一种海洋浮游动物通用宏条形码扩增引物制造技术

技术编号:24597165 阅读:45 留言:0更新日期:2020-06-21 03:45
本发明专利技术提供一种海洋浮游动物通用宏条形码扩增引物,属于分子生物学技术领域,包括正向引物组和反向引物组,正向引物组由以下引物中的一条或多条组成:引物F1,引物F2,引物F3,引物F4,引物F5,引物F6,引物F7、引物F8,引物F9,引物F10;反向引物组由以下引物中的一条或多条组成:引物R1,引物R2,引物R3,引物R4,引物R5,引物R6,引物R7,引物R8,引物R9,引物R10。该引物包含本发明专利技术提供的条形码序列,进行PCR扩增时能够提高引物与模板的结合能力,提高PCR效率,提高测序序列的产出量,准确区分不同样品,提高带条形码序列的拆分率,提高测序质量和鉴定物种类别的覆盖度。

A universal macro barcode amplification primer for marine zooplankton

【技术实现步骤摘要】
一种海洋浮游动物通用宏条形码扩增引物
本专利技术属于分子生物学
,具体涉及一种海洋浮游动物通用宏条形码扩增引物。
技术介绍
浮游动物种类多、数量大、分布广,是海洋生物多样性的重要组成部分。作为海洋初级生产力向高营养级传递的关键环节,浮游动物在海洋生态系统的物质循环和能量流动中起着重要作用,同时浮游动物对环境扰动非常敏感,其种类组成和群落结构可作为海洋生态系统结构变化的重要指示,可以为评价海洋生态系统环境质量和健康状况提供指标。浮游动物种类的准确鉴定是浮游生态学研究的基础,传统形态鉴定方法无法满足现代海洋生态管理与保护自动化、标准化的数据需求,ZooScan图像识别和DNA条形码技术等新技术的出现,极大推动了浮游动物分类学、生态学及相关领域的研究进展。浮游动物类群具有多样性高的特点,传统基于形态学的显微计数法对鉴定人员的专业技能要求较高,并且不同鉴定人员的结果可比性较差,导致不同年际间的结果也缺乏可比性,这些缺陷导致基于形态学的鉴定方法难以满足业务化监测的需求,因此,急需开发自动化、标准化的浮游动物种类鉴定技术。现有技术如授本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一组用于标记海洋浮游动物待测序核酸样品的条形码序列,其特征在于:所述的一组条形码序列包含以下10个Barcodes中的2个或多个:/nBarcode1:AGTCTAGC;Barcode2:ACTGCAGC;/nBarcode3:CTATGCGT;Barcode4:CGAATCTG;/nBarcode5:TCAGATCA;Barcode6:TCCAGTGC;/nBarcode7:GTCATCGA;Barcode8:GACACTTG;/nBarcode9:TCGATCCG;Barcode10:AATCGTAG。/n

【技术特征摘要】
1.一组用于标记海洋浮游动物待测序核酸样品的条形码序列,其特征在于:所述的一组条形码序列包含以下10个Barcodes中的2个或多个:
Barcode1:AGTCTAGC;Barcode2:ACTGCAGC;
Barcode3:CTATGCGT;Barcode4:CGAATCTG;
Barcode5:TCAGATCA;Barcode6:TCCAGTGC;
Barcode7:GTCATCGA;Barcode8:GACACTTG;
Barcode9:TCGATCCG;Barcode10:AATCGTAG。


2.权利要求1所述的一组用于标记海洋浮游动物待测序核酸样品的条形码序列用于测序文库的构建和/或用于测序的用途,其特征在于:将所述的Barcode包含在用于扩增海洋浮游动物DNA条形码序列的PCR引物中,从而构成相对应的Barcode-PCR引物,通过PCR方法将所述Barcode引入待测序序列中;所述的Barcode-PCR引物用可以用作PCR的3’端引物或5’端引物,或同时用作3’端引物和5’端引物。


3.根据权利要求2所述的用途,其特征在于:在所述的Barcode-PCR引物中,所述的Barcode不通过连接子与用于扩增待测序序列的PCR引物的5’端或3’端相连。


4.一组用于构建海洋浮游动物18SrDNA多重测序文库的PCR引物,其特征在于:所述的一组PCR引物包括正向引物组和反向引物组,所述的正向引物组和反向引物组中不能含有包含相同Index的引物;
所述的正向引物组由以下引物中的一条或多条组成:
引物F1:其序列中包含权利要求1所述的Barcode1,其序列为SEQIDNO:1所示的核苷酸序列;
引物F2:其序列中包含权利要求1所述的Barcode2,其序列为SEQIDNO:2所示的核苷酸序列;
引物F3:其序列中包含权利要求1所述的Barcode3,其序列为SEQIDNO:3所示的核苷酸序列;
引物F4:其序列中包含权利要求1所述的Barcode4,其序列为SEQIDNO:4所示的核苷酸序列;
引物F5:其序列中包含权利要求1所述的Barcode5,其序列为SEQIDNO:5所示的核苷酸序列;
引物F6:其序列中包含权利要求1所述的Barcode6,其序列为SEQIDNO:6所示的核苷酸序列;
引物F7:其序列中包含权利要求1所述的Barcode7,其序列为SEQIDNO:7所示的核苷酸序列;

【专利技术属性】
技术研发人员:李宏俊孙艺王孝程李冬梅王睿睿叶金清李飞刘玉安明红霞苏洁
申请(专利权)人:国家海洋环境监测中心
类型:发明
国别省市:辽宁;21

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