抗菌噬菌体、治疗用组合物、杀菌剂、食品、细菌鉴别试剂盒、治疗用组合物制造方法、细菌去除方法、细菌鉴别方法及动物治疗方法技术

本发明专利技术提供选择性地杀灭具有耐药基因等的细菌的抗菌噬菌体。该抗菌噬菌体包含CRISPR‑Cas13a，所述CRISPR‑Cas13a具备将特定基因作为靶标进行识别的靶序列。该靶序列被设计为14～28个碱基的crRNA的间隔序列。特定基因为耐药基因、毒素。耐药基因包含在以下细菌的基因组和/或质粒中，所述细菌包括由耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、耐万古霉素金黄色葡萄球菌、耐万古霉素肠球菌、耐青霉素肺炎链球菌、多重耐药铜绿假单胞菌、多重耐药鲍曼不动杆菌属、耐碳青霉烯铜绿假单胞菌、耐碳青霉烯沙雷氏菌、耐第三代头孢菌素肺炎克雷伯菌、耐第三代头孢菌素大肠杆菌、耐氟喹诺酮大肠杆菌构成的群组中的一种或任意的组合。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】抗菌噬菌体、治疗用组合物、杀菌剂、食品、细菌鉴别试剂盒、治疗用组合物制造方法、细菌去除方法、细菌鉴别方法及动物治疗方法
本专利技术特别涉及抗菌噬菌体、治疗用组合物、杀菌剂、食品、细菌鉴别试剂盒、治疗用组合物制造方法、细菌去除方法、细菌鉴别方法及动物治疗方法。
技术介绍
近年来，利用位点特异性的核酸酶来改变靶标DNA的被称为基因组编辑的技术备受瞩目。例如，在专利文献1中记载了使用CRISPR(ClusteredRegularlyInterspacedShortPalindromicRepeats：成簇的规律间隔的短回文重复序列)/Cas9(CrisprAssociatedprotein9：CRISPR相关蛋白9)的基因组编辑的技术。在CRISPR/Cas9中，将包含与DNA的靶点互补的序列的向导RNA和Cas9核酸酶注入到细胞内。然后，使向导RNA与靶点特异性结合。然后，以覆盖向导RNA和DNA的方式使Cas9蛋白质结合，并切断DNA。另一方面，近年来，对抗菌药无效的耐药菌的出现及其迅速蔓延成为问题。即，由于抗性菌以远远超过抗菌药的开发的速度出现，所以细菌感染症再次成为威胁人类健康的世界性问题。在此，以往已知作为使用噬菌体(bacteriophage，以下，称为“噬菌体”)的抗菌治疗法的噬菌体疗法。噬菌体疗法是利用作为感染细菌的病毒的噬菌体的溶菌活性来进行杀菌的治疗法，由于1915年发现噬菌体而进行了尝试，现在还被某些东欧国家应用于临床。由于以往的噬菌体比抗菌药的杀菌效力低，所以作为细菌感染症的治疗产品存在限制。现有技术文献专利文献专利文献1：国际公开第2014/204726号非专利文献非专利文献1：ShmakovS等，“DiscoveryandFunctionalCharacterizationofDiverseClass2CRISPR-CasSystems”，MolCell，2015年，Nov5，60(3)，p.385-397(“不同的2类CRISPR-Cas系统的发现和功能表征”，《分子细胞》杂志，2015年，Nov5，60(3)，p.385-397)非专利文献2：AbudayyehOO等，“C2c2isasingle-componentprogrammableRNA-guidedRNA-targetingCRISPReffector.”，Science，2016年，Aug5，353(6299)，aaf5573(“C2c2是一种单组分可编程的RNA引导的RNA靶向CRISPR效应蛋白”，《科学》杂志，2016年，Aug5，353(6299)，aaf5573)非专利文献3：GootenbergJS等，“NucleicaciddetectionwithCRISPR-Cas13a/C2c2.”，Science，2017年，Apr28，356(6336)，p.438-442(“使用CRISPR-Cas13a/C2c2进行核酸检测”，《科学》杂志，2017年，Apr28，356(6336)，p.438-442)
技术实现思路
