【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】带有电荷标签的核苷酸及其使用方法相关申请的交叉引用本申请要求2018年2月16日提交的美国临时专利申请号62/710,327、2018年2月16日提交的美国临时专利申请号62/710,333、2018年2月16日提交的美国临时专利申请号62/710,362，2018年2月16日提交的美国临时专利申请号62/710,461的优先权；所有这些申请的全部内容通过引用合并于此。
技术介绍
当前，大多数测序平台使用“边合成边测序”(SBS)技术和基于荧光的检测方法。作为对SBS的补充，期望允许更成本有效、快速、以及方便测序和核酸检测的替代测序方法。基于电荷的测序是一种有吸引力的方法。当前的边合成边测序(SBS)技术使用在两个位置处被经修饰核苷酸：1)脱氧核糖的3'-羟基(3'-OH)、以及2)含氮碱基(A、T、C、G)的嘧啶的5-位或嘌呤的7-位。3'-OH基团用叠氮基甲基封端，以生成可逆核苷酸终止子。这可以防止添加单个核苷酸后的进一步延伸。每个含氮碱基分别用荧光团修饰，以提供标识单个碱基掺入的荧光读出。接着，将3'-OH封端基团和荧光团去...
【技术保护点】
1.一种方法，其包括：/n检测被标记的核苷酸通过聚合酶向与模板多核苷酸链互补的新生多核苷酸链中的掺入，其中所述聚合酶通过系链而被栓系到固体载体导电通道，/n所述被标记的核苷酸是式I的化合物，/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180216 US 62/710,327;20180216 US 62/710,333;20181.一种方法，其包括：
检测被标记的核苷酸通过聚合酶向与模板多核苷酸链互补的新生多核苷酸链中的掺入，其中所述聚合酶通过系链而被栓系到固体载体导电通道，
所述被标记的核苷酸是式I的化合物，
其中，n是3至10的整数，
m是1至10的整数，
t是0至50的整数，
X1是直接键、C1-C10烷基、C1-C10氧杂烷基、C1-C10硫杂烷基或C1-C10氮杂烷基，
X2是C1-C20烷基，其中任选一个或多个单独的CH2残基被肽键和(-O-CH2-CH2-)a中的一个或多个替代，其中a是1至24的整数，
X3是直接键或寡核苷酸，其中当所述标记靠近所述导电通道时，所述寡核苷酸与所述系链的受体区域杂交，
F1选自荧光团和直接键，且F2不存在或为荧光团，
A是或酰胺键，且
Y选自
q是1至100的整数，并且
B选自氨基酸、核苷酸、
其中各R选自Y、氢、和树状物；并且，其中当B是树状物时，q等于1，并且q数量个B具有电荷和电荷密度，并且
所述导电通道用于在掺入过程中检测被标记的核苷酸。
2.权利要求1的方法，其中电荷在约-100e与约+100e之间。
3.权利要求2的方法，其中电荷密度在每立方纳米约-100e与每立方纳米约+100e之间。
4.权利要求1的方法，其中电荷在约-200e至约+200e之间。
5.权利要求2的方法，其中电荷密度在每立方纳米约-200e和每立方纳米约+200e之间。
6.权利要求1的方法，其中q数量个B包括多核苷酸。
7.权利要求6的方法，其中多核苷酸选自分支多核苷酸、和一个或多个发夹环。
8.权利要求7的方法，其中多核苷酸包括两个至五个发夹环。
9.权利要求1的方法，其中q数量个B包括多肽。
10.权利要求9的方法，其中多肽选自分支多肽、卷曲多肽和卷曲螺旋多肽。
11.权利要求1的方法，其中B包括氨基酸，并且q数量个B中的一个或多个包括甲基赖氨酸、二甲基赖氨酸或三甲基赖氨酸。
12.权利要求1的方法，其中B是包括一个或多个结构重复单元和多个末端单元的z代的树状物，其中z是1至6的整数，结构末端单元选自：
其中
p1是1至3的整数，其中p1个-CH2-基团中的任一个或多个任选地被1至3个-O-CH2-CH2-基团替代，
