The invention discloses a primer and detection method for detecting Arbuscular Mycorrhizal Fungi Based on high-throughput sequencing, which includes the following steps: using genomic DNA of plant or soil samples to be tested as template, connecting universal primer joint of high-throughput sequencing with primer one and primer two, carrying out PCR amplification, purifying the amplified product of PCR, carrying out high-throughput sequencing, and processing the measured original sequence to obtain C. Lean data sequence was compared with the region corresponding to the 28S rRNA reference sequence of arbuscular mycorrhizal fungi with clear annotation information. By setting the similarity and coverage of the comparison, the sequence with high similarity was screened out. This method can detect the spores of arbuscular mycorrhizal fungi in soil samples and mycelia of arbuscular mycorrhizal fungi in plants sensitively. Arbuscular mycorrhizal fungi can be better annotated at the generic level, which can be used for both qualitative analysis and relative quantitative analysis.
【技术实现步骤摘要】
一种基于高通量测序检测丛枝菌根真菌的引物及检测方法
本专利技术涉及生物
中鉴定植物或土壤样本中丛枝菌根真菌的方法及专用引物，具体设计一种基于高通量测序检测丛枝菌根真菌的引物及检测方法。
技术介绍
丛枝菌根真菌可与绝大多数维管束植物根系形成互惠共生体“菌根”。寄主植物通过丛枝菌根真菌吸收矿质营养，而丛枝菌根真菌从植物获得光合作用产物。由于菌根可促进多种植物生长和发育，提高植物抵御不良环境的能力，提升植物的竞争力，是一种很有前景的生物肥料。丛枝菌根真菌是一类专性活体营养共生菌，即只有与活体植物根系建立共生体系后才能正常地生长、发育、繁殖并完成其生活史。丛枝菌根真菌的孢子存在于土壤中。丛枝菌根真菌的孢子是丛枝菌根真菌鉴定的重要依据，但存在着分离过程繁琐，鉴定难度高，需要专门技术人员进行鉴定等特点。分子鉴定技术是进行丛枝菌根真菌鉴定的另一种手段，具有精确性高的特点。随着高通量测序技术的发展，利用高通量测序技术进行丛枝菌根真菌多态性的研究也在进行中，基于高通量测序技术平台Illumina，300bp左右成为主流的测序长度，使得有必要开发一种适宜于目前300bp左右长度...
【技术保护点】
1.一种基于高通量测序检测丛枝菌根真菌的引物对，其特征在于，引物序列如下：引物一：5’‑CCGCTGAACTTAAGCATATC‑3’；引物二：5’‑AGCTGCAWTCCCAAACAACT‑3’。
【技术特征摘要】
1.一种基于高通量测序检测丛枝菌根真菌的引物对，其特征在于，引物序列如下：引物一：5’-CCGCTGAACTTAAGCATATC-3’；引物二：5’-AGCTGCAWTCCCAAACAACT-3’。2.一种利用权利要求1所述引物对基于高通量测序检测丛枝菌根真菌的检测方法，其特征在于，包含以下步骤：步骤1、以待鉴定植物或土壤中的DNA为模板，用权利要求1所述引物对连接适用于高通量测序的通用接头后进行第一轮PCR扩增，得到两端带通用接头的一轮PCR产物；以一轮PCR产物为模板，用PCR产物的5’端带测序接头和index的通用引物进行二轮PCR扩增，得到两端带测序接头和index序列的二轮产物；步骤2、对所述二轮PCR扩增产物纯化后进行高通量测序，将高通量测序所得的数据Rawdata经过处理转化为Cleandata；步骤3、将Cleandata中的序列与具有明确注释信息的丛枝菌根真菌28SrRNA相应的序列进行比对，通过设置比对的相似度大于等于97%和覆盖率大于99.6%，小于100.4%，筛选出在这个条件下的序列，将筛选到的序列与相似度最高的丛枝菌根真菌参照序列在NCBI中进行一对一的Blast比对，得出用于注释的e-value；步骤4、根据相似度，覆盖率和e-value将筛选到的序列注释到属一级，从而实现样本中丛枝菌根真菌的检出和鉴定。3.根据权利要求2所述的利用权利要求1所述引物对基于高通量测序检测丛枝菌根真菌的检测方法，其特征在于：所述PCR扩增的体系为：PusionHotstartflex2XMasterMix12.5μl，ForwardPrimer2.5μl，ReversePrimer2.5μl，TemplateDNA50ng，...
【专利技术属性】
技术研发人员：王启，刘广达，
申请(专利权)人：内蒙古科技大学包头医学院，
类型：发明
国别省市：内蒙古,15
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。