CBLB核酸内切酶变体、组合物及使用方法技术

本公开提供了改良的用于编辑CBLB基因的基因组编辑组合物和方法。本公开还提供了用于预防、治疗或改善癌症、感染性疾病、自身免疫性疾病、炎性疾病或免疫缺陷的至少一种症状的基因组编辑过的细胞。

CBLB endonuclease variants, compositions and methods of use

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】CBLB核酸内切酶变体、组合物及使用方法相关申请的交叉引用本申请根据35U.S.C.119(e)要求2017年10月3日提交的美国临时申请第62/567,417号和2017年5月25日提交的美国临时申请第62/511,194号的权益，以上申请各自以全文引用的方式并入本文中。关于序列表的声明与本申请相关联的序列表是以文本格式提供以代替纸质副本，并以引用的方式并入本说明书中。含有序列表的文本文件的名称是BLBD_087_02WO_ST25.txt。文本文件是152KB，创建于2018年5月25日，并在本说明书提交的同时，通过EFS-Web以电子方式提交。
本公开涉及改良的基因组编辑组合物。更确切地说，本公开涉及核酸酶变体、组合物以及使用其编辑人卡西塔斯B谱系(casitasB-lineage，Cbl)淋巴瘤原癌基因B(CBLB)基因的方法。
技术介绍
全球癌症负担在1975年与2000年间增加一倍。癌症是世界范围内导致发病率和死亡率的第二大主导原因，且在2012年间有约一千四百一十万例新增病例和八百二十万例癌症相关死本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种多肽，其包含使人卡西塔斯B谱系(Cbl)淋巴瘤原癌基因B(CBLB)基因中的靶位点裂解的归巢核酸内切酶(HE)变体。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170525 US 62/511,194;20171003 US 62/567,4171.一种多肽，其包含使人卡西塔斯B谱系(Cbl)淋巴瘤原癌基因B(CBLB)基因中的靶位点裂解的归巢核酸内切酶(HE)变体。


2.根据权利要求1所述的多肽，其中所述HE变体是LAGLIDADG归巢核酸内切酶(LHE)变体。


3.根据权利要求1或权利要求2所述的多肽，其中所述多肽包含所述HE变体的生物活性片段。


4.根据权利要求3所述的多肽，其中相较于相应野生型HE，所述生物活性片段缺乏1、2、3、4、5、6、7或8个N末端氨基酸。


5.根据权利要求4所述的多肽，其中相较于相应野生型HE，所述生物活性片段缺乏4个N末端氨基酸。


6.根据权利要求4所述的多肽，其中相较于相应野生型HE，所述生物活性片段缺乏8个N末端氨基酸。


7.根据权利要求3所述的多肽，其中相较于相应野生型HE，所述生物活性片段缺乏1、2、3、4、5或6个C末端氨基酸。


8.根据权利要求7所述的多肽，其中相较于相应野生型HE，所述生物活性片段缺乏C末端氨基酸。


9.根据权利要求7所述的多肽，其中相较于相应野生型HE，所述生物活性片段缺乏2个C末端氨基酸。


10.根据权利要求1至9中任一项所述的多肽，其中所述HE变体是选自由以下组成的组的LHE变体：I-AabMI、I-AaeMI、I-AniI、I-ApaMI、I-CapIII、I-CapIV、I-CkaMI、I-CpaMI、I-CpaMII、I-CpaMIII、I-CpaMIV、I-CpaMV、I-CpaV、I-CraMI、I-EjeMI、I-GpeMI、I-GpiI、I-GzeMI、I-GzeMII、I-GzeMIII、I-HjeMI、I-LtrII、I-LtrI、I-LtrWI、I-MpeMI、I-MveMI、I-NcrII、I-Ncrl、I-NcrMI、I-OheMI、I-OnuI、I-OsoMI、I-OsoMII、I-OsoMIII、I-OsoMIV、I-PanMI、I-PanMII、I-PanMIII、I-PnoMI、I-ScuMI、I-SmaMI、I-SscMI及I-Vdi141I。


11.根据权利要求1至10中任一项所述的多肽，其中所述HE变体是选自由以下组成的组的LHE变体：I-CpaMI、I-HjeMI、I-OnuI、I-PanMI及SmaMI。


12.根据权利要求1至11中任一项所述的多肽，其中所述HE变体是I-OnuILHE变体。


13.根据权利要求1至12中任一项所述的多肽，其中所述HE变体在如SEQIDNO:1-5中所示I-OnuILHE氨基酸序列或其生物活性片段的DNA识别界面中选自由以下组成的组的氨基酸位置处包含一个或多个氨基酸取代：24、26、28、30、32、34、35、36、37、38、40、42、44、46、48、68、70、72、75、76、78、80、82、180、182、184、186、188、189、190、191、192、193、195、197、199、201、203、223、225、227、229、231、232、234、236、238及240。


