用于肺癌(包括NSCLC、SCLC和其他癌症)免疫治疗的新型肽和肽组合物制造技术

本发明专利技术涉及用于免疫治疗方法的肽、蛋白质、核酸和细胞。特别是，本发明专利技术涉及癌症的免疫疗法。本发明专利技术还涉及单独使用或与其他肿瘤相关肽(刺激抗肿瘤免疫反应或体外刺激T细胞和转入患者的疫苗复合物的活性药物成分)联合使用的肿瘤相关T细胞(CTL)肽表位。与主要组织相容性复合体(MHC)分子结合的肽或与此同类的肽也可能是抗体、可溶性T细胞受体和其他结合分子的靶标。

Novel peptide and peptide composition for immunotherapy of lung cancer (including NSCLC, SCLC and other cancers)

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于肺癌(包括NSCLC、SCLC和其他癌症)免疫治疗的新型肽和肽组合物本专利技术涉及用于免疫治疗方法的肽、蛋白质、核酸和细胞。特别是，本专利技术涉及癌症的免疫疗法。本专利技术还涉及单独使用或与其他肿瘤相关肽(刺激抗肿瘤免疫反应或体外刺激T细胞和转入患者的疫苗复合物的活性药物成分)联合使用的肿瘤相关T细胞(CTL)肽表位。与主要组织相容性复合体(MHC)分子结合的肽或与此同类的肽也可能是抗体、可溶性T细胞受体和其他结合分子的靶标。本专利技术涉及数种新型肽序列及其变体，它们源自人肿瘤细胞的HLA-I类分子，可用于引发抗肿瘤免疫反应的疫苗组合物中或作为开发药物/免疫活性化合物和细胞的目标。专利技术背景在男性和女性中，大多数癌症相关死亡的均为肺癌。在世界范围内，就发生率和死亡率而言，肺癌都是最常见的癌症。2012年，有超过180万的新发病例(占癌症总发病人数的13％)，160万人死于肺癌(占癌症总死亡人数的20％)。肺癌是87个国家男性、26个国家女性癌症死亡的首要原因。超过三分之一的新诊断病例在中国。死亡率最高的地区为北美、欧洲和东亚(WorldCancerReport,2014)。自1987年以来，每年死于肺癌的女性超过了死于乳腺癌。从1991年至2003年，男性的死亡率持续下降，每年约下降1.9％。女性肺癌死亡率在连续增长几十年后正趋于平稳。肺癌死亡率的这些趋势反映了过去30年吸烟率的下降。根据美国国立癌症研究所(NCI)的资料，预计2013年美国有23万新发肺癌病例，16万死于肺癌。根据之前的经验，小细胞肺癌(SCLC)与非小细胞肺癌(NSCLC)区分，后者包括组织学类型的腺癌、鳞状细胞癌和大细胞癌。然而，在过去的十年中，由于遗传学的主要差异以及对特定治疗的反应，腺癌和鳞状细胞癌的区别已被越来越多地认识。因此，依据驱动和保持肺肿瘤发生的特定遗传改变，根据分子学亚型，肺癌被进一步分类(Travisetal.,2013)。预后一般较差。在所有肺癌患者中，10％-15％的患者在确诊后存活五年。肺癌患者生存期差是因为(至少部分因为)80％的患者在确诊时就有转移，一半以上的患者有远端转移(SEERStatfacts,2014)。在发病时，30-40％的NSCLC病例处于四期，60％的SCLC病例处于四期。肺癌的1年相对存活率在1975-1979年期间为35％，至2010年，略上升至44％，这主要是由于手术技术的改进和组合疗法的使用。然而，所有阶段的肺癌组合在一起，5年存活率仅为17％。对于疾病在检出时仍为局部性的病例，存活率为54％；但是仅有16％的肺癌在此早期得到确诊(SEERStatfacts,2014)。治疗选择根据癌症的类型(小细胞和非小细胞肺癌)和阶段进行确定，包括手术、放疗、化疗、靶向生物治疗，如贝伐单抗和埃罗替尼对于局部癌，通常选择外科手术治疗。最近的研究表明，手术随后化疗可提高早期非小细胞肺癌的存活率。由于该疾病在发现时通常已经扩散，因此，常常使用放射和化疗，有时与手术联合使用。单一化疗或放化疗结合是治疗小细胞肺癌的通常选择；采用这一方案，有很大比例的患者获得缓解，在一些接受手术的病例中，缓解为持久缓解(S3-LeitlinieLungenkarzinom,2011)。晚期肺癌也对传统的化疗产生耐药。然而，最近的研究进展依赖于组织学和遗传学在治疗方法上取得令人兴奋的进步。审查水平为：旨在区分KRAS的密码子12和13突变以及密码子12特定突变确定的不同氨基酸取代的辅助化疗试验(Shepherdetal.,2013)。