【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于规划和执行高通量基因组制造操作的装置无关系统相关申请的交叉引用本申请要求2017年10月26日提交的第62/577,615号美国临时申请的优先权，且与2017年4月26日提交的第PCT/US2017/029725号国际申请(第US2017/0316353号美国专利公开)(“Codon”申请)相关，所述国际申请要求2016年4月27日提交的第15/140,296号美国非临时申请的优先权，所有这些文献的全文特此以引用的方式并入。
本公开大体针对高通量微生物基因工程，且更确切地说针对生成和处理建构图数据结构来控制并入有基因修饰的所关注产物在基因制造系统中的产生，针对生成和处理用于高通量系统中的生物组分的质量控制的数据结构。
技术介绍
在背景部分中论述的主题不应仅仅由于其在背景部分中被提及而被认为是现有技术。类似地，在背景部分中提到的或与背景部分的主题相关联的问题不应被认为先前已经在现有技术中得到识别。背景部分中的主题仅表示不同的方法，其本身也可对应于所要求的技术的实施方案。微生物工程能够生成新颖的化学品...
【技术保护点】
1.一种用于生成建构图数据结构来控制并入有基因修饰的至少一个所关注产物在基因制造系统中的产生的系统，所述系统包括：/n一或多个处理器；以及/n一或多个存储器，其存储指令，所述指令当由所述一或多个处理器中的至少一个执行时致使所述系统：/n访问生物工作流的描述，其中所述描述包含生物组分的表示；以及/n至少部分基于所述工作流描述汇编建构图数据结构，/n其中，在所述建构图数据结构中，每一生物组分由驻留在多个级中的一个级处的节点表示，/n其中所述多个级的给定级处的一或多个源节点以及所述给定级的子级处的目的地节点构成对应于所述子级的一或多个反应组中的一个反应组，/n其中每一反应组表示自...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171026 US 62/577,6151.一种用于生成建构图数据结构来控制并入有基因修饰的至少一个所关注产物在基因制造系统中的产生的系统，所述系统包括：
一或多个处理器；以及
一或多个存储器，其存储指令，所述指令当由所述一或多个处理器中的至少一个执行时致使所述系统：
访问生物工作流的描述，其中所述描述包含生物组分的表示；以及
至少部分基于所述工作流描述汇编建构图数据结构，
其中，在所述建构图数据结构中，每一生物组分由驻留在多个级中的一个级处的节点表示，
其中所述多个级的给定级处的一或多个源节点以及所述给定级的子级处的目的地节点构成对应于所述子级的一或多个反应组中的一个反应组，
其中每一反应组表示自身由所述给定级处的所述一或多个源节点表示的一或多个生物组分之间的反应，以产生由所述子级处的所述反应组的所述目的地节点表示的生物组分，
其中所述子级处的一或多个目的地节点充当所述给定级的孙级处的一或多个反应组中的一个反应组中的一或多个源节点，且
其中所述多个级的最终级处的至少一个目的地节点表示并入有不同级处的生物组分之间的反应所导致的基因修饰的所述至少一个所关注产物，且
其中处理所述建构图数据结构导致产生所述至少一个所关注产物。
2.根据权利要求1所述的系统，其中所述至少一个所关注产物包括核苷酸序列或微生物菌株。
3.根据权利要求1或2中任一权利要求所述的系统，其中所述给定级处的所述一或多个源节点中的至少一个属于两个不同的反应组。
4.根据权利要求1-3中任一权利要求所述的系统，其中所述一或多个存储器存储进一步指令，所述进一步指令用于至少部分基于共同工作流阶段的反应步骤的共同性确定针对不同工厂订单的两个或两个以上工作流阶段是可一起处理的所述共同工作流阶段，
其中汇编所述建构图数据结构至少部分基于所述共同工作流阶段。
5.根据权利要求1-4中任一权利要求所述的系统，其中所述一或多个反应组的第一反应组中的第一目的地节点表示预计由应用于由所述第一反应组中的所述一或多个源节点表示的一或多个生物组分的一或多个反应产生的一组非确定性生物组分。
