检测线粒体DNA rs3937033单核苷酸多态性的物质的用途制造技术

本发明专利技术公开了检测线粒体DNA rs3937033单核苷酸多态性的物质的用途。本发明专利技术所保护的一个技术方案是检测人基因组中rs3937033的多态性或基因型的物质在制备检测或辅助检测高原肺水肿患病风险产品中的应用。rs3937033可用于筛查携带人高原肺水肿易感基因的个体、预测人对高原肺水肿的易感性、筛查高原肺水肿易感个体和评价高原肺水肿患病风险。

【技术实现步骤摘要】
检测线粒体DNArs3937033单核苷酸多态性的物质的用途
本专利技术涉及检测单核苷酸多态性的物质的用途，特别涉及检测线粒体DNArs3937033单核苷酸多态性的物质在针对个性化健康保障检测服务中的用途。
技术介绍
单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)指基因组单个核苷酸的变异，它是最微小的变异单元，是由单个核苷酸对置换、颠换、插入或缺失所形成的变异形式。单核苷酸多态性是基因组上高密度的遗传标志，在人类基因组中已发现的SNP数量超过3000万。作为第三代遗传标记SNP数量众多、分布密集，易于检测，因而是理想的基因分型目标。SNP分型检测在疾病基因组(如疾病易感性)，药物基因组(药效、药物代谢差异和不良反应)和群体进化等研究中具有重大意义。机体线粒体内含有多个遗传物质-线粒体DNA(mtDNA),且mtDNA为细胞核外环状双链DNA分子,由位于内侧的轻链(L)和外侧的重链(H)组成。人的mtDNA全长16,569bp,由编码区和非编码区组成,编码区的功能为编码13个与氧化磷酸化相关的多肽、2组rRNA和22个tRNA。因mtDNA无内含子,且mtDNA表现为母系遗传,无组蛋白进行结合保护其编码过程,因此极易突变,会对基因组内的某些重要片段所携带的遗传信息产生影响,最终导致疾病的发生。线粒体DNAT16519C单核苷酸多态性(rs3937033)是人线粒体DNA上的一个二等位多态性的SNP位点，该变异是转换(T/C，在其互补链上则为A/G)。rs3937033位于MT：16519(GRCh38)，HGVS:NC_012920.1:m.16519T>C，位于MT-D-loop基因内。高原肺水肿(Highaltitudepulmonaryedema，HAPE)是高原地区最常见的急性重型高原病，如不及时治疗将危及患者生命，也是困扰各国高原作战部队的一大难题。近年来，国内外对HAPE的发病机制进行了一系列的研究，遗憾的是，其发病机制仍不清楚，目前被较普遍接受的可能机制是：一方面，由于先天遗传或后天获得性因素导致敏感个体肺血管及肺泡呼吸上皮出现某些重要功能缺陷，在急性低氧暴露时可能导致过度的低氧性肺动脉高压，这是HAPE发生的最关键环节。另一方面，由于遗传缺陷和低氧对肺泡上皮钠转运的损伤作用，削弱了机体对肺泡液的清除能力，可能是促使HAPE发生的不可忽视的重要方面。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是如何筛查携带人高原肺水肿非易感基因的个体或如何预测人对高原肺水肿的易感性或如何筛查高原肺水肿易感个体或如何评价高原肺水肿患病风险。为了解决上述技术问题，本专利技术首先提供了下述任一种应用：1.检测人基因组中rs3937033的多态性或基因型(即等位基因)的物质在制备检测或辅助检测高原肺水肿患病风险产品中的应用。2.检测人基因组中rs3937033的多态性或基因型(即等位基因)的物质在制备检测或辅助检测高原肺水肿易感性产品中的应用。3.检测人基因组中rs3937033的多态性或基因型(即等位基因)的物质在制备筛查或辅助筛查高原肺水肿易感个体或非易感个体产品中的应用。4.检测人基因组中rs3937033的多态性或基因型(即等位基因)的物质在制备评价或辅助评价高原肺水肿患病风险产品中的应用。6.检测人基因组中rs3937033的多态性或基因型(即等位基因)的物质在制备筛查或辅助筛查高原肺水肿易感基因型或高原肺水肿非易感基因型产品中的应用。为了解决上述技术问题，本专利技术还提供了含有检测人基因组中rs3937033的多态性或基因型(即等位基因)的物质的产品。本专利技术所提供的含有检测人基因组中rs3937033的多态性或基因型(即等位基因)的物质的产品，为a)-d)中的任一产品：a)检测与高原肺水肿相关的单核苷酸多态性或基因型产品；b)鉴定或辅助鉴定与高原肺水肿相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；c)筛查或辅助筛查高原肺水肿患者的产品；d)检测或辅助检测高原肺水肿易感性的产品。上文中，所述检测人基因组线粒体DNA中rs3937033的多态性或基因型具体可为检测rs3937033的核苷酸种类。所述rs3937033的多态性或基因型是T或C。所述T是rs3937033位点为T的基因型，所述C是rs3937033位点为C的基因型。所述rs3937033的多态性或基因型为C的个体的高原肺水肿患病风险低于或候选低于所述rs3937033的多态性或基因型为T的个体。上文中，所述产品可适用于中国人，如平原地区的中国人。所述中国人可为汉族人，性别可为男。上文中，检测人基因组线粒体DNA中rs3937033的多态性或基因型(即等位基因)的物质可为通过下述至少一种方法确定rs3937033的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器：DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱和SNP芯片。其中，SNP芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白DNA结合反应的芯片，及基于荧光分子DNA结合反应的芯片。上文中，所述检测人基因组线粒体DNA中rs3937033的多态性或基因型的物质，可含有扩增包括rs3937033在内的人基因组DNA片段的PCR引物和/或单碱基延伸引物。其中，所述PCR引物在序列上没有特殊要求，只要能扩增出包括rs3937033在内的基因组DNA片段即可，如所述PCR引物可为序列表中SEQIDNo.1和SEQIDNo.2所示的单链DNA组成的引物对，或所述PCR引物也可为序列表中序列4和序列5所示的单链DNA组成的引物对。所述单碱基延伸引物可根据人基因组中rs3937033上游或下游(不包括该SNP位点)设计，所述单碱基延伸引物延伸的核苷酸对应于人基因组rs3937033位点的那个核苷酸，即所述单碱基延伸引物的3’末端核苷酸对应于人基因组rs3937033的相邻位核苷酸(即rs3937033的前一位核苷酸或rs3937033的后一位核苷酸)，如所述单碱基延伸引物具体可为序列表中的SEQIDNo.3所示的单链DNA。上文中，所述产品可为试剂或试剂盒或系统，所述系统可包括试剂或试剂盒和仪器的组合产品，如由PCR引物、单碱基延伸引物和质谱仪组成的产品，由PCR引物和DNA测序仪组成的组合产品，由PCR试剂和DNA测序试剂和DNA测序仪组成的组合产品。所述产品可包括上述检测人基因组线粒体DNA中rs3937033的多态性或基因型的物质。本专利技术的一个实施例中，采用PCR引物扩增包括线粒体DNArs3937033在内的基因组DNA片段，以得到的PCR扩增产物为模板，采用单碱基延伸引物进行单碱基延伸反应，对得到的延伸产物的序列进行检测，确定rs3937033的多态性和基因型。实验证明，在由49个本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.检测人基因组中rs3937033的多态性或基因型的物质在制备检测或辅助检测高原肺水肿患病风险产品中的应用。/n

