水稻基因组重组核酸片段RecCR012612及其检测方法技术

本申请提供了水稻基因组重组核酸片段RecCR012612及其检测方法。本申请还提供了含有重组核酸片段的水稻植株的选育方法，利用分子标记对重组植株进行前景选择和背景选择，获得了含有重组核酸片段的水稻植株。

【技术实现步骤摘要】
水稻基因组重组核酸片段RecCR012612及其检测方法
本申请涉及全基因组选择育种技术。具体而言，本申请涉及利用全基因组选择育种技术选育具有稻瘟病抗性功能的重组核酸片段的水稻植株，以及由此而获得的重组核酸片段及其检测方法。
技术介绍
长期以来，传统育种的选择方法主要依赖于田间表现型的评价，根据育种家个人经验进行取舍，其最大的缺点在于耗时长，效率较低。要提高选择的效率，最理想的方法应是能够直接对基因型进行选择。随着分子生物技术的发展，分子标记为实现对基因型的直接选择提供了可能。近年来，已开始应用分子标记辅助选择方法来改良个别目标性状，能够显著的缩短育种年限。稻瘟病是水稻最严重的病害之一，全球每年由稻瘟病引起的水稻产量损失占11％～30％，因此稻瘟病及其抗性的研究显得尤为重要。随着对稻瘟病研究的逐步深入，许多水稻抗稻瘟病基因DNA片段相继被定位和克隆。其中，水稻第6染色体的Pi2区间被定位和克隆了很多稻瘟病抗性基因，如Pi2、Piz-t、Pi9、Pigm、Pi50，该区间包含一个稻瘟病抗性基因的基因簇(Qu等，Genetics.2006,172:1901-1914；Wang等，Phytopathology.2012,102:779-786；Xiao等，MolBreeding.2012,30:1715-1726；Liu等，MolGenetGenomics.2002,267:472-480；Jiang等，Rice.2012,5:29-35；Zhu等，TheorApplGenet.2012,124:1295-1304；Deng等，TheorApplGenet.2006,113:705-713)。
技术实现思路
一方面，本申请提供了水稻基因组重组核酸片段，其包含以下重组核酸片段，或者由以下重组核酸片段组成：-第一重组核酸片段，其选自：i)包含SEQIDNO:1所示序列第51至75位和第422至445位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；ii)包含SEQIDNO:1所示序列第63至433位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；iii)包含SEQIDNO:1所示序列第51至75位和第422至445位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列，以及SEQIDNO:1所示序列第8至28位、第519至541位和第630至659位核苷酸中的至少一种序列或其片段或其变体或其互补序列；或iv)包含SEQIDNO:1所示的序列或其片段或其变体或其互补序列；和/或-第二重组核酸片段，其选自：v)包含SEQIDNO:2所示序列第16至42位和第259至289位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；vi)包含SEQIDNO:2所示序列第39至261位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；vii)包含SEQIDNO:2所示序列第16至42位和第259至289位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列，以及SEQIDNO:2所示序列第4至24位和第295至324位核苷酸中的至少一种序列或其片段或其变体或其互补序列；或viii)包含SEQIDNO:2所示的序列或其片段或其变体或其互补序列。在一实施方案中，本申请提供的水稻基因组重组核酸片段包含选自i)、ii)、iii)、iv)中任一序列的第一重组核酸片段，或者由选自i)、ii)、iii)、iv)中任一序列的第一重组核酸片段组成。在另一实施方案中，本申请提供的水稻基因组重组核酸片段包含选自v)、vi)、vii)、viii)中任一序列的第二重组核酸片段，或者由选自v)、vi)、vii)、viii)中任一序列的第二重组核酸片段组成。在又一实施方案中，本申请提供的水稻基因组重组核酸片段包含选自i)、ii)、iii)、iv)中任一序列的第一重组核酸片段与选自v)、vi)、vii)、viii)中任一序列的第二重组核酸片段的组合，或者由选自i)、ii)、iii)、iv)中任一序列的第一重组核酸片段与选自v)、vi)、vii)、viii)中任一序列的第二重组核酸片段的组合组成。此外，本申请提供了检测所述重组核酸片段的引物，其中所述引物包含：-检测第一重组核酸片段的引物，其选自：(I)特异性识别SEQIDNO:1所示序列第51至75位核苷酸的序列的引物，和特异性识别SEQIDNO:1所示序列第422至445位核苷酸的序列的引物；(II)特异性识别SEQIDNO:1所示序列第63至433位核苷酸的序列的引物；(III)特异性识别SEQIDNO:1所示序列第51至75位核苷酸的序列的引物，和特异性识别SEQIDNO:1所示序列第422至445位核苷酸的序列的引物，以及特异性识别SEQIDNO:1所示序列第8至28位、第519至541位和第630至659位核苷酸中至少一种序列的引物；或(IV)特异性识别SEQIDNO:1所示序列的引物；和/或，-检测第二重组核酸片段的引物，其选自：(V)特异性识别SEQIDNO:2所示序列第16至42位核苷酸的序列的引物，和特异性识别SEQIDNO:2所示序列第259至289位核苷酸的序列的引物；(VI)特异性识别SEQIDNO:2所示序列第39至261位核苷酸的序列的引物；(VII)特异性识别SEQIDNO:2所示序列第16至42位核苷酸的序列的引物，和特异性识别SEQIDNO:2所示序列第259至289位核苷酸的序列的引物，以及特异性识别SEQIDNO:2所示序列第4至24位和第295至324位核苷酸中至少一种序列的引物；或(VIII)特异性识别SEQIDNO:2所示序列的引物。在一实施方案中，用于扩增第一重组核酸片段的引物对，例如用于扩增SEQIDNO:1所示序列的引物对为，例如，5’-GCCCTAAAAGTATCCAAGTTGTG-3’，和5’-ATGGGGATAGTCTGCGATTTCTT-3’；以及用于测序第一重组核酸片段的引物，例如用于测序SEQIDNO:1所示序列第8至28位和第51至75位核苷酸的序列的引物为，例如，5’-AAACGGAAACCAGTGACCC-3’；用于测序SEQIDNO:1所示序列第422至445位、第519至541位和第630至659位核苷酸的序列的引物为，例如，5’-CACAGGCAGCAACAAGGT-3’。在另一实施方案中，用于扩增第二重组核酸片段的引物对，用于扩增SEQIDNO:2所示序列的引物对为，例如5’-CACTTCGTTTACTCGGACTGGTT-3’，和5’-GTATGCCCACTGTAGACTTTGTA-3’。用于测序第二重组核酸片段的引物，例如，用于测序SEQIDNO:2所示序列第4至24位、第16至42位、第259至289位和第295至324位核苷酸的序列的引物为，例如，5’-CTTCGCTCTATGTCAGGTC-3’。另一方面，本申请提供了选育含有所述重组核酸片段的水稻植株的方法，其中所述重组核酸片段具有稻瘟病抗性功能，并且所述方法包括以下步骤：1)将轮回亲本水稻‘Y58S’与供体水稻‘谷梅4号’进行杂交，将所得到的杂交种与轮回亲本进行回交，获得回交一代，利用正向选择标记Pi31和负向选择标记Pi2S67、Pi2S122对其进行抗稻瘟病基因组片段的单侧同源重组片段筛选，并利用水稻全基因组本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.水稻基因组重组核酸片段，其包含：‑第一重组核酸片段，其选自：i)包含SEQ ID NO:1所示序列第51至75位和第422至445位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；ii)包含SEQ ID NO:1所示序列第63至433位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；iii)包含SEQ ID NO:1所示序列第51至75位和第422至445位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列，以及SEQ ID NO:1所示序列第8至28位、第519至541位和第630至659位核苷酸中的至少一种序列或其片段或其变体或其互补序列；或iv)包含SEQ ID NO:1所示的序列或其片段或其变体或其互补序列；和/或‑第二重组核酸片段，其选自：v)包含SEQ ID NO:2所示序列第16至42位和第259至289位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；vi)包含SEQ ID NO:2所示序列第39至261位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；vii)包含SEQ ID NO:2所示序列第16至42位和第259至289位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列，以及SEQ ID NO:2所示序列第4至24位和第295至324位核苷酸中的至少一种序列或其片段或其变体或其互补序列；或viii)包含SEQ ID NO:2所示的序列或其片段或其变体或其互补序列。...