6.根据权利要求1-5中任一权利要求所述的系统，其中所述第一目的地节点表示预计由在第二生物组分的一或多个非确定性位置处插入一或多个第一生物组分中的一个产生的所述组非确定性生物组分，其中所述第二生物组分为生物序列。
7.根据权利要求1-6中任一权利要求所述的系统，其中所述第一目的地节点表示预计由对第二生物组分内的一或多个相应指定位置处的一或多个生物组分的非确定性改变产生的所述组非确定性生物组分，其中所述第二生物组分为生物序列。
8.根据权利要求1-7中任一权利要求所述的系统，其中所述非确定性改变包括在所述第二生物组分内的所述一或多个指定位置中的每一个处用第一生物组分进行的替换。
9.根据权利要求1-8中任一权利要求所述的系统，其中每一第一生物组分为核苷酸，且所述第二生物组分为核苷酸序列。
10.根据权利要求1-9中任一权利要求所述的系统，其中反应组内的所述给定级处的第一源节点表示多个第一生物组分，或所述子级处的所述目的地节点表示多个第二生物组分。
11.根据权利要求1-10中任一权利要求所述的系统，其中由所述给定级处的所述一或多个源节点表示的所述一或多个生物组分为微生物菌株，且所述菌株之间的反应包括所述菌株之间的水平基因转移。
12.根据权利要求1-11中任一权利要求所述的系统，其中每一生物组分是核苷酸序列或微生物菌株中的至少一个。
13.一种计算机实施的方法，其用于生成建构图数据结构来控制并入有基因修饰的至少一个所关注产物在基因制造系统中的产生，所述方法包括：
访问生物工作流的描述，其中所述描述包含生物组分的表示；以及
至少部分基于所述工作流描述汇编建构图数据结构，
其中，在所述建构图数据结构中，每一生物组分由驻留在多个级中的一个级处的节点表示，
其中所述多个级的给定级处的一或多个源节点以及所述给定级的子级处的目的地节点构成对应于所述子级的一或多个反应组中的一个反应组，
其中每一反应组表示自身由所述给定级处的所述一或多个源节点表示的一或多个生物组分之间的反应，以产生由所述子级处的所述反应组的所述目的地节点表示的生物组分，
其中所述子级处的一或多个目的地节点充当所述给定级的孙级处的一或多个反应组中的一个反应组中的一或多个源节点，且
其中所述多个级的最终级处的至少一个目的地节点表示并入有不同级处的生物组分之间的反应所导致的基因修饰的所述至少一个所关注产物，且
其中处理所述建构图数据结构导致产生所述至少一个所关注产物。
14.根据权利要求13所述的方法，其中所述至少一个所关注产物包括核苷酸序列或微生物菌株。
15.根据权利要求13-14中任一权利要求所述的方法，其中所述给定级处的所述一或多个源节点中的至少一个属于两个不同的反应组。
16.根据权利要求13-15中任一权利要求所述的方法，其进一步包括至少部分基于共同工作流阶段的反应步骤的共同性确定针对不同工厂订单的两个或两个以上工作流阶段是可一起处理的所述共同工作流阶段，
其中汇编所述建构图数据结构至少部分基于所述共同工作流阶段。
17.根据权利要求13-16中任一权利要求所述的方法，其中所述一或多个反应组的第一反应组中的第一目的地节点表示预计由应用于由所述第一反应组中的所述一或多个源节点表示的一或多个生物组分的一或多个反应产生的一组非确定性生物组分。
18.根据权利要求13-17中任一权利要求所述的方法，其中所述第一目的地节点表示预计由在第二生物组分的一或多个非确定性位置处插入一或多个第一生物组分中的一个产生的所述组非确定性生物组分，其中所述第二生物组分为生物序列。
19.根据权利要求13-18中任一权利要求所述的方法，其中所述第一目的地节点表示预计由对第二生物组分内的一或多个相应指定位置处的一或多个生物组分的非确定性改变产生的所述组非确定性生物组分，其中所述第二生物组分为生物序列。
20.根据权利要求13-19中任一权利要求所述的方法，其中所述非确定性改变包括在所述第二生物组分内的所述一或多个指定位置中的每一个处用第一生物组分进行的替换。
21.根据权利要求13-20中任一权利要求所述的方法，其中每一第一生物组分为核苷酸，且所述第二生物组分为核苷酸序列。
22.根据权利要求13-21中任一权利要求所述的方法，其中反应组内的所述给定级处的第一源节点表示多个第一生物组分，且所述子级处的所述目的地节点表示多个第二生物组分。
