黄牛PLAG1基因CNV分子标记辅助检测生长性状的方法及其应用技术

本发明专利技术公开了一种黄牛PLAG1基因CNV分子标记辅助检测生长性状的方法及其应用：以黄牛基因组DNA为模板，通过实时荧光定量PCR方法分别扩增PLAG1基因拷贝数变异区域和内参基因BTF3的部分片段，根据2

【技术实现步骤摘要】
黄牛PLAG1基因CNV分子标记辅助检测生长性状的方法及其应用
本专利技术涉及家畜分子生物学检测领域，具体涉及一种基于实时荧光定量PCR(qPCR)技术检测黄牛PLAG1基因CNV标记的方法。该方法以基因组DNA为模板，利用实时定量PCR，以BTF3基因为参照，根据-ΔΔCt值确定个体的拷贝数变异类型。
技术介绍
随着基因组学和生物信息学的不断发展，肉牛育种的方向由表型选育向分子育种发展。分子育种，即分子标记辅助选择(molecularmark-assistselection,MAS)，该育种技术是借助DNA分子标记对遗传资源或育种材料进行选择，对畜禽的综合性状进行品种改良。在畜禽育种中，通过对生长性状密切相关，并且与数量性状紧密关联的DNA标记的选择，达到早期选种和提高育种值准确性的目的。拷贝数变异(CopyNumberVariations,CNVs)与简单重复序列(Simplesequencerepeat,SSR)、单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)均为基因组结构变异(srtucturalvariation,SV)类型，在物种表型变本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测黄牛PLAG1基因拷贝数变异的方法，其特征在于：包括以下步骤：以待测黄牛基因组DNA为模板，通过实时荧光定量PCR分别扩增PLAG1基因的拷贝数变异区域以及作为内参的BTF3基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定黄牛PLAG1基因的拷贝数变异类型；所述的PLAG1基因的拷贝数变异区域位于PLAG1基因参考基因组序列AC_000171.1的37024位至38623位。

【技术特征摘要】
1.一种检测黄牛PLAG1基因拷贝数变异的方法，其特征在于：包括以下步骤：以待测黄牛基因组DNA为模板，通过实时荧光定量PCR分别扩增PLAG1基因的拷贝数变异区域以及作为内参的BTF3基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定黄牛PLAG1基因的拷贝数变异类型；所述的PLAG1基因的拷贝数变异区域位于PLAG1基因参考基因组序列AC_000171.1的37024位至38623位。2.如权利要求1所述一种检测黄牛PLAG1基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述的拷贝数变异类型是根据-ΔΔCt将定量结果分为的两类：多拷贝型，-ΔΔCt>0.5；正常型，-0.5≤-ΔΔCt≤0.5。3.如权利要求1所述一种检测黄牛PLAG1基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述的PLAG1基因的拷贝数变异区域的扩增引物对为：上游引物F1：5’-TGTGTATGCAAAGTCGCCCT-3’下游引物R1：5’-CTTCAGAATCCCTGCCCAGT-3’；所述的BTF3基因的部分片段的扩增引物对为：上游引物F2：5’-AACCAGGAGAAACTCGCCAA-3’下游引物R2：5’-TTCGGTGAAATGCCCTCTCG-3’。4.如权利要求1所述一种检测黄牛PLAG1基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述的实时荧光定量PCR的反应程序为：95℃预变性30～60s；95℃变性10s，60℃退火30s，共40个循环。5.如权利要求1-4中任意一项权利要求...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄永震，何盼，贺花，王献伟，张子敬，徐泽君，茹宝瑞，王二耀，雷初朝，陈宏，胡沈荣，
申请(专利权)人：西北农林科技大学，
类型：发明
国别省市：陕西,61