【技术特征摘要】
1.水稻基因组重组核酸片段，其包含：-第一重组核酸片段，其选自：i)包含SEQIDNO:1所示序列第51至75位和第422至445位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；ii)包含SEQIDNO:1所示序列第63至433位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；iii)包含SEQIDNO:1所示序列第51至75位和第422至445位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列，以及SEQIDNO:1所示序列第8至28位、第519至541位和第630至659位核苷酸中的至少一种序列或其片段或其变体或其互补序列；或iv)包含SEQIDNO:1所示的序列或其片段或其变体或其互补序列；和/或-第二重组核酸片段，其选自：v)包含SEQIDNO:2所示序列第16至42位和第259至289位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；vi)包含SEQIDNO:2所示序列第39至261位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；vii)包含SEQIDNO:2所示序列第16至42位和第259至289位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列，以及SEQIDNO:2所示序列第4至24位和第295至324位核苷酸中的至少一种序列或其片段或其变体或其互补序列；或viii)包含SEQIDNO:2所示的序列或其片段或其变体或其互补序列。2.检测权利要求1所述重组核酸片段的引物，其中所述引物包含：-检测第一重组核酸片段的引物，其选自：(I)特异性识别SEQIDNO:1所示序列第51至75位核苷酸的序列的引物，和特异性识别SEQIDNO:1所示序列第422至445位核苷酸的序列的引物；(II)特异性识别SEQIDNO:1所示序列第63至433位核苷酸的序列的引物；(III)特异性识别SEQIDNO:1所示序列第51至75位核苷酸的序列的引物，和特异性识别SEQIDNO:1所示序列第422至445位核苷酸的序列的引物，以及特异性识别SEQIDNO:1所示序列第8至28位、第519至541位和第630至659位核苷酸中至少一种序列的引物；或(IV)特异性识别SEQIDNO:1所示序列的引物；和/或，-检测第二重组核酸片段的引物，其选自：(V)特异性识别SEQIDNO:2所示序列第16至42位核苷酸的序列的引物，和特异性识别SEQIDNO:2所示序列第259至289位核苷酸的序列的引物；(VI)特异性识别SEQIDNO:2所示序列第39至261位核苷酸的序列的引物；(VII)特异性识别SEQIDNO:2所示序列第16至42位核苷酸的序列的引物，和特异性识别SEQIDNO:2所示序列第259至289位核苷酸的序列的引物，以及特异性识别SEQIDNO:2所示序列第4至24位和第295至324位核苷酸中至少一种序列的引物；或(VIII)特异性识别SEQIDNO:2所示序列的引物。3.检测权利要求1所述重组核酸片段的引物，其中所述引物选自：(I)扩增第一重组核酸片段的引物对5’-GCCCTAAAAGTATCCAAGTTGTG-3’，5’-ATGGGGAT...

【专利技术属性】
技术研发人员：周发松，邱树青，曹志，喻辉辉，张学堂，张龙雨，雷昉，姚玥，李旭，江峥，李菁，韦懿，何予卿，张启发，
申请(专利权)人：中国种子集团有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11