FGFR基因融合探针、检测方法和试剂盒技术

本发明专利技术涉及FGFR基因融合探针、检测方法和试剂盒。本发明专利技术提供检测人FGFR基因融合的探针组合，其包括下述探针：FGFR2（NM_001144917）：全部外显子以及1，15,17号内含子区域的探针覆盖；FGFR3（NM_000142）：全部外显子以及17,18号内含子和3’UTR区域的探针覆盖；FGFR3伴侣基因TACC3（NM_006342）第11，14号内含子区域的探针覆盖。本发明专利技术还提检测FGFR基因融合的试剂盒，尤其是一次性检测FGFR基因融合的试剂盒以及一种用于分析人类基因FGFR基因融合的自动化装置。本发明专利技术适用于广泛样本的检测。

Fibroblast Growth Factor R Fusion Probe, Detection Method and Kit

【技术实现步骤摘要】
FGFR基因融合探针、检测方法和试剂盒
本专利技术属于生物学基因检测技术以及生物信息
，具体涉及基因融合检测的捕获探针设计、高通量测序（NGS）实验以及数据分析方法及试剂盒。
技术介绍
成纤维细胞生长因子受体(FGFR)家族主要包括4种类型的受体FGFR1、FGFR2、FGFR3和FGFR4，在血管生成、血管发生、伤口愈合和胚胎发育中发挥重要作用。FGFR是跨膜蛋白，具有细胞外结构域，跨膜结构域和细胞质内酪氨酸激酶结构域。FGF配体与FGFR结合启动细胞内的信号传导事件级联。FGFR基因突变包括基因融合引起多种病症。基因融合属于基因变异的一种，是指由于染色体结构畸变，包括缺失、重复、倒位、易位等原因导致两个或多个染色体上不同位置的基因首尾相连构成的嵌合基因，其表达产物为融合蛋白。基因融合中，两个基因的全部或一部分的序列相互融合为一个新的基因。基因融合有可能是染色体易位、中间缺失或染色体倒置所致的结果。某些激酶发生融合是癌症的驱动基因，对应的基因靶向抑制剂也已经获批，包括针对BCR-ABL融合的抑制剂格列卫；针对ALK融合的抑制剂克唑替尼(crizotinib)，艾乐替尼(alectinib)，色瑞替尼(ceritinib)，劳拉替尼(lorlatinib)；针对ROS1融合的抑制剂克唑替尼(crizotinib)；针对NTRK融合的抑制剂Larotrectinib。传统检测这些基因融合的方法通常为FISH和IHC，但这些通量较低，且需要针对单个基因单独设计试剂盒,并且融合的伴侣基因通常难以检测到，因此在临床实践中也有限制。高通量测序技术又称为下一代测序技术（NextGenerationSequencing,简称NGS），一次能并行对细胞基因组内的几十万至上千万条分子进行序列测定，因此在基因组研究中得到了广泛的应用。高通量测序能够对大量序列进行快速测序，能够用于不同个体如肿瘤患者的基因突变检测，为个体化治疗提供有益建议和指导。NGS提供了一种检测融合的高通量、高精度和高敏感性的方法。
技术实现思路
本专利技术提供一种高灵敏度和特异性用于检测FGFR1、FGFR2和FGFR3基因融合（尤其是人类基因FGFR2/3基因融合）变异的捕获探针、试剂盒以及数据分析方法。本专利技术的检测试剂盒可用于各种样本，例如肿瘤组织活检样本、FFPE样本、以及液体活检血浆，cfDNA等不同类型的DNA样本。本专利技术的方法和试剂盒检测的敏感性和特异性高，重复性好，为FGFR抑制剂的临床研究提供了一种生物标记物筛查方法。在一些实施方案中，本专利技术提供用于检测人类基因FGFR1/2/3基因融合（尤其是人类基因FGFR2/3基因融合）的探针组合，其包括FGFR2-COL14A1、FGFR3-TACC3、FGFR3-BAIAP2L1融合位置的探针，所述探针组合包括选自附表一的下述探针：针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729490至终止位点1729609的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:501，针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729550至终止位点1729669的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:502，针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729610至终止位点1729729的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:503，针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729670至终止位点1729789的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:504，针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729730至终止位点1729849的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:505，针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729790至终止位点1729909的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:506，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808662至终止位点1808781的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:72，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808782至终止位点1808901的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:79，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808722至终止位点1808841的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:96，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808692至终止位点1808811的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:269，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808752至终止位点1808871的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:292，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808812至终止位点1808931的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:275，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241115至终止位点123241234的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:111，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241175至终止位点123241294的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:158，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241055至终止位点123241174的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:165，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240995至终止位点123241114的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:187，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241295至终止位点123241414的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:193，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241235至终止位点123241354的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:212，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240965至终止位点123241084的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:295，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241145至终止位点123241264的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:306，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241205至终止位点123241324的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:352，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241085至终止位点123241204的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:358，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241025至终止位点123241144的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:380，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241265至终止位点123241384的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:402，针对本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.用于检测人类基因FGFR2/3基因融合的探针组合，所述探针组合包括下述探针：针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729490至终止位点1729609的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 501，针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729550至终止位点1729669的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 502，针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729610至终止位点1729729的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 503，针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729670至终止位点1729789的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 504，针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729730至终止位点1729849的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 505，针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729790至终止位点1729909的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 506，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808662至终止位点1808781的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 72，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808782至终止位点1808901的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 79，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808722至终止位点1808841的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 96，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808692至终止位点1808811的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 269，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808752至终止位点1808871的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 292，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808812至终止位点1808931的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 275，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241115至终止位点123241234的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 111，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241175至终止位点123241294的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 158，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241055至终止位点123241174的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 165，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240995至终止位点123241114的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 187，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241295至终止位点123241414的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 193，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241235至终止位点123241354的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 212，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240965至终止位点123241084的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 295，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241145至终止位点123241264的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 306，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241205至终止位点123241324的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 352，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241085至终止位点123241204的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 358，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241025至终止位点123241144的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 380，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241265至终止位点123241384的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 402，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240935至终止位点123241054的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQ ID No: 10...

