用于推断对象中的信号转导途径的转录因子的活性的方法技术

本发明专利技术涉及一种用于推断对象中的信号转导途径的转录因子活性的方法。所述方法包括执行(101)第一染色以检测对象样本的细胞中的转录因子，并且执行(103)第二染色以检测由样本中的细胞中的转录因子的靶基因编码的蛋白。所述方法还包括基于第一染色和第二染色来对样本中显示转录因子的核存在和靶基因编码的蛋白的存在的细胞进行量化(103)，并且基于所述量化来推断(104)所述对象中的转录因子的活性。这允许所提出的方法更可靠地推断对象中的转录因子的活性。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于推断对象中的信号转导途径的转录因子的活性的方法
本专利技术涉及一种用于推断对象中的信号转导途径的转录因子的活性的方法。本专利技术还涉及用于对对象进行分层的方法和用于评估对象的治疗适合性的方法，所述治疗涉及信号转导途径，其中，所述方法包括用于推断对象中的信号转导途径的转录因子的活性的方法。
技术介绍
今天乳腺癌中的常规病理学染色包括ER(雌激素受体)，PR(孕酮受体)和HER-2(人表皮生长因子受体2)染色，例如，通过进行免疫组织化学(IHC)测定，其中，通常，每切片执行一次染色。根据临床诊断指南，如果样本中超过1％至10％的癌细胞分别表达核ER和PR，则ER和PR被认为是阳性的，这取决于所使用的医院协议。具有核ER和PR染色的癌细胞在阳性结果中所需的最小百分比在不同国家/中心之间不同；例如，在荷兰，使用了10％的值，而在美国，1％被认为是表示阳性结果。染色结果被用作指示患者中相应的信号转导途径(例如，ER信号转导途径和PR信号转导途径)是否为活性的指示。目前，ER阳性患者通常用激素疗法治疗，例如，新辅助疗法、辅助疗法和/或转移疗法，其中，PR染色的结果不用于指导治疗选择。然而，根据目前的做法，发现约25％至50％的患者对治疗无反应。这种高的无反应率的可能原因可能是在各个患者中，尽管ER阳性染色结果，但是ER信号转导途径实际上可能是非活性的，这表明ER染色在评估患者中的ER信号转导途径的活性方面不够特异。鉴于上述情况，通常希望能够提供改进的技术，其允许更可靠地确定对象中的信号转导途径的活性。
技术实现思路
本专利技术的一个目的是提供一种用于推断对象中的信号转导途径的转录因子的活性的方法，其允许更可靠地推断转录因子的活性。本专利技术的另一个目的是提供一种用于对对象进行分层的方法和一种用于评估治疗对于对象的适合性的方法，所述治疗涉及信号转导途径，其中，所述方法包括用于推断对象中的信号转导途径的转录因子的活性的方法。在本专利技术的第一方面中，提供了一种用于推断对象中的信号转导途径的转录因子活性的方法，其中，所述方法包括：-执行第一染色以检测所述对象的样本中的细胞中的所述转录因子，-执行第二染色以检测所述样本中的细胞中的由所述转录因子的靶基因编码的蛋白，-基于所述第一染色和所述第二染色，来对所述样本中显示所述转录因子的核存在和所述靶基因编码的蛋白的存在的细胞进行量化，并且-基于所述量化来推断所述对象中的所述转录因子的活性。本专利技术基于这样的思想：对于在细胞中显示信号转导途径的转录因子的核存在的细胞，要么在细胞的细胞核中要么细胞质中的由转录因子的靶基因编码的蛋白的存在，可以作为转录因子在特定细胞中实际上活性(或者“开启”)(即，在活性基因转录模式中)的额外指标。因此，通过分别在对象样本的细胞中执行第一染色和第二染色以检测转录因子和靶基因编码的蛋白，并基于所述第一染色和所述第二染色来对样本中显示转录因子的核存在和靶基因编码的蛋白的存在的细胞进行量化，可以以更可靠的方式推断对象中的转录因子的活性以及信号转导途径的活性。根据本专利技术使用的(一个或多个)样本可以是提取的样本，即，从对象中提取的样本。