【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】核酸引导性核酸酶交叉引用本申请要求2017年6月23日提交的美国专利申请第15/631,989号和2017年6月23日提交的美国专利申请第15/632,001号的优先权，每个专利申请的内容特此通过引用以其整体并入。序列表本申请包括已经以ASCII格式电子提交的序列表，并且特此通过引用以其整体并入。创建于2018年5月25日的所述ASCII副本名称为49022-717_601_SL.txt，并且大小为1,996,118字节。公开内容背景核酸引导性核酸酶已经成为用于研究和基因组工程的重要工具。这些工具的适用性可能受到序列特异性要求、表达或递送的问题的限制。公开内容概述本文公开了修饰细胞基因组中的靶区域的方法，该方法包括：使细胞与以下接触：(a)核酸引导性核酸酶，所述核酸引导性核酸酶包含SEQIDNO:7、SEQIDNO:2或SEQIDNO:4的氨基酸序列；(b)工程化引导核酸，所述工程化引导核酸能够与核酸引导性核酸酶复合；和(c)编辑序列，所述编辑序列编码与所述靶区域互补的、相对于靶区域具有序列改变的核酸；以及允许核酸酶、引导核酸和编辑序列在细胞基因组的靶区域中创建基因组编辑。在一些方面，工程化引导核酸和编辑序列作为单一核酸提供。在一些方面，单一核酸还在前间区序列邻近基序(protospaceradjacentmotif)(PAM)位点中包含突变。在一些方面，核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:47或SEQIDNO:203-222具有至少85％同一性的核酸编码。在一些方面，核酸引导性核酸酶由与SEQ...
【技术保护点】
1.一种修饰细胞基因组中的靶区域的方法，所述方法包括：/n(a)使细胞与以下接触：/n核酸引导性核酸酶，所述核酸引导性核酸酶包含SEQ ID NO:7的氨基酸序列；/n工程化引导核酸，所述工程化引导核酸能够与所述核酸引导性核酸酶复合；和/n编辑序列，所述编辑序列编码与所述靶区域互补的、相对于所述靶区域具有序列改变的核酸；以及/n(b)允许所述核酸酶、引导核酸和编辑序列在所述细胞基因组的靶区域中创建基因组编辑。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170623 US 15/632,001;20170623 US 15/631,9891.一种修饰细胞基因组中的靶区域的方法，所述方法包括：
(a)使细胞与以下接触：
核酸引导性核酸酶，所述核酸引导性核酸酶包含SEQIDNO:7的氨基酸序列；
工程化引导核酸，所述工程化引导核酸能够与所述核酸引导性核酸酶复合；和
编辑序列，所述编辑序列编码与所述靶区域互补的、相对于所述靶区域具有序列改变的核酸；以及
(b)允许所述核酸酶、引导核酸和编辑序列在所述细胞基因组的靶区域中创建基因组编辑。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述工程化引导核酸和所述编辑序列作为单一核酸提供。
3.如权利要求2所述的方法，其中所述单一核酸还在前间区序列邻近基序(PAM)位点中包含突变。
4.如权利要求1所述的方法，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:47或SEQIDNO:203-222具有至少85％同一性的核酸编码。
5.如权利要求1所述的方法，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:133或SEQIDNO:183-202具有至少85％同一性的核酸编码。
6.如权利要求1所述的方法，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:153或SEQIDNO:243-262具有至少85％同一性的核酸编码。
7.如权利要求1所述的方法，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:223-242具有至少85％同一性的核酸编码。
8.如权利要求1所述的方法，其中所述工程化引导核酸包括SEQIDNO:172-182中的任一个。
9.如权利要求1所述的方法，其中所述工程化引导核酸包含环序列，所述环序列包含以下序列：UAUU、UUUU、UGUU、UCUU、UCUUU或UAGU。
10.一种核酸引导性核酸酶系统，所述核酸引导性核酸酶系统包括：
(a)核酸引导性核酸酶，所述核酸引导性核酸酶包含SEQIDNO:7的氨基酸序列；
(b)工程化引导核酸，所述工程化引导核酸能够与所述核酸引导性核酸酶复合；和
(c)编辑序列，所述编辑序列相对于细胞基因组中的靶区域的序列具有序列改变；
其中所述系统通过所述核酸酶、所述工程化引导核酸和所述编辑序列促成在所述细胞基因组的靶区域中产生基因组编辑。
11.如权利要求10所述的系统，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:47或SEQIDNO:203-222具有至少85％同一性的核酸编码。
12.如权利要求10所述的系统，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:133或SEQIDNO:183-202具有至少85％同一性的核酸编码。
13.如权利要求10所述的系统，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:153或SEQIDNO:243-262具有至少85％同一性的核酸编码。
14.如权利要求10所述的系统，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:223-242具有至少85％同一性的核酸编码。
15.如权利要求10所述的系统，其中所述核酸引导性核酸酶是针对待编辑的细胞被密码子优化的。
16.如权利要求10所述的系统，其中所述工程化引导核酸包括SEQIDNO:172-182中的任一个。
17.如权利要求10所述的系统，其中所述工程化引导核酸包含环序列，所述环序列包含以下序列：UAUU、UUUU、UGUU、UCUU、UCUUU或UAGU。
18.如权利要求10所述的系统，其中所述工程化引导核酸和所述编辑序列作为单一核酸提供。
19.如权利要求18所述的系统，其中所述单一核酸还在前间区序列邻近基序(PAM)位点中包含突变。
20.一种组合物，所述组合物包含：
(a)核酸引导性核酸酶，所述核酸引导性核酸酶包含SEQIDNO:7的氨基酸序列；和