为了扩大NSCLC的治疗方案，已经研究了或正在研究不同的免疫治疗方法。虽然用L-BLP25或MAGEA3进行疫苗接种未能证明在NSCLC患者中疫苗介导的生存优势，但是同种异体细胞源性疫苗在临床研究中表现出有希望的结果。此外，针对神经节苷脂、表皮生长因子受体和其他几个抗原的进一步接种试验目前正在进行中。增强患者抗肿瘤T细胞反应的另一策略包括使用特异性抗体阻断抑制性T细胞受体或其配体。目前，正在临床试验中评估上述几种抗体(包括ipilimumab、nivolumab、pembrolizumab、MPDL3280A和MEDI-4736)在NSCLC中的治疗潜力(Reinmuthetal.,2015)考虑到治疗癌症相关的严重副作用和费用，通常有必要确定可用于治疗癌症的因子，尤其是肺癌(包括NSCLC和SCLC)。也有必要确定代表通常癌症和肺癌(包括NSCLC和SCLC)生物标志物的因子，从而更好地诊断癌症、评估预后和预测治疗成功性。癌症免疫治疗代表了癌症细胞特异性靶向作用的一个选项，同时最大限度地减少副作用。癌症免疫疗法利用存在的肿瘤相关抗原。肿瘤相关抗原(TAA)的目前分类主要包括以下几组：a)癌-睾丸抗原：T细胞能够识别的最先确认的TAA属于这一类抗原，由于其成员表达于组织学相异的人肿瘤中、正常组织中、仅在睾丸的精母细胞/精原细胞中、偶尔在胎盘中，因此，它最初被称为癌-睾丸(CT)抗原。由于睾丸细胞不表达HLAI类和II类分子，所以，在正常组织中，这些抗原不能被T细胞识别，因此在免疫学上可考虑为具有肿瘤特异性。CT抗原大家熟知的例子是MAGE家族成员和NY-ESO-1。b)分化抗原：肿瘤和正常组织(肿瘤源自该组织)都含有TAA。大多数已知的分化抗原发现于黑色素瘤和正常黑色素细胞中。许多此类黑色素细胞谱系相关蛋白参与黑色素的生物合成，因此这些蛋白不具有肿瘤特异性，但是仍然被广泛用于癌症的免疫治疗。例子包括，但不仅限于，黑色素瘤的酪氨酸酶和Melan-A/MART-1或前列腺癌的PSA。c)过量表达的TAA：在组织学相异的肿瘤中以及许多正常组织中都检测到了基因编码被广泛表达的TAA，一般表达水平较低。有可能许多由正常组织加工和潜在提呈的表位低于T细胞识别的阈值水平，而它们在肿瘤细胞中的过量表达能够透过打破先前确立的耐受性而引发抗癌反应。这类TAA的典型例子为Her-2/neu、生存素、端粒酶或WT1。d)肿瘤特异性抗原：这些独特的TAA产生于正常基因(如β-catenin、CDK4等)的突变。这些分子变化中有一些与致瘤性转化和/或进展相关。肿瘤特异性抗原一般可在不对正常组织带来自体免疫反应风险的情况下诱导很强的免疫反应。另一方面，这些TAA在多数情况下只与其上确认了有TAA的确切肿瘤相关，并且通常在许多个体肿瘤之间并不都共用TAA。在含有肿瘤特定(相关)同种型蛋白的情况下，如果肽源自肿瘤(相关)外显子也可能出现肽肿瘤特异性(或相关性)。e)由异常翻译后修饰产生的TAA：此类TAA可能由肿瘤中既不具有特异性也不过量表达的蛋白产生，但其仍然具有肿瘤相关性(该相关性由主要对肿瘤具有活性的翻译后加工所致)。此类TAA产生于变糖基化模式的改变，导致肿瘤产生针对MUC1的新型表位或在降解过程中导致诸如蛋白拼接的事件，这可能具有也可能不具有肿瘤特异性。f)肿瘤病毒蛋白：这些TTA是病毒蛋白，可在致癌过程中发挥关键作用，并且由于它们是外本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种肽，其包括选自SEQ ID No.1至SEQ ID No.489组成群组的一个氨基酸序列、以及与SEQ ID No.1至SEQ ID No.489具有至少88％同源性的其变体序列、其中所述变体与主要组织相容性复合体(MHC)结合和/或诱导与该变体肽发生T细胞交叉反应，及其一种药用盐，其中所述肽不是一种全长多肽。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170707 DE 102017115301.2;20170707 US 62/529,7581.一种肽，其包括选自SEQIDNo.1至SEQIDNo.489组成群组的一个氨基酸序列、以及与SEQIDNo.1至SEQIDNo.489具有至少88％同源性的其变体序列、其中所述变体与主要组织相容性复合体(MHC)结合和/或诱导与该变体肽发生T细胞交叉反应，及其一种药用盐，其中所述肽不是一种全长多肽。


