ES标志物及其应用制造技术

本发明专利技术提供一种ES标志物及其应用。该ES标志物包括以下至少一种：ESRRA、MYBL1、PBX1、TEAD1、TEAD2、TEAD4、FOS::JUNB、FOSL2::JUN、HOXC12、SREBF1、Twist2、ZNF410、TBX20、SREBF2。发明专利技术人借助scATAC‑seq技术发现ES患者与健康对照组人群的样本中，多个转录因子的表达水平存在显著差异，因此，可以将这些差异表达的转录因子作为标志物用于ES的诊断、预后评估或筛药。

【技术实现步骤摘要】
ES标志物及其应用
本专利技术涉及三体综合征
，尤其是涉及一种ES标志物及其应用。
技术介绍
18-三体综合征又称爱德华兹综合征(EdwardsSyndrome，ES)，是常见的染色体异常疾病之一。具体而言，ES是由于存在额外的18号染色体而导致的一系列不同器官和系统异常的疾病，根据患者核型的不同可分为游离型(症状典型，占90％以上)、嵌合型和易位型。ES是染色体异常疾病，尚无根治方法，只能通过产前筛查进行预防。筛查因素包括孕妇年龄、超声指标、游离胎儿核酸等。然而，上述这些技术的高风险结果最终都需要通过核型分析来确诊，具有一定的感染风险。FitzPatrick等基于cDNA阵列分析技术对三体综合征的研究结果显示，三体染色体的基因的平均转录水平相比正常细胞仅提高了1.1倍，而且能够检测到染色体间存在表达水平差异，这暗示着一个染色体的增加可能会影响其他染色体基因的转录水平。该研究的数据支持着这样一个模型：三体染色体上基因的略微上调导致了继发性的、广泛的、更极端的转录失调，这种转录失调的程度可能决定了表型的严重程度。这些结果暗示可以从表观遗传学角度进一步对ES进行研究。ATAC-seq(AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing)是以高通量测序为基础的从表观遗传角度研究染色质开放性(或称染色质可进入性)的新兴科研技术，原理是利用转座酶Tn5容易与开放染色质进行特异结合的特性，对Tn5酶所捕获到的DNA序列片段进行测序，将测序结果与人类基因组信息比对，分析DNA的开放区域，通过进一步的motif分析，在全基因组范围预测转录因子结合位点(TransciptionFactorBindingSite，TFBS)。与传统的DNase-Seq及FAIRE-seq等研究开放染色质的方法相比，ATAC-seq以细胞量要求少、低成本、短周期、大数据、无需抗体富集、可以在全基因组范围内检测染色质的开放状态等优势。目前单细胞ATAC-Seq在染色体开放性图谱分析、表观修饰差异研究、胚胎发育表观遗传修饰、肿瘤发生表观机制研究、肿瘤异质性与分型研究、疾病潜在标志物预测等领域已有较为广泛的应用。因此，有必要借助ATAC-seq技术发现ES的特异性生物标志物。
技术实现思路
本专利技术旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术提出一种ES标志物及其应用。第一方面，本专利技术的一个实施例提供了一种ES标志物，包括以下至少一种：ESRRA、MYBL1、PBX1、TEAD1、TEAD2、TEAD4、FOS::JUNB、FOSL2::JUN、HOXC12、SREBF1、Twist2、ZNF410、TBX20、SREBF2。本专利技术实施例的肠道菌群标志物至少具有如下有益效果：专利技术人借助scATAC-seq技术发现ES患者与健康对照组人群的样本中，多个转录因子的表达水平存在显著差异，因此，可以将这些差异表达的转录因子作为标志物用于ES的诊断、预后评估或筛药。第二方面，本专利技术的一个实施例提供了上述ES标志物在制备ES诊断和/或预后试剂中的应用。上述ES标志物在ES患者与健康对照组人群中存在差异表达，因此，可以通过定量检测受试者样本中的上述ES标志物来实现对ES的诊断或对其预后的评估。第三方面，本专利技术的一个实施例提供了上述的ES标志物在筛选治疗ES的药物中的应用。上述ES标志物在ES患者与健康对照组人群中存在差异表达，因此，可以通过定量检测用药后的样本中的上述ES标志物来实现对候选药物药效的评估，从而达到筛药的目的。第四方面，本专利技术的一个实施例提供了一种试剂盒，该试剂盒包括用于定量检测上述ES标志物的试剂。