23.根据权利要求13-22中任一权利要求所述的方法，其中由所述给定级处的所述一或多个源节点表示的所述一或多个生物组分为微生物菌株，且所述菌株之间的反应包括所述菌株之间的水平基因转移。
24.根据权利要求13-23中任一权利要求所述的方法，其中每一生物组分是核苷酸序列或微生物菌株中的至少一个。
25.一种使用根据权利要求13-24中任一权利要求所述的方法产生的微生物菌株。
26.一种非暂时性计算机可读介质，一或多个所述非暂时性计算机可读介质存储指令，所述指令用于生成建构图数据结构来控制并入有基因修饰的至少一个所关注产物在基因制造系统中的产生，其中所述指令当由一或多个计算装置执行时致使所述一或多个计算装置中的至少一个：
访问生物工作流的描述，其中所述描述包含生物组分的表示；以及
至少部分基于所述工作流描述汇编建构图数据结构，
其中，在所述建构图数据结构中，每一生物组分由驻留在多个级中的一个级处的节点表示，
其中所述多个级的给定级处的一或多个源节点以及所述给定级的子级处的目的地节点构成对应于所述子级的一或多个反应组中的一个反应组，
其中每一反应组表示自身由所述给定级处的所述一或多个源节点表示的一或多个生物组分之间的反应，以产生由所述子级处的所述反应组的所述目的地节点表示的生物组分，
其中所述子级处的一或多个目的地节点充当所述给定级的孙级处的一或多个反应组中的一个反应组中的一或多个源节点，且
其中所述多个级的最终级处的至少一个目的地节点表示并入有不同级处的生物组分之间的反应所导致的基因修饰的所述至少一个所关注产物，且
其中处理所述建构图数据结构导致产生所述至少一个所关注产物。
27.根据权利要求26所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中所述至少一个所关注产物包括核苷酸序列或微生物菌株。
28.根据权利要求26-27中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中所述给定级处的所述一或多个源节点中的至少一个属于两个不同的反应组。
29.根据权利要求26-28中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其存储进一步指令，所述进一步指令用于：
至少部分基于共同工作流阶段的反应步骤的共同性确定针对不同工厂订单的两个或两个以上工作流阶段是可一起处理的所述共同工作流阶段，
其中汇编所述建构图数据结构至少部分基于所述共同工作流阶段。
30.根据权利要求26-29中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中所述一或多个反应组的第一反应组中的第一目的地节点表示预计由应用于由所述第一反应组中的所述一或多个源节点表示的一或多个生物组分的一或多个反应产生的一组非确定性生物组分。
31.根据权利要求26-30中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中所述第一目的地节点表示预计由在第二生物组分的一或多个非确定性位置处插入一或多个第一生物组分中的一个产生的所述组非确定性生物组分，其中所述第二生物组分为生物序列。
32.根据权利要求26-31中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中所述第一目的地节点表示预计由对第二生物组分内的一或多个相应指定位置处的一或多个生物组分的非确定性改变产生的所述组非确定性生物组分，其中所述第二生物组分为生物序列。
33.根据权利要求26-32中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中所述非确定性改变包括在所述第二生物组分内的所述一或多个指定位置中的每一个处用所述一或多个第一生物组分中的一个进行的替换。
34.根据权利要求26-33中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中每一第一生物组分为核苷酸，且所述第二生物组分为核苷酸序列。
