黑金红头鼠线粒体全基因组序列的扩增引物和扩增方法技术

一种黑金红头鼠线粒体基因组全序列扩增引物和扩增方法，是根据GenBank数据库中收录的黑躯兵鲶(Corydoras rabauti)线粒体全基因组序列设计22对扩增引物，以提取的黑金红头鼠基因组总DNA为模板，分别用该些扩增引物进行PCR扩增，扩增产物电泳后进行测序及序列拼接，获得黑金红头鼠线粒体基因组全序列，为观赏鱼类品种鉴定、资源保护提供了分子生物学信息。

Amplification primers and amplification methods for the whole mitochondrial genome sequence of Rhododendron nigra

A method of amplification and primers for the whole mitochondrial genome sequence of Rhododendron nigricans was developed. 22 pairs of amplified primers were designed according to the whole mitochondrial genome sequence of Corydoras rabauti collected in GenBank database. The total genomic DNA of Rhododendron nigricans was extracted as template. The amplified primers were used for PCR amplification, and the amplified products were sequenced and sequenced after electrophoresis. The complete mitochondrial genome sequence of Rhododendron nigra was obtained, which provided molecular biology information for species identification and resource protection of ornamental fish.

【技术实现步骤摘要】
黑金红头鼠线粒体全基因组序列的扩增引物和扩增方法
本专利技术涉及分子生物
，特别涉及一种观赏性鱼类黑金红头鼠线粒体全基因组序列的扩增引物和扩增方法。
技术介绍
黑金红头鼠，学名内格罗河兵鲶(Corydorasduplicareus)，隶属辐鳍鱼纲鲶形目美鲶科兵鲶属。原产地是巴西境内Nobuaoba北方8公里处的RioPoranga，是一种优良的观赏性鱼类。本种延续红头鼠群特有的淡雅体色，以及令人一眼即可看出特色差异的隐眼线与背部线条而极具观赏价值。成熟雌性拥有橄榄状的体型，不但腹部线条向左右两侧扩张，同时从侧面观察，更可见到雌鱼随生殖巢逐渐发育，而拥有足以撑起头部与尾端的便便大腹，最大体长在50-55mm之间。其喜好酸性软水，生性较敏感，所以饲养底层宜放置细软的河沙为主，同时在水流与光照控制上，需妥善搭配具有隐蔽性的造景素材，提供一个稳定安静的环境。目前国内引进大量鲶科鱼类作为观赏品种，但大多命名比较混乱，对物种的鉴定不准确。此外，现阶段对黑金红头鼠的研究非常少，特别是在分子生物学方面没有确切数据及分析。因此，对黑金红头鼠线粒体全基因组序列进行扩增和分析，可为鼠鱼的品种鉴定和资源保护提供科学依据。
技术实现思路
本专利技术所要解决技术问题是：针对上述现有技术的不足，提供一种观赏性鱼类黑金红头鼠线粒体全基因组序列的扩增引物和扩增方法，通过22对特异性引物对黑金红头鼠基因组进行PCR扩增，获得黑金红头鼠线粒体全基因组序列，为观赏鱼类品种鉴定、资源保护提供了分子生物学信息。为解决述技术问题，本专利技术采用的技术方案是：一种黑金红头鼠线粒体基因组全序列的扩增引物，该扩增引物包括22对引物对：第1对引物对的上游引物F1为：5’–CAGGCATCAGGCACAATCAT–3’，下游引物R1为：5’–CCGGTACACTTACCATGTTACGAC–3’；第2对引物对的上游引物F2为：5’–GCACGAAGTGGGAAGAAATG–3’，下游引物R2为：5’–GGCCCACTGAAGCGGTAATC–3’；第3对引物对的上游引物F3为：5’–GCTGGTTGCCTAAGAAGTGG–3’，下游引物R3为：5’–TGGTCGCCCCAACCGAAGAT–3’；第4对