专利技术要解决的问题然而，即使将现有的基因组编辑应用于噬菌体而在抗性菌的治疗中使用，也由于CRISPR/Cas9仅切断菌的基因组DNA，所以存在通过细菌自身的基因修复机制而无法获得杀菌效果的情况、或者诱发了菌的意外的遗传进化的情况。此外，菌内的耐药基因大多位于质粒上，这种情况下，以基因组DNA为靶标的CRISPR/Cas9则完全无法获得杀菌效果。因此，一直在通过耐药菌的治疗等寻求有效的噬菌体。本专利技术是鉴于这种状况而完成的，其目的在于解决上述问题。解决问题的方案本专利技术的抗菌噬菌体的特征在于，包含CRISPR-Cas13a，所述CRISPR-Cas13a具备将特定基因作为靶标进行识别的靶序列。本专利技术的抗菌噬菌体的特征在于，上述靶序列被设计为14～28个碱基的crRNA的间隔序列。本专利技术的抗菌噬菌体的特征在于，上述特定基因为任意的基因，以包含上述特定基因的任意的细菌作为抗菌对象。本专利技术的抗菌噬菌体的特征在于，上述特定基因为耐药基因或病原基因，包含在以下细菌的基因组和/或质粒中，所述细菌包括由耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)、耐万古霉素金黄色葡萄球菌(VRSA)、耐万古霉素肠球菌(VRE)、耐青霉素肺炎链球菌(PRSP)、多重耐药铜绿假单胞菌(MDRP)、多重耐药鲍曼不动杆菌属(MDRA)、耐碳青霉烯铜绿假单胞菌(CRPA)、耐碳青霉烯沙雷氏菌(CRSA)、耐第三代头孢菌素肺炎克雷伯菌(3GCRKP)、耐第三代头孢菌素大肠杆菌(3GCREC)、耐氟喹诺酮大肠杆菌(FQREC)、耐多粘菌素大肠杆菌(ColR-EC)构成的群组中的一种或任意的组合。本专利技术的抗菌噬菌体的特征在于，上述耐药基因或病原基因包括由mecA、vanA、vanB、vanC、vanD、vanE、vanG、vanL、vanM、vanN、pbp1a、pbp2b、pbp2x、blaIMP、blaVIM、blaOXA、blaSHV、blaSME、blaNDM、blaIMI、blaTEM、blaCMY、blaGES、blaCTX-M、blaKPC、aac(6')、parC、gyrA、qnrA、mcr构成的群组及其变异中的一种或任意的组合。本专利技术的抗菌噬菌体的特征在于，上述特定基因为毒素基因或病原基因，包含在下述细菌的基因组和/或质粒中，所述细菌包括由金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)、肉毒杆菌(Clostridiumbotulinum)、霍乱菌(Vibriocholerae)、大肠杆菌(Escherichiacoli)、肠炎弧菌(Vibrioparahaemolyticus)、破伤风杆菌(Clostridiumtetani)、威尔士菌(Clostridiumperfringens)、A群链球菌(Staphylococcuspyogenes)、艰难梭状芽胞杆菌(Clostridiumdifficile)、百日咳杆菌(Bordetellapertussis)、白喉杆菌(Corynebacteriumdiphtheriae)、痢疾杆菌(Shigelladysenteriae)、炭疽杆菌(Bacillusanthracis)、铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa)、单核细胞增生李斯特菌(Listeriamonocytogenes)、肺炎链球菌(Staphylococcuspneumoniae)构成的群组中的一种或任意的组合。本专利技术的抗菌噬菌体的特征在于，上述毒素基因包含由产生肠毒素、肉毒杆菌神经毒素、霍乱毒素、耐热性肠毒素、易热性肠毒素、耐热性溶血毒、志贺毒素、破伤风毒素、α毒素、杀白细胞素、β毒素、毒素性休克综合征毒素、链球菌溶血素O、发红毒、α溶血毒素、细胞毒性坏死因子I、A毒素、B毒素、百日咳毒素、白喉毒素、粘附素、分泌(透过)结构、溶解素、超抗原的基因构本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种抗菌噬菌体，其特征在于，/n所述抗菌噬菌体包含CRISPR-Cas13a，所述CRISPR-Cas13a具备将特定基因作为靶标进行识别的靶序列。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180522 JP 2018-0977511.一种抗菌噬菌体，其特征在于，
所述抗菌噬菌体包含CRISPR-Cas13a，所述CRISPR-Cas13a具备将特定基因作为靶标进行识别的靶序列。