35.根据权利要求26-34中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中反应组内的所述给定级处的第一源节点表示多个第一生物组分，或所述子级处的所述目的地节点表示多个第二生物组分。
36.根据权利要求26-35中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中由所述给定级处的所述一或多个源节点表示的所述一或多个生物组分为微生物菌株，且所述菌株之间的反应包括所述菌株之间的水平基因转移。
37.根据权利要求26-36中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中每一生物组分是核苷酸序列或微生物菌株中的至少一个。
38.一种系统，其用于处理工厂订单来控制并入有基因修饰的一或多个所关注产物在基因制造系统中的产生，所述系统包括：
一或多个处理器；以及
一或多个存储器，其存储指令，所述指令当由所述一或多个处理器中的至少一个执行时致使所述系统：
访问多个工厂订单，其中每一工厂订单指示用于建构一或多个所关注产物的一或多种基因设计技术；
至少部分基于共同工作流阶段的反应步骤的共同性确定用于构建所述多个工厂订单的不同工厂订单的工作流的两个或两个以上工作流阶段是可一起处理的所述共同工作流阶段，其中每一工作流包括一系列工作流阶段，且每一工作流阶段包括一或多个反应步骤；以及
至少部分基于所述共同工作流阶段生成建构图数据结构。
39.根据权利要求38所述的系统，其中所述建构图数据结构的给定级处的表示所述共同工作流阶段的所述处理的目的地节点充当所述给定级处的连接到所述给定级的子级处的两个或两个以上目的地节点的源节点。
40.根据权利要求38-39中任一权利要求所述的系统，其中所述一或多个存储器存储进一步指令，用于至少部分基于所述不同工厂订单确定所述两个或两个以上共同工作流阶段。
41.一种计算机实施的方法，其用于处理工厂订单来控制并入有基因修饰的一或多个所关注产物在基因制造系统中的产生，所述方法包括：
访问多个工厂订单，其中每一工厂订单指示用于建构一或多个所关注产物的一或多种基因设计技术；
至少部分基于共同工作流阶段的反应步骤的共同性确定用于构建所述多个工厂订单的不同工厂订单的工作流的两个或两个以上工作流阶段是可一起处理的所述共同工作流阶段，其中每一工作流包括一系列工作流阶段，且每一工作流阶段包括一或多个反应步骤；以及
至少部分基于所述共同工作流阶段生成建构图数据结构。
42.根据权利要求41所述的方法，其中所述建构图数据结构的给定级处的表示所述共同工作流阶段的所述处理的目的地节点充当所述给定级处的连接到所述给定级的子级处的两个或两个以上目的地节点的源节点。
43.根据权利要求41-42中任一权利要求所述的方法，其进一步包括至少部分基于所述不同工厂订单确定所述两个或两个以上共同工作流阶段。
44.一种使用根据权利要求41-43中任一权利要求所述的方法产生的微生物菌株。
45.一种非暂时性计算机可读介质，一或多个所述非暂时性计算机可读介质存储指令，所述指令用于处理工厂订单来控制并入有基因修饰的一或多个所关注产物在基因制造系统中的产生，其中所述指令当由一或多个计算装置执行时致使所述一或多个计算装置中的至少一个：
访问多个工厂订单，其中每一工厂订单指示用于建构一或多个所关注产物的一或多种基因设计技术；
至少部分基于共同工作流阶段的反应步骤的共同性确定用于构建所述多个工厂订单的不同工厂订单的工作流的两个或两个以上工作流阶段是可一起处理的所述共同工作流阶段，其中每一工作流包括一系列工作流阶段，且每一工作流阶段包括一或多个反应步骤；以及
至少部分基于所述共同工作流阶段生成建构图数据结构。
46.根据权利要求45所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中所述建构图数据结构的给定级处的表示所述共同工作流阶段的所述处理的目的地节点充当所述给定级处的连接到所述给定级的子级处的两个或两个以上目的地节点的源节点。