通过该试剂实现对受试者样本中ES标志物的定量检测，在与预设的阈值进行比较后，得到的结果能够有效地用于诊断ES，或评估ES的预后，或筛选ES药物。第五方面，本专利技术的一个实施例提供定量检测上述ES标志物的试剂在制备ES的诊断试剂盒中的应用。利用该试剂得到的ES诊断产品能够对受试者样本中的ES标志物实现定量检测，检测结果在与预设的阈值进行比较后，可以准确地用于诊断ES，或评估ES的预后，或筛选ES药物。根据本专利技术的一些实施例，该试剂在基因水平和/或蛋白质水平上定量检测上述的ES标志物。例如，通过PCR定量检测样本中ES标志物的核酸片段的含量，或通过酶联免疫分析、放射免疫分析、Western印迹法、蛋白芯片法等定量检测样本中ES标志物的蛋白质的表达量。第六方面，本专利技术的一个实施例提供了一种评估ES风险的方法，该方法包括以下步骤：(1)获得受试者样本中ES标志物的相对丰度；(2)将相对丰度与预设阈值进行比较，根据比较结果判断ES风险；该方法不适用于疾病的诊断和/或治疗。其中，ES风险是指受试者患有ES的风险，或者指受试者的预后；或者指候选药物对ES的效用。预设阈值是指正常对象的ES标志物的临界值，具体可以是来自健康对照组样品测得的ES标志物的相对丰度值，或经标准化后的相对丰度值。根据本专利技术的一些实施例的方法，在根据标志物的相对丰度结果直接判断ES风险时，满足以下至少一种条件，可以判断受试者患有ES，或者ES患者的预后较差，或者候选药物不符合筛选条件：(1)ESRRA的相对丰度比预设阈值低；(2)MYBL1的相对丰度比预设阈值低；(3)PBX1的相对丰度比预设阈值低；(4)TEAD1的相对丰度比预设阈值低；(5)TEAD2的相对丰度比预设阈值低；(6)TEAD4的相对丰度比预设阈值低；(7)FOS::JUNB的相对丰度比预设阈值低；(8)FOSL2::JUN的相对丰度比预设阈值低；(9)HOXC12的相对丰度比预设阈值高；(10)SREBF1的相对丰度比预设阈值低；(11)Twist2的相对丰度比预设阈值低；(12)ZNF410的相对丰度比预设阈值低；(13)TBX20的相对丰度比预设阈值高；(14)SREBF2的相对丰度比预设阈值低。第七方面，本专利技术的一个实施例提供了一种计算机可读存储介质，该计算机可读存储介质存储有计算机可执行指令，用于执行上述的方法。通过执行上述方法，可以准确有效地确定受试者是否患有ES，或ES患者的预后情况，或对候选药物的ES药效。第八方面，本专利技术的一个实施例提供了一种评估ES风险的系统，该系统包括：检测装置，用于确定受试者样本中ES标志物的相对丰度；比对装置，用于将相对丰度与预设阈值进行比较，根据比较结果判断ES风险。附图说明图1是本专利技术的实施例1的ES疾病患者UBMC的B细胞亚群的差异转录因子motif鉴定结果。图2是本专利技术的实施例1的ES疾病患者UBMC的CD8+T细胞亚群的差异转录因子motif鉴定结果。图3是本专利技术的实施例1的ES疾病患者UBMC的DC细胞亚群的差本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种ES标志物，其特征在于，包括以下至少一种：ESRRA、MYBL1、PBX1、TEAD1、TEAD2、TEAD4、FOS::JUNB、FOSL2::JUN、HOXC12、SREBF1、Twist2、ZNF410、TBX20、SREBF2。/n

【技术特征摘要】
1.一种ES标志物，其特征在于，包括以下至少一种：ESRRA、MYBL1、PBX1、TEAD1、TEAD2、TEAD4、FOS::JUNB、FOSL2::JUN、HOXC12、SREBF1、Twist2、ZNF410、TBX20、SREBF2。


2.权利要求1所述的ES标志物在制备ES诊断和/或预后试剂中的应用。


3.权利要求1所述的ES标志物在筛选治疗ES的药物中的应用。


4.一种试剂盒，其特征在于，包括用于定量检测权利要求1所述的ES标志物的试剂。


5.定量检测权利要求1所述的ES标志物的试剂在制备ES的诊断试剂盒中的应用。


6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述试剂在...

【专利技术属性】
技术研发人员：戴勇，汤冬娥，邱晓芬，胡芷洋，周俊，廖秋燕，
申请(专利权)人：深圳市人民医院，
类型：发明
国别省市：广东;44