样本的示例包括但不限于对象的组织、细胞、血液和/或体液。它可以是，例如，从癌症病变、或从疑似癌症的病变、或从转移性肿瘤、或从任何其他组织、或从其中存在被癌细胞污染的流体的体腔(例如，胸膜或腹腔或膀胱腔)、或从含有癌细胞的其他体液等获得的样本，优选地，经由活组织活检流程或其他样本提取流程。提取样本的细胞也可以是来自血液恶性肿瘤(例如白血病或淋巴瘤)的肿瘤细胞。在一些情况下，细胞样本也可以是循环的肿瘤细胞，即已进入血流的肿瘤细胞，并且可以使用合适的分离技术，例如单采血液成分术或常规静脉血液抽取来提取。除了血液之外，提取样本的体液可以是尿液、胃肠内容物或外渗液。如本文中所使用的术语“样本”还包括以下情况：例如己经从对象取得对象的组织和/或细胞和/或体液并且例如已经放在显微镜切片上；以及为执行本专利技术己经提取了该样本的一部分，例如，借助于激光捕获显微切割(LCM)，或者通过从切片上刮下感兴趣的细胞，或通过荧光激活细胞分选技术。另外，如本文中所使用的术语“样本”还包括例如已从对象取得对象的组织和/或细胞和/或体液并放置在显微镜切片上的情况，并且要求保护的方法在切片上执行。信号转导途径优选是核受体信号转导途径。这些信号转导途径的特征在于细胞内配体受体，当配体结合并且受体易位至细胞核时，配体受体作为活性转录因子起作用。活性转录因子随后诱导转录为蛋白的特定组的靶基因的转录。核受体的范例是雌激素受体，雄激素受体(AR)，孕酮受体，糖皮质激素受体(GCR)，视黄酸受体(RAR)，维生素D受体(VDR)和孤核受体。在一个实施例中，第一染色和第二染色在样本的同一切片上进行。在一种方法中，首先在同一切片上执行第一染色。此后，从同一切片上除去第一染色的所染颜色，然后在同一切片上执行第二染色。换一种说法：在该方法中，来自第一染色的所染颜色和来自第二染色的所染颜色不同时存在于同一切片上。这具有以下优点：不必在同一切片的数字图像中对来自第一染色的颜色信息与与来自第二染色的颜色信息进行分离。在另一种方法中，在同一切片上执行第一染色和第二染色，使得来自第一染色的所染颜色和来自第二染色的所染颜色同时存在于同一切片上。这使得可以省去从同一切片上去除第一染色的所染颜色的额外步骤。在另一实施例中，在样本的不同切片上执行第一染色和第二染色，其中，所述量化包括在空间上配准第一染色的切片的数字图像和第二染色的切片的数字图像，使得可以在两个切片上检测相对应的细胞。由于第一染色和第二染色是在样本的不同切片上进行的，因此它们可以同时进行，这可以减少执行染色的总时间。优选地，从样本的相邻横截面获得不同的切片，或者从样本的彼此非常接近的样本的横截面获得不同的切片。这有助于确保在不同切片上存在足够数量的相对应的细胞，即存在于两个切片上的细胞。优选的是，第一染色和/或第二染色以选自包括(i)免疫组织化学(IHC)测定、(ii)免疫荧光测定以及(iii)基于与转录因子或靶基因编码的蛋白的高亲和力结合的另一染色测定的组的测定形式来执行。进一步优选地，量化包括：-根据样本中的选定的细胞群来确定显示转录因子的核存在和靶基因编码的蛋白的存在的细胞百分比，和/或-根据样本中的选定的细胞群来确定显示转录因子核存在的细胞，并且根据所确定的细胞来确定也显示靶基因编码的蛋白存在的细胞百分比。在第一个变型例中，百分比是根据样本中选定的细胞群“直接”确定的。这提供了来自样本中的选定的细胞群的细胞百分比的测量结果，其中的转录因子实际上是活性的(或“开启”)，即在活性基因转录模式中，其中，当百分比超过适当定义的“活性阈值”时，转录因子可以被认为在对象中是活性的。第二个变体提供转录因子阳性细胞百分比的测量结果(即来自样本中的选定细胞群的显示转录因子的核存在的细胞)，其中的转录因子实际上是活性的(或“开启”)，即在活性基因转录模式中。同样在这种情况下，当百分比超过适当定义的“活性阈值”时，转录因子可以被认为在对象中是活性的。