一种检测绵羊PRAMEY基因拷贝数变异的方法及其应用技术

本发明专利技术公开了一种检测绵羊PRAMEY基因拷贝数变异的方法及其应用。本发明专利技术以待测公羊全基因组DNA为模板，分别利用雄性特异性的qPCR引物对P1和P2扩增公羊PRAMEY基因和DDX3Y基因的部分片段，其中多拷贝PRAMEY基因作为检测基因，单拷贝DDX3Y基因作为参照基因，根据定量结果计算公羊PRAMEY基因的拷贝数。本发明专利技术方法简单、快速，便于推广应用。

【技术实现步骤摘要】
一种检测绵羊PRAMEY基因拷贝数变异的方法及其应用
本专利技术属于分子遗传学检测领域，具体涉及一种检测公羊Y染色体PRAMEY基因(Preferentiallyexpressedantigeninmelanoma,Y-linked)拷贝数变异的方法，该方法利用qPCR技术，以DDX3Y基因(DEAD-BoxHelicase3Y-Linked)为参照，采用校正样本的绝对定量的方法计算公羊样本PRAMEY基因的拷贝数。
技术介绍
随着人们对基因组的不断深入研究，基因组结构变异越来越受到学者们的重视。Y染色体为雄性特有的染色体，在遗传育种方面有重要作用。目前已在Y染色体上发现至少3种多态类型：单核苷酸多态和插入/缺失、Y染色体短串联重复序列(ShorttandemrepeatontheYchromosome，STR)和基因拷贝数变异(Copynumbervariation，CNV)。基因拷贝数变异，主要指1Kb～5Mb的DNA片段的插入和缺失。通过结合CNVs和SNPs可以为羊种全基因组关联性分析(GWAS)选择重要经济性状的候选基因提供有力支撑，本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测绵羊PRAMEY基因拷贝数变异的方法，其特征在于：包括以下步骤：/n以公羊基因组DNA为模板，以引物对P1以及引物对P2为引物，分别通过实时定量PCR扩增PRAMEY基因以及作为参照的DDX3Y基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定PRAMEY基因的拷贝数；/n所述的引物对P1为：/n上游引物F1：5’-TGCCCTCATTTCGTTACCCT-3’/n下游引物R1：5’-TTTTCGCTTAGTTATCTGCTATCAT-3’/n所述的引物对P2为：/n上游引物F2：5’-ATCGTGGGCGGAATGAGTGT-3’/n下游引物R2：5’-CTTGGTGGAAGCGGTTTTGA...

【技术特征摘要】
1.一种检测绵羊PRAMEY基因拷贝数变异的方法，其特征在于：包括以下步骤：
以公羊基因组DNA为模板，以引物对P1以及引物对P2为引物，分别通过实时定量PCR扩增PRAMEY基因以及作为参照的DDX3Y基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定PRAMEY基因的拷贝数；
所述的引物对P1为：
上游引物F1：5’-TGCCCTCATTTCGTTACCCT-3’
下游引物R1：5’-TTTTCGCTTAGTTATCTGCTATCAT-3’
所述的引物对P2为：
上游引物F2：5’-ATCGTGGGCGGAATGAGTGT-3’
下游引物R2：5’-CTTGGTGGAAGCGGTTTTGA-3’。


2.如权利要求1所述一种检测绵羊PRAMEY基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述的PRAMEY基因的拷贝数变异区域位于绵羊PRAMEY基因CDS序列的1473位至1758位。


3.如权利要求1所述一种检测绵羊PRAMEY基因拷贝数变异的方法，其特征在于：基于引物对P1扩增的PCR产物片段大小为285bp，基于引物对P2扩增的PCR产物片段大小为136bp。


4.如权利要求1所述一种检测绵羊PRAMEY基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述的实时定量PCR的扩增体系包括5ng/μL模板DNA1μL，及10μmol/L的引物对P1或引物对P2所对...

【专利技术属性】
技术研发人员：乐祥鹏，徐海月，王丽，李发弟，李万宏，
申请(专利权)人：兰州大学，
类型：发明
国别省市：甘肃;62