p2是1至3的整数，其中p2个-CH2-中的任一个或多个任选地被1-3个-O-CH2-CH2-基团替代，并且
端基选自羧酸、磺酸、膦酸、精胺基、氨基和季铵基。
13.权利要求1至12中任一项的方法，其中A是通过包括连接反应在内的反应形成的，并且该连接反应选自叠氮化物-炔烃铜辅助点击反应、四嗪-反式环辛烯连接、叠氮化物-二苯并环辛炔无铜点击反应、和硫醇-马来酰亚胺缀合。
14.权利要求1至12中任一项的方法，其进一步包括连续地掺入多个被标记的核苷酸，其中当每个Y与任何其他Y彼此不同时，多个被标记的核苷酸中的每个的电荷不同于多个被标记的核苷酸中的任何其他的电荷。
15.权利要求14的方法，其中该方法还包括基于通过导电通道检测到的电荷来鉴别掺入到新生多核苷酸链中的一个或多个被标记的多核苷酸中的Y。
16.权利要求1至12中任一项的方法，其中X2是(-O-CH2-CH2-)a，其中a是1至24的整数。
17.权利要求16的方法，其中a是24。
18.权利要求16的方法，其中a是16。
19.权利要求16的方法，其中a是12。
20.权利要求16的方法，其中a为8。
21.权利要求16的方法，其中a为4。
22.一种方法，其包括：
检测被标记的核苷酸通过聚合酶向与模板多核苷酸链互补的新生多核苷酸链中的掺入，其中所述聚合酶通过系链而被栓系到固体载体导电通道，
所述被标记的核苷酸是式I的化合物，
其中，n是3至10的整数，
m是1至10的整数，
t是0至50的整数，
X1是直接键、C1-C10烷基、C1-C10氧杂烷基、C1-C10硫杂烷基或C1-C10氮杂烷基，
X2是C1-C20烷基，其中任选一个或多个单独的CH2残基被肽键和(-O-CH2-CH2-)a中的一个或多个替代，其中a是1至24的整数，
X3是直接键或寡核苷酸，其中当所述标记靠近所述导电通道时，所述寡核苷酸与所述系链的受体区域杂交，
F1选自荧光团和直接键，且F2不存在或为荧光团，
A是或酰胺键，且
Y选自
q是1至100的整数，并且
B包括氨基酸，并且
所述导电通道用于在掺入过程中检测被标记的核苷酸。
23.权利要求22的方法，其中电荷在约-100e与约+100e之间。
24.权利要求23的方法，其中电荷密度在每立方纳米约-100e与每立方纳米约+100e之间。
25.权利要求22的方法，其中电荷在约-200e至约+200e之间。
26.权利要求23的方法，其中电荷密度在每立方纳米约-200e和每立方纳米约+200e之间。
27.权利要求22的方法，其中q数量个B包括多肽。
28.权利要求27的方法，其中多肽选自分支多肽、卷曲多肽和卷曲螺旋多肽。
29.权利要求27的方法，其中B包括氨基酸，并且q数量个B中的一个或多个包括甲基赖氨酸、二甲基赖氨酸或三甲基赖氨酸。
30.权利要求22至29中任一项的方法，其中A是通过包括连接反应在内的反应形成的，并且该连接反应选自叠氮化物-炔烃铜辅助点击反应、四嗪-反式环辛烯连接、叠氮化物-二苯并环辛炔无铜点击反应、和硫醇-马来酰亚胺缀合。
31.权利要求22至29中任一项的方法，其进一步包括连续地掺入多个被标记的核苷酸，其中当每个Y与任何其他Y彼此不同时，多个被标记的核苷酸中的每个的电荷不同于多个被标记的核苷酸中的任何其他的电荷。
32.权利要求31的方法，其中该方法还包括基于通过导电通道检测到的电荷来鉴别掺入到新生多核苷酸链中的一个或多个被标记的多核苷酸中的Y。
33.权利...
【专利技术属性】
技术研发人员：J·曼德尔，S·格雷维纳，S·佩萨加维奇，K·普格利泽，张殷娜，杨翔元，M·C·R·巴西加鲁珀，
申请(专利权)人：伊鲁米纳公司，伊鲁米纳新加坡有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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