引物对的上游引物F4为：5’–TGATCTGCCCGTGCAGAAGC–3’，下游引物R4为：5’–TGGGTGTGGCGAGAAATAGG–3’；第5对引物对的上游引物F5为：5’–CGTAGTAGGCCCATTCGGAC–3’，下游引物R5为：5’–TTGGCATTCAGGCACAGCTC–3’；第6对引物对的上游引物F6为：5’–CCTCGATTCCGCTACGACCA–3’，下游引物R6为：5’–CGAGGTGTGCAATTGATGAG–3’；第7对引物对的上游引物F7为：5’–AGCCCCATTCGCACTAATCG–3’，下游引物R7为：5’–GCGGGGAAAGTAGATGAATG–3’；第8对引物对的上游引物F8为：5’–TGAATGCAACCCAGACACTT–3’，下游引物R8为：5’–TAATTCCAGCGGCTAGGACT–3’；第9对引物对的上游引物F9为：5’–CTCCATCTCGCTGGTGTTTC–3’，下游引物R9为：5’–TAGCGGCGAAGGCTTCTCAT–3’；第10对引物对的上游引物F10为：5’–CCTTCTTCCCCCAACACTTC–3’，下游引物R10为：5’–TCGGATCGGGGATTCCATTG–3’；第11对引物对的上游引物F11为：5’–TTAAAGCCATAGGCCATCAA–3’，下游引物R11为：5’–TGGTACTGCAAGGCCTATGT–3’；第12对引物对的上游引物F12为：5’–CACCCCACTAAACAAGAGCG–3’，下游引物R12为：5’–TCGGTGGCCTTCCATAATGC–3’；第13对引物对的上游引物F13为：5’–TGGCCCCAACACCAGAACTA–3’，下游引物R13为：5’–TTCCTGAGCCGAAATCAGAG–3’；第14对引物对的上游引物F14为：5’–CTCCCCGAACCCACCATTAC–3’，下游引物R14为：5’–TTGGTTGCCTCATCGCGTAA–3’；第15对引物对的上游引物F15为：5’–TCAGCCGCCAACGAACCTAT–3’，下游引物R15为：5’–GTGCCTCGTTGGGTTTTTAG–3’；第16对引物对的上游引物F16为：5’–GCCAACCTAGCGAATCTAGC–3’，下游引物R16为：5’–GCATCTGCTCGTCCATATCA–3’；第17对引物对的上游引物F17为：5’–CGCAGACCCCTACATAAACC–3’，下游引物R17为：5’–ATACTGCTGCGAATGAGGTG–3’；第18对引物对的上游引物F18为：5’–TTGGAAGCCTCGCATTAACC–3’，下游引物R18为：5’–AGCGGTGTGATGGTATTGTG–3’；第19对引物对的上游引物F19为：5’–CGCACAAATCACCAACACTC–3’，下游引物R19为：5’–GATTACTGTGGCGCCTCAGA–3’；第20对引物对的上游引物F20为：5’–CCAACGGAGCTTCCTTCTTC–3’，下游引物R20为：5’–TTCTAGTCATCCGGTTGCAG–3’；第21对引物对的上游引物F21为：5’–ACATGAATCGGCGGAATACC–3’，下游引物R21为：5’–AAGAATGCTCGGCATGGTGG–3’；第22对引物对的上游引物F22为：5’–GGCATCTGGTTCCTATCTGA–3’，下游引物R22为：5’–GTGGCTGGCACGAATTTTAC–3’。上述扩增引物是根据GenBank数据库中收录的黑躯兵鲶(Corydorasrabauti)线粒体全基因组序列设计得到。本专利技术同时提供一种对黑金红头鼠线粒体基因组全序列扩增的方法，该方法是以提取的黑金红头鼠肌肉组织总DNA为模板，分别用上述的22对引物对进行PCR扩增，扩增产物经1.0％琼脂糖凝胶电泳检测后进行测序及序列拼接。上述提及的PCR的反应体系为50μL，其中：1μLDNA模板、1μL10μM上游引物、1μL10μM下游引物、1μL10mMdNTP、5μL10×不含Mg2+的PCRBuffer、5μL25mMMgCl2、0.5μL5U/μLTaq酶及35.5μL无核酸酶水。PCR扩增条件为：95℃预变性3min，然后94℃变性45s，56℃退火1min，72℃延伸90s，共35个循环，最后72℃延伸8min。本专利技术还提供根据上述扩增方法获得的黑金红头鼠线粒体基因组全序列，该线粒体基因组长度为16667bp，全基因组序列包含2个核糖体RNA基因，13个不含内含子的蛋白编码基因，22个转运RNA基因和2个非编码区(控制区和轻链复制起始区)。