【技术特征摘要】
1.用于检测人类基因FGFR2/3基因融合的探针组合，所述探针组合包括下述探针：针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729490至终止位点1729609的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:501，针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729550至终止位点1729669的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:502，针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729610至终止位点1729729的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:503，针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729670至终止位点1729789的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:504，针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729730至终止位点1729849的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:505，针对人TACC3基因所在的4号染色体上起始位点1729790至终止位点1729909的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:506，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808662至终止位点1808781的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:72，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808782至终止位点1808901的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:79，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808722至终止位点1808841的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:96，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808692至终止位点1808811的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:269，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808752至终止位点1808871的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:292，针对人FGFR3基因所在的4号染色体上起始位点1808812至终止位点1808931的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:275，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241115至终止位点123241234的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:111，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241175至终止位点123241294的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:158，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241055至终止位点123241174的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:165，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240995至终止位点123241114的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:187，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241295至终止位点123241414的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:193，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241235至终止位点123241354的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:212，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240965至终止位点123241084的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:295，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241145至终止位点123241264的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:306，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241205至终止位点123241324的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:352，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241085至终止位点123241204的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:358，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241025至终止位点123241144的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:380，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241265至终止位点123241384的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:402，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240935至终止位点123241054的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:100，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123242135至终止位点123242254的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:106，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123243095至终止位点123243214的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:109，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240755至终止位点123240874的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:113，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240815至终止位点123240934的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:114，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240275至终止位点123240394的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:115，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123242195至终止位点123242314的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:121，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240515至终止位点123240634的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:123，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241655至终止位点123241774的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:125，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240335至终止位点123240454的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:128，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240635至终止位点123240754的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:129，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123239735至终止位点123239854的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:131，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240695至终止位点123240814的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:133，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241595至终止位点123241714的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:137，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123239495至终止位点123239614的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:138，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123239915至终止位点123240034的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:139，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123242735至终止位点123242854的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:143，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123242975至终止位点123243094的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:148，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240455至终止位点123240574的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:149，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240095至终止位点123240214的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:150，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241895至终止位点123242014的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:151，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240215至终止位点123240334的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:153，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123242675至终止位点123242794的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:156，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123239975至终止位点123240094的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:157，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240575至终止位点123240694的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:160，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123243035至终止位点123243154的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:163，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123239855至终止位点123239974的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:164，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240155至终止位点123240274的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:167，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123239795至终止位点123239914的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:170，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241775至终止位点123241894的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:171，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123242915至终止位点123243034的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:172，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123242615至终止位点123242734的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:175，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241955至终止位点123242074的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:182，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240875至终止位点123240994的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:183，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123239555至终止位点123239674的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:186，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123242255至终止位点123242374的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:188，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240395至终止位点123240514的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:195，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123239615至终止位点123239734的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:197，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123240035至终止位点123240154的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:199，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123242075至终止位点123242194的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:201，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241835至终止位点123241954的多核苷酸序列或其互补序列，探针序列为SEQIDNo:202，针对人FGFR2基因所在的10号染色体上起始位点123241715至终止位点123241834的多核苷酸序列或其...

【专利技术属性】
技术研发人员：谢正华，李福根，熊磊，董华，李小方，周子松，
申请(专利权)人：上海思路迪医学检验所有限公司，
类型：发明
国别省市：上海,31