【技术实现步骤摘要】
一种HIV-1重组型、检测整合酶区耐药突变的引物组、方法及其应用
本专利技术属于生物
，涉及一种HIV-1重组型、检测整合酶区耐药突变的引物组、方法及其应用，尤其涉及一种HIV-1重组型CRF103_BC、检测整合酶区耐药突变的引物组、利用下一代半导体测序技术检测整合酶区耐药突变的方法及其应用。
技术介绍
人类免疫缺陷病毒(Humanimmunodeficiencyvirus，HIV)即引起艾滋病的病毒，艾滋病的专业名称叫做获得性免疫缺陷综合征(Acquiredimmunodeficiencysyndrome，AIDS)。感染此HIV毒株，会使人体的免疫系统遭到侵犯，导致人体的细胞免疫和体液免疫受到破坏，使人体成为许多伺机性疾病的攻击目标，促成患者的多种临床症状。1981年，HIV在美国被首次发现，其属于逆转录病毒科慢病毒属。HIV/AIDS在全球均有流行。根据世卫组织报道，截至2016年，全球已经发现大约3670万人感染了艾滋病毒，同年，约有180万人接触并感染了艾滋病毒，约100万人死于艾滋病，其中在感染人群中男女比例大约各占50％。2016年艾滋病死亡...
【技术保护点】
1.一种HIV‑1重组型CRF103_BC，其特征在于，所述CRF103_BC包括四个独特重组型，分别为287_78、287_65、23_II和287_168，所述287_78的基因组序列如SEQ ID NO.1所示，所述287_65的基因组序列如SEQ ID NO.2所示，所述23_II的基因组序列如SEQ ID NO.3所示，所述287_168的基因组序列如SEQ ID NO.4所示。
【技术特征摘要】
1.一种HIV-1重组型CRF103_BC，其特征在于，所述CRF103_BC包括四个独特重组型，分别为287_78、287_65、23_II和287_168，所述287_78的基因组序列如SEQIDNO.1所示，所述287_65的基因组序列如SEQIDNO.2所示，所述23_II的基因组序列如SEQIDNO.3所示，所述287_168的基因组序列如SEQIDNO.4所示。2.一种用于检测HIV-1整合酶区基因的基因型或耐药突变的引物组，其特征在于，所述引物组包括如SEQIDNO.5-36所示的核苷酸序列。3.根据权利要求2所述的引物组，其特征在于，所述基因型包括HIV-1的B亚型、C亚型、B/C重组亚型或CRF01_AE亚型中的任意一种或至少两种的重组亚型；优选地，所述B/C重组亚型包括CRF07_BC、CRF08_BC、CRF31_BC、CRF57_BC、CRF60_BC、CRF60_BC、CRF61_BC、CRF62_BC、CRF64_BC、CRF85_BC、CRF86_BC、CRF88_BC或CRF103_BC中的任意一种或至少两种的组合；优选地，所述耐药突变的位点包括T66A/I/K、E92Q、G118R、E138K/A/T、G140S/A/C、Y143C/R/H、S147G、Q148H/K/R、N155H或R263K中的任意一种或至少两种的组合。4.一种如权利要求2或3所述的引物组用于检测HIV-1整合酶区基因耐药突变，或制备检测HIV-1整合酶区基因耐药突变的试剂或试剂盒中的应用。5.一种检测HIV-1整合酶区基因耐药突变的试剂盒，其特征在于，包括如权利要求2或3所述的引物组；优选地，所述试剂盒还包括HIV-1整合酶区基因的RT-PCR引物和多重PCR扩增预混液；优选地，所述试剂盒还包括阳性质控、阴性质控和ddH2O；优选地，所述RT-PCR引物的核苷酸序列如SEQIDNO.37-38所示。6.一种如权利要求5所述的试剂盒用于制备检测待测HIV-1基因组的基因型或耐药突变位点的产品，或鉴定HIV-1的耐药性中的应用。7.一种HIV-1整合酶区基因的基因型或耐药突变的筛查方法，其特征在于，所述方法使用如权利要求2或3所述的引物组通过下一代半导体测序技术进行筛查，包括如下步骤：(1)样品RNA提取；(2)以步骤(1)所得RNA为模板，逆转录PCR扩增cDNA；(3)采用多重PCR方法扩增靶基因；(4)靶基因文库构建；(5)对步骤(4)所得文库进行下一...
【专利技术属性】
技术研发人员：冯悦，王琦，夏雪山，张春月，
申请(专利权)人：昆明理工大学，
类型：发明
国别省市：云南,53
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