14.根据权利要求1至13中任一项所述的多肽，其中所述HE变体在如SEQIDNO:1-5中所示I-OnuILHE氨基酸序列或其生物活性片段的选自由以下组成的组的氨基酸位置处包含至少5个、至少15个、优选至少25个、更优选至少35个或甚至更优选至少40个或更多个氨基酸取代：19、24、26、28、30、32、34、35、36、37、38、40、42、44、46、48、59、68、70、72、75、7677、78、80、82、168、180、182、184、186、188、189、190、191、192、193、195、197、199、201、203、223、225、227、229、231、232、234、236、238及240。


15.根据权利要求1至14中任一项所述的多肽，其中所述HE变体在SEQIDNO:1-5中任一个或其生物活性片段的选自由以下位置组成的位置组的至少一个位置处包含至少5个、至少15个、优选至少25个、更优选至少35个或甚至更优选至少40个或更多个氨基酸取代：24、26、28、30、32、34、35、36、37、38、40、42、44、46、48、68、70、72、78、80、92、116、138、143、159、168、178、180、182、184、186、188、189、190、191、192、193、195、197、199、201、203、207、223、225、227、232、236及238。


16.根据权利要求1至15中任一项所述的多肽，其中所述HE变体在SEQIDNO:1-5中任一个或其生物活性片段中包含以下氨基酸取代中的至少5个、至少15个、优选至少25个、更优选至少35个或甚至更优选至少40个或更多个：S24C、L26R、L26G、R28D、R28Y、R30H、N32A、N32S、K34D、K34V、S35L、S36R、V37A、V37S、S40R、E42R、G44A、G44S、Q46E、T48V、T48S、V68T、V68K、A70Y、S72A、S78R、K80Q、D92G、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182V、F182M、N184E、I186K、I186M、S188R、S188N、K189R、S190N、K191P、K191N、L192V、G193K、G193I、Q195G、Q195R、Q197R、V199R、S201G、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E及V238I。


17.根据权利要求1至16中任一项所述的多肽，其中所述HE变体在SEQIDNO:1-5中任一个或其生物活性片段中包含以下氨基酸取代中的至少5个、至少15个、优选至少25个、更优选至少35个或甚至更优选至少40个或更多个：S24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44A、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、L138M、T143N、F168L、E178D、C180S、F182V、N184E、I186K、S188R、K189R、K191P、L192V、G193K、Q195G、Q197R、V199R、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E及V238I。


18.根据权利要求1至16中任一项所述的多肽，其中所述HE变体在SEQIDNO:1-5中任一个或其生物活性片段中包含以下氨基酸取代中的至少5个、至少15个、优选至少25个、更优选至少35个或甚至更优选至少40个或更多个：S24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44A、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E及V238I。


19.根据权利要求1至16中任一项所述的多肽，其中所述HE变体在SEQIDNO:1-5中任一个或其生物活性片段中包含以下氨基酸取代中的至少5个、至少15个、优选至少25个、更优选至少35个或甚至更优选至少40个或更多个：S24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48S、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、D92G、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E及V238I。


20.根据权利要求1至16中任一项所述的多肽，其中所述HE变体在SEQIDNO:1-5中任一个或其生物活性片段中包含以下氨基酸取代中的至少5个、至少15个、优选至少25个、更优选至少35个或甚至更优选至少40个或更多个：S24C、L26R、R28D、R30H、N32A、K34V、S35L、S36R、V37S、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48V、V68T、V68K、A70Y、S72A、S78R、K80Q、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E及V238I。


21.根据权利要求1至16中任一项所述的多肽，其中所述HE变体在SEQIDNO:1-5中任一个或其生物活性片段中包含以下氨基酸取代中的至少5个、至少15个、优选至少25个、更优选至少35个或甚至更优选至少40个或更多个：S24C、L26G、R28Y、R30H、N32S、K34V、S35L、S36R、V37S、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48S、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E及V238I。


22.根据权利要求1至16中任一项所述的多肽，其中所述HE变体在SEQIDNO:1-5中任一个或其生物活性片段中包含以下氨基酸取代中的至少5个、至少15个、优选至少25个、更优选至少35个或甚至更优选至少40个或更多个：S24C、L26R、R28D、R30H、N32A、K34V、S35L、S36R、V37S、S40R、E42R、G44S、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、V116L、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182V、N184E、I186K、S188R、K189R、K191P、L192V、G193K、Q195G、Q197R、V199R、S201G、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E及V238I。


23.根据权利要求1至16中任一项所述的多肽，其中所述HE变体在SEQIDNO:1-5中任一个或其生物活性片段中包含以下氨基酸取代中的至少5个、至少15个、优选至少25个、更优选至少35个或甚至更优选至少40个或更多个：S24C、L26R、R28D、N32A、K34D、S35L、S36R、V37A、S40R、E42R、G44A、Q46E、T48V、V68T、A70Y、S72A、S78R、K80Q、D92G、L138M、T143N、S159P、F168L、E178D、C180S、F182M、N184E、I186M、S188N、S190N、K191N、L192V、G193I、Q195R、Q197R、V199R、T203S、K207R、Y223R、K225V、K227N、F232H、D236E及V238I。