【技术特征摘要】
1.检测人基因组中rs3937033的多态性或基因型的物质在制备检测或辅助检测高原肺水肿患病风险产品中的应用。


2.检测人基因组中rs3937033的多态性或基因型的物质在制备检测或辅助检测高原肺水肿易感性产品中的应用。


3.检测人基因组中rs3937033的多态性或基因型的物质在制备筛查或辅助筛查高原肺水肿易感个体或非易感个体产品中的应用。


4.检测人基因组中rs3937033的多态性或基因型的物质在制备评价或辅助评价高原肺水肿患病风险产品中的应用。


5.根据权利要求1-4中任一所述的应用，其特征在于：所述rs3937033的多态性或基因型是T或C，所述T是rs3937033位点为T的多态性或基因型，所述C是rs3937033位点为C的多态性或基因型；所述rs3937033的多态性或基因型为C的个体的高原肺水肿患病风险低于或候选低于所述rs3937033的多态性或基因型为T的个体。


6.检测人基因组中rs3937033的多态性或基因型的物质在制备筛查或辅助筛查高原肺水肿易感基因型或高原肺水肿非易感基...

【专利技术属性】
技术研发人员：王艳，封志纯，
申请(专利权)人：中国人民解放军总医院第七医学中心，
类型：发明
国别省市：北京;11