具体实施方式为了更好地解释本专利技术，以下结合具体的实施例进一步阐明本专利技术的主要内容，但本专利技术的内容不仅仅局限于以下实施例。实施例11.材料与方法1.1实验材料获取从湖南省长沙市本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种黑金红头鼠线粒体基因组全序列的扩增引物，其特征在于，该扩增引物包括22对引物对：第1对引物对的上游引物F1为：5’–CAGGCATCAGGCACAATCAT–3’，下游引物R1为：5’–CCGGTACACTTACCATGTTACGAC–3’；第2对引物对的上游引物F2为：5’–GCACGAAGTGGGAAGAAATG–3’，下游引物R2为：5’–GGCCCACTGAAGCGGTAATC–3’；第3对引物对的上游引物F3为：5’–GCTGGTTGCCTAAGAAGTGG–3’，下游引物R3为：5’–TGGTCGCCCCAACCGAAGAT–3’；第4对引物对的上游引物F4为：5’–TGATCTGCCCGTGCAGAAGC–3’，下游引物R4为：5’–TGGGTGTGGCGAGAAATAGG–3’；第5对引物对的上游引物F5为：5’–CGTAGTAGGCCCATTCGGAC–3’，下游引物R5为：5’–TTGGCATTCAGGCACAGCTC–3’；第6对引物对的上游引物F6为：5’–CCTCGATTCCGCTACGACCA–3’，下游引物R6为：5’–CGAGGTGTGCAATTGATGAG–3’；第7对引物对的上游引物F7为：5’–AGCCCCATTCGCACTAATCG–3’，下游引物R7为：5’–GCGGGGAAAGTAGATGAATG–3’；第8对引物对的上游引物F8为：5’–TGAATGCAACCCAGACACTT–3’，下游引物R8为：5’–TAATTCCAGCGGCTAGGACT–3’；第9对引物对的上游引物F9为：5’–CTCCATCTCGCTGGTGTTTC–3’，下游引物R9为：5’–TAGCGGCGAAGGCTTCTCAT–3’；第10对引物对的上游引物F10为：5’–CCTTCTTCCCCCAACACTTC–3’，下游引物R10为：5’–TCGGATCGGGGATTCCATTG–3’；第11对引物对的上游引物F11为：5’–TTAAAGCCATAGGCCATCAA–3’，下游引物R11为：5’–TGGTACTGCAAGGCCTATGT–3’；第12对引物对的上游引物F12为：5’–CACCCCACTAAACAAGAGCG–3’，下游引物R12为：5’–TCGGTGGCCTTCCATAATGC–3’；第13对引物对的上游引物F13为：5’–TGGCCCCAACACCAGAACTA–3’，下游引物R13为：5’–TTCCTGAGCCGAAATCAGAG–3’；第14对引物对的上游引物F14为：5’–CTCCCCGAACCCACCATTAC–3’，下游引物R14为：5’–TTGGTTGCCTCATCGCGTAA–3’；第15对引物对的上游引物F15为：5’–TCAGCCGCCAACGAACCTAT–3’，下游引物R15为：5’–GTGCCTCGTTGGGTTTTTAG–3’；第16对引物对的上游引物F16为：5’–GCCAACCTAGCGAATCTAGC–3’，下游引物R16为：5’–GCATCTGCTCGTCCATATCA–3’；第17对引物对的上游引物F17为：5’–CGCAGACCCCTACATAAACC–3’，下游引物R17为：5’–ATACTGCTGCGAATGAGGTG–3’；第18对引物对的上游引物F18为：5’–TTGGAAGCCTCGCATTAACC–3’，下游引物R18为：5’–AGCGGTGTGATGGTATTGTG–3’；第19对引物对的上游引物F19为：5’–CGCACAAATCACCAACACTC–3’，下游引物R19为：5’–GATTACTGTGGCGCCTCAGA–3’；第20对引物对的上游引物F20为：5’–CCAACGGAGCTTCCTTCTTC–3’，下游引物R20为：5’–TTCTAGTCATCCGGTTGCAG–3’；第21对引物对的上游引物F21为：5’–ACATGAATCGGCGGAATACC–3’，下游引物R21为：5’–AAGAATGCTCGGCATGGTGG–3’；第22对引物对的上游引物F22为：5’–GGCATCTGGTTCCTATCTGA–3’，下游引物R22为：5’–GTGGCTGGCACGAATTTTAC–3’。...