(b)工程化引导核酸，所述工程化引导核酸能够与所述核酸引导性核酸酶复合，其中所述工程化引导核酸包含环序列，所述环序列包含以下序列：UAUU、UUUU、UGUU、UCUU、UCUUU或UAGU。
21.如权利要求20所述的组合物，其中所述工程化引导核酸是异源工程化引导核酸。
22.如权利要求20所述的组合物，其中所述工程化引导核酸包括SEQIDNO:172-182中的任一个。
23.如权利要求20所述的组合物，其中所述核酸酶由为了在来自特定生物体的细胞中使用而被密码子优化的核酸序列编码。
24.如权利要求22所述的组合物，其中所述核酸序列是针对大肠杆菌(E.coli)被密码子优化的。
25.如权利要求22所述的组合物，其中所述核酸序列是针对酿酒酵母(S.cerevisiae)被密码子优化的。
26.如权利要求22所述的组合物，其中所述核酸序列是针对哺乳动物细胞被密码子优化的。
27.如权利要求22所述的组合物，其中所述核酸序列是针对人类细胞被密码子优化的。
28.如权利要求22所述的组合物，其中所述核酸序列是针对植物细胞被密码子优化的。
29.一种核酸引导性核酸酶系统，所述核酸引导性核酸酶系统包括：
(a)核酸引导性核酸酶，所述核酸引导性核酸酶包含SEQIDNO:7的氨基酸序列；和
(b)异源工程化引导核酸，所述异源性的工程化引导核酸能够与所述核酸引导性核酸酶复合。
30.如权利要求29所述的系统，所述系统还包括(c)编辑序列，所述编辑序列相对于靶区域的序列具有序列改变。
31.如权利要求30所述的系统，其中，所述靶向系统通过所述核酸酶、所述异源工程化引导核酸和所述编辑序列促成在靶区域中产生编辑。
32.如权利要求29所述的系统，其中所述工程化引导核酸包含环序列，所述环序列包含以下序列：UAUU、UUUU、UGUU、UCUU、UCUUU或UAGU。
33.如权利要求29所述的系统，其中所述工程化引导核酸包括SEQIDNO:172-182中的任一个。
34.如权利要求29所述的系统，其中所述核酸酶由为了在来自特定生物体的细胞中使用而被密码子优化的核酸序列编码。
35.如权利要求30所述的系统，其中所述核酸序列是针对大肠杆菌被密码子优化的。
36.如权利要求30所述的系统，其中所述核酸序列是针对酿酒酵母被密码子优化的。
37.如权利要求30所述的系统，其中所述核酸序列是针对哺乳动物细胞被密码子优化的。
38.如权利要求30所述的系统，其中所述核酸序列是针对人类细胞被密码子优化的。
39.如权利要求30所述的系统，其中所述核酸序列是针对植物细胞被密码子优化的。
40.一种修饰细胞基因组中的靶区域的方法，所述方法包括：
(a)使细胞与以下接触：
核酸引导性核酸酶，所述核酸引导性核酸酶包括SEQIDNO:2的氨基酸序列；
工程化引导核酸，所述工程化引导核酸能够与所述核酸引导性核酸酶复合；和
编辑序列，所述编辑序列编码与所述靶区域互补的、相对于所述靶区具有序列改变的核酸；以及
(b)允许所述核酸酶、引导核酸和编辑序列在所述细胞基因组的靶区域中创建基因组编辑。
41.如权利要求40所述的方法，其中所述工程化引导核酸和所述编辑序列作为单一核酸提供。
42.如权利要求41所述的方法，其中所述单一核酸还在前间区序列邻近基序(PAM)位点中包含突变。
43.如权利要求40所述的方法，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:42或SEQIDNO:283-302具有至少85％同一性的核酸编码。
44.如权利要求40所述的方法，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:128或SEQIDNO:263-282具有至少85％同一性的核酸编码。
45.如权利要求40所述的方法，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:148或SEQIDNO:323-342具有至少85％同一性的核酸编码。
46.如权利要求40所述的方法，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:303-322具有至少85％同一性的核酸编码。
47.如权利要求40所述的方法，其中所述工程化引导核酸包括SEQIDNO:172-182中的任一个。
48.如权利要求40所述的方法，其中所述工程化引导核酸包含环序列，所述环序列包含以下序列：UAUU、UUUU、UGUU、UCUU、UCUUU或UAGU。
49.一种核酸引导性核酸酶系统，所述核酸引导性核酸酶系统包括：
(a)核酸引导性核酸酶，所述核酸引导性核酸酶包含SEQIDNO:2的氨基酸序列；
(b)工程化引导核酸，所述工程化引导核酸能够与所述核酸引导性核酸酶复合；和
(c)编辑序列，所述编辑序列相对于细胞基因组中的靶区域的序列具有序列改变；
其中所述系统通过所述核酸酶、所述工程化引导核酸和所述编辑序列促成在所述细胞基因组中的靶区域中产生基因组编辑。
50.如权利要求49所述的系统，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:42或SEQIDNO:283-302具有至少85％同一性的核酸编码。
51.如权利要求49所述的系统，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:128或SEQIDNO:263-282具有至少85％同一性的核酸编码。
52.如权利要求49所述的系统，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:148或SEQIDNO:323-342具有至少85％同一性的核酸编码。
53.如权利要求49所述的系统，其中所述核酸引导性核酸酶由与SEQIDNO:303-322具有至少85％同一性的核酸编码。
54.如权利要求49所述的系统，其中所述核酸引导性核酸酶是针对待编辑的细胞被密码子优化的。
55.如权利要求49所述的系统，其中所述工程化引导核酸包括SEQIDNO:172-182中的任一个。
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【专利技术属性】
技术研发人员：金主汉，R·T·吉尔，安德鲁·加斯特，塔尼娅·伊丽莎白·瓦内克·利普斯科姆，
申请(专利权)人：因思科瑞普特公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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