一种鉴定达氏鲟基因组大小及倍性的方法技术

本发明专利技术公开了一种鉴定达氏鲟基因组大小及倍性的方法，包括对达氏鲟总DNA经末端修复、加A尾、加测序接头、纯化、PCR扩增完成整个文库制备，进行进行PE测序，得到的原始数据过滤得到有效数据，采用采用基于K‑mer的分析方法来估计基因组大小，计算杂合率。本发明专利技术方法多倍体物种基因组大小及倍性的鉴定提供了一种参考方案。

【技术实现步骤摘要】
一种鉴定达氏鲟基因组大小及倍性的方法
本专利技术属于生物检测
，具体涉及一种鉴定达氏鲟基因组大小及倍性的方法。
技术介绍
达氏鲟是一种淡水定居性鱼类，常在江河中下层活动，喜栖息于流速较缓、富腐植质和底栖生物的沙质底或卵石碛坝的河湾或深沱中，生长速度较快，一般体长0.8～1.0米，体重5～10公斤，国家一级保护动物。张四明等1999年，利用细胞DNA含量测定的方法，对达氏鲟染色体数目进行了预测。采用Feulgen-显微分光光度计方法，以鸡红细胞为标准DNA(3.22pg2/c)测定了达氏鲟的体细胞基因组大小(DNA含量)。结果表明，达氏鲟DNA含量为8.26pg，初步判断其为八倍体物种。而随后Rajkov等(2014)利用微卫星共显性遗传方式的原理，通过计算个体不同位点的等位基因数目来评估了达氏鲟的倍性。Rajkov等采用微卫星遗传标记法，通过20个位点的等位基因对9尾达氏鲟个体的多倍体倍性进行了分析，认为其应该属于四倍体物种。由于细胞DNA含量测定与微卫星测定两种方式各存在其相应的局限性，导致研究结果相互不一致。对于细胞D本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种鉴定达氏鲟基因组大小及倍性的方法，其特征在于，包括以下步骤：/n1)对达氏鲟肌肉样本进行总DNA提取；/n2)将样品DNA随机打断成长度为350bp的片段，经末端修复、加A尾、加测序接头、纯化、PCR扩增完成整个文库制备；/n3)将构建的文库进行PE测序，得到的原始数据过滤得到有效数据；/n4)采用基于K-mer的分析方法来估计基因组大小，基因组大小＝K-mernumber/depth；/n其中，K-mernumber表示采取Soapdenovo软件得到的k-mer总数，depth表示k-mer深度；/n5)通过以下公式计算杂合率；/n

【技术特征摘要】
1.一种鉴定达氏鲟基因组大小及倍性的方法，其特征在于，包括以下步骤：
1)对达氏鲟肌肉样本进行总DNA提取；
2)将样品DNA随机打断成长度为350bp的片段，经末端修复、加A尾、加测序接头、纯化、PCR扩增完成整个文库制备；
3)将构建的文库进行PE测序，得到的原始数据过滤得到有效数据；
4)采用基于K-mer的分析方法来估计基因组大小，基因组大小＝K-mernumber/depth；
其中，K-mernumber表示采取Soapdenovo软件得到的k-mer总数，depth表示k-mer深度；
5)通过以下公式计算杂合率；



其中，a1/2为杂合K-mer种类数的百分比，nkspecies为所有K-mer的种类数，K为K-mer长度。

【专利技术属性】
技术研发人员：陈叶雨，龚全，赖见生，刘亚，宋明江，
申请(专利权)人：四川省农业科学院水产研究所四川省水产研究所，
类型：发明
国别省市：四川;51