24.根据权利要求1至23中任一项所述的多肽，其中所述HE变体包含与SEQIDNO:6-12中任一个或其生物活性片段中所示的氨基酸序列至少80％、优选至少85％、更优选至少90％、或甚至更优选至少95％一致的氨基酸序列。


25.根据权利要求1至24中任一项所述的多肽，其中所述HE变体包含SEQIDNO:6或其生物活性片段中所示的氨基酸序列。


26.根据权利要求1至24中任一项所述的多肽，其中所述HE变体包含SEQIDNO:7或其生物活性片段中所示的氨基酸序列。


27.根据权利要求1至24中任一项所述的多肽，其中所述HE变体包含SEQIDNO:8或其生物活性片段中所示的氨基酸序列。


28.根据权利要求1至24中任一项所述的多肽，其中所述HE变体包含SEQIDNO:9或其生物活性片段中所示的氨基酸序列。


29.根据权利要求1至24中任一项所述的多肽，其中所述HE变体包含SEQIDNO:10或其生物活性片段中所示的氨基酸序列。


30.根据权利要求1至24中任一项所述的多肽，其中所述HE变体包含SEQIDNO:11或其生物活性片段中所示的氨基酸序列。


31.根据权利要求1至24中任一项所述的多肽，其中所述HE变体包含SEQIDNO:12或其生物活性片段中所示的氨基酸序列。


32.根据权利要求1至31中任一项所述的多肽，其中所述多肽结合SEQIDNO:20中所示的聚核苷酸序列。


33.根据权利要求1至32中任一项所述的多肽，其另外包含DNA结合结构域。


34.根据权利要求33所述的多肽，其中所述DNA结合结构域选自由以下组成的组：TALEDNA结合结构域和锌指DNA结合结构域。


35.根据权利要求34所述的多肽，其中所述TALEDNA结合结构域包含约9.5个TALE重复单元至约15.5个TALE重复单元。


36.根据权利要求34或权利要求35所述的多肽，其中所述TALEDNA结合结构域结合所述CBLB基因中的聚核苷酸序列。


37.根据权利要求34至36中任一项所述的多肽，其中所述TALEDNA结合结构域结合SEQIDNO:21中所示的聚核苷酸序列。


38.根据权利要求37所述的多肽，其中所述多肽结合并裂解SEQIDNO:22中所示的聚核苷酸序列。


39.根据权利要求34所述的多肽，其中所述锌指DNA结合结构域包含2、3、4、5、6、7或8个锌指基元。


40.根据权利要求1至39中任一项所述的多肽，其另外包含肽连接子和末端加工酶或其生物活性片段。


41.根据权利要求1至40中任一项所述的多肽，其另外包含病毒自裂解2A肽和末端加工酶或其生物活性片段。


42.根据权利要求40或权利要求41所述的多肽，其中所述末端加工酶或其生物活性片段具有5'-3'核酸外切酶、5'-3'碱性核酸外切酶、3'-5'核酸外切酶、5'瓣状核酸内切酶、解螺旋酶、TdT或不依赖于模板的DNA聚合酶活性。


43.根据权利要求40至42中任一项所述的多肽，其中所述末端加工酶包含Trex2或其生物活性片段。


44.根据权利要求1至43中任一项所述的多肽，其中所述多肽包含SEQIDNO:13-19中任一个或其生物活性片段中所示的氨基酸序列。


45.根据权利要求44所述的多肽，其中所述多肽包含SEQIDNO:13或其生物活性片段中所示的氨基酸序列。


46.根据权利要求44所述的多肽，其中所述多肽包含SEQIDNO:14或其生物活性片段中所示的氨基酸序列。


47.根据权利要求44所述的多肽，其中所述多肽包含SEQIDNO:15或其生物活性片段中所示的氨基酸序列。


48.根据权利要求44所述的多肽，其中所述多肽包含SEQIDNO:16或其生物活性片段中所示的氨基酸序列。


49.根据权利要求44所述的多肽，其中所述多肽包含SEQIDNO:17或其生物活性片段中所示的氨基酸序列。


50.根据权利要求44所述的多肽，其中所述多肽包含SEQIDNO:18或其生物活性片段中所示的氨基酸序列。


51.根据权利要求44所述的多肽，其中所述多肽包含SEQIDNO:19或其生物活性片段中所示的氨基酸序列。


52.根据权利要求1至51中任一项所述的多肽，其中所...

【专利技术属性】
技术研发人员：乔丹·贾儒尔，凯尔·哈文斯，安妮瑞秋·克罗斯塔格，
申请(专利权)人：蓝鸟生物公司，
类型：发明
国别省市：美国;US