产生包含神经氨酸酶的广泛保护性疫苗组合物的方法技术

本公开文本涉及一种用于产生重组神经氨酸酶(NA)多肽的基于簇的共有化方法。本公开文本进一步涉及包含所述该重组NA多肽的流感疫苗组合物。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】产生包含神经氨酸酶的广泛保护性疫苗组合物的方法本申请要求2018年3月28日提交的美国临时申请号62/649,002和2018年8月14日提交的美国临时申请号62/718,527的优先权权益，将两者的内容通过引用以其整体并入。本申请含有已经以ASCII格式电子提交并且通过引用以其整体特此并入的序列表。2019年3月27日创建的所述ASCII副本被命名为01121-0037-00PCT_SL.txt并且大小为69,015字节。流感是一种或多种流感病毒引起的高度传染性呼吸道疾病。当前，疫苗提供了最有效的抗流感防御。世界卫生组织每年都会更新疫苗组合物，以适应循环流感株的变化。但是，由于预测不正确而导致疫苗不匹配，即使在接种疫苗的人群中也可导致很高的发病率和死亡率。流感病毒在病毒膜表面含有两种结构糖蛋白，即血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)。HA结合唾液酸并负责病毒进入，而NA负责通过除去唾液酸来从感染细胞释放病毒。当前的流感疫苗通常基于诱导对HA的免疫应答。但是，HA的变异性可能导致此类疫苗仅对一小部分相关的循环株有效。NA通常也包含在流感疫苗组合物中。但是，本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种产生包括共有氨基酸的重组流感神经氨酸酶(NA)多肽的方法，其中所述方法包括：/na.选择多于一个流感NA多肽序列并比对所述序列；/nb.计算成对相似度/不相似度矩阵；/nc.从所述成对相似度/不相似度矩阵中鉴定并创建相似序列的簇；/nd.在每个簇中，在所述序列比对中使用成对比对方法确定每个位置是否存在共有氨基酸，其中如果给定位置的氨基酸频率为50％或更高，则将所述氨基酸指定为共有氨基酸，而如果给定位置的氨基酸频率小于50％，则将所述氨基酸指定为可变氨基酸；/ne.为每个簇产生包括共有氨基酸和可变氨基酸的第一序列；/nf.任选地，如果分析了多个簇，则通过以下将步骤(e)中产生的一个簇的第...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180328 US 62/649,002;20180814 US 62/718,5271.一种产生包括共有氨基酸的重组流感神经氨酸酶(NA)多肽的方法，其中所述方法包括：
a.选择多于一个流感NA多肽序列并比对所述序列；
b.计算成对相似度/不相似度矩阵；
c.从所述成对相似度/不相似度矩阵中鉴定并创建相似序列的簇；
d.在每个簇中，在所述序列比对中使用成对比对方法确定每个位置是否存在共有氨基酸，其中如果给定位置的氨基酸频率为50％或更高，则将所述氨基酸指定为共有氨基酸，而如果给定位置的氨基酸频率小于50％，则将所述氨基酸指定为可变氨基酸；
e.为每个簇产生包括共有氨基酸和可变氨基酸的第一序列；
f.任选地，如果分析了多个簇，则通过以下将步骤(e)中产生的一个簇的第一序列与另一个簇或多个簇中产生的第一序列进行比较：
i.为每个簇比对在步骤(e)中产生的序列；
ii.在所述序列比对中使用成对比对方法确定每个位置是否存在共有氨基酸，其中如果给定位置的氨基酸频率为50％或更高，则将所述氨基酸指定为共有氨基酸，而如果给定位置的氨基酸频率小于50％，则将所述氨基酸指定为可变氨基酸；以及
iii.产生包括共有氨基酸和可变氨基酸的第二序列；
g.在步骤(e)中产生的第一序列或步骤(f)(iii)中产生的第二序列中，通过以下确定每个可变氨基酸位置的共有氨基酸：
1.基于所述第一序列或所述第二序列产生一组测试序列，其中测试氨基酸位于所述可变氨基酸位置；
ii.对每个所述测试序列进行分子建模；
iii.通过选择导致多肽具有负总能量值的一个或多个氨基酸来确定每个可变氨基酸位置的共有氨基酸；以及
h.产生包括所述共有氨基酸的重组流感NA多肽。


2.根据权利要求1所述的方法，其中比对所述序列包括使用MAFFT、MUSCLE、CLUSTALOMEGA、FASTA、其组合或任何其他多序列比对软件包。


3.根据权利要求1或2所述的方法，其中计算所述成对相似度/不相似度矩阵包括使用BLOSUM、PAM、IDENTITY替换矩阵或其组合。


4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中从所述成对相似度/不相似度矩阵中鉴定和创建相似序列的簇包括使用K-均值聚类、极小极大聚类、主成分分析(PCA)、多维定标(MDS)或其组合。


5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中分子建模包括与流感NA多肽或蛋白的晶体结构进行比较。


6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中分子建模包括使用Rosetta或任何其他分子建模软件。


7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述测试氨基酸包括蛋白中发现的任何天然或非天然氨基酸。


8.一种使用根据权利要求1-7中任一项所述的方法产生的重组流感NA多肽。


9.根据权利要求8所述的重组流感NA多肽，其中所述多肽包括选自SEQIDNO:1、2或3的氨基酸序列或其片段，或与SEQIDNO:1、2或3具有至少85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列...

【专利技术属性】
技术研发人员：T·斯特拉格内尔，E·奥洛，R·奥曼，T·沃格尔，X·撒伦斯，E·乔布，
申请(专利权)人：圣诺菲·帕斯图尔公司，VIB研究所，根特大学，
类型：发明
国别省市：美国;US