马短串联重复序列的复合扩增体系及检测试剂盒制造技术

本发明专利技术涉及马短串联重复序列的复合扩增体系及检测试剂盒，用于检测马基因型中具有多态性的遗传标记基因，属于生物技术领域。本发明专利技术选择了16个位于不同染色体上的具有高灵敏性及扩增特异性的马STR位点以及一个性别判定位点，分别设计引物并标记荧光基团，一次性扩增，用于马群体遗传学分析、亲子鉴定检测，具有快速、准确、灵敏度好等优点。

【技术实现步骤摘要】
马短串联重复序列的复合扩增体系及检测试剂盒
本专利技术涉及生物
，具体来说，涉及马多个短串联重复序列的复合扩增体系及检测试剂盒。
技术介绍
短串联重复序列(shorttandemrepeats，STR)：又称微卫星序列，是一类广泛存在于真核生物基因组中的DNA重复序列。由2～6bp的核心序列构成，重复次数通常为15～30次，具有容易通过PCR扩增、电泳分型、分布广泛、多态信息含量高、呈共显性遗传等优点。其中最显著的优点是它的共显性遗传特征，这就使得纯合子和杂合子基因型可以被区分出来，极大地增加了亲子鉴定的准确性。目前STR复合扩增分型技术已逐步取代传统的血清学方法，成为人类亲缘关系鉴定的主要方法。有关人的亲子鉴定、个体认定已经形成了一套稳定的STR检测方法，而动物的此类相关研究相对滞后，可利用的STR位点较少。马的许多特性都是高度遗传的，马主们认为马的后代的特质很大程度上与其父母相关，所以马的谱系对于很多马主和购马者而言是十分重要的。目前对马进行亲子鉴定的试剂盒大多数是以美国ABI公司生产的选取VHL20、HTG4、AHT4、HMS7、HTG6、HMS6、AHT5、ASB2、HTG7、HMS3、HMS2共11个STR位点的试剂盒，该试剂盒由于检测位点较少可能会有无法推测亲子关系的情况，此时便需要额外增加检测到17对或22对STR位点，目前国内还没有此种类型的马亲子鉴定试剂盒，鉴于此，特提出本专利技术。
技术实现思路
针对上述领域的不足，本专利技术提供一种马短串联重复序列的复合扩增体系及检测试剂盒，本复合扩增体系及试剂盒包含16个STR位点及1个性别位点，可应用于马的群体遗传学分析或亲子鉴定检测中。本专利技术涉及马短串联重复序列的复合扩增体系，该复合扩增体系中包括16对引物，可同时扩增16个STR位点：HMS7、HMS2、HMS3、AHT4、VHL20、LEX33、UCDEQ425、LEX34、COR58、COR7、COR18、COR71、COR82、Chr20、Chr29、Chr3，所述引物分别为：所述扩增HMS7的上游引物序列如SEQIDNO1所示，所述扩增HMS7的下游引物序列如SEQIDNO2所示；所述扩增HMS2的上游引物序列如SEQIDNO3所示，所述扩增HMS2的下游引物序列如SEQIDNO4所示；所述扩增HMS3的上游引物序列如SEQIDNO5所示，所述扩增HMS3的下游引物序列如SEQIDNO6所示；所述扩增AHT4的上游引物序列如SEQIDNO7所示，所述扩增AHT4的下游引物序列如SEQIDNO8所示；所述扩增VHL20的上游引物序列如SEQIDNO9所示，所述扩增VHL20的下游引物序列如SEQIDNO10所示；所述扩增LEX33的上游引物序列如SEQIDNO11所示，所述扩增LEX33的下游引物序列如SEQIDNO12所示；所述扩增UCDEQ425的上游引物序列如SEQIDNO13所示，所述扩增UCDEQ425的下游引物序列如SEQIDNO14所示；所述扩增LEX34的上游引物序列如SEQIDNO15所示，所述扩增LEX34的下游引物序列如SEQIDNO16所示；所述扩增COR58的上游引物序列如SEQIDNO17所示，所述扩增COR58的下游引物序列如SEQIDNO18所示；所述扩增COR7的上游引物序列如SEQIDNO19所示，所述扩增COR7的下游引物序列如SEQIDNO20所示；所述扩增COR18的上游引物序列如SEQIDNO21所示，所述扩增COR18的下游引物序列如SEQIDNO22所示；所述扩增COR71的上游引物序列如SEQIDNO23所示，所述扩增COR71的下游引物序列如SEQIDNO24所示；所述扩增COR82的上游引物序列如SEQIDNO25所示，所述扩增COR82的下游引物序列如SEQIDNO26所示；所述扩增Chr20的上游引物序列如SEQIDNO27所示，所述扩增Chr20的下游引物序列如SEQIDNO28所示；所述扩增Chr29的上游引物序列如SEQIDNO29所示，所述扩增Chr29的下游引物序列如SEQIDNO30所示；所述扩增Chr3的上游引物序列如SEQIDNO31所示，所述扩增Chr3的下游引物序列如SEQIDNO32所示。