47.根据权利要求45-46中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其存储进一步指令用于至少部分基于所述不同工厂订单确定所述两个或两个以上共同工作流阶段。
48.一种系统，其用于处理建构图数据结构来控制并入有基因修饰的所关注产物在基因制造系统中的产生，所述系统包括：
一或多个处理器；以及
一或多个存储器，其存储指令，所述指令当由所述一或多个处理器中的至少一个执行时致使所述系统：
访问包括多个节点的建构图数据结构，其中
每一节点表示生物组分且驻留在多个级中的一个级处，
所述多个级的给定级处的一或多个源节点以及所述给定级的子级处的目的地节点构成对应于所述子级的一或多个反应组中的一个反应组，且
每一反应组表示自身由所述给定级处的所述一或多个源节点表示的所述一或多个生物组分之间的反应，以产生由所述子级处的所述反应组的所述目的地节点表示的生物组分；以及
遍历所述多个级处的所述建构图数据结构以将对应于所述多个级处的所述节点的所述生物组分映射到用于产生所述所关注产物的物理实验室设备。
49.根据权利要求48所述的系统，其中所述一或多个存储器存储进一步指令，用于至少部分基于源物理介质内的生物组分的量确定用于提供相应生物组分的转移以产生由所述子级处的每一反应组内的所述目的地节点表示的所述生物组分的所述源物理介质的数目。
50.根据权利要求48-49中任一权利要求所述的系统，其中遍历所述建构图数据结构包括确定一或多个相应物理载体的物理介质上的生物组分的一或多个布局。
51.根据权利要求48-50中任一权利要求所述的系统，其中确定物理介质上的生物组分的一或多个布局是至少部分基于一或多个过程变化。
52.根据权利要求48-51中任一权利要求所述的系统，其中所述一或多个过程变化涉及物理载体上的物理介质的位置。
53.根据权利要求48-52中任一权利要求所述的系统，其中确定物理介质上的生物组分的一或多个布局是至少部分基于优化用于将生物组分从源物理介质有效地转移到目的地物理介质的一或多个布局。
54.根据权利要求48-53中任一权利要求所述的系统，其中所述一或多个存储器存储进一步指令，所述进一步指令用于：
接收最终物理载体的物理介质上的生物组分的最终布局，
其中所述最终布局的每一生物组分由所述建构图数据结构的最终级处的目的地节点表示，
其中遍历进一步包括确定所述多个级的相应一或多个非最终级处的一或多个相应物理载体的物理介质上的生物组分的一或多个布局。
55.根据权利要求48-54中任一权利要求所述的系统，其中所述一或多个存储器存储进一步指令，所述进一步指令用于：
从所述建构图数据结构的给定级处的一或多个反应组的每一反应组内的所述一或多个源节点确定用于产生对应于所述给定级处的所述一或多个反应组内的一或多个目的地节点的一或多个目的地组分的对应于所述给定级处的所有反应组的所述一或多个源节点的每一生物组分的例项的数目；以及
至少部分基于相应生物组分的例项的所述数目确定用于提供所述相应生物组分的转移以产生所述给定级处的每一反应组内的所述目的地组分的源物理介质的数目。
56.根据权利要求48-55中任一权利要求所述的系统，其中用于提供相应生物组分的转移的源物理介质的所确定数目是至少部分基于所述源物理介质的至少一个物理约束。
57.根据权利要求48-56中任一权利要求所述的系统，其中所述至少一个物理约束包含所述源物理介质内的生物组分的量。
58.根据权利要求48-57中任一权利要求所述的系统，其中物理载体为板，且所述物理载体的物理介质包括所述板上的多个凹孔。
59.根据权利要求48-58中任一权利要求所述的系统，其中所述多个级的最终级处的物理载体的物理介质支撑所述所关注产物。
60.根据权利要求48-59中任一权利要求所述的系统，其中所述所关注产物包括核苷酸序列或微生物菌株。
61.一种计算机实施的方法，其用于处理建构图数据结构来控制并入有基因修饰的所关注产物在基因制造系统中的产生，所述方法包括：
访问包括多个节点的建构图数据结构，其中
每一节点表示生物组分且驻留在多个级中的一个级处，