2.根据权利要求1所述的抗菌噬菌体，其特征在于，
所述靶序列被设计为14～28个碱基的crRNA的间隔序列。


3.根据权利要求1或2所述的抗菌噬菌体，其特征在于，
所述特定基因为任意的基因，
以包含所述特定基因的任意的细菌作为抗菌对象。


4.根据权利要求1～3中任一项所述的抗菌噬菌体，其特征在于，
所述特定基因为耐药基因或病原基因，
所述特定基因包含在下述细菌的基因组和/或质粒中，所述细菌包括由耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)、耐万古霉素金黄色葡萄球菌(VRSA)、耐万古霉素肠球菌(VRE)、耐青霉素肺炎链球菌(PRSP)、多重耐药铜绿假单胞菌(MDRP)、多重耐药鲍曼不动杆菌属(MDRA)、耐碳青霉烯铜绿假单胞菌(CRPA)、耐碳青霉烯沙雷氏菌(CRSA)、耐第三代头孢菌素肺炎克雷伯菌(3GCRKP)、耐第三代头孢菌素大肠杆菌(3GCREC)、耐氟喹诺酮大肠杆菌(FQREC)、耐多粘菌素大肠杆菌(ColR-EC)构成的群组中的一种或任意的组合。


5.根据权利要求4所述的抗菌噬菌体，其特征在于，
所述耐药基因或病原基因包括由mecA、vanA、vanB、vanC、vanD、vanE、vanG、vanL、vanM、vanN、pbp1a、pbp2b、pbp2x、blaIMP、blaVIM、blaOXA、blaSHV、blaSME、blaNDM、blaIMI、blaTEM、blaCMY、blaGES、blaCTX-M、blaKPC、aac(6')、parC、gyrA、qnrA、mcr构成的群组及其变异中的一种或任意的组合。


6.根据权利要求1～3中任一项所述的抗菌噬菌体，其特征在于，
所述特定基因为毒素基因或病原基因，
所述特定基因包含在下述细菌的基因组和/或质粒中，所述细菌包括由金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)、肉毒杆菌(Clostridiumbotulinum)、霍乱菌(Vibriocholerae)、大肠杆菌(Escherichiacoli)、肠炎弧菌(Vibrioparahaemolyticus)、破伤风杆菌(Clostridiumtetani)、威尔士菌(Clostridiumperfringens)、A群链球菌(Staphylococcuspyogenes)、艰难梭状芽胞杆菌(Clostridiumdifficile)、百日咳杆菌(Bordetellapertussis)、白喉杆菌(Corynebacteriumdiphtheriae)、痢疾杆菌(Shigelladysenteriae)、炭疽杆菌(Bacillusanthracis)、铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa)、单核细胞增生李斯特菌(Listeriamonocytogenes)、肺炎链球菌(Staphylococcuspneumoniae)构成的群组中的一种或任意的组合。


7.根据权利要求6所述的抗菌噬菌体，其特征在于，
所述毒素基因包含由产生肠毒素、肉毒杆菌神经...

【专利技术属性】
技术研发人员：崔龙洙，气驾恒太朗，
申请(专利权)人：学校法人自治医科大学，
类型：发明
国别省市：日本;JP