一种植物内源siRNA转录调控关系的鉴定方法技术

本发明专利技术提供了一种植物内源siRNA转录调控关系的鉴定方法，涉及分子遗传学技术领域。本发明专利技术所述鉴定方法利用miRNA测序和降解组测序数据系统批量挖掘植物内源siRNA的靶基因，进而为小干扰RNA的功能研究提供重要信息。本发明专利技术所述鉴定方法充分利用了第二代高通量测序技术，可以对siRNA及其靶基因进行高通量的筛选，克服了遗传转化手段的繁琐；能更精确地鉴定siRNA转录调控的靶基因，并且对siRNA功能研究具有重要的理论意义和实用价值。

【技术实现步骤摘要】
一种植物内源siRNA转录调控关系的鉴定方法
本专利技术属于分子遗传学
，具体涉及一种植物内源siRNA转录调控关系的鉴定方法。
技术介绍
真核生物中的基因表达受多因素影响，其中小干扰RNA(smallinterferingRNA,siRNA)是影响基因表达的重要调节因子，在转录后水平发挥着重要作用。siRNA通过RNA干扰(RNAi)机制，激发与之互补的目标mRNA发生沉默。siRNA由双链RNA(doublestrandRNA,dsRNA)在细胞内被RNaseIII切割成21～23bp大小的双链RNA，siRNA进入细胞与其它蛋白质整合形成沉默复合物(RISC)，该复合物通过siRNA的指导定向切割编码靶基因的mRNA分子来沉默某些基因表达。与miRNA相比，siRNA通常通过在翻译前切割mRNA而起作用，并且具有100％的互补性，因此对目标序列特异性非常严格。siRNA在生物学研究中具有重要意义，已成为生物学研究中一种简单有效的基因沉默工具。然而，目前针对siRNA功能的研究多是通过实验方法确定其作用靶标，不仅耗费大，还不能进行高通本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种植物内源siRNA转录调控关系的鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)利用small RNA-seq，预测植物内源21～23nt的siRNA；/n(2)利用所述siRNA的数据信息，预测所述siRNA的靶基因；/n(3)利用降解组数据，对预测得到的siRNA-靶基因进行验证。/n

【技术特征摘要】
1.一种植物内源siRNA转录调控关系的鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)利用smallRNA-seq，预测植物内源21～23nt的siRNA；
(2)利用所述siRNA的数据信息，预测所述siRNA的靶基因；
(3)利用降解组数据，对预测得到的siRNA-靶基因进行验证。


2.根据权利要求1所述鉴定方法，其特征在于，步骤(1)所述预测，包括：(a)利用smallRNA-seq技术得到小RNA测序原始读段rawreads；
(b)对所述小RNA测序原始读段rawreads进行质量控制，得到cleanreads；
(c)将所述cleanreads进行miRBase、piRNA、Rfam数据库比对；进行piRNA和Rfam数据库比对时至多允许与目标序列有2个碱基错配、允许比目标序列两端各缩短或延长2个碱基；进行miRBase数据库比对，比对过程不允许有错配；
(d)剔除所述cleanreads中经步骤(c)比对上的序列，输出21～23nt序列。


3.根据权利要求2所述鉴定方法，其特征在于，步骤(b)中所述质量控制，包括应用fastx软件对测序原始读段rawreads进行预处理，去除接头序列以及低质量序列；所述低质量序列包括模糊碱基N、碱基质量小于10和长度小于18nt的序列。


4.根据权利要求1所述鉴定方法，其特征在于，步骤(2)中利用SI-FI软件进行所述siRNA的靶基因的预测，且参数设置包括：siRNA长度为21～23nt，G/C含量为35％～60...

【专利技术属性】
技术研发人员：张德强，轩安然，宋跃朋，
申请(专利权)人：北京林业大学，
类型：发明
国别省市：北京;11