当然，也可能的是，确定两个百分比，并且在对象中推断转录因子的活性是基于两个百分比的。特别优选的群体是癌细胞群，特本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于推断对象中的信号转导途径的转录因子的活性的方法，包括：‑执行(101；1012；201)第一染色以检测所述对象的样本中的细胞中的所述转录因子，‑执行(101；1012；202)第二染色以检测所述样本中的细胞中的由转录因子的靶基因编码的蛋白，‑基于所述第一染色和所述第二染色来对所述样本中显示所述转录因子的核存在和所述靶基因编码的蛋白的存在两者的细胞进行量化(103；203)，并且‑基于所述量化来推断(104；204)所述对象中的所述转录因子的所述活性。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.06.13 EP 16174158.21.一种用于推断对象中的信号转导途径的转录因子的活性的方法，包括：-执行(101；1012；201)第一染色以检测所述对象的样本中的细胞中的所述转录因子，-执行(101；1012；202)第二染色以检测所述样本中的细胞中的由转录因子的靶基因编码的蛋白，-基于所述第一染色和所述第二染色来对所述样本中显示所述转录因子的核存在和所述靶基因编码的蛋白的存在两者的细胞进行量化(103；203)，并且-基于所述量化来推断(104；204)所述对象中的所述转录因子的所述活性。2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述第一染色和所述第二染色是在所述样本的相同切片上执行(101、102；1012)的。3.根据权利要求1所述的方法，其中，所述第一染色(201)和所述第二染色(202)是在所述样本的不同切片上执行的，其中，所述量化(203)包括在空间上配准所述第一染色的切片的数字图像和所述第二染色的切片的数字图像，使得在两个切片上者能够检测到对应的细胞。4.根据权利要求3所述的方法，其中，所述不同切片是从所述样本的相邻横截面获得的或者是从在所述样本中彼此非常接近地定位的所述样本的横截面获得的。5.根据权利要求1至4中的任一项所述的方法，其中，所述第一染色和/或所述第二染色以选自包括以下项的组的测定的形式来执行：(i)免疫组织化学(IHC)测定、(ii)免疫荧光测定、以及(iii)基于与所述转录因子或所述靶基因编码的蛋白的高亲和力结合的另一染色测定。6.根据权利要求1至5中的任一项所述的方法，其中，所述量化(103；203)包括：-根据所述样本中的选定的细胞群来确定显示所述转录因子的所述核存在和所述靶基因编码的蛋白的所述存在两者的细胞的百分比，和/或-根据所述样本中的选定的细胞群来确定显示所述转录因子的所述核存在的细胞，并且根据所确定的细胞来确定也显示所述靶基因编码的蛋白的所述存在的细胞的百分比。7.根据权利要求6所述的方法，其中，所述群体是癌细胞群，特别是乳腺癌细胞群。8.根据权利要求2至7中的任一项所述的方法，其中，所述量化包括使用计算机实现的图像分析技术来分析所述第一染色和所述第二染色的相同切片的至少一个数字图像或所述第一染色的切片和所述第二染色的切片的数字图像。9.根据权利要求1至8中的任一项所述的方法，其中，所述对象是医学对象，特别地，癌症患者，更特别地，乳腺癌患者。10.根据权利要求1至9中的任一项所述的方法，其中，所述信号转导途径是ER-α信号转导途径，所述转录因子是ER-α，所述靶...

【专利技术属性】
技术研发人员：A·范德斯托尔佩，F·范赫默特，W·F·J·费尔哈格，R·温贝格尔弗里德尔，J·C·P·范德芬，
申请(专利权)人：皇家飞利浦有限公司，
类型：发明
国别省市：荷兰,NL