所述复合扩增体系还包括1对能扩增AMEL的引物，分别为：所述扩增AMEL的上游引物序列如SEQIDNO33所示，所述扩增AMEL的下游引物序列如SEQIDNO34所示。所述复合扩增体系所包括每个位点的引物对中均包含一条引物其5’端被所述荧光染料标记。所述复合扩增体系中被扩增位点分别由四种荧光染料标记，相同荧光标记视为同一组，四组组合分别为：第一组LEX34、AMEL、Chr20、Chr3、AHT4；第二组COR7、COR71、HMS2、Chr29；第三组COR82、UCDEQ425、LEX33、HMS7；第四组COR58、VHL20、COR18、HMS3。所述四组中分别标记FAM、HEX、ROX及TAMRA。所述第一组的荧光染料标记为FAM标记，第二组的荧光染料标记为HEX标记，第三组的荧光染料标记为ROX标记，第四组的荧光染料标记为TAMRA标记，LIZ作为分子量内标参与检测。所述复合扩增体系还包括Mastermix、模板DNA及ddH2O。所述复合扩增体系扩增时的反应条件为：第1步：95℃预变性5min，第2步：94℃变性45sec，第3步：56℃退火1min，第4步：72℃延伸1min，重复2～4步骤35次，最后60℃延伸60min。一种试剂盒，包括上述任一项所述复合扩增体系。所述试剂盒，包括引物有17对，其用量浓度为：LEX34，0.5μM；AMEL，0.5μM；Chr20，1.5μM；Chr3，4μM；AHT4，5μM；COR7，0.4μM；COR71，2μM；HMS2，2μM；Chr29，1.5μM；COR82，1.5μM；UCDEQ425，1.5μM；LEX33，5μM；HMS7，5μM；COR58，0.5μM；VHL20，2μM；COR18，5μM；HMS3，5μM。所述试剂盒扩增组合物的含量如下：2.5xMastermix，4μl；引物混合物，1μl；DNA，1μl；ddH2O，4μl。上述复合扩增体系或试剂盒在马亲子鉴定中的应用。所述复合扩增体系或试剂盒亦可用于马群体遗传学分析。本专利技术的有益之处在于：1、本专利技术提供的马短串联重复序列的复合扩增体系及检测试剂盒，可用于DNA或血液直接扩增，一次性扩增16个位于不同染色体上的马STR位点和1个性别判定位点，能得到大量的信息，可快速准确进行马DNA或血液STR分型进而对马进行群体遗传学分析或亲子鉴定检测；<本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.马短串联重复序列的复合扩增体系，其特征在于，该复合扩增体系中包括16对引物，可同时扩增16个STR位点：HMS7、HMS2、HMS3、AHT4、VHL20、LEX33、UCDEQ425、LEX34、COR58、COR7、COR18、COR71、COR82、Chr20、Chr29、Chr3，所述引物分别为：/n所述扩增HMS7的上游引物序列如SEQ ID NO1所示，/n所述扩增HMS7的下游引物序列如SEQ ID NO2所示；/n所述扩增HMS2的上游引物序列如SEQ ID NO3所示，/n所述扩增HMS2的下游引物序列如SEQ ID NO4所示；/n所述扩增HMS3的上游引物序列如SEQ ID NO5所示，/n所述扩增HMS3的下游引物序列如SEQ ID NO6所示；/n所述扩增AHT4的上游引物序列如SEQ ID NO7所示，/n所述扩增AHT4的下游引物序列如SEQ ID NO8所示；/n所述扩增VHL20的上游引物序列如SEQ ID NO9所示，/n所述扩增VHL20的下游引物序列如SEQ ID NO10所示；/n所述扩增LEX33的上游引物序列如SEQ ID NO11所示，/n所述扩增LEX33的下游引物序列如SEQ ID