【技术特征摘要】
1.一种黑金红头鼠线粒体基因组全序列的扩增引物，其特征在于，该扩增引物包括22对引物对：第1对引物对的上游引物F1为：5’–CAGGCATCAGGCACAATCAT–3’，下游引物R1为：5’–CCGGTACACTTACCATGTTACGAC–3’；第2对引物对的上游引物F2为：5’–GCACGAAGTGGGAAGAAATG–3’，下游引物R2为：5’–GGCCCACTGAAGCGGTAATC–3’；第3对引物对的上游引物F3为：5’–GCTGGTTGCCTAAGAAGTGG–3’，下游引物R3为：5’–TGGTCGCCCCAACCGAAGAT–3’；第4对引物对的上游引物F4为：5’–TGATCTGCCCGTGCAGAAGC–3’，下游引物R4为：5’–TGGGTGTGGCGAGAAATAGG–3’；第5对引物对的上游引物F5为：5’–CGTAGTAGGCCCATTCGGAC–3’，下游引物R5为：5’–TTGGCATTCAGGCACAGCTC–3’；第6对引物对的上游引物F6为：5’–CCTCGATTCCGCTACGACCA–3’，下游引物R6为：5’–CGAGGTGTGCAATTGATGAG–3’；第7对引物对的上游引物F7为：5’–AGCCCCATTCGCACTAATCG–3’，下游引物R7为：5’–GCGGGGAAAGTAGATGAATG–3’；第8对引物对的上游引物F8为：5’–TGAATGCAACCCAGACACTT–3’，下游引物R8为：5’–TAATTCCAGCGGCTAGGACT–3’；第9对引物对的上游引物F9为：5’–CTCCATCTCGCTGGTGTTTC–3’，下游引物R9为：5’–TAGCGGCGAAGGCTTCTCAT–3’；第10对引物对的上游引物F10为：5’–CCTTCTTCCCCCAACACTTC–3’，下游引物R10为：5’–TCGGATCGGGGATTCCATTG–3’；第11对引物对的上游引物F11为：5’–TTAAAGCCATAGGCCATCAA–3’，下游引物R11为：5’–TGGTACTGCAAGGCCTATGT–3’；第12对引物对的上游引物F12为：5’–CACCCCACTAAACAAGAGCG–3’，下游引物R12为：5’–TCGGTGGCCTTCCATAATGC–3’；第13对引物对的上游引物F13为：5’–TGGCCCCAACACCAGAACTA–3’，下游引物R13为：5’–TTCCTGAGCCGAAATCAGAG–3’；第14对引物对的上游引物F14为：5’–CTCCCCGAACCCACCATTAC–3’，下游引物R14为：5’–TTGGTTGCCTCATCGCGTAA–3’；第15对引物对的上游引物F15为：5’–TCAGCCGCCAACG...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘巧林，李伟，肖调义，许宝红，
申请(专利权)人：湖南农业大学，
类型：发明
国别省市：湖南,43