一种基因组表观遗传特征的检测方法技术

本发明专利技术涉及一种基因组表观遗传特征的检测方法，其特征是：它包括以下步骤：步骤一：CoP过程：将人白血病细胞系K562细胞培养至80–90％，然后收集；步骤二：定量PCR检测：Q‑PCR使用HieffTM‑QPCR‑SYBR绿色PCR混合物在ABIstep‑one实时PCR仪上进行；步骤三：NGS文库制备；步骤四：HiCoP：HiCoP是在HiC技术流程的修改下进行的，10

【技术实现步骤摘要】
一种基因组表观遗传特征的检测方法
本专利技术属于分子生物学核酸检测
，具体涉及一种基因组表观遗传特征的检测方法。
技术介绍
多细胞高等真核生物包括人和小鼠的机体包括大量不同类型细胞，每种细胞都有特定的功能。每种细胞身份特征的建立和保持大部分是由其表观遗传特征尤其是染色质结构驱动的。真核生物的基因组被紧密地包裹在核小体中，而有些区域是物理上可接近的。基因组中开放染色质区域为转录因子结合提供了特定的DNA序列。开放染色质区域是高度动态的，代表细胞身份。关于染色质可及性的信息对于理解细胞发育和分化中不同的组蛋白修饰和转录因子结合至关重要。为了在全基因组中富集开放染色质区域，已经开发了许多方法，如ATAC-seq、DNase-seq、MNase-seq和FAIRE等技术。这些技术各有优缺点。ATAC-seq是利用DNA转座酶Tn5对细胞染色质开放DNA进行切割标记从而检测的方法，具有高效、信噪比高、所需细胞少等优势。但是DNA转座酶价格昂贵，线粒体DNA污染，检测要求活细胞等缺点。DNase-seq和MNase-seq是用核酸酶切本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基因组表观遗传特征的检测方法，其特征是：它包括以下步骤：/n步骤一：CoP过程：将人白血病细胞系K562细胞培养至80–90％，然后收集；取小鼠胸腺在滤网上压碎后过滤胸腺细胞；1x10

【技术特征摘要】
1.一种基因组表观遗传特征的检测方法，其特征是：它包括以下步骤：
步骤一：CoP过程：将人白血病细胞系K562细胞培养至80–90％，然后收集；取小鼠胸腺在滤网上压碎后过滤胸腺细胞；1x107细胞在室温(22–25℃)下以1500rpm离心5min。用5ml含有20％FBS(胎牛血清)的1×PBS中重悬浮细胞；加入5ml含4％甲醛的1×PBS，倒置4～6次，混匀后，常温静置10min，加入500μl2.5M甘氨酸，室温5min放置终止交联反应；细胞在4℃下以1800rpm离心5min，去除上清液。用1毫升冷的1×PBS洗涤细胞一次，然后在4℃下以1800转/分离心5分钟；将细胞重新悬浮在1毫升冰冷的裂解缓冲液(1％TritonX-100，0.5％NP-40，150毫米NaCl，50毫米Tris-Cl，pH7.5，5毫米EDTA，1×PIC((蛋白酶抑制剂混合物，Roche，4693132001))中，并在冰上孵育10分钟；在4℃下以2000转/分离心5分钟；将细胞重新悬浮在200μl核裂解缓冲液(50mMTris-Cl，pH8.0，10mMEDTA，1％十二烷基硫酸钠)中，在冰上孵育10分钟；细胞在4℃下以2000转/分离心5分钟；使用400μl冰冷的1×TE(10mMTris-ClpH8.0，1mMEDTA)重悬细胞并转移到新0.6ml离心管中；然后用Q800R2超声波仪在60％振幅下对样品进行15秒开25秒关的超声处理30分钟；以40μl样品染色质作为输入，用PCR纯化试剂盒(中国东盛，N1093)纯化360μl染色质，洗脱至40μlEB；将0.5μl100mg/mlRNaseA加入CoP样品中，37℃孵育30分钟，然后加入5μl10mg/ml蛋白酶K(Invitrogen，25530015)，55℃孵育30分钟，然后65℃孵育过夜；用PCR纯化试剂盒纯化DNA，用50μlEB洗脱；
步骤二：定量PCR检测：Q-PCR使用HieffTM-QPCR-SYBR绿色PCR混合物在ABIstep-one实时PCR仪上进行；用活性区除以非活性区，计算每个扩增子在CoP或FAIREDNA中的相对富集度；来自未经处理细胞的DNA作为计算的对照；
步骤三：NGS文库制备：测序文库采用Tn5标记法或连接法。按照制造商的建议，使用TransNGSTn5Illumina(Trans，KP101-...

【专利技术属性】
技术研发人员：郝冰涛，张燕，李昭强，秦利涛，
申请(专利权)人：河南省人民医院，
类型：发明
国别省市：河南;41