多组实验且仅限于对可纯培养的细菌进行研究。另一种技术是基于细菌共生网络来指示菌群中多种细菌相互作用的强弱关系，这种方法的局限性在于：一方面，该方法是基于细菌丰度的相关性表征细菌相互作用关系，细菌的丰度不属于细菌相互作用，而是细菌相互作用的结果之一，因此该本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种判断复杂菌群中细菌相互作用强弱关系的方法，其包括以下步骤：/n步骤1，菌群样品的采集与宏基因组、宏转录组数据的测试和处理；/n步骤2，筛选菌群中高丝氨酸内酯类信号分子合成酶基因；/n步骤3，比较不同菌群高丝氨酸内酯类信号分子合成酶基因表达丰度差异；/n步骤4，基于不同菌群之间所述高丝氨酸内酯信号分子合成酶基因的表达丰度的差异来判断所述不同菌群中细菌相互作用的强弱关系。/n

【技术特征摘要】
1.一种判断复杂菌群中细菌相互作用强弱关系的方法，其包括以下步骤：
步骤1，菌群样品的采集与宏基因组、宏转录组数据的测试和处理；
步骤2，筛选菌群中高丝氨酸内酯类信号分子合成酶基因；
步骤3，比较不同菌群高丝氨酸内酯类信号分子合成酶基因表达丰度差异；
步骤4，基于不同菌群之间所述高丝氨酸内酯信号分子合成酶基因的表达丰度的差异来判断所述不同菌群中细菌相互作用的强弱关系。


2.如权利要求1所述的判断复杂菌群中细菌相互作用强弱关系的方法，其特征在于：
在步骤4中，当一个菌群的所述高丝氨酸内酯信号分子合成酶基因的表达丰度高于另一个菌群的所述高丝氨酸内酯信号分子合成酶基因的表达丰度时，则判定所述一个菌群中的细菌相互作用强于所述另一个菌群中的细菌相互作用。


3.如权利要求1所述的判断复杂菌群中细菌相互作用强弱关系的方法，其特征在于：
步骤1中的所述菌群宏基因组数据的测试和预处理包括：提取菌群样品的总DNA样本、对所述DNA样本进行测序获得原始序列数据、对所述原始序列数据进行测试和质量控制、Contigs和Scaffolds的组装以及开放阅读框的判断。


4.如权利要求1所述的判断复杂菌群中细菌相互作用强弱关系的方法，其特征在于：
步骤1中的所述菌群宏转录组数据的测试和预处理包括：提取菌群样品的总RNA样本、对所述RNA样本进行测序获得原始序列数据、对所述原始序列数据进行测试和质量控制、将所述原始数据与所述菌群宏基因组数据进行...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘思彤，周建行，赵华章，陈倩，
申请(专利权)人：北京大学，
类型：发明
国别省市：北京;11