NO12所示；/n所述扩增UCDEQ425的上游引物序列如SEQ ID NO13所示，/n所述扩增UCDEQ425的下游引物序列如SEQ ID NO14所示；/n所述扩增LEX34的上游引物序列如SEQ ID NO15所示，/n所述扩增LEX34的下游引物序列如SEQ ID NO16所示；/n所述扩增COR58的上游引物序列如SEQ ID NO17所示，/n所述扩增COR58的下游引物序列如SEQ ID NO18所示；/n所述扩增COR7的上游引物序列如SEQ ID NO19所示，/n所述扩增COR7的下游引物序列如SEQ ID NO20所示；/n所述扩增COR18的上游引物序列如SEQ ID NO21所示，/n所述扩增COR18的下游引物序列如SEQ ID NO22所示；/n所述扩增COR71的上游引物序列如SEQ ID NO23所示，/n所述扩增COR71的下游引物序列如SEQ ID NO24所示；/n所述扩增COR82的上游引物序列如SEQ ID NO25所示，/n所述扩增COR82的下游引物序列如SEQ ID NO26所示；/n所述扩增Chr20的上游引物序列如SEQ ID NO27所示，/n所述扩增Chr20的下游引物序列如SEQ ID NO28所示；/n所述扩增Chr29的上游引物序列如SEQ ID NO29所示，/n所述扩增Chr29的下游引物序列如SEQ ID NO30所示；/n所述扩增Chr3的上游引物序列如SEQ ID NO31所示，/n所述扩增Chr3的下游引物序列如SEQ ID NO32所示。/n...

【技术特征摘要】
1.马短串联重复序列的复合扩增体系，其特征在于，该复合扩增体系中包括16对引物，可同时扩增16个STR位点：HMS7、HMS2、HMS3、AHT4、VHL20、LEX33、UCDEQ425、LEX34、COR58、COR7、COR18、COR71、COR82、Chr20、Chr29、Chr3，所述引物分别为：
所述扩增HMS7的上游引物序列如SEQIDNO1所示，
所述扩增HMS7的下游引物序列如SEQIDNO2所示；
所述扩增HMS2的上游引物序列如SEQIDNO3所示，
所述扩增HMS2的下游引物序列如SEQIDNO4所示；
所述扩增HMS3的上游引物序列如SEQIDNO5所示，
所述扩增HMS3的下游引物序列如SEQIDNO6所示；
所述扩增AHT4的上游引物序列如SEQIDNO7所示，
所述扩增AHT4的下游引物序列如SEQIDNO8所示；
所述扩增VHL20的上游引物序列如SEQIDNO9所示，
所述扩增VHL20的下游引物序列如SEQIDNO10所示；
所述扩增LEX33的上游引物序列如SEQIDNO11所示，
所述扩增LEX33的下游引物序列如SEQIDNO12所示；
所述扩增UCDEQ425的上游引物序列如SEQIDNO13所示，
所述扩增UCDEQ425的下游引物序列如SEQIDNO14所示；
所述扩增LEX34的上游引物序列如SEQIDNO15所示，
所述扩增LEX34的下游引物序列如SEQIDNO16所示；
所述扩增COR58的上游引物序列如SEQIDNO17所示，
所述扩增COR58的下游引物序列如SEQIDNO18所示；
所述扩增COR7的上游引物序列如SEQIDNO19所示，
所述扩增COR7的下游引物序列如SEQIDNO20所示；
所述扩增COR18的上游引物序列如SEQIDNO21所示，
所述扩增COR18的下游引物序列如SEQIDNO22所示；
所述扩增COR71的上游引物序列如SEQIDNO23所示，
所述扩增COR71的下游引物序列如SEQIDNO24所示；
所述扩增COR82的上游引物序列如SEQIDNO25所示，
所述扩增COR82的下游引物序列如SEQIDNO26所示；
所述扩增Chr20的上游引物序列如SEQIDNO27所示，
所述扩增Chr20的下游引物序列如SEQIDNO28所示；
所述扩增Chr29的上游引物序列如SEQIDNO2...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨宇泽，冯涛，路永强，刘杰，常卓，赵春颖，
申请(专利权)人：北京市畜牧总站，
类型：发明
国别省市：北京;11