所述多个级的给定级处的一或多个源节点以及所述给定级的子级处的目的地节点构成对应于所述子级的一或多个反应组中的一个反应组，且
每一反应组表示自身由所述给定级处的所述一或多个源节点表示的所述一或多个生物组分之间的反应，以产生由所述子级处的所述反应组的所述目的地节点表示的生物组分；以及
遍历所述多个级处的所述建构图数据结构以将对应于所述多个级处的所述节点的所述生物组分映射到用于产生所述所关注产物的物理实验室设备。
62.根据权利要求61所述的方法，其进一步包括至少部分基于源物理介质内的生物组分的量确定用于提供相应生物组分的转移以产生由所述子级处的每一反应组内的所述目的地节点表示的所述生物组分的所述源物理介质的数目。
63.根据权利要求61-62中任一权利要求所述的方法，其中遍历所述建构图数据结构包括确定一或多个相应物理载体的物理介质上的生物组分的一或多个布局。
64.根据权利要求61-63中任一权利要求所述的方法，其中确定物理介质上的生物组分的一或多个布局是至少部分基于一或多个过程变化。
65.根据权利要求61-64中任一权利要求所述的方法，其中所述一或多个过程变化涉及物理载体上的物理介质的位置。
66.根据权利要求61-65中任一权利要求所述的方法，其中确定物理介质上的生物组分的一或多个布局是至少部分基于优化用于将生物组分从源物理介质有效地转移到目的地物理介质的一或多个布局。
67.根据权利要求61-66中任一权利要求所述的方法，其进一步包括：
接收最终物理载体的物理介质上的生物组分的最终布局，其中所述最终布局的每一生物组分由所述建构图数据结构的最终级处的目的地节点表示，
其中遍历进一步包括确定所述多个级的相应一或多个非最终级处的一或多个相应物理载体的物理介质上的生物组分的一或多个布局。
68.根据权利要求61-67中任一权利要求所述的方法，其包括：
从所述建构图数据结构的给定级处的一或多个反应组的每一反应组内的所述一或多个源节点确定用于产生对应于所述给定级处的所述一或多个反应组内的一或多个目的地节点的一或多个目的地组分的对应于所述给定级处的所有反应组的所述一或多个源节点的每一生物组分的例项的数目；以及
至少部分基于相应生物组分的例项的所述数目确定用于提供所述相应生物组分的转移以产生所述给定级处的每一反应组内的所述目的地组分的源物理介质的数目。
69.根据权利要求61-68中任一权利要求所述的方法，其中用于提供相应生物组分的转移的源物理介质的所确定数目是至少部分基于所述源物理介质的至少一个物理约束。
70.根据权利要求61-69中任一权利要求所述的方法，其中所述至少一个物理约束包含所述源物理介质内的生物组分的量。
71.根据权利要求61-70中任一权利要求所述的方法，其中物理载体为板，且所述物理载体的物理介质包括所述板上的多个凹孔。
72.根据权利要求61-71中任一权利要求所述的方法，其中所述多个级的最终级处的物理载体的物理介质支撑所述所关注产物。
73.根据权利要求61-72中任一权利要求所述的方法，其中所述所关注产物包括核苷酸序列或微生物菌株。
74.一种使用根据权利要求61-73中任一权利要求所述的方法产生的微生物菌株。
75.一种非暂时性计算机可读介质，一或多个所述非暂时性计算机可读介质存储指令，所述指令用于处理建构图数据结构来控制并入有基因修饰的所关注产物在基因制造系统中的产生，其中所述指令当由一或多个计算装置执行时致使所述一或多个计算装置中的至少一个：
访问包括多个节点的建构图数据结构，其中
每一节点表示生物组分且驻留在多个级中的一个级处，
所述多个级的给定级处的一或多个源节点以及所述给定级的子级处的目的地节点构成对应于所述子级的一或多个反应组中的一个反应组，且
每一反应组表示自身由所述给定级处的所述一或多个源节点表示的所述一或多个生物组分之间的反应，以产生由所述子级处的所述反应组的所述目的地节点表示的生物组分；以及
遍历所述多个级处的所述建构图数据结构以将对应于所述多个级处的所述节点的所述生物组分映射到用于产生所述所关注产物的物理实验室设备。
