【技术实现步骤摘要】
一种基于HLA分型与结构的肿瘤新抗原的筛选方法
本专利技术涉及抗原筛选领域，尤其涉及一种基于HLA分型与结构的肿瘤新抗原的筛选方法。
技术介绍
肿瘤疫苗(tumorvaccine)是近年研究的热点之一，其原理将肿瘤抗原以多种形式如：肿瘤细胞、肿瘤相关蛋白或多肽、表达肿瘤抗原的基因等，导入患者体内，克服肿瘤引起的免疫抑制状态，增强免疫原性，激活患者自身的免疫系统，诱导机体细胞免疫和体液免疫应答，从而达到控制或清除肿瘤的目的。2010年4月，美国食品药品监督管理局(FDA)批准Provenge/sipuleucel-T用于治疗晚期前列腺癌，使其成为第一个自体主动免疫疗法药及第一个真正的治疗性癌症疫苗，为其他同类产品的研发铺平道路(1,2)。2017年有2个技术团队已经在基于NGS的个性化肿瘤疫苗临床试验中取得可喜成果，美国团队的临床实验结果：接种疫苗的6名黑色素瘤患者中，4人肿瘤完全消失，且32个月内无复发，另外2人肿瘤仍然存在，在接受辅助治疗后肿瘤也完全消失；德国团队的临床试验结果：在13位接种疫苗的患者中，8人肿瘤完...
【技术保护点】
1.一种基于HLA分型与结构的肿瘤新抗原的筛选方法，其特征在于，包括步骤：/nA、获取肿瘤组织细胞的突变基因所对应编码的各个多肽序列，并将其作为潜在抗原的多肽集合；/nB、获取各个HLA分型在黄种人群中的频率并据此获取频率超过指定阈值的HLA分型集合；并将所述多肽集合中的多肽序列与所述HLA分型集合中的HLA分型分别进行亲和力预测，并筛选出亲和力超过指定阈值的多肽序列；/nC、将所述HLA分型集合中的各个HLA分型分别进行三维结构建模；以及将所述亲和力超过指定阈值的多肽序列分别进行三维结构建模；/nD、将HLA分型的三维结构模型作为受体，将多肽序列的三维结构模型作为配体进行...
【技术特征摘要】
1.一种基于HLA分型与结构的肿瘤新抗原的筛选方法，其特征在于，包括步骤：
A、获取肿瘤组织细胞的突变基因所对应编码的各个多肽序列，并将其作为潜在抗原的多肽集合；
B、获取各个HLA分型在黄种人群中的频率并据此获取频率超过指定阈值的HLA分型集合；并将所述多肽集合中的多肽序列与所述HLA分型集合中的HLA分型分别进行亲和力预测，并筛选出亲和力超过指定阈值的多肽序列；
C、将所述HLA分型集合中的各个HLA分型分别进行三维结构建模；以及将所述亲和力超过指定阈值的多肽序列分别进行三维结构建模；
D、将HLA分型的三维结构模型作为受体，将多肽序列的三维结构模型作为配体进行分子对接；
E、将所述分子对接的打分值中超过指定阈值时对应的多肽序列作为肿瘤新抗原的候选多肽序列。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤C，还包括：
将三维结构建模之后的HLA分型的三维结构模型进行能量优化。
3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述HLA分型的三维结构模型进行能量优化的能量项至少包括但不限于以下其一：
联合侧链相互作用能、侧链间疏水/亲水作用的平均自由能、联合侧链与联合肽基相互作用能、联合肽基静电相互作用能、虚键二面角扭转能、虚键键角变性能、侧链旋转能。
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述HLA分型的三维结构模型进行能量优化的函数表达式为：
其中，所述U表示总虚键能；i表示第i个α碳原子、侧链或者缩氨酸组；j表示第j个α碳原子、侧链或者缩氨酸组；表示侧链间的疏水作用的平均自由能；sci表示第i个联合侧链；scj表示第j个联合侧链；表示侧链与缩氨酸组之间的作用势能；pj表示第j个缩氨酸组；ωel表示静电能量项的权值；表示缩氨酸组pi与pj的静电作用能；pi表示第i个缩氨酸组；ωtor表示虚键二面角扭转能的权值；表...
【专利技术属性】
技术研发人员：张崇骞，赵永浩，马赛，闫成海，张晓霞，J·彭，D·张，
申请(专利权)人：倍而达药业苏州有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏;32
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