2.根据权利要求1中所述的肽，其中所述肽有能力与MHC-I或-II类分子结合，其中所述肽与MHC结合时能够被CD4和/或CD8T细胞识别。


3.根据权利要求1或2中所述的肽或其变体，其中氨基酸序列包括任意SEQIDNo.1至SEQIDNo.489的一个连续的氨基酸延伸区。


4.根据权利要求1至3任一项中所述的肽或其变体，其中所述肽或其变体的总长度为8至100个氨基酸、优选为8至30个氨基酸、更优选为8至16个氨基酸、最优选为该肽该肽系由或基本系由根据任意SEQIDNo.1至SEQIDNo.489的氨基酸序列组成。


5.根据权利要求1至4任一项中所述的肽或其变体，其中所述肽被修饰和/或包含非肽键。


6.根据权利要求1至5任一项所述的肽或其变体，其中所述肽为融合蛋白的一部分，尤其包含HLA-DR抗原相关不变链(Ii)的N-端氨基酸。


7.一种抗体，特别是可溶性或膜结合性抗体，优选为单克隆抗体或其片段，其特异性地识别根据权利要求1至5任一项所述的肽或其变体，与MHC分子结合时优选为根据权利要求1至5中任一项所述的肽或变体。


8.一种T细胞受体，优选为可溶性或膜结合性受体或其片段，其与HLA配体反应，其中所述配体是根据权利要求1至5任一项所述的肽或其变体，与MHC分子结合时优选为根据权利要求1至5中任一项所述的肽或变体。


9.根据权利要求8所述的T细胞受体，其中所述配体氨基酸序列与SEQIDNo.1至SEQIDNo.489中任一个至少88％相同，或其中所述配体氨基酸序列包括SEQIDNo.1至SEQIDNo.489任何之一。


10.根据权利要求8或9中任何一项所述的T细胞受体，其中所述T细胞受体作为可溶性分子提供并任选具有进一步的效应子功能，如免疫刺激结构域或毒素。


11.一种适体，其特异性地识别根据权利要求1至5中的肽或其变体，优选为根据权利要求1至5中任一项所述的、与MHC分子结合的肽或变体。


12.一种核酸，其编码根据权利要求1至5中任一项所述的肽或其变体，根据权利要求7所述的抗体或其片段，根据权利要求8或9所述的T细胞受体或其片段，任选连接到异源启动子序列或表达所述核酸的表达载体。


13.一种重组宿主细胞，其包含根据权利要求1至6中任一项所述的肽，根据权利要求7所述的抗体或其片段，根据权利要求8或9所述的T细胞受体或其片段，或根据权利要求12所述的核酸或表达载体，其中所述宿主细胞优选为选自抗原提呈细胞，例如树突细胞、T细胞或NK细胞。


14.一种体外制备启动的T淋巴细胞的方法，该方法包括将T细胞与载有抗原的人I或II类MHC分子进行体外连接，这些分子在合适的抗原提呈细胞表面或人工类比的抗原提呈细胞结构表面上表达足够的一段时间从而以抗原特异性方式启动T细胞，其中所述抗原为权利要求1至4任一项中所述的肽。


15.根据权利要求14中所述的方法制成的启动T淋巴细胞，其有选择性地识别一种细胞，该细胞提呈含权利要求1至4任一项中给定氨基酸序列的多肽。


16.一种药物组合物，其包括至少一种活性成分，该成分选自根据权利要求1至6任一项中所述的肽、根据权利要求7中所述的抗体或其片段、根据权利要求8或9中所述的T细胞受体或其片段、根据权利要求11中所述的适体、根据权利要求12中所述的核酸或表达载体、根据权利要求13中所述的宿主细胞或根据权利要求15中所述的活化T淋巴细胞，或共轭或标记的活性成分以及一种药用载体和任选的药用赋形剂和/或稳定剂。


17.一种用于制备根据权利要求1至6任一项中所述的肽或其变体、根据权利要求7所述的抗体或其片段或根据权利要求8或9所述的T细胞受体或其片段的方法，所述方法包括培养根据权利要求13所述的宿主细胞以及从所述宿主细胞和/或其培养基中分离出所述肽或其变体、所述抗体或其片段或所述T细胞受体或其片段。


18.根据权利要求1至6任一项中所述的肽、根据权利要求7中所述的抗体或其片段、根据权利要求8或9中所述的T细胞受体或其片段、根据权利要求11中所述的适体、根据权利要求12中所述的核酸或表达载体、根据权利要求13中所述的宿主细胞或根据权利要求15中所述的活化T淋巴细胞在药物中的用途。


19.一种杀灭患者体内靶向细胞的方法，其中靶向细胞提呈一种多肽，该多肽含权利要求1至4任一项中给定的氨...

【专利技术属性】
技术研发人员：延斯·弗里切，奥利弗·施尔，哈普瑞特·辛格，托妮·维因斯申克，科莱特·宋，
申请(专利权)人：伊玛提克斯生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：德国;DE