76.根据权利要求75所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其存储进一步指令，用于至少部分基于源物理介质内的生物组分的量确定用于提供相应生物组分的转移以产生由所述子级处的每一反应组内的所述目的地节点表示的所述生物组分的所述源物理介质的数目。
77.根据权利要求75-76中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中遍历所述建构图数据结构包括确定一或多个相应物理载体的物理介质上的生物组分的一或多个布局。
78.根据权利要求75-77中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中确定物理介质上的生物组分的一或多个布局是至少部分基于一或多个过程变化。
79.根据权利要求75-78中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中所述一或多个过程变化涉及物理载体上的物理介质的位置。
80.根据权利要求75-79中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中确定物理介质上的生物组分的一或多个布局是至少部分基于优化用于将生物组分从源物理介质有效地转移到目的地物理介质的一或多个布局。
81.根据权利要求75-80中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其存储进一步指令，所述进一步指令用于：
接收最终物理载体的物理介质上的生物组分的最终布局，
其中所述最终布局的每一生物组分由所述建构图数据结构的最终级处的目的地节点表示，
其中遍历进一步包括确定所述多个级的相应一或多个非最终级处的一或多个相应物理载体的物理介质上的生物组分的一或多个布局。
82.根据权利要求75-81中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其存储进一步指令，所述进一步指令用于：
从所述建构图数据结构的给定级处的一或多个反应组的每一反应组内的所述一或多个源节点确定用于产生对应于所述给定级处的所述一或多个反应组内的一或多个目的地节点的一或多个目的地组分的对应于所述给定级处的所有反应组的所述一或多个源节点的每一生物组分的例项的数目；以及
至少部分基于相应生物组分的例项的所述数目确定用于提供所述相应生物组分的转移以产生所述给定级处的每一反应组内的所述目的地组分的源物理介质的数目。
83.根据权利要求75-82中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中用于提供相应生物组分的转移的源物理介质的所确定数目是至少部分基于所述源物理介质的至少一个物理约束。
84.根据权利要求75-83中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中所述至少一个物理约束包含所述源物理介质内的生物组分的量。
85.根据权利要求75-84中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中物理载体为板，且所述物理载体的物理介质包括所述板上的多个凹孔。
86.根据权利要求75-85中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中所述多个级的最终级处的物理载体的物理介质支撑所述所关注产物。
87.根据权利要求75-86中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中所述所关注产物包括核苷酸序列或微生物菌株。
88.一种系统，其用于在多个自动化设备上实施生物协议以生成并入有基因修饰的所关注产物，其中所述自动化设备中的不同自动化设备依照相应不同机器特定语言的机器特定指令实施生物协议，所述系统包括：
一或多个处理器；以及
一或多个存储器，其存储指令，所述指令当由所述一或多个处理器中的至少一个执行时致使所述系统：
至少部分基于一或多个工厂订单发布目标指令，所述目标指令用于指示所述多个自动化设备执行生物协议；以及
