The invention relates to a method for constructing high-density genetic map of Scylla pseudoacuminata, which mainly includes four steps: mapping population construction, simplifying genomic library construction and high-throughput sequencing, genotyping and high-density genetic map construction. The invention uses the genotypes of mother and offspring to reverse the paternal genotypes, and then carries out genotyping to construct genetic maps, which provides a new idea and method for the construction of genetic maps of animal and plant families with only one parent or difficult to obtain both parents at the same time in sample materials, is conducive to the construction of genetic maps, promotes the research process of genetic background, and promotes molecular breeding. The field has good application prospects. The present invention adopts SNP marker based typing technology, which has the advantages of large number of markers, rich polymorphism, stable heredity, etc. The obtained genetic map has high density and good quality, and can be used for the subsequent QTL mapping of important economic traits and the auxiliary assembly of genomes.
【技术实现步骤摘要】
一种拟穴青蟹高密度遗传图谱的构建方法
本专利技术属于海洋生物
,特别涉及一种拟穴青蟹高密度遗传图谱的构建方法。
技术介绍
拟穴青蟹(Scyllaparamamosain)是我国重要的海洋渔业资源和海水养殖蟹类,具有体型大、生长快、营养丰富和肉质鲜美的特点,深受人们喜爱。近年来,我国拟穴青蟹人工养殖产量连年超过14万吨,并且保持良好的发展势头,具有很大的发展空间和养殖潜力。随着养殖规模的不断扩大,拟穴青蟹良种的需求量也在不断上升。但是,目前为止,人工养殖的苗种还主要来源于海区的自然苗,受海区自然条件的限制,其质量和数量均难以获得保证。此外,传统人工育苗技术的周期长,育苗成功率低。因此,借助于分子标记辅助育种技术,实现人工育苗的产业化和规模化将极大地促进青蟹产业的发展。高密度遗传连锁图谱是重要经济性状QTL定位和分子标记辅助育种的基础,而且可以用于辅助基因组的组装,具有重要的理论和应用价值。第一个拟穴青蟹的遗传图谱是利用AFLP标记构建的(Maetal.2016),因其具有标记数量少、分布不均、覆盖密度低等缺陷,严重限制了其在QTL定位和基因组组装中的应用。SNP标记是指在基因组上单个核苷酸的变异,因其具有数量多、多态性丰富、遗传稳定等优点,是高密度遗传图谱构建的理想标记。SLAF-seq技术是基于高通量测序的大规模SNP标记开发与基因分型的新技术,已被成功应用于多个物种的遗传变异研究。由于一些物种的人工养殖和繁殖技术还不成熟,或者是难以同时获得全同胞家系的父母本,这就限制了遗传图谱的构建。对于青蟹来说,在人工育苗过程中采用的亲蟹大多为海捕野生蟹,其父本 ...
【技术保护点】
1.一种拟穴青蟹高密度遗传图谱的构建方法,其特征在于,主要包括以下步骤:(1)作图群体构建;(2)简化基因组文库构建及高通量测序:选择最适的酶切方案,对检测合格的基因组DNA分别进行酶切;对得到的酶切片段进行3’端加A处理、连接Dual‑index测序接头、PCR扩增、纯化、混样、切胶选取合适的目的片段,文库质检合格后用Illumina HiSeqTM 2500平台进行测序;(3)基因分型:过滤掉原始测序数据中低质量的Reads,根据Dual‑index接头识别原始数据,得到每个样品的Reads;对过滤后的Reads进行质量和数量评估,并通过Control测序数据与其基因组的比对效率评估酶切效率;将酶切片段作为一个SLAF标签,通过GATK软件对每个SLAF标签中的多态性SNP标签进行检测和统计分析,并对多态性SNP标签进行基因型编码;(4)高密度遗传图谱构建:过滤掉低质量的SNP标签,筛选出适合作图的SNP标签;利用Joinmap软件计算SNP标签间的MLOD值,过滤掉MLOD值低于6的标签,根据MLOD值将SNP标签分为不同的连锁群,采用HighMap软件分析连锁群内Marker的 ...
【技术特征摘要】
1.一种拟穴青蟹高密度遗传图谱的构建方法,其特征在于,主要包括以下步骤:(1)作图群体构建;(2)简化基因组文库构建及高通量测序:选择最适的酶切方案,对检测合格的基因组DNA分别进行酶切;对得到的酶切片段进行3’端加A处理、连接Dual-index测序接头、PCR扩增、纯化、混样、切胶选取合适的目的片段,文库质检合格后用IlluminaHiSeqTM2500平台进行测序;(3)基因分型:过滤掉原始测序数据中低质量的Reads,根据Dual-index接头识别原始数据,得到每个样品的Reads;对过滤后的Reads进行质量和数量评估,并通过Control测序数据与其基因组的比对效率评估酶切效率;将酶切片段作为一个SLAF标签,通过GATK软件对每个SLAF标签中的多态性SNP标签进行检测和统计分析,并对多态性SNP标签进行基因型编码;(4)高密度遗传图谱构建:过滤掉低质量的SNP标签,筛选出适合作图的SNP标签;利用Joinmap软件计算SNP标签间的MLOD值,过滤掉MLOD值低于6的标签,根据MLOD值将SNP标签分为不同的连锁群,采用HighMap软件分析连锁群内Marker的线性排列顺序,并估算相邻Marker间的遗传距离,然后绘制整合遗传图谱,并根据雌、雄中Marker的差异分别构建雌、雄遗传图谱。2.根据权利要求1所述拟穴青蟹高密度遗传图谱的构建方法,其特征在于,步骤(1)所述作图群体构建主要包括:选择优质亲蟹并将其培育至抱卵,孵化出幼体,将幼体培育至仔蟹II期后转移到池塘中养殖,待生长到2-3月龄时,随机取样,连同母本一起作为作图群体;根据腹部形态特征鉴定每只个体的性别,然后使用CTAB法分别提取每只个体肌肉组织...
【专利技术属性】
技术研发人员:马洪雨,石西,李升康,章跃陵,郑怀平,刘文华,方少彬,
申请(专利权)人:汕头大学,
类型:发明
国别省市:广东,44
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