将目标指令转译为多种机器特定语言中的一种机器特定语言的机器特定指令，
其中每一自动化设备可操作以执行相应机器特定语言的机器特定指令来实施生物协议以沿着生成所述所关注产物的路径生成生物组分，且至少两个自动化设备依照不同机器特定语言操作。
89.根据权利要求88所述的系统，其中所述一或多个存储器存储进一步指令，用于生成表示针对不同工厂订单的共同工作流阶段的建构图数据结构。
90.根据权利要求88-89中任一权利要求所述的系统，其中所述一或多个存储器存储进一步指令，所述进一步指令用于：
至少部分基于关于一或多个自动化设备的消息确定可用于运行所述生物协议的所述一或多个自动化设备，
将目标指令引导到可用的自动化设备。
91.根据权利要求88-90中任一权利要求所述的系统，其中所述协议包括将生物组分从源物理载体转移到目的地物理载体。
92.一种计算机实施的方法，其用于在多个自动化设备上实施生物协议以生成并入有基因修饰的所关注产物，其中所述自动化设备中的不同自动化设备依照相应不同机器特定语言的机器特定指令实施生物协议，所述方法包括：
至少部分基于一或多个工厂订单发布目标指令，所述目标指令用于指示所述多个自动化设备执行生物协议；以及
将目标指令转译为多种机器特定语言中的一种机器特定语言的机器特定指令，
其中每一自动化设备可操作以执行相应机器特定语言的机器特定指令来实施生物协议以沿着生成所述所关注产物的路径生成生物组分，且至少两个自动化设备依照不同机器特定语言操作。
93.根据权利要求92所述的方法，其进一步包括生成表示针对不同工厂订单的共同工作流阶段的建构图数据结构。
94.根据权利要求92-93中任一权利要求所述的方法，其进一步包括：
至少部分基于关于一或多个自动化设备的消息确定可用于运行所述生物协议的所述一或多个自动化设备，
将目标指令引导到可用的自动化设备。
95.根据权利要求92-94中任一权利要求所述的方法，其中所述协议包括将生物组分从源物理载体转移到目的地物理载体。
96.一种使用根据权利要求92-95中任一权利要求所述的方法产生的微生物菌株。
97.一种非暂时性计算机可读介质，一或多个所述非暂时性计算机可读介质存储指令，所述指令用于在多个自动化设备上实施生物协议以生成并入有基因修饰的所关注产物，其中所述自动化设备中的不同自动化设备依照相应不同机器特定语言的机器特定指令实施生物协议，其中所述指令当由一或多个计算装置执行时致使所述一或多个计算装置中的至少一个：
至少部分基于一或多个工厂订单发布目标指令，所述目标指令用于指示所述多个自动化设备执行生物协议；以及
将目标指令转译为多种机器特定语言中的一种机器特定语言的机器特定指令，
其中每一自动化设备可操作以执行相应机器特定语言的机器特定指令来实施生物协议以沿着生成所述所关注产物的路径生成生物组分，且至少两个自动化设备依照不同机器特定语言操作。
98.根据权利要求97所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其存储进一步指令，用于生成表示针对不同工厂订单的共同工作流阶段的建构图数据结构。
99.根据权利要求97-98中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其存储进一步指令，所述进一步指令用于：
至少部分基于关于一或多个自动化设备的消息确定可用于运行所述生物协议的所述一或多个自动化设备，
将目标指令引导到可用的自动化设备。
100.根据权利要求97-99中任一权利要求所述的一或多个非暂时性计算机可读介质，其中所述协议包括将生物组分从源物理载体转移到目的地物理载体。
101.一种用于设计多个生物组分的质...
【专利技术属性】
技术研发人员：K·阿马迪扎德，T·亚历克萨尼昂，B·弗勒旺，P·加内桑，A·金博尔，W·J·马尼亚，Z·帕尔奇克，E·罗德，D·韦伯斯特，
申请(专利权)人：齐默尔根公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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